Le développement croissant de l’urbanisme et des activités anthropiques fait peser une pression de plus en plus importante sur les zones côtières, touchant particulièrement les régions méditerranéennes. Les processus liés au changement climatique et aux activités humaines impactent en profondeur les écosystèmes marins et tout particulièrement les systèmes planctoniques qui présentent une sensibilité accrue aux perturbations du milieu. Toutefois, les effets de ces processus agissant de concert à long terme sur la structure et le fonctionnement des écosystèmes côtiers sont encore mal compris. Ainsi, les séries temporelles planctoniques représentent des outils précieux pour la compréhension des processus impactant le milieu marin. Les séries temporelles du laboratoire EBMA-PROTEE de Toulon font partie des séries les plus anciennes de Méditerranée et présentent l’intérêt de combiner l’impact des processus naturels et anthropiques sur les communautés phyto- et zooplanctoniques. C’est dans ce contexte que ce travail a pour objectif de préciser le rôle de ces facteurs sur la dynamique et la composition phyto- et zooplanctonique en Méditerranée nord-occidentale (Toulon, France). Une première partie a ainsi consisté à évaluer le rôle des mélanges verticaux se produisant au sein du bassin Ligure, comme moteur de la dynamique printanière du plancton au sein de la Rade de Toulon. Cette étude a permis d’identifier des variations significatives du régime des précipitations associées à des modifications de la salinité au sein du site de la Grande Rade de Toulon (« LaB ») sur la période 2005-2013. Variations retrouvées également sur 2 autres sites côtiers du bassin Ligure (« SOFCOM » and « Point B »). Conformément à l’hypothèse énoncée, les années conditionnées par un automne et un hiver secs ont présenté en moyenne une production phytoplanctonique printanière supérieure au sein des 3 sites, comparées aux années les plus humides. Toutefois, la présence de différences entre les sites a souligné l’impact important de mécanismes locaux sur le conditionnement de la dynamique phytoplanctonique. L’impact des changements de régime des précipitations sur la composition micro-phytoplanctonique et méso-zooplanctonique a été étudié au cours d’une seconde partie. Les résultats ont suggéré un changement profond des communautés phytoplanctoniques lié à l’augmentation des précipitations, impactant également la structure des communautés zooplanctoniques. Ainsi, ces résultats semblent indiquer que les précipitations interviennent au sein de deux processus, impactant différemment les communautés planctoniques : d’une part, une absence de précipitations participerait à la mise en place de mélanges hivernaux et à la fertilisation des eaux de surfaces au sein de bassin Ligure profitant à la rade de Toulon; d’autre part, les changements dans la composition phytoplanctonique ont évoqué la mise en place d’un processus d’eutrophisation durant les périodes pluvieuses, alimenté par les apports des rivières locales. En parallèle de cet aspect temporel, le suivi de la Petite et Grande Rade de Toulon caractérisés par un degré différent de la pression anthropique a permis, au cours d’une troisième partie, de tester le potentiel des compartiments phyto- et zooplanctoniques en tant qu’indicateur de l’augmentation de la pression anthropique. Cette étude a identifié une sensibilité accrue de la composition du zooplancton par rapport au phytoplancton. Enfin, des indicateurs de pression anthropique des zones côtières, basés sur les familles de copépodes, ont été proposés. / The growing development of urbanism and anthropogenic activities is source of increasing environmental pressure on marine coastal area and especially the Mediterranean Sea. Both human activities and climate change deeply impact marine ecosystems and particularly planktonic systems, which were sensitive to environmental change. However, the combined effect of these two processes on coastal systems functioning and structure over time remains poorly understood. Therefore, planktonic time series provide powerful tools for investigating the impacts of these perturbations. The PROTEE-EBMA laboratory planktonic time series from Toulon (France) are among the oldest from the Mediterranean Sea and provide records of effects for both natural and anthropogenic pressures on planktonic communities. In the context of global change, the present work aim to determine the role of these factors on dynamic and composition of phyto- and zooplankton in NW Mediterranean (Toulon, France). The first part focused on the role of vertical mixing in the Ligurian Sea as inter annual variation driver of the spring plankton bloom in Toulon Bay. The results revealed significant shifts in precipitation regime associated with salinity change into the Large Bay (Toulon) over the period 2005-2013. Same changes were observed into 2 Ligurian basin sites (”SOFCOM” and “Point B”). According to previous hypothesis, spring blooms of phytoplankton conditioned by dry autumns and winters were on average more intense than those from wet conditions. However, differences among sites highlighted importance of local drivers affecting phytoplanktonic dynamics. The second part aimed to investigate impact of precipitation and salinity changes on plankton composition. Results showed a dramatic change in phytoplankton community composition triggering by increasing precipitations and consequently lower salinity and subsequently leading to zooplankton community shifts. In addition, these results suggested that precipitation involved in two specific processes, affecting in a different manner the plankton communities: firstly, low precipitation could contribute on the triggering of winter mixing and thus in surface water fertilization of the Ligurian Basin impacting the Toulon Bays. On the other hand, phytoplankton community shifts also suggested a developing eutrophication processes in Toulon Bay during important precipitation periods driven by increasing local river inputs. In the third part, impact of anthropogenic pressure on both phyto- and zooplankton communities was investigated based on monitoring of two neighboring coastal systems characterized by distinct levels of human activities. Zooplankton communities showed higher sensibility to anthropogenic activities than phytoplankton communities. Finally, indicators of anthropogenic pressure based on copepod families were proposed.

