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Bien davantage que le ± poumon ¿ de la Terre, les forêts équatoriales et notamment la forêt amazonienne représentent un enjeu considérable du point de vue de la biodiversité mais aussi du climat global. Il est donc nécessaire d'apprendre à mieux les connaître afin de mieux les protéger. Par conséquent, au travers de cette étude, nous avons tenté de nous familiariser le plus possible avec ce milieu complexe et varié, en nous aidant en premier lieu d'une revue bibliographique multi disciplinaire poussée. On y a découvert un monde très hétérogène mais formant une seule entité. Cette forêt est particulièrement fragile, et mise à mal par les activités humaines, notamment la deforestation. Celle-ci entraînant probablement une dégradation indirecte des forêts résiduelles, en termes d'assèchement. Par le biais de la télédétection satellitaire à imagerie visible et infrarouge, nous avons été en mesure de localiser avec une précision de l'ordre de 500m la progression du front de deforestation au cours de la période 2000 - 2007, puis de détecter les variations spatiotemporelles de teneur en eau de la végétation. Le principal acteur de la présente étude est l'indice de sécheresse SIWSI, obtenu par le capteur passif MODIS, et il représente le moyen le plus adapté à notre disposition. L'objectif principal de ce travail était de mesurer l'assèchement relatif des franges forestières à plus ou moins grande distance des lisières adjacentes aux surfaces défrichées. Grâce à une étude géostatistique, il en est ressorti que la perte moyenne de teneur en eau de ces parties forestières en contact avec le front de deforestation est bien réelle. Que ce soit au cours de la saison sèche ou durant la période de 8 années, l'assèchement s'est avéré assez intense et en progression vers les zones frontales de forêt dense, qui se montre ainsi très vulnérable à toutes sortes d'agressions. Pour ce qui concerne les forêts résiduelles situées un peu en retrait à l'arrière du front, la présence de vastes aires défrichées entraîne non seulement leur assèchement progressif et constant , mais elle aussi un désordre important dans le réseau hydrologique.

Les microbiotes des Poissons téléostéens du bassin de l'Amazone - regroupant plus de 3000 espèces - ont reçu peu d'attention de la communauté scientifique (contrairement aux microbiotes des poissons des milieux tempérés), même si cet écosystème est reconnu comme étant le plus riche réservoir de poissons dulcicoles de la planète. Notre étude visait à répondre à cette lacune, en caractérisant les structures taxonomiques des microbiotes (du mucus cutané et des intestins) des Poissons d'Amazonie, et en identifiant certains des facteurs biotiques et abiotiques qui modulent la composition et la diversité de ces microbiotes. Nous avons échantillonné trois espèces de poissons ayant des régimes et des mode de vie contrastés, à sept sites d'échantillonnage dans le bassin de l'Amazone brésilien (10 individus / espèce / site) durant la saison sèche. Les sept sites d'échantillonnage regroupaient 5 sites d'eau blanche (eutrophique, pH neutre) et 2 sites d'eau noire (oligotrophique, pH acide), afin d'évaluer l'impact des paramètres physicochimiques sur la structure taxonomique des communautés microbiennes. Les microbiotes cutané et intestinaux de chaque individu ont été caractérisés par profilage d'amplicons du gène de l'ARNr 16S. Nos résultats du Chapitre 2 montrent que la structure taxonomique des deux microbiotes étudiés corroborent différents traits de l'écologie des espèces étudiées, tels leur régime alimentaire, leur mode de vie, leur histoire évolutive et la connectivité des habitats qu'elles exploitent. Les résultats du Chapitre 3 indiquent que la couleur de l'eau - blanche ou noire - joue un rôle majeur dans la structuration des deux microbiotes ichthyens étudiés. Les prochaines études devraient utiliser une approche de métagénomique fonctionnelle afin de vérifier si les divergences taxonomiques documentées impliquent aussi des différences fonctionnelles. De plus, les prochaines études devraient déterminer si l'importante saisonnalité du bassin de l'Amazone a un impact significatif sur les structures taxonomiques des microbiotes que nous avons documentés. / Teleostean fishes, represented by more than 28 000 species, encompass a wide range of different physiologies, evolutionary histories and ecologies, and therefore embody a key group to study the nature and the factors driving vertebrate-associated microbiotas. In contrast to temperate fish microbiotas, Amazonian fishes' microbial assemblages have never been investigated, even if this ecosystem is widely recognized as Earth's richest freshwater fish reservoir. The main objective of our study was to fill this knowledge gap, by characterizing the taxonomic structures of Amazonian teleost-associated microbiotas (from skin mucus and gut), and by identifying precisely the biotic and abiotic factors shaping the composition and diversity of these microbiotas. We sampled three species of fish with contrasted diets and lifestyles, at seven sampling sites of the Brazilian Amazon (10 individuals/species/site) in November 2015 (dry season). The seven sampling sites included five white water sites (eutrophic, neutral pH), and 2 black water sites (oligotrophic, acidic pH), to assess the impact of water physicochemical parameters on the taxonomic structure of microbial communities. Cutaneous and gut microbiotas of each sampled fish were characterized by profiling libraries of 16S rRNA amplicons. Our results from Chapter 2 showed that the taxonomic structure of the two microbiotas investigated corroborated different ecological traits from the three species, including their diet, their lifestyle, their evolutive history and the connectivity of the habitats exploited by these species. The results from Chapter 3 show that water colour (white or black) play a major role in structuring both teleost-associated microbiotas. Future studies should use a functional metagenomic approach to assess if the reported taxonomic differences also represent significant functional divergences. Furthermore, future studies should examine the seasonal variation in the taxonomic patterns observed in our study.

