Dans le Nord-du-Québec et au Labrador, les troupeaux de caribous migrateurs Rivière-George et Rivière-aux-Feuilles sont en déclin, respectivement depuis les années 1990 et 2000. Plus particulièrement, le déclin marqué du troupeau Rivière-aux-Feuilles qui a coïncidé avec la croissance de la population de bœuf musqué, une espèce introduite dans le Nord-du-Québec, a mené les communautés inuites à s'interroger sur le potentiel de compétition entre les deux espèces. En réponse à ce questionnement, nous avons combiné trois approches pour évaluer le potentiel de compétition interspécifique : (1) quantifier le chevauchement spatial, (2) comparer les patrons de sélection d'habitats des deux espèces dans leur aire de répartition commune et (3) évaluer le chevauchement des régimes alimentaires. Pour ce faire, nous avons utilisé des données provenant de suivis télémétriques et récolté des échantillons de fèces pour les analyser avec la méthode du codage à barre d'ADN. À l'échelle annuelle, le chevauchement spatial était faible et avait lieu principalement au printemps sur la côte de la baie d'Hudson et à l'été sur la côte de la baie d'Ungava. Dans leur aire de répartition commune, le bœuf musqué sélectionne les milieux arbustifs et productifs situés près des côtes alors que le caribou sélectionne des milieux de toundra avec substrat rocheux et des habitats de faible altitude. À une échelle spatiale plus fine, cela fait en sorte que les probabilités de co-occurrence sont faibles. Toutefois, notre analyse du régime alimentaire a montré des similarités, puisque les familles de plantes détectées les plus fréquemment (Ericacea, Salicaceæ, Betulaceae) étaient les mêmes pour les deux espèces à l'été et à l'hiver. Dans leur ensemble, ces résultats suggèrent que le potentiel de compétition est faible entre le caribou migrateur et le bœuf musqué dans le Nord-du-Québec. Cependant, plusieurs facteurs dont l'expansion possible de l'aire de répartition du bœuf musqué et les interactions avec les prédateurs, dans un contexte de changement climatique, pourraient éventuellement influencer les interactions entre ces deux espèces d'ongulés. / In northern Quebec and Labrador, the Rivière-George and Rivière-aux-Feuilles caribou herds have been declining since the 1990s and 2000s, respectively. In particular, marked decline of the Rivière-aux-Feuilles caribou herd coinciding with the demographic growth of muskoxen, an introduced species in northern Quebec, has led local Inuit communities to question the potential for interspecific competition. In response to these concerns we used three methods to evaluate the potential for interspecific competition at different scales: (1) we quantified spatial overlap, (2) we compared both species habitat selection patterns in their overlapping range and (3) we evaluated diet overlap. We used telemetric data and collected fecal samples of both species for DNA barcoding analysis. At the annual scale, spatial overlap was low and limited in time, mostly in spring on the coast of Hudson Bay and in summer on the coast of Ungava Bay. Within their overlapping range, migratory caribou and muskoxen had mostly different habitat selection patterns, particularly in regard to habitat types and proximity to the coast. At a finer spatial scale, this led to low probability of co-occurrence across both coastal areas. Our dietary analysis of fecal samples suggested that both species had a similar diet based on the frequency of the most detected plant families (Ericaceae, Salicaceae et Betulaceae) in summer and winter. Combined, our results suggest that the potential for competition between migratory caribou and muskoxen is low in our study area. However, several factors such as the possible expansion of the muskoxen range and interactions with predators, in the context of climate change, could potentially influence the interactions between these two ungulate species

Les salmonelles sont l'une des causes les plus importantes de maladie transmise par les produits laitiers crus. L'appréciation du risque associé à la consommation de ces produits est nécessaire et la méthode la plus appropriée pour réaliser ce but est l'utilisation du processus d'analyse de risque qui associe les microbes pathogènes dans l'aliment au problème de santé publique. Le but principal de cette thèse est donc d'évaluer quantitativement le risque de salmonellose humaine lié à la consommation de viande hachée. Les lacunes qui sont en général identifiées pour l'appréciation des risques sont le manque de données quantitatives sur les microbes pathogènes contaminant les aliments. Donc, comme premier objectif de cette thèse, nous avons développée une méthode rapide, sensible et fiable pour la quantification des salmonelles dans les échantillons fécaux bovins artificiellement contaminés. La méthode a combiné les principes de la méthode du nombre-le plus-probable (NPP) avec une analyse PCR en temps réel. Avec cette analyse (NPP-PCR en temps réel) fiable niveau de la contamination (1-5 ufc/mL) du fécal peut être énuméré après 8 h d'enrichissement non-sélectif dans l'eau peptone tamponée. Toutes les valeurs de nombre le plus probable ont bien correspondu au niveau estimé de contamination des salmonelles inoculées dans les échantillons fécaux. Afin d'évaluer l'utilité de cette analyse de quantification, notre deuxième objectif était de l'appliquer aux échantillons fécaux naturellement contaminés recueillis de l'abattoir trouvé dans Meaux, la France chaque semaine en février et le mars de 2006 (une moyenne de 40 échantillons par visite). 