Ne couvrant que 8% de l’océan mondial mais offrant 85% des ressources marines exploitées, les systèmes côtiers sont d’importantes plaques tournantes d’échanges de matières et d’énergie, jouant un rôle capital dans les cycles biogéochimiques. De plus, ces milieux sont marqués par une forte hétérogénéité spatio-temporelle des facteurs environnementaux, contribuant ainsi à leur complexité. Au cours des dernières décennies, les changements globaux s'exerçant sur ces systèmes sont devenus si intenses, que la mise en place de réseaux d'observation à long-terme est devenue cruciale afin d'extraire les grandes tendances et de prédire les changements potentiels. La question de l'identification de la réponse spécifique de ces zones d'interfaces littorales reste cependant posée. En France, le suivi des paramètres physiques et chimiques des eaux côtières est assuré depuis 1997 par le programme SOMLIT (Service d’Observation en Milieu LIToral). L'objectif de cette thèse est de donc caractériser l'évolution physico-chimique, à l'échelle décennale, des systèmes côtiers français et d'estimer les parts respectives de la variabilité naturelle et de l'influence anthropique. Dans un premier temps, l'analyse de ces séries chronologiques montre que les systèmes côtiers français présentent une variabilité temporelle importante, liée en partie aux fluctuations hydro-climatiques à méso-échelle, mais également à des échelles plus régionales. Dans un deuxième temps, le développement d'une nouvelle procédure multivariée non paramétrique, aboutissant à la construction d'états de référence relatifs et à la détection rapide des changements, permet de quantifier le phénomène de fertilisation en nutriments. Il est montré que la fertilisation peut être fortement influencée par le forçage climatique. Dans un troisième temps, après soustraction de la part de variabilité climatique naturelle, des indicateurs de fertilisation anthropique sont proposés, permettant la quantification de l'impact des activités humaines sur les systèmes côtiers français. Ce travail propose une nouvelle approche qui permet de détecter dès que les données deviennent accessibles les perturbations potentielles dans tous types de systèmes, avec plus particulièrement pour objectif de répondre aux attentes, scientifiques et sociétales, d'une gestion adaptée des milieux côtiers. / Covering only 8% of the World Ocean but with 85% of exploited marine resources, coastal systems are important areas for the exchange of materials and energy, playing a crucial role in biogeochemical cycles. Moreover, these environments are marked by strong spatial and temporal heterogeneity of environmental factors, contributing to their complexity. In recent decades, global change exerted on these systems has become so intense that the implementation of long-term monitoring programmes has become essential to extract major trends and predict potential changes. However, the identification of the specific response of these coastal systems remains posed. In France, monitoring of physical and chemical parameters of coastal waters is provided since 1997 by the programme SOMLIT (Service d'Observation en Milieu LITtoral). The aim of this PhD Thesis is therefore to characterize year-to-year variability in physic-chemical properties of the surface layer, at a decadal scale, of the French coastal systems, and to evaluate the respective influence of natural and anthropogenic variability. Firstly, the analysis of these time series shows that the French coastal systems exhibit significant temporal variability, due to hydro-climatic fluctuations at meso and regional scales. Secondly, the development of a new nonparametric multivariate procedure, resulting in the constitution of relative reference states for the rapid detection of changes, allows quantifying the fertilization in nutrient concentrations. Moreover, it is shown that fertilization can be strongly influenced by climate forcing. Thirdly, after the removal of natural climate variability, indicators of human fertilisation are proposed, allowing the quantification of the impact of human activities on French coastal systems. This study proposes a new approach to detect as soon as data become available, potential alterations in all types of systems, with the aim of meeting the scientific and societal assumptions and allowing the adaptive management of coastal environments.