Cette thèse propose le développement d'une méthodologie permettant l'obtention des débits distribués dans le bassin amazonien à partir des hauteurs d'eau altimétriques. Au vu des derniers travaux et des avancées récentes dans ce domaine, ce travail a particulièrement porté sur les informations connexes pouvant être extraites des résultats. Nous avons utilisé des relations hauteur-débit basées sur l'équation de Manning et optimisées au travers d'un algorithme d'optimisation globale correctement paramétré. Les hauteurs d'eau ont été obtenues à partir des hauteurs altimétriques fournies par les missions ENVISAT et Jason-2, et les débits ont été estimés sur la même période par le modèle MGB-IPH sur l'ensemble du bassin. L'utilisation de l'algorithme d'optimisation SCEM-UA a permis de définir des intervalles a priori pour les paramètres ajustables ainsi que de gérer les notions d'erreur dans les données d'entrée, et d'incertitude dans les paramètres de sortie. Une des productions de ce travail est la construction d'une base de données d'un millier de courbes de tarage avec les intervalles de confiance associés. La validité spatiale de ces courbes de tarage a pu être vérifiée par comparaison avec les débits du modèle ainsi que les débits in situ disponibles. Leur stabilité dans le temps, quant à elle, a été confirmée par notre capacité à estimer des débits cohérents avec des informations de hauteurs d'eau provenant d'autres missions et d'autres périodes que celle à partir de laquelle les relations hauteur-débit avaient été estimées. Ce travail a également mis en évidence, par validation in situ, modélisation inverse et analyse de cas tests sur des rivières synthétiques, la capacité de la méthodologie proposée à identifier les caractéristiques géomorphologiques des sections étudiées. / This thesis proposes the development of a methodology that aims to obtain distributed discharges in the Amazon basin based on satellite altimetry data and modeled discharges. Given recent works and advances, this work focused particularly on the information that can be inferred from the resulting relationships. We used stage-discharge relationships based on Manning's equation that were optimized through a global optimization algorithm adequately configured. Altimetry data was taken from ENVISAT and Jason-2 missions and discharges were estimated for an overlapping period by the MGB-IPH model. A-priori intervals were defined into the SCEM-UA scheme for each optimization's parameter, and the algorithm allowed us to deal with input errors and output uncertainties. We produced a thousand gross database of rating curves and associated confidence intervals. Hydrological coherence was proved by validation with both modeled and in situ discharges. Successfully using an ENVISAT-based RC with Jason-2 data to estimate discharge at a cross-over, we proved that rating curves are not mission-dependent and can be used with any incoming water height data. Geomorphological characteristics of studied section given by our rating curves were validated through comparison with in situ data, inverse modeling of a braided river reach and synthetic rivers test cases.

