Spelling suggestions: "subject:"biocatalyse"" "subject:"photokatalyse""
1 |
Biocatalytic conversions by white-rot fungi: exploring the reductive enzyme systemHage, Annemarie, January 2001 (has links)
Proefschrift Universiteit van Amsterdam. / Research carried out as part of the Innovation oriented research programme on catalysis (IOP Katalyse, no. IKA 94046) Met lit. opg. - Met samenvatting in het Nederlands.
|
2 |
Activation and sensing of hydrogen in natureBleijlevens, Boris. January 2002 (has links)
Proefschrift Universiteit van Amsterdam. / Met lit. opg. - Met samenvatting in het Nederlands.
|
3 |
Biokatalytische enantioselektive SulfoxidationHeckel, Frank. Unknown Date (has links) (PDF)
Universiẗat, Diss., 2005--Würzburg. / Erscheinungsjahr an der Haupttitelstelle: 2004.
|
4 |
Biokatalytische enantioselektive Sulfoxidation / Biocatalytic enantioselective sulfoxidationHeckel, Frank January 2004 (has links) (PDF)
Das Ziel dieser Arbeit war die Anwendung intakter Mikroorganismen auf organische Sulfide zur asymmetrischen Synthese von optisch aktiven Sulfoxiden. Die im Vergleich zu den aufwendigen und teueren Reaktionen mit isolierten Enzymen besonders effizienten Rahmenbedingungen bei sogenannten `whole-cell´-Umsetzungen stellten den Grund für die Bemühungen in dem stetig an Bedeutung gewinnenden Arbeitsfeld der Bioorganischen Chemie dar. Die wesentlichen Ergebnisse dieser Studien sind im Folgenden zusammengefasst: 1. Die Mikroorganismen wurden isoliert, singularisiert und kultiviert. Eine Bodenprobe diente als Quelle für eine Vielzahl an Bakterien, Hefen und Pilzen, die mit dem Standardsubstrat Thioanisol auf ihre Fähigkeit zur enantioselektiven Sulfoxidation überprüft wurden. 2. Insgesamt sind sechs Keime nach standardisierten Methoden genotypisch charakterisiert und den entsprechenden Spezies zugeordnet worden. Die beiden Bakterienstämme mit den bei der Sulfoxidation höchsten Enantiomeren-überschüssen (ee-Werten), nämlich Arthrobacter aurescens (bildete das S-Enantiomer) und Pseudomonas frederiksbergensis (lieferte das R-Enantiomer), wurden für nachfolgende Biosynthesen verwendet. Pseudomonas frederiksbergensis war der einzige Stamm, der das R-Enantiomer im Überschuss produzierte. 3. Durch direkte Vergleiche der Biosyntheseleistung der isolierten Bakterien mit kommerziell erhältlichen Referenzstämmen wurde im Fall von Pseudomonas frederiksbergensis gezeigt, dass sich Bodenisolat und zugeordneter Referenz-stamm gegensätzlich enantioselektiv verhalten. Weitere Charakterisierungs-sonden (Farb- und Assimilationsreaktionen, Oberflächenfettsäureverteilung, „Siderophore-Typing“ und direkter rRNA Vergleich) sicherten die Zugehörigkeit beider Bakterienstämme als Pseudomonas frederiksbergensis-Spezies; keinerlei Unterschiede wurden zwischen den beiden Stämmen festgestellt. Zum ersten Mal werden somit zwei natürliche, nicht genetisch manipulierte Stämme von Pseudomonas frederiksbergensis beschrieben, deren Enzymaktivität eine entgegengesetzte Enantioselektivität in der mikrobiellen `whole-cell´ asym-metrischen Sulfoxidation aufweist. 4. In einem umfangreichen Substratscreening sind strukturvariierte organische Sulfide als Substrate zur bakteriellen Sulfoxidation eingesetzt worden. Anhand der ee-Werte wurde der Einfluss der Sulfidstruktur auf den Reaktionsverlauf bestimmt. Generell erwiesen sich Arylalkylsulfide als optimale Substrate für die bakterielle Sulfoxidation mit den isolierten und kommerziell erworbenen Stämmen von Arthrobacter aurescens und Pseuodomonas frederiksbergensis; aliphatische Sulfide wurden zur biokatalytischen Umsetzung nicht akzeptiert. 4a. Elektronenreiche para-Substituenten am Arylsystem ergaben teilweise enantio-merenreine Sulfoxide. 4b. Eine zunehmende Anzahl an Stickstoffatomen im Arylring (N-heterozyklische Grundstruktur) führte zu einer dramatischen Verringerung des ee-Wertes. 