L'objectif de ce travail était d'étudier une bactérie d'affinage de cet écosystème, Brevibacterium aurantiacum (BA). La mise en place d'outils moléculaires pour l'étude de la biodiversité du genre Brevibacterium. L'approche par MLST avec 9 gènes de ménage est un nouvel outil prometteur pour l'identification des Brevibacteriaceae, nous avons identifié une nouvelle espèce appartenant aux souches d'intérêt technologique, B. antiquum. L'approche par puce ADN a permis d'étudier la biodiversité au sein de l'espèce de BA, les résultats montrent que 13% et 15% du génome de la souche séquencée sont absents et/ou divergents dans les souches BL2 et ATCC 9175. Nous avons ensuite réalisé une reconstruction du métabolisme du soufre chez BA ATCC 9175 et étudié sa régulation en fonction de différentes sources de soufre en utilisant des approches omics. Les résultats montrent une répression des voies d'assimilation du sulfate et de la biosynthèse de la cystéine en présence de cystine et une répression des voies de biosynthèse de la méthionine via l'homocystéine et la voie de transulfuration par la méthionine. Enfin, lors d'un ajout de méthionine dans le milieu, nous observons une induction coordonnée des gènes codant pour la méthionine gamma-lyase et un transporteur de la méthionine suggérant la présence d'un régulateur spécifique pour cette voie. Enfin, nous avons étudié le comportement de BA en présence ou en absence d'une levure d'affinage de fromage Kluyveromyces lactis (KL) par des approches biochimiques et transcriptomiques. Chez BA, on observe une modification du métabolisme carboné et de l'azote, de la voie de biosynthèse des pigments.

Le métabolisme du soufre, qui occupe une place centrale au sein de la cellule, est aussi important lors de la fabrication des fromages à pâte molle à croûte lavée. L'écosystème fromager assimile les acides aminés soufrés et peut ainsi produire des composés soufrés volatils (CSVs) indispensables à la flaveur de ces produits. Nous avons étudié le métabolisme du soufre chez deux micro-organismes d'affinage, les levures hémiascomycètes Kluyveromyces lactis et Yarrowia lipolytica. L'analyse in silico du phylum des hémiascomycètes nous a donné pour la première fois une vision évolutive de ce métabolisme. Nous avons relevé des différences fondamentales au niveau de la synthèse de la cystéine mais aussi au niveau des enzymes impliquées dans la production de CSVs. Cette analyse constitue une base solide pour l'étude du métabolisme du soufre. Nous avons combiné plusieurs approches exploratoires (transcriptome, métabolome, dosage des CSVs) afin d'avoir une vision globale de ce métabolisme chez K. lactis et Y.lipolytica. Les différences observées se situent notamment au niveau des voies de synthèse de la cystéine et de la taurine. La production de CSVs semble liée à la surexpression de transaminases spécifiques à chaque espèce combinée à l'accumulation de méthionine intracellulaire. L'affinage du fromage dépendant de tout un écosystème, nous avons également étudié l'interaction entre deux micro-organismes d'affinage, K. lactis et Brevibacterium aurantiacum via une approche transcriptomique, en comparant l'expression d'une co-culture à celle des cultures pures. Nous avons observé de profondes modifications métaboliques touchant notamment le métabolisme du carbone et celui de la biotine.