Un des enjeux majeurs en écologie est de comprendre les effets du changement climatique sur la biodiversité et le fonctionnement des écosystèmes. En milieu marin, la surexploitation des ressources par l'homme est un autre facteur de forçage sur les assemblages d'espèces. La thèse propose, par une approche multi-composantes de la biodiversité, de projeter les modifications attendues sur la structure des assemblages de poissons côtiers méditerranéens soumis au changement climatique mais aussi aux différentes pressions de pêche. L'originalité de ce travail est de considérer la dynamique de la structure en taille, de la diversité des espèces mais aussi des lignées (diversité phylogénétique), des traits fonctionnels (diversité fonctionnelle) et des interactions (diversité des liens trophiques) des assemblages de poissons à différentes échelles au sein du bassin méditerranéen, ces trois dernières composantes étant largement ignorées dans les projections face au changement climatique alors qu'elles sont essentielles pour le viabilité des écosystèmes et des services associés au delà du simple nombre d'espèces.Nous avons donc projeté les futures aires de répartition des poissons côtiers méditerranéens grâce à l’implémentation d’un nouveau modèle climatique (NEMOMED8) et de modèles de niche basés sur les enveloppes bioclimatiques. Les projections des aires de distribution des poissons côtiers méditerranéens mettent en évidence que pour la fin du siècle (i) 54 espèces devraient perdre leur niche climatique, (ii) la richesse en espèces pourrait diminuer sur 70,4% du plateau continental, en particulier en Méditerranée occidentale et en mer Égée, et (iii) la taille maximale moyenne des assemblages de poissons pourrait augmenter dans 74,8% des cellules du plateau continental. Les espèces de petite taille non ciblées par la pêche pourraient être les espèces les plus menacées par le changement climatique alors que les espèces de grande taille seraient les plus vulnérables face à l'effort de pêche. Nos projections, au niveau de l’ensemble de la Méditerranée, suggérent l'érosion importante de quelques lignées comme la famille des gobidae. Même si l'érosion de PD et de FD est en partie liée à la perte de richesse spécifique (moins d'espèces moins de lignées ou de fonctions), nous avons établi, notamment dans le bassin ouest, que les assemblages de poissons perdraient plus de diversité phylogénétique et fonctionnelle que prévu simplement suite à l’érosion de la richesse spécifique.Pour appréhender les effets du changement climatique sur la structure du réseau trophique nous avons mis en place une méthodologie basée sur la robustesse d'une relation entre la taille des proies et des prédateurs. Nous avons pu ainsi mettre en évidence les modifications potentielles des réseaux trophiques au sein des assemblages de poissons face au changement global pour l’ensemble du plateau continental méditerranéen. Nous avons constaté qu'une partie importante du plateau continental méditerranéen serait confrontée à une diminution du nombre de liens trophiques, de la vulnérabilité (nombre de prédateurs par proie) et de généralité (nombre de proies par prédateur) moyennes des espèces, tandis que la connectance et le niveau trophique dans les assemblages de poissons pourraient augmenter d'ici la fin du XXIème siècle.Au-delà des modifications de richesse spécifique, les assemblages de poissons méditerranéens côtiers pourraient être modifiés dans les fonctions qu’ils jouent au sein de l’écosystème, dans leur histoire évolutive ainsi que dans les interactions structurant les réseaux trophiques. La thèse est donc une ouverture vers la biogéographie du fonctionnement des écosystèmes à partir de modèles parcimonieux et hybrides permettant d'intégrer différentes composantes de la biodiversité, l'océanographie physique, et le niveau d'exploitation des ressources pour inférer le devenir des systèmes marins côtiers face aux pressions multiples qui s'y exercent déjà. / One of the main goals in ecology is to understand the effects of climate change on biodiversity and ecosystem functioning. In marine environments the overexploitation of resources by human activities is another forcing factor on species assemblages. This PhD thesis suggested, within a multicomponentsbiodiversity approach, to project expected changes in the structure of Mediterranean coastal fish assemblages under climate change but also under different fishing pressures. The originality of this work is to consider the dynamics of size structure, diversity of species, but also lineages (phylogenetic diversity), functional traits (functional diversity) and interactions (diversity of trophic links) in fish assemblages at different scales within the Mediterranean basin, the latter three components being largely ignored in climate change projections whereas they are essential for maintaining the viability of ecosystems and associated services beyond the simple number of species. We therefore projected future geographic ranges of Mediterranean coastal fish through theimplementation of a new climate model (NEMOMED8) and based on bioclimatic envelopes models. Projected range shifts of Mediterranean coastal fish show that for the end of the century (i) 54 species would lose their climatic niche, (ii) species richness may decline on 70.4% of the continental shelf, particularly in the Western Mediterranean basin and in the Aegean Sea, and (iii) the average maximum size of fish assemblages would increase on 74.8% of the continental shelf. The small species, not targeted by fishing activities, would be the species most threatened by climate change, while larger species are most