4c. Schwefelhaltige Furfuryle und Thiophene wurden nicht als Substrate für die enantioselektive Sulfoxidation akzeptiert. 4d. Der Einsatz schwefelhaltiger Pestizide in der Biokatalyse verlief erfolglos, allerdings wurden die Organophosphorpestizide Fenamiphos® und Fenthion® mit dem aus Sulfoxidationsreaktionen lange bekannten Enzym Chlorperoxidase (CPO) enantiomerenangereichert umgesetzt. 4e. Die biotechnologisch wichtige Anwendung der asymmetrischen Sulfoxidation in der Arzneistoffsynthese -hier versucht mit den Wirkstoffen Omeprazol® und Modafinil®- schlug fehl. 5. Der Einsatz eines Bioreaktors (Fermenter) schuf die Grundlage für künftige asymmetrrische Sulfoxidationen in präparativem Maßstab. Eine Zellzahlstudie mit Pseudomonas frederiksbergensis wurde durchgeführt; ferner erfolgten Bestimmungen der optimalen Fermentationsparameter am Beispiel einfach strukturierter, organischer Sulfide inklusive Blindwerts- und Hemmversuchen. Die toxischen Einflüsse auf die bakteriellen `whole-cell´-Systeme, die vom eingesetzten Sulfid sowohl als auch vom produzierten Sulfoxid verursacht werden, bedürfen besonderer Beachtung bei einer weiteren Bearbeitung dieses Themas. Das vorgestellte, neue Phänomen der asymmetrischen Sulfoxidation mit entgegenge-setzter Enantioselektivität durch zwei geno- und phänotypisch identische Spezies von Pseudomonas frederiksbergensis rechtfertigt eine weitere, intensive Suche nach derartigen, natürlichen Mikroorganismen. / The goal of this study was to employ intact microorganisms for the asymmetric synthesis of optically active sulfoxides from organic sulfides. Especially the efficient and convenient conditions of the so-called `whole-cell´ transformations, compared to the elaborate and costly reactions with isolated enzymes, provided the incentives and impetus for the present efforts in the steadily growing and future-oriented field of bioorganic chemistry. The highlights of these studies are enumerated briefly below: 1. The microorganisms were isolated, singularized and cultivated. A soil sample served as source for the manifold bacteria, yeasts and fungi, which were tested for their efficacy of enantioselectively sulfoxidizing phenyl methyl sulfide as the standard model substrate. 2. A total of six microorganisms were genotypically characterized by standard methods and assigned to the corresponding species. The two bacterial strains with the highest enantiomeric excess (ee value) in the sulfoxidation, namely Arthrobacter aurescens (which forms the S enantiomer) and Pseudomonas frederiksbergensis (which forms the R enantiomer), were used for the prospective biosynthetic experiments. Pseudomonas frederiksbergensis was the only strain which produced preferentially the R enantiomer. 3. Direct comparison of the biosynthetic performance of the isolated bacteria with commercially available reference strains revealed that Pseudomonas frederiksbergensis (the isolated soil strain) displayed an opposing sense in the enantioselectivity than the reference strain. Further characterization tests (color and assimilation reactions, surface fatty acid spectra, siderophore typing and direct rRNA comparison) secured that both bacterial strains belong to the Pseudomonas frederiksbergensis species, since no differences whatsoever were found between both strains. Thus, for the first time two natural, genetically not manipulated strains of Pseudomonas frederiksbergensis are reported, which possess an opposing sense in the enantioselectivity for the microbial `whole-cell´ asymmetric sulfoxidation. 4. In an extensive substrate screening, a variety of organic sulfide structures was submitted to the bacterial asymmetric sulfoxidation. On the basis of the ee values, the influence of the sulfide structure on the course of the reaction was assessed. Generally speaking, the aryl alkyl sulfides proved to be optimal substrates for the bacterial sulfoxidation by the isolated and commercially available strains of Arthrobacter aurescens and Pseudomonas frederiksber-gensis; aliphatic sulfides were not accepted in biocatalytic enantioselective conversions. Specifically, the following trends obtain: 4a. Electron-rich para substituents on the aryl system afforded enantiomerically pure sulfoxides. 