Le tournant des XXe et XXIe siècles coïncide avec l’essor de la littérature fantasy, héritière de nombreuses formes littéraires et cinématographiques. Plusieurs œuvres de ce corpus récent procèdent au renouvellement des paramètres conventionnels de la fantasy. Pierre Bottero prend part à cet effort par le truchement de la figure singulière d’une femme, Ellana, appartenant à la guilde des marchombres, et dont la quête de liberté renvoie à la recherche de dépassement de l’auteur. Après l’écriture de La Quête d’Ewilan (2003) et Les Mondes d’Ewilan (2005), Bottero se détourne en effet de la tradition tolkiénienne et de la légende arthurienne afin de mettre au point Le Pacte des marchombres, une trilogie qui relate l’émancipation du personnage d’Ellana par sa pratique d’une écriture « poétique ». Le présent mémoire explore les potentialités de l’écriture fantasy qui se déploient au sein du récit Ellana (2006), premier volet de la dernière trilogie de Bottero. Ellana relève d’une pratique particulière de l’écriture transfictionnelle – le prequel – qui s’effectue à rebours. Bottero substitue à la figure de Merlin, mythe fondateur de ses premières trilogies, celle d’Ellana, qui en vient à jouer un rôle central au sein du cycle alavirien. Nous mettons en relief les principaux traits du genre fantasy dans le but d’identifier les topoï qu’Ellana reconduit ou transgresse. Parallèlement, nous procédons à l’étude de l’imaginaire bottérien dont la figure d’Ellana est tributaire. En faisant de la protagoniste une figure mythique, l’auteur construit l’image d’un féminin à la fois sauvage et gracieux que rien n’empêche de vivre indépendamment des hommes. / Fantasy literature, heiress of many literary and cinematographic forms, has developed rapidly at the turn of the XXth and XXIst centuries. In this recent corpus, several works concur to the renewal of the conventional parameters of fantasy. Pierre Bottero takes part in this joint action through a singular feminine figure, Ellana, who belongs to the marchombre guild, and whose freedom quest refers to the author’s goal to dispel the commonplaces of fantasy genre. Indeed, after the writing of La Quête d’Ewilan (2003) and Les Mondes d’Ewilan (2005), Bottero moves away from tolkienian tradition and arthurian legend in order to create Le Pacte des marchombres, a trilogy relating the emancipation of Ellana’s figure by the way of a “poetical” writing practice. This thesis searches for fantasy writing’s potentialities that are observable in the book Ellana (2006), first volume of Bottero’s final trilogy. Ellana comes under a particular transfictional writing practice – the prequel – that is done back to front. While the first trilogies of Bottero are based on Merlin’s myth, the author changes the focus to Ellana’s figure who plays a pivotal role in the alavirian cycle. We highlight the main features of the fantasy genre with the aim to identify the topoï that Ellana renews or infringes. At the same time, we set about studying the botterian imaginary that Ellana’s figure is dependent on. By turning the protagonist into a mythical figure, the author builds the image of a wild yet graceful feminine that nothing prevents from living apart from men.

Ce travail de thèse a porté sur l’étude de littoraux sous l’influence de deux grands deltas, l’Amazone et le Mékong, avec un focus sur les plages et cheniers de Guyane intégrant le système de dispersion vaseuse de l’Amazone, et sur les liens entre la déstabilisation du littoral du delta du Mékong et les changements morpho-bathymétriques des chenaux deltaïques sous influence anthropique croissante. L’étude de la plage de Montjoly en Guyane a été conduite en combinant une approche innovante de photogrammétrie aéroportée SfM (Structure from Motion), des mesures hydrodynamiques, bathymétriques, et la modélisation de la propagation des houles à travers cette bathymétrie. Les résultats obtenus montrent le potentiel considérable de la technique de photogrammétrie SfM pour l’étude géomorphologique des plages, et confirment un modèle de rotation de la plage sous l'influence de banc de vase. Le suivi du second site d’étude, un chenier en recul sur un ancien polder rizicole vaseux, au travers d'une analyse multi décennale d’images satellites et des mesures de terrain, a démontré très finement les taux (atteignant 160 m par an) et mécanismes de recul du substrat vaseux en lien avec sa rhéologie.L’analyse de l'évolution de la bathymétrie des chenaux deltaïques du Mékong sur une décennie (1998 et 2008), conduite à travers une méthode sous SIG, a permis de quantifier une perte nette de 200 millions de m3 de sédiments et un approfondissement de chenaux ne relevant pas de processus naturels mais d'extraction de granulats.Ces prélèvements importants de sédiments ont des répercussions importantes sur les apports de sédiments au littoral du delta qui montre des taux d’érosion importants. / This thesis is a geomorphic study of two separate sites associated with two large deltas: the Amazon and the Mekong, with a focus on a beach and chenier in French Guiana integrated into the mud dispersal system of the Amazon, and on the links between destabilization of the Mekong delta shoreline and morpho-bathymetric changes in the deltaic channels under increasing human influence.The study of Montjoly beach in French Guiana was carried out using a combination of an innovative approach in SfM (Structure from Motion) airborne photogrammetry, hydrodynamic and bathymetric measurements, and wave propagation modelling over the nearshore bathymetry. The results show the strong potential of SfM photogrammetry in high-resolution morphometric and sediment budget surveys of sandy beach, and confirm a previously proposed model of beach rotation under mud-bank influence.The second field site in French Guiana, a retreating chenier over a muddy abandoned polder formerly a rice fields, work based on a multi-decadal analysis of satellite images combined with short-term field topographic and hydrodynamic measurements highlighted high rates of chenier migration (up to 160 m a year) and retreat mechanisms over the muddy substrate due to its rheology.A GIS-based analysis of bathymetric changes in the deltaic channels of the Mekong over a 10-year period (1998 to 2008) enabled the quantification of a net loss of 200 million m3 of sediments and an increase in the mean depth of the channels, which appears as unnatural and due to sand mining.These important sediment extractions have serious repercussions on sediment supply to the Mekong delta coast, which shows important rates of erosion.