vulnerable to fishing effort.Our projections at the whole Mediterranean scale show a decrease of 13.6% for the phylogenetic diversity (PD) of coastal fish and 12.6% for their functional diversity (FD) by the end of this century and suggest a significant erosion of some lineages like the gobidae family. While erosion of PD and FD is partly due to the loss of species richness (fewer species implies less lineage and functions) we obseved, especially in the western basin, that the fish assemblages would loss more phylogenetic and functional diversity than expected simply due to the erosion of species richness. These two components, were largely ignored in conservation of marine species assemblages and appear to be strongly impacted by global change.To understand the effects of climate change on food web structure we developed a new methodology based on the robust relationship between the size of preys and predators. We were able to highlight potential changes in food webs of fish assemblages under climate change for the Mediterranean continental shelf. We found that a significant portion of the Mediterranean continental shelf would face a reduction in the number of trophic links, vulnerability (number of predators per prey) and generality (number of preys per predator) of species on average, while connectance and trophic level within fish assemblages would increase by the end of the XXIth century.Beyond changes in species richness, the Mediterranean coastal fish assemblages may be modified, in the functions that they play in ecosystem, in the amount evolutionary history they support, as well as in their interactions structuring food webs. This PhD thesis paves the way towards the biogeography of ecosystem functioning using parsimonious and hybrid models to integrate different components of biodiversity, physical oceanography, and the level of exploitation of ressouces to infer the futur of marine systems cfunctioning facing multiple pressures that are already there.

L'étude de l'écologie des bactéries, du phytoplancton et du zooplancton est d'intérêt majeur puisque ces organismes constituent la base du réseau trophique. En milieux côtiers, ces communautés planctoniques sont soumises à des apports anthropiques susceptibles de modifier leur écologie. C'est dans cette problématique que se situe ce travail de thèse. Un suivi annuel (avec un pas d'échantillonnage bimensuel) ainsi que nycthéméral, des bactéries, du phytoplancton et du zooplancton a été effectué dans deux écosystèmes différemment influencés par les apports anthropiques, la Petite Rade et la Grande Rade de Toulon (France, Méditerranée occidentale). Durant le cycle annuel, les concentrations de cuivre, plomb et cadmium ont également été dosées dans l'eau, la matière particulaire en suspension, les bactéries, le phytoplancton et le zooplancton. Il en a résulté que l'écologie planctonique était principalement influencée par les facteurs météorologiques, les deux rades démontrant une écologie différente du fait de leur géomorphologie. La Petite Rade a notamment mis en évidence une densité planctonique supérieure et une diversité inférieure à celles de la Grande Rade. Concernant les métaux, l'étude in situ a permis de mettre en évidence des concentrations métalliques plus importantes dans la Petite Rade que dans la Grande Rade, quel que soit le compartiment étudié. Il a été également montré que certains facteurs tels que la densité, la composition taxonomique et le milieu dans lequel évoluent les communautés planctoniques, avaient une influence sur l'évolution des concentrations métalliques dans les communautés planctoniques. Les bactéries et le phytoplancton ont démontré des capacités d'accumulation des métaux, en particulier pour le cuivre et le plomb, très importantes. En revanche, le zooplancton semble constituer une rupture dans la bioaccumulation des métaux dans le réseau trophique. Enfin, le rôle prépondérant de la matière particulaire en suspension dans le piégeage des métaux a été confirmé, démontrant de ce fait la nécessité de travailler sur des échantillons planctoniques purs pour avoir une bonne estimation des concentrations métalliques dans les différents compartiments planctoniques

La première partie de ce travail porte sur le développement de nouvelles méthodes pour l'analyse de spéciation du mercure et des butylétains dans les matrices environnementales. La mise au point de ces nouvelles techniques analytiques de spéciation est basée sur la quantification par dilution isotopique. Les techniques développées sont axées principalement sur la détermination simultanée des composés de mercure et des butylétains ce qui comprend la préparation d'échantillon simultanée ainsi que l'analyse simultanée. Le développement porte sur les différentes matrices composant les environnements aquatiques : l'eau, les tissus biologiques et les sédiments.<br />Dans la deuxième partie de ce travail, les méthodes analytiques développées ont été appliquées à des études environnementales sur les cycles biogéochimiques du mercure et des butylétains dans les environnements aquatiques. Des méthodes expérimentales utilisant des espèces enrichies isotopiquement comme traceurs ont été développées et mises en œuvre. Elles permettent d'évaluer les taux de transformations du mercure (méthylation/déméthylation) dans les différents compartiments des environnements aquatiques que sont les sédiments et la colonne d'eau. Les facteurs environnementaux et notamment les paramètres biologiques sont aussi contrôlés afin de déterminer le lien entre les transformations du mercure et les activités des organismes vivants tels que les bactéries et le phytoplancton.

