En l'absence d'un plan de surveillance de l'utilisation d'antibiotiques, le Québec ne dispose pas d'un portrait à jour et détaillé de l'utilisation d'antibiotiques selon divers déterminants. L'impact de la pandémie de COVID-19 sur l'utilisation d'antibiotiques n'a donc pas été documenté dans la population québécoise et encore moins chez ses individus atteints de comorbidités, pourtant plus exposés aux antibiotiques. En utilisant les données du Système intégré de surveillance des maladies chroniques du Québec (SISMACQ), une description de l'évolution mensuelle (l'ensemble des antibiotiques) et annuelle (pour les principales classes d'antibiotiques) des taux d'utilisation d'antibiotiques de 2018 à 2022 a été réalisée en fonction du nombre de comorbidités (0, 1, 2 et ≥ 3) et des groupes d'âge (0-17 ans, 18-64 ans et ≥ 65 ans). Des modèles de régression de Poisson ont été utilisés pour mesurer l'impact conjoint de la pandémie de COVID-19 et du nombre de comorbidités sur les taux d'utilisation d'antibiotiques. L'étude a montré que l'arrivée de la pandémie a engendré une diminution des taux d'utilisation communautaire d'antibiotiques, qui sont restés bas malgré le retour des virus respiratoires à l'été 2021. Cette réduction a également été constatée pour la majorité des principales classes d'antibiotiques. L'étude a révélé une diminution moins prononcée chez les enfants avec 2 comorbidités durant la période pandémique (-50% (IC 95%, -45%, -55%)) comparée à celle chez les enfants sans comorbidité pour cette même période (-63% (-62%, -63%)). Les enfants et les adultes présentant 3 comorbidités et plus pendant la période pandémique et la période de retour des virus respiratoires ont également connu une diminution moins prononcée que les enfants et les adultes sans comorbidité pour ces mêmes périodes. Cette étude montre que l'arrivée de la pandémie a provoqué une diminution de l'utilisation d'antibiotiques qui a toutefois été moins marquée chez les individus avec de multiples comorbidités. / Without a surveillance program for antibiotic utilization, Quebec lacks an up-to-date, detailed picture of antibiotic utilization according to various determinants. The impact of the COVID-19 pandemic on antibiotic utilization in the Quebec population remains undocumented, particularly among individuals with comorbidities, who are more exposed to antibiotics. Using data from the Quebec Integrated Chronic Disease Surveillance System (QICDSS), a description of the monthly (for overall antibiotics use) and annual (for the main antibiotic classes) evolution of antibiotic utilization rates from 2018 to 2022 was performed according to the number of comorbidities (0, 1, 2 and ≥ 3) and age group (0-17 years, 18-64 years and ≥ 65 years). Poisson regression models were used to measure the combined effects of the COVID-19 pandemic and the number of comorbidities on antibiotic utilization rates. The study showed that the arrival of the pandemic led to a reduction in community antibiotic utilization rates, which remained low even when the respiratory viruses returned in late summer 2021. This reduction was also observed for the majority of the main antibiotic classes. The study revealed a less pronounced decrease in children with 2 comorbidities during the pandemic period (-50% (95% CI, -45%, -55%)) than in children without comorbidities for the same period (-63% (-62%, -63%)). Children and adults with 3 or more comorbidities during the pandemic and respiratory viruses' resurgence periods also experienced a less pronounced decline than children and adults without comorbidities for the same periods. This study shows that the arrival of the COVID-19 pandemic reduced antibiotic utilization, but this reduction was less marked in individuals with multiple comorbidities.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida est une bactérie à Gram négatif causant la furonculose, une infection opportuniste des salmonidés d'élevage. Les méthodes actuelles de traitement contre la furonculose reposent fortement sur l'antibiothérapie. Cependant, une proportion importante des souches de cet agent pathogène opportuniste des poissons possède des gènes de résistance aux principaux antibiotiques utilisés pour guérir la furonculose. La présente thèse discute en détail de l'importance des interactions hôte-microbiote chez les salmonidés d'élevage et des mesures pouvant améliorer la résistance aux infections chez les salmonidés. Ces mesures peuvent être à large échelle (p. ex. la mise à place d'un système de recirculation de l'eau) ou à petite échelle (p. ex. l'administration de bactéries mutualistes aux poissons). Il y est également illustré comment des symbiontes endogènes de l'Omble de fontaine (ML11A et TM18) et une bactérie à acide lactique exogène (Bactocell) peuvent être mis à profit pour inhiber A. salmonicida subsp. salmonicida, augmenter la croissance et l'immunité innée d'Omble de fontaine et rétablir l'interaction fonctionnelle hôte-microbiote chez l'Omble de fontaine infecté à la furonculose. Lorsqu'ils sont administrés quotidiennement à des alevins vivants d'omble de fontaine, ML11A, TM18 et Bactocell ont contribué à améliorer plusieurs paramètres de leur état physiologique tels que le poids corporel moyen, le facteur de condition de Fulton et l'activité du lysozyme plasmatique (un indicateur de l'activité immunitaire innée). En contexte d'infection expérimentale de furonculose, les Ombles qui ont reçu des doses quotidiennes de TM18 et de Bactocell avaient deux fois moins de mortalité que le groupe témoin « infecté-non traité », mais seulement dans de l'eau à 13,6 °C. Dans l'eau à 15,6 °C, il n'y a pas eu de réduction significative de la mortalité. ML11A n'a pas réduit de manière significative la mortalité à l'une ou l'autre de ces deux températures. L'Omble de fontaine infecté traité avec Bactocell avait un transcriptome microbien intestinal extrêmement différent des poissons non infectés et infectés. Bactocell semble favoriser la restauration de l'expression génique nominale de l'hôte, mais en remodelant le transcriptome microbien intestinal dans un état d'eubiose différent de celui des ombles sains (non infectés). ML11A et TM18 semblent agir selon un mécanisme opposé à celui du Bactocell, c'est-à-dire en modulant l'expression des gènes de l'hôte impliqués dans la réponse à l'infection, sans altérer le transcriptome du microbiote (tous tissus confondus). Des perspectives intéressantes aux travaux de la présente thèse, par exemple combiner des souches probiotiques en un ou plusieurs traitements, vérifier la réactivité croisée de ces derniers avec d'autres traitements (conventionnels ou expérimentaux), considérer l'apport de différentes conditions environnementales sur le système Omble de fontaine - microbiote, sont également explorées. / Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida is a gram-negative bacterium that causes furunculosis, an opportunistic infection of farmed salmonids. Current treatment methods for furunculosis rely heavily on antibiotic therapy. However, a large proportion of strains of this opportunistic pathogen possesses genes for resistance to the main antibiotics used to cure furunculosis. This thesis discusses in detail the importance of host-microbiota interactions in farmed salmonids and discusses measures that can improve resistance to infections in salmonids. These measures can be large-scale (e.g. setting up a water recirculation system) or small-scale (e.g. administering mutualistic bacteria to fish). It is also illustrated how endogenous brook trout symbionts (ML11Aand TM18) and an exogenous lactic acid bacterium (Bactocell) can be used to inhibit A. salmonicida subsp. salmonicida, stimulate the growth and innate immunity of brook trout, and re-establishing the host-microbiota functional interaction in brook trout infected with furunculosis. When administered daily to live brook trout fry, ML11A, TM18 and Bactocell helped improve several parameters of their physiological state such as mean body weight, Fulton condition factor and plasma lysozyme activity (an indicator of innate immune activity). In the context of an experimental furunculosis infection, brook charr that received daily doses of TM18 and Bactocell had twice less mortality than the "infected-untreated" control group, but only in 13.6 °C water. In water at 15.6 °C, there was no significant reduction in mortality. ML11A did not significantly reduce mortality at either of these two temperatures. Infected brook trout treated with Bactocell had an extremely different gut microbial transcriptome from uninfected and infected fish. Bactocell appears to promote the restoration of nominal host gene expression, but by remodeling the gut microbial transcriptome into a different eubiotic state from that of healthy (uninfected) charr. The brook trout probionts ML11A and TM18 appear to act according to a mechanism opposite to that of Bactocell, i.e. by modulating the expression of the host genes involved in the response to infection, without altering the microbiota transcriptome (for all tissues combined). Interesting perspectives for the work of this thesis are also explored like combining probiotic strains in one or more treatments, assessing the cross-reactivity of these with other treatments (conventional or experimental), or considering the contribution of different environmental conditions to the brook charr-microbiota system.

Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

En réanimation, les facteurs de risque d’infection à bactéries résistantes sont nombreux et il est nécessaire d’instaurer une antibiothérapie rapide et adéquate. Cela conduit donc souvent au choix empirique d’antibiotiques à large spectre. Ce travail de thèse regroupant quatre études porte sur les éléments de ce choix. Dans la première étude, les critères de "pneumopathie associée aux soins" sont discutés. Dans la seconde, il est rapporté que le traitement antibiotique prescrit au début du séjour en réanimation est associé à l’acquisition de Pseudomonas aeruginosa. Dans le diagnostic d’une pneumopathie acquise sous ventilation, la troisième étude décrit une technique rapide d’antibiogramme permettant une désescalade antibiotique plus précoce. La néphrotoxicité des aminoglycosides dans le traitement empirique des patients en sepsis sévère est présentée dans la dernière étude. Ces travaux participent à la bonne gestion des antibiotiques à la phase empirique du traitement des infections sévères en réanimation. / Intensive care units (ICU) are a niche for risk factors of infection due to multidrug resistant bacteria. ICU patients are in a need for a rapid and adequate antibiotic therapy. This leads ICU physicians to use empirical broad spectrum antibiotics. This thesis comprises four studies which focus on the empirical step of the treatment. In the first study, the criteria for "health-care-associated pneumonia" are discussed. The second shows that the antibiotic selection pressure administered early during the ICU stay could lead to Pseudomonas aeruginosa acquisition. In the third study, a rapid direct specimen testing method was assessed for ventilator-associated pneumonia diagnosis in order to hasten antibiotic de-escalation. Finally, a review on aminoglycosides’ nephrotoxicity in the severe sepsis setting represents the fourth study. These studies bring a loop forward into the understanding of the antibiotic stewardship of patients with severe sepsis, with particular focus on the empirical antibiotic treatment.

L’ostéomyélite chronique est une infection chronique du tissu osseux et de la moelle. C’est une infection grave du fait de sa localisation au sein d’un tissu profond, de la complexité de sa prise en charge thérapeutique et de la mise en jeu du pronostic fonctionnel. L’incidence de l’ostéomyélite chronique est accrue sur certains terrains (drépanocytose, diabète, et polyarthrite rhumatoïde entre autres). Son traitement classique repose sur un curettage chirurgical associé à une antibiothérapie par voie générale durant au moins 6 semaines. Ce traitement est marqué le plus souvent par des échecs du fait de la difficulté de faire parvenir des antibiotiques à doses efficaces et de manière prolongée ou continue au niveau de l'os infecté.<p>\ / Doctorat en Sciences biomédicales et pharmaceutiques / info:eu-repo/semantics/nonPublished