MicroRNAs are important biomolecules for regulating biological processes. Moreover, the secondary structure of microRNA is important for its activity and has been used previously as a mean for finding unknown microRNAs. A phylogenetic study of the microRNA secondary structure reveals more information than its primary sequence, because the primary sequence can undergo mutations that give rise to different phylogenetic relationships, whereas the secondary structure is more robust against mutations and therefore sometimes  more informative. Here we constructed a phylogenetic tree entirely based on microRNA secondary structures using tools PHYLIP (Felsenstein, 1995) and RNAforester (Matthias Höchsmann, 2003, Hochsmann et al., 2004), and compared the overall topology and clusters with the phylogenetic tree constructed using microRNA sequence. The purpose behind this comparison was to investigate the sequence and structure similarity in phylogenetic context and also to investigate if functionally similar microRNA genes are closer in their structure-derived phylogenetic tree. Our phylogenetic comparison shows that the sequence similarity has hardly any effect on the structure similarity in the phylogenetic tree. MicroRNAs that have similar function are closer in the phylogenetic tree based on secondary structure than its respective sequence phylogeny. Hence, this approach can be very useful in predicting the functions of the new microRNAs whose function is yet to be known, since the function of the miRNAs heavily relies on its secondary structure.

Diss. (sammanfattning) Stockholm : Karol. inst., 2005. / Härtill 5 uppsatser.

Das Kolorektale Karzinom (KRK) ist eines der häufigsten malignen Erkrankungen, an der in Deutschland jährlich 26000 Menschen versterben. Auf der Suche nach einem neuen Biomarker für dieses Malignom wurde in dieser Arbeit L1-CAM, ein neuronales Zell-Adhäsionsmolekül, untersucht. Es ist, exprimiert an der Zelloberfläche, assoziiert mit einem signifikant schlechteren Outcome bedingt durch eine raschere lokale Tumorausbreitung und Metastasierung. Es zeigte sich anhand der Untersuchung von 62 Tumorpräparate und 39 präoperativ gewonnenen Seren, dass L1-CAM sowohl immunhistologisch nachgewiesen auf der Tumoroberfläche als auch mittels ELISA bestimmt im Serum der Patienten nachweisbar ist. Patienten mit L1-CAM positiven Tumoren waren im Mittel deutlich jünger als Patienten ohne L1-CAM Expression (60 vs. 69 Jahre). Zudem zeigte sich, dass Patienten mit schwach L1-CAM positiven Tumoren im Mittel einen signifikant höheren BMI aufwiesen (Kruskal Wallis Test p=0,0354). Die L1-CAM Expression hatte in unserem Patientengut keinen signifikanten Einfluss auf die Tumorausbreitung, wenngleich wir eine häufigere Metastasierung in die Leber (44%) bei L1-CAM positiven Tumoren gegenüber Patienten ohne L1-CAM Expression im Tumor (29%) beobachteten. Gleiches gilt für die Infiltration der Perineuralscheiden durch Tumorzellen. Bei der Untersuchung der L1-CAM Serumkonzentrationen zeigte sich im Mittel kein signifikanter Unterschied zu einer gesunden Vergleichsgruppe, sodass L1-CAM als Serum-Tumormarker ungeeignet ist.:Bibliographische Beschreibung 2 Abkürzungsverzeichnis 3 1. Einführung 5 2. Grundlagen 7 3. Material und Methoden 12 3.1. Patientengut 12 3.2. Immunhistochemische Färbung des Primärtumors von L1-CAM und Beurteilung der Expression 13 3.3. Bestimmung der Serumkonzentrationen von L1-CAM und CEA 16 3.3.1. Bestimmung der Serum-Konzentration von L1-CAM mittels ELISA 16 3.3.2. Bestimmung der Serum-Konzentration von CEA mittels ELISA 16 3.4. Statistik 17 4. Ergebnisse 18 4.1. L1- CAM Immunhistochemie des Primärtumors 18 4.1.1. L1-CAM Expression in Bezug auf Alter und Geschlecht sowie BMI 18 4.1.2. L1-CAM Expression entsprechend der Ausdehnung des Primärtumors 20 4.1.3. L1-CAM Expression und Lymphknoten- sowie Fernmetastasierung 22 4.1.3.1 Lymphknotenmetastasierung 22 4.1.3.2. Fernmetastasierung 23 4.1.4. L1-CAM Expression entsprechend der UICC-Klassifikation des Tumors 24 4.1.5. L1-CAM Expression entsprechend der Tumordifferenzierung 25 4.1.6. Tumorlokalisation und L1-CAM Expression 27 4.2. L1-CAM im Serum 28 4.2.1. L1-CAM Konzentration im Serum der Patienten 28 4.2.2 L1-CAM im Serum einer gesunden Vergleichsgruppe 29 4.2.3. L1-CAM Serumkonzentration bezogen auf Alter und Geschlecht sowie BMI 30 4.2.4. L1-CAM Serumkonzentration bezogen auf Lymphknoten- und Lebermetastasierung 30 4.2.4.1. L1-CAM Serumkonzentration und Lymphknotenmetastasierung 30 4.2.4.2. L1-CAM Serumkonzentration und Lebermetastasierung 31 4.2.5. L1-CAM im Serum bezogen auf die Tumortherapie 33 4.3. L1-CAM histologisch und im Serum 33 5. Diskussion 35 6. Thesen 39 7. Zusammenfassung 40 8. Literaturverzeichnis 43 9. Anlagen 49