La population mondiale devenant de plus en plus hydrophile, les territoires littoraux se sont organisés pour répondre à cette nouvelle demande. Dans cette dynamique, les sports côtiers n'ont cessé de se massifier et de se diversifier pour toucher aujourd'hui une large frange de la population. La Réunion, île de l'océan Indien, a elle aussi participé à ce mouvement, mais alors que l'évolution de la maritimité entre tradition et modernité semble s'opérer dans de nombreux endroits du globe, la côte ouest de La Réunion pourtant pleine d'atouts, ne semble pas réussir à transformer sa ressource initiale en ressource territoriale. Notre travail se propose d'étudier d'un point de vue sociogéographique le lien entre un territoire, la côte Ouest de La Réunion, et son littoral afin d'analyser les freins à l'émergence d'une nouvelle maritimité au sein de cet espace. Nos résultats montrent que contrairement à l'image véhiculée, La Réunion et particulièrement sa côte Ouest est un lieu propice à la pratique des sports côtiers. En dépit de ce contexte géographique favorable, l'absence d'aménagements et d'événements capables de structurer ce développement, associée à la prégnance des représentations qui véhiculent l'image d'une population " tournant le dos à la mer ", apparaissent comme des facteurs limitants. Les différents acteurs concernés ont une part de responsabilité et notamment les acteurs politiques qui ne jouent pas vraiment leur rôle en ne portant pas un véritable projet territorial orienté sur les sports côtiers. Reste, que le changement de maritimité est à l'œuvre sur ce littoral. La Réunion construit son propre modèle. L'usage de l'espace côtier évolue, déborde de ses usages classiques, l'évènementiel se développe porté par l'essor du Stand Up Paddle et les contours de nouveaux aménagements se dessinent. Sur une planche ou dans le sable, la nouvelle génération se réapproprie le littoral en intégrant les influences extérieures.

La ville de Semarang est une des villes côtières indonésiennes vulnérables aux risques hydrologiques. Elle a été menacée par les inondations depuis plusieurs siècles. Cette menace a été aggravée par le phénomène de rob – expression locale qui désigne une inondation survenant lors d’une haute marée – en particulier dans la zone côtière, depuis la fin des années 1980, en liaison avec le processus d’industrialisation qui influe sur la croissance urbaine. Les acteurs urbains, de l’époque du gouvernement néerlandais à celle du gouvernement actuel, ont élaboré de nombreux projets pour améliorer les capacités du système urbain et réduire le risque hydrologique ; en témoigne le développement du réseau de canaux et du système du polder. Cependant, le risque hydrologique demeure une menace pour la ville. Les faiblesses du système urbain pour la réduction du risque hydrologique augmentent la vulnérabilité des communautés face aux risques hydrologiques. Ainsi les communautés côtières sont souvent menacées par le risque du rob dans la vie quotidienne. Cette situation les encourage à mettre en œuvre des efforts d'auto-assistance, individuelle et collective, basés sur leurs perceptions et leurs initiatives, afin de réduire l’impact des risques hydrologiques sur leurs territoires (habitats). Ces efforts sont effectués à la fois de manière routinière et temporaire. Les communautés utilisent des moyens modestes qui dépendent de leurs capacités économiques; ces façons déterminent un mode d'adaptation qui influence le processus de résilience urbaine. Cette recherche a pour objet de comprendre les formes de la résilience à l'échelle locale (communautés et quartiers) ; elle vise également à appréhender les interactions entre les échelles du contexte local et celles du contexte urbain global qui interviennent dans le processus de résilience. Cette dernière reflète les capacités du système urbain qui comporte à la fois les systèmes technique et institutionnel, et les capacités des communautés à s'adapter aux risques. La résilience urbaine est liée aux initiatives des acteurs pour réduire les impacts des inondations durant les évènements (avant, pendant et après), afin de minimiser la vulnérabilité urbaine, et aussi pour apprendre de leurs