4b. An increasing number of nitrogen atoms in the aryl ring (N-heterocyclic structure) led to a dramatic decrease of the ee values. 4c. Sulfur-containing furfurals and thiophenes were not accepted in the present enantioselective sulfoxidation. 4d. The use of sulfur-containing pesticides as substrates in the biocatalysis failed, but the phosphor-containing organic pesticides Fenamiphos® and Fenthion® were converted to the respective enantiomerically enriched sulfoxides by chloroperoxidase (CPO), an enzyme known to catalyze asymmetric sulfoxidation. 4e. The application of the biotechnologically important asymmetric sulfoxidation in drug synthesis -in particular the pharmaceutical agents Omeprazol® and Modafinil®- failed. 5. The use of a fermenter established the basis for future asymmetric sulfoxidations on a preparative scale. A cell-count study with Pseudomonas frederiksbergensis was conducted and the fermentation parameters were optimized with simple organic sulfides by employing blanks and inhibition tests. The toxicity of the sulfide substrate and the sulfoxide product on the bacterial `whole-cell´ systems demands particular attention in future work. The new phenomenon of asymmetric sulfoxidation by the two genotypically and phenotypically identical species of Pseudomonas frederiksbergensis displays an opposing sense in the enantioselectivity, which encourages to search intensively for other such natural microorganisms.
|
5 |
Alginat - protein interaksjoner / Alginate - Protein InteractionsKristoffersen, Lill June January 2011 (has links)
Lite er kjent i forhold til proteiners interaksjon med alginat, noe som er viktig å ha kjennskap til ved bruk av biopolymeren som immobiliseringsmateriale for celler og proteiner. Denne oppgaven er derfor en studie av alginat protein interaksjoner. En interaksjon med albumin, fibrinogen og insulin ble undersøkt, da proteinene har relevans i forhold til release systemer av proteiner, og en immunrespons mot alginatkuler ved celletransplantasjon. Lysozym ble brukt som positiv kontroll, ettersom proteinet er kjent å interagere med alginat.Ettersom alginat er negative ladet er det naturlig å tro at elektrostatiske krefter har betydning for polymerens vekselvirkning med andre molekyler. For å undersøke elektrostatiske krefters innflytelse på alginat protein interaksjoner, ble proteinenes elektrostatiske overflatepotensial modellert ved hjelp av Adopter Poisson-Boltzmann Solver (APBS). Isoterm titreringskalorimetri (ITC) ble videre brukt for å måle vekselvirkningsvarmen ved interaksjon mellom proteiner og alginat i løsning. Proteinbinding til alginatkuler ble kvantifisert ved konsentrasjonsmålinger på nanodrop og mikroplateleser, og visualisert i mikroskop. Det ble tatt utgangspunkt i fysiologiske betingelser (pH = 7 og ionestyrke = 160mM), slik at forholdene samsvarte med det alginatkuler opplever ved transplantasjon.Ved ITC interagerte proteinene med alginat etter synkende styrke: lysozym (positivt ladet) >> albumin (negativt ladet) > fibrinogen (negativt ladet). Albumin og fibrinogen viste å interagere svakt med alginat, til tross for deres negative ladning. Dette kan forklares ved at proteinene har en stor overflate, med enkelte positive regioner selv ved pH > pI. Den høye ionestyrken brukt i studiet bidrar til å redusere de tiltrekkende kreftene mellom molekylene. Ingen målbar interaksjon ble observert mellom alginat og insulin (negativt ladet), noe som kan forklares ved at proteinet har en liten overflate med få positive regioner. Proteinbinding