Na subfamília Bromelioideae o chamado Complexo Nidularioide apresenta gêneros intimamente relacionados que apresentam historicamente problemática circunscrição genérica. A busca por caracteres morfológicos, em especial os caracteres reprodutivos tem auxiliado a compreensão de processos evolutivos em diferentes grupos. Esse trabalho buscou descrever a estrutura anatômica do ovário e do rudimento seminal nas espécies do Complexo Nidularioide: Canistropsis billbergioides, Canistrum aurantiacum, Edmundoa lindenii, Neoregelia johannis, Nidularium innocentii e Wittrockia superba. Ovários dessas espécies em diferentes estádios do desenvolvimento foram coletados e fixados em glutaraldeído 1% e formaldeído 4%, lavados em tampão fosfato de sódio 0,1 M, pH 7,2, desidratados em série etílica (10- 100%), e incluídos em hidroxietilmetacrilato. Cortes de 4 μm de espessura foram montados em lâmina e corados com azul de toluídina O. Em todas as espécies analisadas foi observada a formação de aerênquima tipo esquizógeno no mesofilo ovariano. As espécies C. billbergioides, E. lindenii var. rosea, N. johannis, N. innocentii e Wittrockia superba apresentaram grande número de caracteres compartilhados, como a presença de três camadas de células no tegumento externo, epiderme nucelar e estrato parietal compostos por uma ou duas camadas de células. A espécie E. lindenii var. rosea apresentou tricomas epidérmicos na superfície do ovário, sendo esses tricomas descritos como uma nova morfologia de tricomas para a família Bromeliaceae. Considerando os caracteres observados, a espécie C. aurantiacum apresentou menor número de caracteres compartilhados com as demais espécies do Complexo Nidularioide. / In Bromelioideae subfamily, the so-called Nidularioid Complex presents intimately related genera, bearing historical generic circumscription issues. The search of morphological features, concerning mainly reproductive characters, has helped to enlighten evolution processes between different groups within the family. This work aimed to describe the ovary and ovule anatomical structure of the Nidularioid Complex species: Canistropsis billbergioides, Canistrum aurantiacum, Edmundoa lindenii var. rosea, Neoregelia johannis, Nidularium innocentii and Wittrockia superba. Ovaries in different development stages were collected and fixed in a 1% glutaraldehyde and 4% formaldehyde solution, washed in a sodium phosphate 0.1 M and 7.2 pH solution, and subsequently dehydrated in a crescent ethylic series, ranging from 10% to 100%; lately, the specimens were included in hydroxyethylmethacrylate. 4 μm cuts were mounted in glass blades, and stained with toluidine blue O. In all analyzed species a schizogenous type aerenchyma could be observed within the ovarian mesophyll. C. billbergioides, E. lindenii, N. johannis, N. innocentii and Wittrockia superba presented a great amount of common characters, such as a three layer cell in the outer tegument, nucellar epidermis and parietal tissue composed of two or more cell layers. E. lindenii var. rosea presented epidermic trichomes in the ovary surface, being these trichome described as a new kind of trichome morphology for the Bromeliaceae family. C. aurantiacum presented a minor quantity of common characters with the other analyzed species of the Nidularioid Complex.

Na subfamília Bromelioideae o chamado Complexo Nidularioide apresenta gêneros intimamente relacionados que apresentam historicamente problemática circunscrição genérica. A busca por caracteres morfológicos, em especial os caracteres reprodutivos tem auxiliado a compreensão de processos evolutivos em diferentes grupos. Esse trabalho buscou descrever a estrutura anatômica do ovário e do rudimento seminal nas espécies do Complexo Nidularioide: Canistropsis billbergioides, Canistrum aurantiacum, Edmundoa lindenii, Neoregelia johannis, Nidularium innocentii e Wittrockia superba. Ovários dessas espécies em diferentes estádios do desenvolvimento foram coletados e fixados em glutaraldeído 1% e formaldeído 4%, lavados em tampão fosfato de sódio 0,1 M, pH 7,2, desidratados em série etílica (10- 100%), e incluídos em hidroxietilmetacrilato. Cortes de 4 μm de espessura foram montados em lâmina e corados com azul de toluídina O. Em todas as espécies analisadas foi observada a formação de aerênquima tipo esquizógeno no mesofilo ovariano. As espécies C. billbergioides, E. lindenii var. rosea, N. johannis, N. innocentii e Wittrockia superba apresentaram grande número de caracteres compartilhados, como a presença de três camadas de células no tegumento externo, epiderme nucelar e estrato parietal compostos por uma ou duas camadas de células. A espécie E. lindenii var. rosea apresentou tricomas epidérmicos na superfície do ovário, sendo esses tricomas descritos como uma nova morfologia de tricomas para a família Bromeliaceae. Considerando os caracteres observados, a espécie C. aurantiacum apresentou menor número de caracteres compartilhados com as demais espécies do Complexo Nidularioide. / In Bromelioideae subfamily, the so-called Nidularioid Complex presents intimately related genera, bearing historical generic circumscription issues. The search of morphological features, concerning mainly reproductive characters, has helped to enlighten evolution processes between different groups within the family. This work aimed to describe the ovary and ovule anatomical structure of the Nidularioid Complex species: Canistropsis billbergioides, Canistrum aurantiacum, Edmundoa lindenii var. rosea, Neoregelia johannis, Nidularium innocentii and Wittrockia superba. Ovaries in different development stages were collected and fixed in a 1% glutaraldehyde and 4% formaldehyde solution, washed in a sodium phosphate 0.1 M and 7.2 pH solution, and subsequently dehydrated in a crescent ethylic series, ranging from 10% to 100%; lately, the specimens were included in hydroxyethylmethacrylate. 4 μm cuts were mounted in glass blades, and stained with toluidine blue O. In all analyzed species a schizogenous type aerenchyma could be observed within the ovarian mesophyll. C. billbergioides, E. lindenii, N. johannis, N. innocentii and Wittrockia superba presented a great amount of common characters, such as a three layer cell in the outer tegument, nucellar epidermis and parietal tissue composed of two or more cell layers. E. lindenii var. rosea presented epidermic trichomes in the ovary surface, being these trichome described as a new kind of trichome morphology for the Bromeliaceae family. C. aurantiacum presented a minor quantity of common characters with the other analyzed species of the Nidularioid Complex.

