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Análise de elementos transponíveis e DNA polimórfico amplificado ao acaso (RAPD) de Fusarium oxysporum / Analyze of transposable elements and random amplified polymorphic DNA (RAPD) in Fusarium oxysporumZanotti, Michele Galvão Sant’Ana 13 February 2003 (has links)
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Previous issue date: 2003-02-13 / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Minas Gerais / A variabilidade genética de 20 isolados de Fusarium oxysporum não- patogênicos e patogênicos em feijoeiro foi determinada com base na distribuição do elemento transponível impala e com a técnica de DNA polimórfico amplificado ao acaso (RAPD). A presença de elementos transponíveis impala das subfamílias D e E foi determinada por experimentos de PCR empregando oligonucleotídeos específicos para cada subfamília. Foi observada a presença de representantes das duas subfamílias na maioria dos isolados, sugerindo, portanto, que impala é um antigo componente do genoma de F. oxysporum f. sp. phaseoli. A hibridização do DNA total de cada isolado, clivado com a enzima EcoRI, com um fragmento do elemento impala da subfamíla E, mostrou uma variação nos padrões de bandas dos isolados não-patogênicos, indicando a possível atividade desses elementos. No entanto, no caso dos isolados patogênicos, foram observados padrões de bandas mais homogêneas e alguns isolados apresentaram o mesmo perfil de bandas, indicando que se trata de cópias de impala que possivelmente não são mais capazes de sofrer transposição. Estas cópias inativas são excelentes marcadores genéticos. Um dos isolados patogênicos, Fus4, não apresentou cópias endógenas de impala, o que torna esse isolado um candidato para experimentos de mutagênese insercional usando o vetor pNI160, que apresenta o elemento impala ativo interrompendo o oligonucleotídeos polimorfismo gene niaD. gerou 224 observado foi A análise dos fragmentos compatível dados de polimórficos com o padrão RAPD e 7 de utilizando-se 16 monomórficos. O hibridização. Foram calculadas as distâncias genéticas entre os isolados e estas variaram de 8 a 76%, entre os patogênicos; de 2 a 63%, entre os não-patogênicos, e de 45 a 76%, entre patogênicos e não-patogênicos. Baseados nestas distâncias, quatro grupos foram definidos por análise de agrupamento. Dois grupos foram específicos para patogênicos, um para os não- patogênicos, e um grupo incluiu patogênicos e não-patogênicos. A distância genética observada dentro de um grupo de isolados patogênicos é compatível com os valores de distância genética que definem raças fisiológicas. / The genetic variability of twenty nonpathogenic and pathogenic isolates of Fusarium oxysporum, the causative agent of bean wilt, was analyzed based on the distribution of the transposable element impala and on the random amplification of polymorphic subfamilies DNA D and (RAPD). E of The impala presence was of transposable determined reaction) using specific primers for each subfamily. two subfamilies was observed in most of through elements PCR The presence of belonging (polymerase members of to chain the the isolates, suggesting that it is an old component in the F. oxysporum f. sp. phaseoli genoma. Hybridization of total DNA of each isolate, digested with EcoRI, with impala fragment of subfamily E produced a highly band pattern in the nonpathogenic isolates, indicating the possible activity of these elements. patterns were On the other hand, in the case of the pathogenic isolates, the band more homogeneous and some isolates showed very similar patterns, indicating that these impala copies have lost their capacity to transpose. These inactive copies are suitable as genetic markers. Among the pathogenics isolates, Fus4 did not present endogenous copies of impala and could be used in experiments of insertional viiimutagenesis with the pNI160 plasmid, that harbors the active impala element disrupting the niaD gene. monomorphic The RAPD analysis using 16 primers resulted in 224 polymorphic and 7 fragments. The genetic distances among the isolates based on the presence/absence of the RAPD bands varied between 8 and 76% within the pathogenic isolates, between 2 a 63% within the nonpathogenic isolates and 45 to 76% between the two groups. Based on these distances, four groups were defined by UPGMA analysis. Two groups included within were both the specific pathogenic group of for and pathogenics nonpathogenic pathogenic isolates and isolates.
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Use of the IRAP marker to study genetic variability in Pseudocercospora fijiensis populations / Use of the IRAP marker to study genetic variability in Pseudocercospora fijiensis populationsQueiroz, Casley Borges de 22 March 2013 (has links)
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Previous issue date: 2013-03-22 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Devido à ausência de estudo de caracterização da variabilidade genética das populações de Pseudocercospora fijiensis recentemente introduzidas no Brasil, o objetivo desse trabalho foi avaliar a adequabilidade do marcador IRAP para estudar variações genéticas entre indivíduos, bem como determinar a estrutura genética da população brasileira de P. fijiensis com base no fingerprinting gerado por amplificação de polimorfismo entre retrotransposons (IRAP). Um total de 22 locos foi amplificado, sendo 77.3 % polimórficos. A análise de agrupamento revelou dois principais grupos no Brasil. A diversidade gênica (HE) foi de 0.22 e pela análise de variância molecular verificou-se que a maior variabilidade genética está dentro das populações. A Análise Discriminante de Componente Principal (DAPC) revelou que não há nenhuma estruturação relacionada com as origens geográficas e cultiva hospedeiro. O sistema de marcador baseado em retrotransposon IRAP é ferramenta apropriada para estudar a variabilidade genética em P. fijiensis. / Due to the lack of characterization study of genetic variability in populations of Pseudocercospora fijiensis recently introduced in Brazil, the objective of this study was to evaluate the suitability of IRAP marker for studying genetic variations between individuals, and to determine the genetic structure of the population of P. fijiensis based on fingerprinting generated by inter-retrotransposons amplified polymorphism (IRAP). A total of 22 loci were amplified and 77.3% showed a polymorphism. Cluster analysis revealed two major groups in Brazil. The observed genetic diversity (HE) was 0.22, and through molecular analysis of variance, it was determined that the greatest genetic variability occurs within populations. The Discriminant Analysis of Principal Components (DAPC) revealed no structuring related to the geographical origin of culture of the host. The IRAP-based marker system is a suitable tool for the study of genetic variability in P. fijiensis.
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