til alginatkuler viste samme trend som ITC, noe som indikerer at alginatets elektrostatiske egenskaper i gel og løsning er den samme. Binding av lysozym ga kulekollaps ved høye proteinkonsentrasjoner på grunn av kondensering til gelnettverket i alginat. Den svake bindingen av albumin og fibrinogen påvirket ikke kulenes stabilitet.Studiet indikerer at elektrostatiske tiltrekkende krefter har betydning ved alginat protein interaksjoner, og at proteinenes overflateladning har betydning for deres interaksjon med alginat. APBS viste å gi et bra bilde på proteinenes mulige interaksjon med alginat, ettersom det var bra korrelasjon mellom antatt og observert interaksjon. Dette kan forklares ved at APBS implementerer eksperimentelle forhold (pH, ionestyrke etc.) som har betydning for proteinenes elektrostatiske overflatepotensial. De eksperimentelle metodene brukt i studiet ga i flere tilfeller bare et kvalitativt mål på proteinenes interaksjon med alginat. Dette skyldes mest sannsynlig den svake (nanodrop og plateleser) og uspesifikke (ITC) interaksjonen som ble observerte.I videre arbeid vil det være interessant å se nærmere på adsorpsjon og absorpsjon av proteiner til alginatkuler eksponert for helblod, et modellsystem som samsvarer mer med det alginatkuler opplever ved transplantasjon. Hvordan proteinsammensetningen på kuleoverflaten endres over tid er også av interesse, ettersom proteinbinding ikke er en statisk prosess.
|
6 |
Effect of Gastrointestinal Microbiota on Growth in Mangrove Killifish (Kryptolebias marmoratus) and Atlantic Cod (Gadus morhua)Sjulstad, Eli Bjørnø January 2011 (has links)
All animals live in symbiosis with complex microbial communities. The gastrointestinal system in vertebrates is a natural environment for microbes, and this leads to a complex and numerous microbiota. The gastrointestinal (GI) microbiota has several functions of importance to the host, and the development of molecular biological methods for investigation of microbial communities has lead to a new understanding of this environment. The hypothesis of this thesis was that growth rate in larval fish is partly explained by the composition of the GI microbiota. This was tested by comparing the GI microbiota of slow and fast growing Atlantic cod (Gadus morhua) and mangrove killifish (Kryptolebias marmoratus) of the same age. The GI microbiota was characterized by PCR/DGGE (denaturing gradient gel electrophoresis) and sequencing of bands from the DGGE gels. There was a significant difference between the GI microbiota in fast and slow growing individuals from cod and the mangrove killifish strain DAN. The mangrove killifish strain PAN-RS also showed differences, but these findings were only marginally significant. This can partially be explained by the low number of samples analyzed. The GI microbiota of the PAN-RS juveniles had similarities with the microbial composition of both the feed and water, and showed that the GI microbiota is affected by both. In an experimental test it was attempted to examine if exposure to the culturable microbiota from either slow or fast growing individuals could reproduce size differences. However, the cultured bacteria from fast and slow growing mangrove killifish PAN-RS larvae were not significantly different in composition. Thus it was not expected to find any size difference between the fish larvae supplied with the different cultured bacteria. This was confirmed analytically, but the fish larvae supplied with the bacteria had a larger variation in size than the control group.The results in this thesis indicate a difference in the composition of the GI microbiota between fast and slow growing fish in the early stages of development. Further studies are required to verify if this is a causal relationship where differences in the GI microbiota of individuals results in differences in somatic growth.