expériences acquises lors des inondations précédentes afin de développer la durabilité urbaine. L’approche est pluridisciplinaire, à l’interface entre le génie urbain, la recherche architecturale et urbaine, et la sociologie. La compréhension de la résilience urbaine face aux inondations permet une connaissance globale des interactions entre les actions des institutions urbaines et celles des communautés. Le résultat de cette recherche révèle que les communautés côtières de la ville de Semarang ont la capacité de développer des formes de résilience grâce à leurs efforts d'auto-assistance, en liaison ou non avec les autres acteurs impliqués dans le processus. Cependant, le système urbain et le système institutionnel apparaissent comme nécessaires pour développer la résilience à l'échelle urbaine, et aussi la prévention des conflits communautaires et des inégalités urbaines relatives aux actions d'auto-assistance et d'adaptation / La ville de Semarang est une des villes côtières indonésiennes vulnérables aux risques hydrologiques. Elle a été menacée par les inondations depuis plusieurs siècles. Cette menace a été aggravée par le phénomène de rob – expression locale qui désigne une inondation survenant lors d’une haute marée – en particulier dans la zone côtière, depuis la fin des années 1980, en liaison avec le processus d’industrialisation qui influe sur la croissance urbaine. Les acteurs urbains, de l’époque du gouvernement néerlandais à celle du gouvernement actuel, ont élaboré de nombreux projets pour améliorer les capacités du système urbain et réduire le risque hydrologique ; en témoigne le développement du réseau de canaux et du système du polder. Cependant, le risque hydrologique demeure une menace pour la ville. Les faiblesses du système urbain pour la réduction du risque hydrologique augmentent la vulnérabilité des communautés face aux risques hydrologiques. Ainsi les communautés côtières sont souvent menacées par le risque du rob dans la vie quotidienne. Cette situation les encourage à mettre en œuvre des efforts d'auto-assistance, individuelle et collective, basés sur leurs perceptions et leurs initiatives, afin de réduire l’impact des risques hydrologiques sur leurs territoires (habitats). Ces efforts sont effectués à la fois de manière routinière et temporaire. Les communautés utilisent des moyens modestes qui dépendent de leurs capacités économiques; ces façons déterminent un mode d'adaptation qui influence le processus de résilience urbaine.Cette recherche a pour objet de comprendre les formes de la résilience à l'échelle locale (communautés et quartiers) ; elle vise également à appréhender les interactions entre les échelles du contexte local et celles du contexte urbain global qui interviennent dans le processus de résilience. Cette dernière reflète les capacités du système urbain qui comporte à la fois les systèmes technique et institutionnel, et les capacités des communautés à s'adapter aux risques. La résilience urbaine est liée aux initiatives des acteurs pour réduire les impacts des inondations durant les évènements (avant, pendant et après), afin de minimiser la vulnérabilité urbaine, et aussi pour apprendre de leurs expériences acquises lors des inondations précédentes afin de développer la durabilité urbaine.L’approche est pluridisciplinaire, à l’interface entre le génie urbain, la recherche architecturale et urbaine, et la sociologie. La compréhension de la résilience urbaine face aux inondations permet une connaissance globale des interactions entre les actions des institutions urbaines et celles des communautés. Le résultat de cette recherche révèle que les communautés côtières de la ville de Semarang ont la capacité de développer des formes de résilience grâce à leurs efforts d'auto-assistance, en liaison ou non avec les autres acteurs impliqués dans le processus. Cependant, le système urbain et le système institutionnel apparaissent comme nécessaires pour développer la résilience à l'échelle urbaine, et aussi la prévention des conflits communautaires et des inégalités urbaines relatives aux actions d'auto-assistance et d'adaptation.Mots clés: résilience, capacités d'adaptation, risque d’inondation, ville côtière.