Na subfamília Bromelioideae o chamado Complexo Nidularioide apresenta gêneros intimamente relacionados que apresentam historicamente problemática circunscrição genérica. A busca por caracteres morfológicos, em especial os caracteres reprodutivos tem auxiliado a compreensão de processos evolutivos em diferentes grupos. Esse trabalho buscou descrever a estrutura anatômica do ovário e do rudimento seminal nas espécies do Complexo Nidularioide: Canistropsis billbergioides, Canistrum aurantiacum, Edmundoa lindenii, Neoregelia johannis, Nidularium innocentii e Wittrockia superba. Ovários dessas espécies em diferentes estádios do desenvolvimento foram coletados e fixados em glutaraldeído 1% e formaldeído 4%, lavados em tampão fosfato de sódio 0,1 M, pH 7,2, desidratados em série etílica (10- 100%), e incluídos em hidroxietilmetacrilato. Cortes de 4 μm de espessura foram montados em lâmina e corados com azul de toluídina O. Em todas as espécies analisadas foi observada a formação de aerênquima tipo esquizógeno no mesofilo ovariano. As espécies C. billbergioides, E. lindenii var. rosea, N. johannis, N. innocentii e Wittrockia superba apresentaram grande número de caracteres compartilhados, como a presença de três camadas de células no tegumento externo, epiderme nucelar e estrato parietal compostos por uma ou duas camadas de células. A espécie E. lindenii var. rosea apresentou tricomas epidérmicos na superfície do ovário, sendo esses tricomas descritos como uma nova morfologia de tricomas para a família Bromeliaceae. Considerando os caracteres observados, a espécie C. aurantiacum apresentou menor número de caracteres compartilhados com as demais espécies do Complexo Nidularioide. / In Bromelioideae subfamily, the so-called Nidularioid Complex presents intimately related genera, bearing historical generic circumscription issues. The search of morphological features, concerning mainly reproductive characters, has helped to enlighten evolution processes between different groups within the family. This work aimed to describe the ovary and ovule anatomical structure of the Nidularioid Complex species: Canistropsis billbergioides, Canistrum aurantiacum, Edmundoa lindenii var. rosea, Neoregelia johannis, Nidularium innocentii and Wittrockia superba. Ovaries in different development stages were collected and fixed in a 1% glutaraldehyde and 4% formaldehyde solution, washed in a sodium phosphate 0.1 M and 7.2 pH solution, and subsequently dehydrated in a crescent ethylic series, ranging from 10% to 100%; lately, the specimens were included in hydroxyethylmethacrylate. 4 μm cuts were mounted in glass blades, and stained with toluidine blue O. In all analyzed species a schizogenous type aerenchyma could be observed within the ovarian mesophyll. C. billbergioides, E. lindenii, N. johannis, N. innocentii and Wittrockia superba presented a great amount of common characters, such as a three layer cell in the outer tegument, nucellar epidermis and parietal tissue composed of two or more cell layers. E. lindenii var. rosea presented epidermic trichomes in the ovary surface, being these trichome described as a new kind of trichome morphology for the Bromeliaceae family. C. aurantiacum presented a minor quantity of common characters with the other analyzed species of the Nidularioid Complex.