Résumé : La recherche développée vise à étudier les différents tests microbiens disponibles pour la détection des antibiotiques dans le lait, ainsi que leur couplage à la spectrométrie infra-rouge (MIR et SPIR). Dans un premier temps, lapplicabilité de certains tests de détection des antibiotiques est envisagée directement à la ferme. Cette étude met en évidence certaines interférences (désinfectants et alimentation), pouvant conduire à des résultats faux positifs. De plus, les différences de sensibilité observées entre tests posent la question de lhomogénéité du contrôle lors des tests officiels réalisés sur les livraisons de lait. Sur base des conclusions tirées de cette première partie de létude, la spectrométrie infra-rouge est envisagée comme moyen de mise en évidence de linhibition bactérienne résultant de la présence de résidus dantibiotiques. Cette seconde partie a nécessité le développement doutils analytiques permettant le comptage rapide des bactéries utilisées dune part et de réaliser le suivi de la croissance bactérienne par chromatographie liquide dautre part. Ce suivi physico-chimique est basé sur un indice de métabolisme intégrant différents acides organiques, dont le principal est lacide lactique. Ces outils analytiques sont appliqués à des échantillons de laits dopés ou non en antibiotiques, analysés par spectrométrie infra-rouge. La confrontation des résultats analytiques aux spectres obtenus dans le moyen infra-rouge ou dans le proche infra-rouge (caméra SPIR) montre le potentiel de ce mode de détection de linhibition bactérienne, corrélée à la production dacides organiques. Summary : Developed research aims at studying the various microbial tests available for the detection of antibiotics in milk, like their coupling with infra-red spectrometry (MIR and SPIR). Initially, the applicability of certain tests of detection of antibiotics is considered directly with the farm. This study highlights certain interferences (disinfecting and feed), being able to lead to false-positives results. Moreover, the differences in sensitivity observed between tests raise the question of the homogeneity of control during the official tests carried out about the milk deliveries. On the basis of conclusion drawn from this first part of the study, infra-red spectrometry is considered like means of detection of bacterial inhibition resulting from the presence of antibiotic residues. This second part required the development of analytical tools allowing the fast counting of the bacteria used on the one hand and to carry out the follow-up of the bacterial growth by liquid chromatography on the other hand. This physico-chemical follow-up is based on an index of metabolism integrating various organic acids, whose main thing is the lactic acid. These analytical tools are applied to spiked milk samples and to unspiked milk samples, analyzed by infra-red spectrometry. The confrontation of the analytical results to the spectra obtained in MIR or PIR spectrometry (camera) shows the potential of this mode of detection of the bacterial inhibition, correlated with the production of organic acids.

Ce travail vise à comprendre les mécanismes dinduction du développement chez les Streptomyces. Chez ce genre bactérien, le facteur de transcription DasR a été identifié comme le premier régulateur global à la charnière entre le métabolisme primaire et le métabolisme secondaire, capable de percevoir l'état nutritionnel de l'environnement et d'adapter en conséquence la réponse des différents processus associés au développement (Rigali et al., 2006 et Rigali et al., 2008). La première ambition de cette thèse de doctorat a été d'évaluer l'ampleur du régulon DasR chez S. coelicolor afin d'obtenir une liste - exhaustive et appuyée par des critère de fiabilité - des gènes ciblés par ce régulateur global. L'hypothèse à la base de ce travail de prédiction était qu'au sein du régulon DasR se trouvaient peut-être des gènes de fonction encore inconnue mais essentiels au développement. Comprendre le rôle de ces protéines pouvait déboucher sur l'élucidation de nouvelles voies d'induction du développement et donc peut-être de nouvelles voies à exploiter pour induire le réveil des gènes cryptiques. La première démarche visant à répondre à ce premier objectif nous a amené à constater les lacunes des programmes web de prédiction des régulons existant, notamment le manque de flexibilité au niveau des critères de recherche et au niveau de l'exploitation des résultats obtenus, ainsi que l'absence de moyen permettant d'estimer la fiabilité de la prédiction. C'est pourquoi, dans un premier temps, nous nous sommes lancés le défi de créer un nouvel outil de prédiction des régulons procaryotiques qui répondrait davantage aux attentes des biologistes. Ce programme, nommé PREDetector (Prokaryotic Regulatory Elements Detector), a été réalisé en collaboration avec le Professeur Louis Wehenkel (Department of Electrical Engineering and Computer Science, Université de Liège) (Hiard et al., 2007). Les caractéristiques et les possibilités offertes par PREDetector sont expliquées et illustrées dans le premier chapitre des résultats. Le second chapitre des résultats - ainsi que l'annexe de cette thèse - sont quant à eux dédiés à l'exploitation de ce programme et la caractérisation de l'ensemble des cibles de DasR prédites chez S. coelicolor. Ensuite, et toujours motivé par un souci de présenter un travail fiable pour d'ultérieures investigations, une comparaison des régulons DasR prédits chez différents streptomycètes et autres actinomycètes (prédictions et démarches détaillées dans l'annexe de thèse), vient appuyer notre définition du noyau dur du régulon DasR - conservon DasR - déduit pour l'organisme modèle S. coelicolor. Enfin, nous passons à l'étape d'utilisation de ces données bioinformatiques avec l'étude de gènes/protéines dont l'expression est dépendante de DasR dans le but de peut-être établir de nouvelles connexions entre le métabolisme primaire et le développement chez la souche modèle S. coelicolor. De manière intéressante, le régulon DasR de S. coelicolor comprend plusieurs gènes codant pour des systèmes de transport ABC de sucre. A l'instar du PTSGlcNAc, ces transporteurs situés à l'interface cellule/environnement peuvent aussi être les senseurs de molécules cruciales pour l'induction du développement. Après le PTSGlcNAc, nous nous sommes donc concentrés sur l'étude du premier transporteur ABC de sucre régulé par DasR - en termes de fiabilité des prédictions et de conservation inter-espèces/-genres -, c'est-à-dire, le système DasABC. Dans le troisième chapitre des résultats nous démontrerons ainsi que DasA est une protéine impliquée dans le processus de différenciation morphologique de S. coelicolor (Colson et al., 2008).