|
7 |
Biodrivstoff fra tare - Fermentering av alginat til etanol / Biofuel from Kelp - Fermentation of Alginate to EthanolEvensen, Ida Maria January 2011 (has links)
Bioenergi er et viktig alternativ for erstatning av petroleumsbasert drivstoff, men det er fremdeles et stort behov for forskning og utvikling av prosesser som kan bedre dagens teknologi. Bioenergi inkluderer blant annet biogass, biodiesel og bioetanol. Disse kan brukes som drivstoff og kan bidra til å redusere utslippene av drivhusgass fra transportsektoren. Utnyttelse av marin biomasse for bioenergiproduksjon er av særlig interesse, da det ikke avhenger av landareal og ferskvann for dyrking. Brunalger er marine alger med høyt innhold av karbohydrater og høy produktivitet. De akkumulerer karbohydratene mannitol og laminaran som opplagsnæring, og alginat er en svært viktig strukturkomponent i algene. Forskning viser at laminaran og mannitol kan fermenteres til etanol, men lite er gjort for å se på muligheter for også å omdanne alginatet til bioetanol og på den måten øke utbyttet av prosessen. Bioenergi fra marine alger er med dagens teknologi ikke konkurransedyktig på grunn av høye kostnader og lavt utbytte.Målet med oppgaven var å finne og karakterisere alginatdegraderende bakteriestammer med fermentativ metabolisme, og helst etanolproduksjon. Dette ble gjort ved å velge ut bakteriestammer med stort potensial for vekst på alginat fra isolerte og innkjøpte stammer. Det ble videre utført en rekke vekstforsøk med de utvalgte stammene på alginat, mannitol og glukose, med ulik begrensning av oksygentilførsel. Fermenteringsprodukter og substratkonsentrasjon ble bestemt ved hjelp av høypresisjonsvæskekromatografi (HPLC) og enzymatisk alginatanalyse. Det var også et ønske om å identifisere enzymer og eventuelt gener for alginatdegradering og fermenteringsspor. Alginatdegradering og ekstracellulære enzymer ble karakterisert ved hjelp av høypresisjon anionbytter-kromatografi med pulsamperiometrisk deteksjon (HPAEC-PAD). Intracellulære enzymer antatt involvert i alginatomsetting ble forsøkt påvist med DNA ekstraksjon og amplifisering med polymerasekjedereaksjon (PCR).De innledende forsøkene viste at mange av de isolerte stammene kunne utnytte alginat som vekstmedium. Både kråkebolletarm og råtnende tare viste seg å være gode kilder for alginatdegraderende bakteriestammer. Alle bestilte bakteriestammene kunne utnytte alginat. Av de utvalgte stammene som ble analysert videre hadde kun en stamme etanolproduksjon. Denne produserte etanol fra glukose og mannitol, men ikke fra alginat. Fra mannitol økte etanolutbytte når oksygentilførselen ble begrenset, og høyest oppnådde utbytte uten optimalisering var 0,23 g/g. Årsaken til at stammen ikke produserte etanol fra alginat var mest sannsynlig at redoksreaksjonen fra alginat til etanol ikke er balansert. Ekstracellulære alginat lyaser i de utvalgte stammene ble identifisert, og HPAEC-PAD analysen viste en nedbryting til hovedsakelig di- og tirmerer med den umettede uronsyren 4-deoxy-5-ketouronsyre som endegruppe. Videre intracellulært nedbrytingsspor lyktes ikke å identifisere, men nedbryting av umettede uronsyrer og dårlig vekst på andre uronsyrer styrket hypotesen om en direkte omdanning til 2-keto-3-deoxy-D-glukoat.Resultatene viste at en av hovedutfordringene med produksjon av bioetanol fra tare og alginat er å balansere nedbrytingssporet fra alginat til etanol. Mer detaljerte fermentorforsøk med alginatdegraderende og etanolfermenterende stammer kan gi svar på om det er praktisk og økonomisk mulig med en produksjon av bioetanol fra tare der alginat inkluderes. Det vurderes nå muligheter for utvikling av et bioraffineri, hvor etanolproduksjon fra karbohydratene mannitol og laminaran kan kombineres med at resten av materialet utnyttes, eksempelvis til biogass. Dette kan vise seg å være en bedre mulighet enn fermentering av alginat til etanol.