La population mondiale devenant de plus en plus hydrophile, les territoires littoraux se sont organisés pour répondre à cette nouvelle demande. Dans cette dynamique, les sports côtiers n'ont cessé de se massifier et de se diversifier pour toucher aujourd'hui une large frange de la population. La Réunion, île de l'océan Indien, a elle aussi participé à ce mouvement, mais alors que l'évolution de la maritimité entre tradition et modernité semble s'opérer dans de nombreux endroits du globe, la côte ouest de La Réunion pourtant pleine d'atouts, ne semble pas réussir à transformer sa ressource initiale en ressource territoriale. Notre travail se propose d'étudier d'un point de vue sociogéographique le lien entre un territoire, la côte Ouest de La Réunion, et son littoral afin d'analyser les freins à l'émergence d'une nouvelle maritimité au sein de cet espace. Nos résultats montrent que contrairement à l'image véhiculée, La Réunion et particulièrement sa côte Ouest est un lieu propice à la pratique des sports côtiers. En dépit de ce contexte géographique favorable, l'absence d'aménagements et d'événements capables de structurer ce développement, associée à la prégnance des représentations qui véhiculent l'image d'une population « tournant le dos à la mer », apparaissent comme des facteurs limitants. Les différents acteurs concernés ont une part de responsabilité et notamment les acteurs politiques qui ne jouent pas vraiment leur rôle en ne portant pas un véritable projet territorial orienté sur les sports côtiers. Reste, que le changement de maritimité est à l'œuvre sur ce littoral. La Réunion construit son propre modèle. L'usage de l'espace côtier évolue, déborde de ses usages classiques, l'évènementiel se développe porté par l'essor du Stand Up Paddle et les contours de nouveaux aménagements se dessinent. Sur une planche ou dans le sable, la nouvelle génération se réapproprie le littoral en intégrant les influences extérieures. / As the world population gets more and more water loving, the coast territories have been organized in order to answer this new request. In this dynamic, coast sports have been constantly expanding massively and in various forms to concern a larger portion of the population today . Reunion Island –in the Indian Ocean- has also taken part in this move. Yet, while the evolution of maritimity between tradition and modernity seems to be taking place in many places all around the world, the West coast of Reunion Island –although full of assets- seems unable to transform its initial resource in a territorial resource. Our work suggests studying the link between a territory –the West coast of Reunion Island- and its coast from a sociogeographic point of view in order to analyze the brakes to the apparition of a new maritimity within this space.Our results show that contrary to the conveyed picture, Reunion island and particularly its West coast is the right place to practice coast sports. In spite of the favorable geographic context, the absence of developments and events able to structure this expansion, together with the domination of the representations conveying the picture of a population “with their backs to the sea” seem to be limiting factors. The different actors concerned are partly responsible and particularly the political actors who do not play their parts as they do not carry a real territory project aimed at coast sports.It remains that the change of maritimity is at work on this coast. Reunion island is building its own model. The use of the coast space is evolving, growing out of its usual uses, the organization of events is developing encouraged by the expansion of Stand Up Paddle and the outlines of new developments are being drawn. On a board or in the sand, the new generation is taking over the coast integrating outside influences.

Les écosystèmes procurent de nombreux services essentiels aux sociétés humaines à travers les effets positifs de la biodiversité des communautés d'espèces. Par conséquent, identifier le rôle des organismes vivants et les facteurs influençant la diversité de leurs fonctions (ou diversité fonctionnelle), est indispensable pour prédire efficacement l'évolution des écosystèmes soumis aux pressions locales et globales.Cette thèse s'articule donc autour de deux axes: (i) établir un cadre méthodologique pour décrire la structure fonctionnelle locale et régionale des communautés, et (ii) améliorer la connaissance de l'impact des poissons sur la dégradation de la matière organique.Dans un premier temps, nous avons consolidé les outils méthodologiques permettant (i) d'améliorer la fiabilité des dendrogrammes fonctionnels, (ii) l'étude comparative des principaux indices de diversité fonctionnelle à l'échelle locale, et (iii) le développement d'une nouvelle décomposition de la diversité fonctionnelle en composantes locale (α), régionale (γ) et turnover (β). Appliqué aux communautés ichthyologiques échantillonnés le long d'un gradient de salinité, dans le système lagunaire de Patos-Mirim (Brésil), ce socle méthodologique nous a permis de révéler une structure fonctionnelle stable le long du gradient, en dépit d'une forte variabilité en composition d'espèces, ces communautés étant structurées majoritairement par un filtre environnemental agissant sur les capacités de locomotion des poissons.Dans un second temps, nous avons étudié l'impact des communautés ichthyologiques sur le cycle des nutriments. Plus précisément, nous avons estimé le potentiel de dégradation de la matière organique de plusieurs espèces de poissons, en étudiant la diversité fonctionnelle et génétique de leur flore bactérienne intestinale. Nous avons montré que les communautés ichthyologiques pouvaient influencer le recyclage des nutriments de façon non négligeable en raison d'un important potentiel de dégradation commun à la plupart des espèces étudiées, ce potentiel étant peu affecté par la diversité génétique ou les facteurs environnementaux. / Ecosystems provide many services essential to Human societies through the positive effects of biodiversity exhibited by species communities. Therefore, identifying the role of living organisms and the factors influencing the diversity of their functions (i.e. functional diversity) is fundamental to accurately predict the evolution of ecosystems undergoing local and global pressures.This thesis is organized around two axes: (i) establishing a methodological framework to describe the functional structure of local and regional communities, and (ii) improving our knowledge of the impact of fish on the degradation of organic matter.First, we have consolidated the methodological tools through (i) the improvement of functional dendrograms reliability, (ii) the comparative study of the main indices estimating local functional diversity, and (iii) the development of a new decomposition of functional diversity into local (α) and regional (γ) components, and functional turnover (β). Applied to fish assemblages sampled along a salinity gradient in Patos-Mirim lagoons complex (Brazil), this methodological framework allowed us to reveal a steady functional structure, despite a high variability in species composition, these communities being primarily structured by environmental filtering acting on fish locomotion abilities.   In a second step, we studied the impact of fish communities on nutrient cycling. More specifically, we estimated degradation of organic matter potential of several fish species by studying the genetic and functional diversity of their intestinal bacterial flora. We showed that the fish community could significantly influence nutrient cycling through an important degradation potential, common to most species studied, which is weakly affected by genetic diversity or environmental factors.