Grâce aux données de forages ODP du Leg 155, corrélées aux coupes sismiques haute résolution de la campagne Lobestory d'Ifremer, l'éventail géant de l'Amazone est devenu une zone privilégiée pour étudier l'évolution des systèmes chenaux-levées. Les travaux antérieurs ont montré que le processus d'avulsion est un des processus fondamentaux de la construction des édifices turbiditiques. Il aboutit au changement brutal de cours d'un chenal et à son abandon en aval du point d'avulsion. Ce processus et les phénomènes qui en découlent (courants non-confinés, rupture de profil d'équilibre du chenal, ...) ainsi que les conditions topographiques spécifiques sont à l'origine d'une distribution sédimentaire particulière, avec des dépôts grossiers (HARPs) en semelle des chenaux. Dans le travail présenté, les paquets de réflecteurs de fortes amplitudes (HARPs) situés à la base de ces systèmes fortement aggradant, ont pu être caractérisés lithologiquement comme une amalgamation de petits unités sableuses et chenalisées probablement mises en place par une succession de courants de turbiditié de haute densité et très sableux. Ces travaux ont été complétés par l'étude sismique et bathymétrique des premiers et derniers stades d'une avulsion, c.à.d. brêche de la levée chenal père et aggradation/progradation de levées après dépôts des HARPs, aux localisations spécifiques de l'éventail du Zaïre. Ces résultats permettent de proposer un modèle d'évolution pour un système chenal-levées depuis les premiers stades de l'avulsion qui lui a donné naissance.

La thèse se déroule dans le cadre de la préparation de la mission spatiale SWOT (Surface Water Ocean Topography). Cette mission est née d'une collaboration entre la NASA/JPL (National Aeronautics and Space Administration/Jet Propulsory Laboratory), le CNES (Centre National d'Etudes Spatiales), et l'ASC-CSA (Agence Spatiale Canadienne), son lancement est envisagé pour 2019. Il s'agit d'un interféromètre en bande Ka à visée proche nadir (0.6°- 4.1°). Elle aura pour but d'aider à mieux comprendre l'évolution des eaux de surface (variations de volume des lacs, des rivières, évaluation des zones inondables...) et la dynamique des océans à méso-échelle (tourbillons) grâce au passage d'une résolution de 10km à 1km. Afin de déterminer l'apport de la mission SWOT à l'étude de l'estuaire amazonien plusieurs outils de simulation ont été développés. Un premier outil modélisant les coefficients de rétrodiffusion radar pour trois types de surface (eau, sols nus et végétation) issue d'une étude CNES et la société Capgemini a permis de définir les conditions limites pour lesquelles l'eau ne serait plus discernable des autres milieux. Ce modèle a permis de mettre en évidence la sensibilité de la bande Ka aux paramètres de rugosité. Le phénomène de layover, mélange d'informations de plusieurs contributeurs dans un même pixel à cause du relief, sera plus présent dans les futures données SWOT que dans les radars imageurs existants. Or les fleuves ou les lacs sont généralement bordés d'arbres. Pour estimer les erreurs sur l'estimation des élévations des surfaces d'eau, j'ai développé un simulateur interférométrique incluant des modèles de rétrodiffusion radar simplifiés pour la végétation et l'eau. Cet outil m'a permis d'évaluer la sensibilité de la bande Ka à la densité de la végétation. Ainsi que de mettre en évidence la capacité de SWOT à détecter les zones d'inondations sous la canopée. Lorsque la forêt est inondée, l'estimation de hauteur des arbres est très faible par rapport aux résultats obtenus sans inondation : par exemple pour une fraction de trou de 10% (végétation dense), les élévations obtenues sont de l'ordre de 1m57 pour des arbres de 5m, au lieu de 4m50. Pour évaluer l'apport de SWOT à l'étude de l'estuaire de l'Amazone. Je me suis basé sur le simulateur mis en place par S. Biancamaria pendant sa thèse (soutenue en 2009). Les erreurs de l'instrument étaient assimilées à un bruit blanc, d'écart-type fixé à 20cm. Afin d'avoir des erreurs plus réalistes, je l'ai complété en insérant les erreurs inspirées des bilans de performance. Ce simulateur présente l'avantage de reproduire directement les élévations d'eau. Il a été utilisé dans plusieurs études, dont une assimilation au niveau du fleuve de l'Ohio par K. Andreadis. Dans le cas de mon site d'étude, il m'a permis d'évaluer la capacité de SWOT à mesurer la pente du fleuve et observer la propagation de la marée à l'intérieur du fleuve.