|
8 |
Enzyminhibering av guluronatoligomere i farmasøytiske applikasjoner / Enzyme inhibition by guluronic acid oligomers in pharmaceutical applicationsRøyrvik, Brita January 2011 (has links)
Alginat har en lang tradisjon som en allsidig marin ressurs. Det har i en årrekke blitt forsket på mulige anvendelser av alginat. Alginatets gelingsevne er den egenskapen som for det meste er blitt utnyttet. I de senere årene er det blitt forsket på oligomere av G-sekvenser i alginat, G-blokker, som har vist seg å ha en interessant effekt på nettopp gelnettverk. Dette har ført til uttesting av G-blokker til bruk i behandling av pasienter med cystisk fibrose. Alginat har vist seg å ha en effekt på enzymaktivitet til fysiologisk viktige enzymer som pepsin og lipase. Det er derfor av interesse å undersøke om G-blokker kan gi en lignende effekt på enzymer. Dette spesielt siden G-blokk er under klinisk testing, som naturligvis vil føre til at G-blokker vil komme i kontakt med mange av enzymene i kroppen.I denne oppgaven ble G-blokker med en gjennomsnittlig polymeriseringsgrad, DPn, ~10 og ~20 opparbeidet. G-blokkenes effekt ble undersøkt ved å sette de til enzymatiske nedbrytninger. Undersøkelsene ble utført ved å måle endring i viskositet over tid for nedbrytningen av kitosan med lysozym. G-blokk DPn ~10 ble tilsatt til nedbrytningen, og det ble observert en reduksjon i hastigheten til nedbrytningen, noe som tyder på at G-blokken inhiberer enzymets aktivitet. Det ble også utført viskositetsmålinger for nedbrytningen av høymolekylært poly-M med M-lyase ved tilsats av G-blokk DPn ~10 og ~20. Her ble det observert en nedgang i nedbrytingshastigheten, og det var en sterkere effekt ved tilsats av DPn ~10 enn ved ~20. For å undersøke effekten tilsats av G-blokk hadde på nedbrytningen av høymolekylært G-rik alginat med GG-lyase ble endringen i absorbans ved 230 nm målt over tid. En økning i absorbans ved denne bølgelengden tyder på en nedbrytning av alginat med alginat lyase. Her ble det observert en kompleks påvirkning på nedbrytningen ved tilsats av G-blokk. Ved DPn ~10 ble det observert en inhibering, mens det ved tilsats av DPn ~20 var en mer kompleks effekt, der lave konsentrasjoner førte til en inhibering mens høyere konsentrasjoner førte til en økning i nedbrytningshastighet.