Au sein du clade Splendidus, Vibrio tasmaniensis et Vibrio crassostreae sont deux populations de vibrios virulentes pour l’huître qui ont été associées au syndrome de mortalité des huîtres juvéniles. Nous nous sommes intéressés à la diversité des mécanismes d'interaction entre ces vibrios et leur hôte, l'huître creuse Crassostrea gigas. Dans un premier temps, nous avons précisé le processus de pathogénèse de la souche V. tasmaniensis LGP32 et montré qu’elle possédait une activité cytotoxique sur les cellules immunitaires de l’huître, les hémocytes, qui dépendait de sa phagocytose. Le transcriptome intracellulaire de LGP32 a révélé le rôle important des systèmes antioxydants et de l’efflux du cuivre dans la survie du vibrio à l’intérieur du phagosome. D’un point de vue fonctionnel, nous avons montré que ces mécanismes jouaient un rôle important au cours de la pathogénèse in vivo. Dans un second temps, nous avons réalisé une étude comparative des interactions entre des souches représentatives des deux populations V. tasmaniensis et V. crassostreae et l’huître. Nous avons montré que les souches virulentes des deux populations étaient cytotoxiques pour les hémocytes mais que cette cytotoxicité était indépendante de la phagocytose chez les V. crassostreae, à l’inverse des V. tasmaniensis. Le transcriptome des huîtres a montré que les souches virulentes des deux populations réprimaient l’expression de gènes impliqués dans la réponse antibactérienne. Des réponses spécifiques à chaque souche virulente ont également été identifiées, révélant la diversité des interactions. In vivo, les souches virulentes se sont montrées capables de coloniser les tissus de l'huitre, contrairement aux souches non virulentes contrôlées par les hémocytes. L’ensemble de nos travaux montre que, bien qu’il existe un degré de diversité et de spécificité des interactions entre différents vibrios du clade Splendidus et l’huître, les deux populations virulentes sont cytotoxiques pour les cellules immunitaires, et ce processus est essentiel pour leur succès infectieux. Ainsi, la capacité de dépasser les défenses hémocytaires est un phénotype conservé entre les populations virulentes du clade Splendidus. Les processus évolutifs ayant conduits à l’émergence de ces traits de virulence communs entre populations de vibrios pathogènes différentes méritent d’être explorer. / In the Splendidus clade, Vibrio tasmaniensis and Vibrio crassostreae are two populations of virulent vibrio for oysters that are associated to "juvenile oyster mortality syndrome". Here we were interested in the diversity of interaction mechanisms between the vibrios and their host, the oyster Crassostrea gigas. First, we investigated the pathogenesis process of the strain V. tasmaniensis LGP32 and showed that it exerts a cytotoxic activity against oyster immune cells, the hemocytes, which depend on its entry into the cells through phagocytosis. Transcriptomic analysis of LGP32 response during intracellular stage revealed a crucial role for antioxydant systems and copper efflux in intraphagosomal survival of the bacteria. From a functional point of view, we showed that this virulence mechanisms of LPG32 play a major role in pathogenesis in vivo. Second, we realized a comparative study of the interaction mechanisms between representative strains of the two populations V. tasmaniensis and V. crassostreae with the oyster. Virulent strains from both populations were cytotoxic for hemocytes but this cytotoxicity was independant of phagocytosis in the case of V. crassostreae, in contrary to V. tasmaniensis. Transcriptomic analysis of the oyster responses during infection showed that virulent strains of both populations repressed the expression of genes involved in antibacterial responses. However, some pecific responses were also identified for each virulent strain, highlighting some diversity of interactions. In vivo, virulent strains were able to colonize oyster tissues, in contrary to non-virulent strains, which were controlled by hemocytes. Our work show, although a certain degree of diversity and specificity exist in the interactions between different vibrios of the Splendidus clade and oysters, both virulent populations are cytotoxic for immune cells, and this process is essential for their infectious success. Thus, the capacity to overcome the hemocyte defenses is a conserved phenotype between distinct virulent populations of vibrios from the Splendidus clade. Hence, it would be of particular interest to determine the evolutionary processes that drove the emergence of common virulence traits in distinct populations of pathogens.