Thèse de doctorat--Sciences naturelles--Faculté des sciences de Paris, 1881. N°: 469.

Thèse--Neuchâtel. / "Extrait du tome VIII des Mémoires de la Société neuchâteloise des sciences naturelles." "Étude des collections de chauves-souris rapportées par la Mission scientifique suisse au Cameroun."--P. [9]. Bibliography: p. [114]-118.

Au cours des deux dernières décennies, il a été démontré que les maladies émergentes et réémergentes sont liées à la santé humaine, animale et environnementale. Les infections zoonotiques sont reconnues comme étant responsables d'au moins 75 % des éclosions d'agents pathogènes dans le monde. Certains virus peuvent muter et infecter un large éventail d'hôtes, qui se propagent parmi les humains et entraînent des épidémies ou des pandémies. Les chauves-souris sont connues pour être les mammifères les plus diversifiés géographiquement et le plus répandu sur Terre et peuvent être trouvées à l'intérieur structures abandonnées, ainsi que de grottes. Au Canada, il existe dix-huit espèces de chauves-souris insectivores et huit d'entre elles se perchent au Québec. Elles peuvent loger beaucoup de pathogènes pendant l'hibernation en raison de leur métabolisme distinct. Elles peuvent aussi excréter beaucoup de particules virales par différentes voies telles que la salive, les excréments et l'écholocation. Le but de ce projet de maîtrise est de caractériser les virus que les chauves-souris pourraient potentiellement transporter au Canada, en mettant l'accent sur la détection des Coronavirus. Le premier objectif est de traiter 250 échantillons (matières fécales et organes) prélevés sur des chauves-souris sauvages, puis d'utiliser d'autres techniques biomoléculaires comme le NGS pour détecter un large spectre de virus chez ces chauves-souris. Les échantillons ont été dépistés pour les Coronavirus et les Rhabdovirus à l'aide de la PCR conventionnelle. La prévalence des Coronavirus chez les chauves-souris semble actuellement être relativement faible au Canada et de nombreux facteurs, y compris le petit nombre d'échantillons prélevés jusqu'à présent, pourraient y avoir joué un rôle. Il serait important de continuer à examiner les échantillons de chauves-souris à plus grande échelle afin de caractériser pleinement les viromes que ces animaux hébergent, pour fournir un avertissement des menaces d'épidémie ou de pandémie à la première occasion. / Over the past two decades, emerging and re-emerging diseases have been shown to be interlinked between human, animal, and environmental health. Zoonotic infections are recognized to be responsible for at least 75% of pathogen outbreaks in the world. Certain viruses can mutate and infect a wide range of hosts, which spread amongst humans and lead to epidemics/pandemics. Bats are known to be the most geographically diverse and widespread mammal on Earth and can be found inside of buildings and houses or abandoned structures, as well as caves. In Canada, there are eighteen species of insectivorous bats and eight of them roost in Québec. They can also harbor plenty of pathogens during hibernation due to their distinct metabolism. They can shed plenty of pathogens through different pathways such as saliva, excreta, and echolocation. The overall goal of this master's project is to characterize the pathogens that bats could be potentially carrying in Canada, with a focus on Coronavirus detection. The first objectiveis to process 250 samples (feces and organs) collected from wild bats in the field in Canada and then using other biomolecular techniques such as NGS to detect for the presence of other bat pathogens. The samples were screened for Coronaviruses and Rhabdoviruses using conventional PCR with no positive results. The prevalence of Coronaviruses in bats currently appear to be relatively low in Canada and, many factors, including the moderately low numbers of samples collected in Canada so far, may have played a role. It will be important to continue collecting and screening bat samples on a larger scale to fully characterize the viromes that these animals harbour, to provide warning of epidemic/pandemic threats at the earliest opportunity

Thèses (M.Sc.)--Université de Sherbrooke (Canada), 2001. / Titre de l'écran-titre (visionné le 24 août 2006). Publié aussi en version papier.

Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Pour l'ensemble des organismes vivants, la communication (intra ou interspécifique) est le véhicule de l'information, un élément central dans l'interaction entre individus. Elle a ainsi des impacts primordiaux sur les traits d'histoire de vie des espèces, et est donc façonnée par la sélection naturelle. Au cours de cette thèse, nous nous sommes intéressés à l'évolution de la médiation chimique, c'est-à-dire à la transmission d'informations par voie chimique entredeux individus, dans les interactions plantes/animaux. Nous avons choisi le modèle figuier et ses partenaires mutualistes, de la guêpe pollinisatrice aux vertébrés disperseurs de graines. La médiation chimique (ici émission de bouquets volatils constitués de terpènes et de dérivés benzéniques et d'acides gras) permet aux figuiers d'assurer leur reproduction, par attraction des pollinisateurs et des disperseurs de graines. Il existe environ 800 espèces de figuiers à travers le monde, à distribution principalement tropicale. Les figuiers, fructifiant toute l'année,sont souvent qualifiés d'espèce clef de voute des écosystèmes tropicaux, car ils assurent ainsi le maintien des populations de frugivores dans les forêts tropicales dans les périodes où très peu d'espèces d'arbres fructifient. L'interaction figuier/disperseur est plutôt généraliste, alors que le mutualisme figuier/pollinisateur, un exemple de nursery pollination, est hautement spécifique et obligatoire. Au cours de cette thèse, nous avons mis en évidence que les contraintes phylogénétiques et géographiques exercées sur la médiation chimique étaient négligeables, alors que les pressions de sélection que représentent les mutualistes sont nettement plus importantes dans l'évolution de cette médiation. Ainsi, sexe et stade phénologique du figuier et identité du partenaire mutualiste sont des informations qui peuvent être portées par la médiation chimique. Notre approche, globale et multidisciplinaire, des interactions entre les figuiers et leurs partenaires mutualistes aux deux phases de dispersions des gènes de la plante, permet une meilleure compréhension de l'évolution de la communication, et montre que les pressions façonnant ce message façonnent l'interaction elle-même. / For all living organisms, communication (intra-or interspecific) is the vehicle of information, anelement central to interactions among individuals. It thus has fundamental impacts on lifehistory traits of species, and is shaped by natural selection. This thesis is concerned with thechemical mediation of communication, i.e., the transmission of information by chemical signals,in the context of animal-plant interactions. We chose as a model system the interactionsbetween figs and their mutualist partners, including both pollinating fig wasps and vertebrateseed dispersers. Chemical mediation (in this case the emission of bouquets of volatilecompounds comprising terpenes, benzenoids and fatty acid derivatives) enables figs to ensuretheir reproduction by attracting pollinators and seed dispersers. There exist about 800 species ofFicus worldwide, principally in tropical regions. Figs, which fruit throughout the year, are oftenconsidered keystone species of tropical ecosystems, because their year-round fruiting maintainspopulations of seed-dispersing frugivores during fruit-poor lean seasons'. Interactions betweenfig species and seed-dispersing animals are generalist' (i.e., broad food species ranges), whilefig/pollinator mutualisms, examples of nursery pollination' systems, are highly species-specificand obligatory. In this thesis, we showed that phylogenetic and geographic constraints actingon chemical mediation are negligible, whereas selection pressures grounded in pollination andseed-dispersal mutualisms play a strong role in shaping the evolution of chemical mediation.Thus, chemical mediation carries information such as the sex and developmental stage of thefig tree, as well as the identity of the mutualistic partner. Our comprehensive, multidisciplinaryapproach to interactions between figs and their mutualist partners in the two phases ofdispersal of the plant's genes leads to an improved understanding of the evolution ofcommunication, and showed that the selective pressures shaping the message are also thoseshaping the interaction itself.

Les virus Nipah et Hendra sont deux Paramyxovirus émergents zoonotique apparu ces 15 dernières années en Asie du Sud-Est et en Australie. Ils sont responsables chez l'homme d'encéphalites dont le taux de mortalité peut dépasser les 90%. Il n'existe ni traitements, ni vaccins commercialisés. Ces virus sont donc classé P4. En étudiant la régulation négative de leur récepteur éphrineB2, j'ai pu mettre en évidence un mécanisme d'entrée endocytique pour le virus Nipah : la macropinocytose. Les Henipavirus sont les seuls Paramyxovirus connus dont on a pu démontré un tel mode d'entrée. En mimant le ligand naturel d'éphrineB2 (EphB4), les glycoprotéines virales G provoquent la rétractation des filopodes qui forment autour du virus des macropinosomes. De plus, l'entrée de ces virus peut-être bloquée in vitro par des inhibiteur de macropinocytose. Certain de ces inhibiteurs sont déjà utilisé en médecine humaine, ce qui ouvre la voie à un traitement peu onéreux contre ces dangereux pathogènes.

Cette étude décrit les expositions aux chauves-souris signalées aux directions de santé publique du Québec et les interventions de prophylaxie post-exposition contre la rage humaine réalisées du I e ' octobre 2004 au 30 septembre 2006. Le taux de signalement et le taux de PPE annuels moyens sont respectivement de 12,3 et 4,8 par 100 000 personnes années. Les expositions où il n'y a pas eu de contact direct documenté sont 5 fois plus fréquentes et génèrent 3 fois plus de PPE que les expositions avec contact direct, malgré que celles sans contact représentent un risque plus faible. Une région a un taux de signalement 7,5 fois plus élevé que le taux provincial, ce qui fait soupçonner une sous déclaration des expositions au Québec. À partir de nos données et celles d'une étude en cours qui évalue la fréquence des expositions aux chauves-souris dans la population, il sera possible d'estimer la proportion des expositions pour laquelle des interventions sont faites.