|
9 |
Characterization of Airborne Microorganisms at Nationaltheatret Subway StationValen, Anja January 2011 (has links)
Bioaerosols containing pathogenic microorganisms can have health implications when respired. Of special concern are potential bioterrorism attacks conducted by deliberate aerosolization of hazardous toxins or pathogenic microorganisms. Investigation aiming at understanding the normal state of the bioaerosol environment is essential to facilitate detection of biological threat agents and deviations from the normal background. This MSc thesis presents a pilot study for investigation of the bioaerosol environment at a subway station in Norway. The aim of this study was to characterize airborne bacteria and Influenza virus at Nationaltheatret subway station in Oslo. A series of studies were conducted to examine the every-day concentrations and diversity of endospores and vegetative bacteria cells. Results showed that 20 times more cultivable bacteria were found during daytime compared to nighttime. An average of 400 CFUs/m3 was found in daytime samples, of which 3 % were cultivable endospore-forming bacteria. From the cultured bacteria, 92 different bacterial species were observed by tentative 16SrRNA gene identification, and 37 different bacterial genera were identified. The diversity was found to be similar during daytime and nighttime, except for decreased representation of the family taxa Bacillaceae during nighttime (6 % compared to 32 % during daytime). 402 cultured bacteria were further characterized based on observed colony morphology, hemolysis activity and antibiotic resistance. Characteristic traits of the ten most represented family taxa were found based on colony morphology. In order to include non-cultivable bacteria for characterization, performance of culture-independent analysis of total bacteria was needed. In order to facilitate such analysis, a bead mill homogenization method for efficient DNA extraction from samples containing both endospores and vegetative bacteria cells was optimized. The concentrations of total bacterial DNA in 15 different air samples were compared, and the observed pattern for daytime and nighttime concentrations resembled the concentrations found for the cultivable bacteria.Furthermore, a specific PCR assay was developed for detection and quantification of airborne Influenza A virus, and successfully verified by detection of commercial Influenza A virus particles. However, no viral RNA was found in the air samples from Nationaltheatret subway station. Inhibition of the PCR reaction was observed, and hence further investigation regarding inhibition is needed in order to rule out false negative results.
|
10 |
Karakterisering av gener som påvirker biosyntesen av alginat i Pseudomonas fluorescens / Characterization of genes that influence the biosynthesis of alginate in Pseudomonas fluorescensSelsaas, Eirik January 2011 (has links)
Pseudomonas fluorescens har evne til å produsere store store mengder alginat. Tidligere er det laget en stamme, P. fluorescens SBW25 MS1 ΔalgC::TnKb61, hvor algD-operonet og algC er satt under kontroll av Pm-promotor. Dette gjør at den produserer alginat ved tilsats av m-toluensyre. Denne stammmen har blitt mutert med transposon og effekten på alginatproduksjonen har blitt undersøkt. Ved transposonmutagenese ble det funnet 180 mutanter med endret alginatproduksjon, og insersjonspunktet for transposonet ble identifisert.I to av disse mutantene var henholdsvis genene clpA og PFLU3927 inaktivert. clpA er en Clp-protease, mens PFLU3927 er en protease som tilhører lon-proteasefamilien. I denne oppgaven skulle disse genenes rolle i biosyntesen av alginat verifiseres. For å gjøre dette ble mutantene komplementert ved å sette inn villtypevarianten av genet inn i mutanten. Innføringen av genet ble gjort ved bruk av transposon. Siden algD-operonet var satt under kontroll av Pm-promotoren i stammen som ble benyttet, skal denne stammen være uavhengig av sigmafaktoren AlgU, som normalt er nødvendig for ekspresjon av algD-operonet. For å teste om stammen virkelig var uavhengig av AlgU, ble det laget en mutant hvor AlgU ble inaktivert. Dette ble gjort ved å fjerne en del i algU ved bruk av PCR. Videre ble villtypegenet erstattet med delesjonsgenet i P. fluorescens. Dette ble gjort ved bruk av homolog rekombinering.For å se hvilken effekt genene hadde på alginatproduksjonen, ble det målt alginatproduksjon i transposonmutantene og i de komplementerte stammene som ble laget i dette arbeidet. Alginatmålingene gikk ikke som ventet, da det ikke kunne registreres alginat i de positive kontrollene. Det var kun to stammer hvor det ble registrert alginatproduksjon, 30O1 clpA og 30O1 clpA::TnES4. Dette forsøket ble utført gjentatte ganger, men med samme resultat. Det er foreslått at forskjellen i alginatproduksjon mellom mediene PIM og DEF3 i tidligere forsøk på clpA kan komme av forskjeller i fosfatmengde og/eller peptonmengde i mediene. Det er også foreslått at PFLU3927 kan være et varmesjokkprotein og at proteinaktiviteten kan økes av ulike former for stress, og videre at dette kan føre til at alginatproduksjonen endres som følge av det.
|
Page generated in 0.0583 seconds