9.12 % (27/296) et 34.62 % (9/26) les échantillons fécaux et de l'environnement, respectivement, ont été trouvés positif de salmonella, avec les valeurs de NPP estimées ou les comptes de Salmonella aux limites de <1.8 - 1609 MPN/g d'échantillons fécaux. The moyen de la concentration log10 de Salmonella est 0.6189 MPN/g avec les déviations standrdard de 2.7112 en utilisant l'approche de rétrogradation censurée. Les comptes étaient généralement bas, à l'exception de 6 animaux (> 1400 MPN/g), pendant que tous les autres 21 Salmonella les animaux positifs avait des matières fécales avec moins de 80 MPN/g (d'eux 13 animaux avec les valeurs de MPN <1.8 MPN/g. La prédominance de Salmonella n'a montré aucune différence significative (p=1) entre le français (8.63 %, 17/197) et bétail belge (10 %, 10/99). En outre, aucun la région des animaux d'origine (p=0.75), l'âge (p=0.18), la course (p=0.94), la race (p=0.23), ou le mouvement de l'animal (p=0.89) n'avait aucun impact sur la prédominance de Salmonella. L'application de l'essai de PCR NPP-en-temps-réel pour quantifier la Salmonella dans fécal s'est avérée être rapide, facile à exécuter et extrêmement sensible. Dans l'appréciation de risques potentiels associés à la Salmonella dans la viande hachée il était nécessaire d'examiner la capacité des salmonelles à se développer dans la viande hachée. Donc, nous avons présenté dans cette thèse comme un troisième objectif, le modèle d'une croissance / aucune interface de croissance de Salmonella dans la viande hachée. Des données de croissance / non croissance ont été modelées par la rétrogradation de polynôme logistique sur les données de croissance disponibles pour la Salmonella dans la viande hachée dans les papiers publiés et toutes les données rattachées a la viande hachée dans ComBase nous mènent afin d'à une description exacte des conditions que la Salmonella ne peut la croissance / aucune croissance. Les résultats généraux indiquent clairement que la température est la plus importante et le seul facteur significatif dans l'étude. Il n'y avait aucune croissance observée à la température moins que 10°C. Où comme la température 10°C et 12°C sont la seule température; nous n'avons vraiment observé la croissance / aucune croissance (quelquefois avec les mêmes conditions). Bien que pH et l'activité d'eau soient des facteurs importants pour la croissance microbienne, dans notre étude ils n'ont aucun effet en raison de la structure de viande. Finalement, un modèle d'appréciation du risque de salmonellose humaine liée à la consommation viande haché est présentée qui est basée sur les résultats des objectifs précédemment mentionnés dans cette thèse. Différentes distributions ont été posées en hypothèse pour des paramètres du modèle et une simulation de Monte Carlo a été employée pour modeler le processus et pour mesurer le risque lié à la consommation de la portion de 100 g de bœuf haché. Le pourcentage attendu de portions de bœuf haché avec la contamination plus grande que 5, 10 et 100 cellules de Salmonella était 29 %, 17,1 % et 0,02 %, respectivement au moment de la consommation. Le risque de salmonellose par portion de 100g varie de 0 à 2,33 x 10-6 en fonction au type de cuisson et de la teneur en matière grasse. Pour 10 millions de portions de 100 g, le nombre attendu de cas de salmonellose prévu par le modèle est en moyenne 11, 12 pour les teneurs en matière grasse 7 % et 24. Le risque de salmonellose par portion de 100g varie de 0 à 2,33 x 10-6 en fonction au type de cuisson et de la teneur en matière grasse. Le risque de salmonellose est proche de zéro quand le bœuf haché est consommé bien cuit. Le risque relatif de salmonellose avec le bœuf haché saignant est 312 ou 61 fois plus élevé pour les teneurs 7 % et 24 % en matière grasse par comparaison avec la viande hachée bien cuit. Il y a 35 lots sur 2000 qui provoquent des cas (1,8 %). Quinze d'entre eux causent 2 cas ou plus (0,75 %, 15/2000).

Le persillage (gras intramusculaire) dans la viande de boeuf est l'un des critères les plus importants pour l'évaluation de la qualité, notamment sa jutosité, dans les systèmes de classification de la viande. Le processus chimique, méthode destructive, est l'unique moyen officiellement utilisé pour évaluer la proportion du persillage dans la viande. C'est une méthode destructive, complexe et qui n'offre aucune information sur la distribution du persillage dans la viande. Cette thèse porte sur le développement d'une méthode originale destinée à l'évaluation non-destructive de la proportion volumétrique du persillage dans la viande du boeuf. Cette nouvelle méthode, qui pourrait être intégrée dans un système de vision artificielle (machine vision), est une première expérience pour ce genre d'application. À notre meilleure connaissance, aucune méthode semblable n'a été élaborée. De ces travaux de doctorat quatre contributions sont identifiées: la technique proposée, deux méthodes de segmentation d'images et une méthode non-destructive pour estimer la proportion volumétrique du persillage. La technique proposée permet d'avoir deux types d'images : une visible qui illustre la surface de la viande et une proche infrarouge qui est la projection orthogonale de l'échantillon de la viande (3D) en une image d'ombre (2D). Compte tenu de la complexité d'analyse des images, nous avons développé une méthode efficace de segmentation permettant d'identifier les régions homogènes les plus (ou les moins) claires dans une image à niveaux de gris. Cette méthode, qui est relativement générale, est basée sur un modèle mathématique permettant d'évaluer l'homogénéité des régions, qui lui-même a été introduit dans cette thèse. La généralisation de cette méthode pour la segmentation du persillage a démontré des résultats satisfaisants face aux objectifs attendus. Étant donné, que la forme volumétrique du persillage est aléatoire et que celle-ci dépend de la façon dont le persillage est déposé entre les fibres musculaires, ce qui est imprévisible, nous avons combiné les résultats de la segmentation de deux types d'images pour estimer le volume du persillage. L'intégration de l'ensemble des approches précédentes nous a permis de développer une nouvelle méthode non-destructive pour estimer la proportion volumétrique du persillage. Les résultats obtenus par la méthode proposée (non-destructive) ont été comparés aux résultats obtenus par une méthode chimique (destructive) comme étant la vérité-terrain (gold standard). Les résultats expérimentaux confirment les propriétés attendues de la méthode proposée et ils illustrent la qualité des résultats obtenus.