Le petit rhinolophe Rhinolophus hipposideros autrefois largement répandu dans le nord-ouest de l'Europe a connu une réduction drastique de ces effectifs au cours de la seconde moitié du XXème siècle. La destruction et la fragmentation des habitats favorables à cette espèce font parties des principales causes de ce déclin. Par conséquent nous supposons que la connectivité de ces habitats influence la distribution spatiale des gîtes de maternité. Dans un premier temps nous avons caractérisé la connectivité fonctionnelle de l'habitat de l'espèce et modélisé la distribution des colonies de maternité en Franche-Comté. La méthode des graphes paysagers a été appliquée afin d'extraire plusieurs métriques spatiales représentant la connectivité fonctionnelle paysagère à différentes échelles spatiales. Les résultats montrent à l'échelle locale que la présence de gîte dépend de la disponibilité en forêt à proximité de petites surfaces de bâti. A large échelle, la présence de gîte dépend de leur intégration à un réseau de connectivité à large échelle permettant les échanges d'individus entre gîte. La réduction des flux de gènes entre colonies due à la distribution hétérogène des gîtes peut conduire à la différentiation génétique des colonies distantes. Dans un second temps, à partir de l'échantillonnage de guano nous avons analysé à l'aide de huit microsatellites la différentiation et la structure génétique des colonies de maternité à l'échelle de la région en fonction de la structure paysagère. Malgré l'importante philopatrie des femelles, nos résultats révèlent une faible structure génétique entre les colonies. Cette structure génétique n'est ni expliquée par un isolement par la distance ni corrélée aux distances paysagères. Nous pouvons donc conclure que l'habitat du petit rhinolophe est bien connecté en Franche-Comté. Nos résultats suggèrent également que les échanges génétiques se produisent entre colonies proches probablement via la dispersion des mâles. Ces flux de gènes interviennent probablement en automne juste avant que les mâles et femelles se rejoignent dans le gîte d'hivernage.

L’empreinte écologique de l’homme sur les milieux naturels forestiers d’Afrique centrale n’a cessé de s’accroître au cours des dernières décennies, et rares sont les écosystèmes qui ne sont pas exploités. Ainsi, même des milieux a priori hostiles comme les grottes constituent des ressources répondant aux besoins primaires des populations environnantes (chasse, pêche, lieu de culte), mais permettant également le développement d’activités économiques (exploitation minière et écotourisme). Cette anthropisation est susceptible d’augmenter l’exposition des populations humaines à une multitude d'agents infectieux circulant au sein de la faune cavernicole. La présence d'animaux sauvages ou domestiques dans l'environnement immédiat des grottes contribue également à augmenter un tel risque. Parmi ces agents infectieux, certains peuvent être transmis par contact direct avec le réservoir animal, d’autres peuvent nécessiter l’intervention d’insectes hématophages. Le rôle de ces insectes dans l'épidémiologie de nombreux pathogènes est bien connu en Afrique en milieux épigés, mais demeure largement sous-investigué dans les environnements cavernicoles. Dans ce travail de thèse, nous nous sommes proposés de réponde à cette problématique. Dans six grottes du Gabon nous avons entrepris une étude de la diversité des diptères hématophages, en réalisant un inventaire taxonomique et l'étude de la dynamique temporelle des assemblages d'espèces. Dans un second temps, nous avons entrepris un criblage moléculaire d'agents infectieux parasitaires, bactériens et viraux en ayant recours à des techniques de détection par PCR nichée et séquençage à haut débit.Les travaux menés nous ont permis de réaliser un inventaire taxonomique de la faune diptérienne hématophage colonisant les grottes explorées. Notre étude a permis de découvrir une part importante de sa diversité de diptères hématophages cavernicoles, représentant plus de 60% des espèces de diptères (tout milieux confondus) actuellement au Gabon. Nos données ont montré que la composition des communautés de diptères était différente d'une grotte à une autre, et que ces dernières présentaient des variations au cours du temps en lien avec les variations microclimatiques des grottes. Le criblage d'agents infectieux chez les diptères collectés a permis 1) d'explorer la diversité parasitaire, virale et bactérienne qu'ils hébergent et 2) d'évaluer leur implication dans la transmission / The man's ecological mark on natural forest environments of central Africa has been increasing in recent decades, and only few natural areas remain non exploited yet. Thus, even supposedly hostile environments such as caves meet the primary needs of surrounding populations (hunting, fishing, shamanic practices), or economical needs (mining and ecotourism). That anthropization is likely to increase the exposure of human populations to multiple infectious agents carried by cave fauna. The presence of wild or domestic animals in the surroundings of caves also increase that risk. Among these infectious agents, some can be transmitted by direct contact with animal reservoirs, whereas others may require the involvement of blood-sucking insects. The role of these insects in the epidemiology of many pathogens is well known in Africa, particularly in epigeic environments, but remains largely investigated in caves. In this thesis work, we proposed to address that issue. In six caves of Gabon we firstly explored the diversity of blood-sucking Diptera, and we studied temporal dynamics of species assemblages. Secondly, we undertook a molecular screening of haemosporidia, bacteria and viruses using nested PCR and high-throughput sequencing.The work carried out has enable to make a taxonomic inventory of the Diptera fauna of the investigated caves. Our study revealed a significant diversity of the blood-sucking Diptera fauna, accounting for more than 60 percent of blood-sucking Diptera species currently known in Gabon, in all types of areas. Our data showed that the composition of Diptera communities was different from one cave to another, and that Diptera assemblages varied over time according to micro-climate fluctuations within caves. The screening of infectious agents in Diptera collected helped 1) to explore the parasitic, viral and bacterial diversity they host, and 2) to assess their involvement in transmission.