Plusieurs facteurs modulent le microbiote intestinal des Téléostéens tels que : l'environnement, l'alimentation, l'état de santé et le génotype. Le Cichlidé drapeau (Mesonauta festivus) a des populations génétiques bien étudiées et prospère dans des rivières aux caractéristiques physico-chimiques radicalement divergentes, ce qui en fait un bon modèle pour l'étude de la contribution relative de ces facteurs sur la structure taxonomique du microbiote. Dans le premier chapitre, nous avons développé et testé des amorces de blocage d'amplification spécifiques au gène de l'ARNr 18S de M. festivus. Nos amorces de blocage ont réduit de 66 % l'abondance relative d'ADN hôte dans les échantillons et ont augmenté la détectabilité de taxons parasitaires potentiellement dangereux, démontrant le potentiel de la méthode. De plus, nous avons collecté des données sur les habitudes alimentaires de l'espèce et décrit brièvement les communautés Eucaryotes commensales de son microbiote intestinal. Dans le chapitre deux, nous avons collecté 167 M. festivus à 12 sites d'étude en Amazonie centrale. Nous avons utilisé une double approche de métabarcodage génétique des gènes de l'ARNr 16S et 18S pour caractériser la structure taxonomique du microbiote intestinal et inférer l'influence du génotype des hôtes et aux caractéristiques physico-chimiques de l'eau à chaque site. Entre autres, nos résultats soutiennent un impact plus important de l'apparentement phylogénétique entre les poissons que la similarité environnementale entre les sites d'étude sur la structuration du microbiote intestinal pour ce Cichlidé amazonien. De plus, nous avons détecté des infections par Nyctoterus sp. et lié la présence de ce parasite à une dysbiose du microbiote intestinal de l'hôte. Nous avons également détecté la présence de vers intestinaux, dont la présence avait un impact mineur sur le microbiote. Notre étude, dans un paysage fluvial hétérogène, améliore la compréhension de la relation complexe entre les poissons, leurs parasites, leur microbiote et l'environnement. / A number of key factors can structure the gut microbiota of fish such as: environment, diet, health state and genotype. Mesonauta festivus, an Amazonian cichlid, is a good model organism to study the relative contribution of these factors on the community structure of fish gut microbiota. M. festivus has well-studied genetic populations and thrives in rivers with drastically divergent physicochemical characteristics. In chapter one, we developed and tested species-specific elongation arrest blocking primers to block the M. festivus, 18S rRNA SSU gene. Our elongation arrest blocking primers significantly reduced the amount of host DNA in samples by 66 %. The blocking primers increased the detectability of potentially dangerous parasitic taxa in fish gut, highlighting the potential of the method for parasitic screening. Also, we collected data on the species feeding habits and obtained data on the commensal eukaryotic communities of this species gut microbiota. In chapter two, we collected 167 M. festivus from 12 study sites in central Amazonia. We used dual 16S and 18S rRNA metabarcoding approaches to characterize the gut microbiota structure in light of the host fish genotypes (Genotyping-By-Sequencing) and an extensive characterization of environmental physico-chemical parameters. We documented occurrences of ciliates from the genus Nyctoterus sp. infecting a fish and linked its presence to a dysbiosis of the gut microbiota of the host. Moreover, we detected the presence of helminths which had a minor impact on the gut microbiota of their host. Also, our results support a higher impact of the phylogenetic relatedness between fish rather than environmental similarity between sites of study on structuring the gut microbiota for this Amazonian cichlid. Our study in a heterogeneous riverscape integrates a wide range of factors known to structure fish gut microbiota. It significantly improves understanding of the complex relationship between fish, their parasites, their microbiota, and the environment.

De nombreuses espèces de poissons sont connues pour produire des sons dans différents contextes sociaux suggérant un rôle important des signaux acoustiques dans la communication. L‘objectif de cette thèse est d‘étudier la structure et la fonction des sons produits lors d‘interactions agressives entre mâles chez le poisson cichlidé Metriaclima zebra. Grâce à des expériences de playback, le rôle relatif des indices acoustiques et visuels lors des interactions agonistiques est évalué. Les résultats montrent que les comportements agressifs reposent essentiellement sur des stimuli visuels. Les stimuli acoustiques seuls ne déclenchent jamais d‘agression mais modulent le comportement des mâles en diminuant le niveau élevé d‘agressivité observé lorsque le canal visuel est seul présent. Une analyse fine de la structure acoustique des sons produits pendant des conflits montre que les signaux émis par M. zebra codent des informations relatives à la taille de l‘individu émetteur. La signature individuelle reste assez mal définie. Pour comprendre le décodage de l‘information au niveau du poisson récepteur, j‘ai mis au point un protocole de test permettant de constater que des mâles territoriaux augmentent leur activité territoriale et approchent le haut-parleur en réponse aux playbacks. Des expériences de playback utilisant des signaux aux paramètres acoustiques artificiellement modifiés suggèrent une grande tolérance des individus envers les variations temporelles. Cette thèse participe ainsi à la compréhension de la fonction biologique de la communication acoustique chez un poisson. Elle appelle de nouvelles études concernant les informations transmises et leur codage / Various species of fish are known to produce sounds in different social contexts suggesting an important communicative role of acoustic signals. The aim of this thesis is to study the structure and the function of sounds produced during aggressive interactions between males of the cichlid fish Metriaclima zebra. By means of playback experiments, the relative role of acoustic and visual cues during agonistic interactions is evaluated. The results show that aggressive behaviour is essentially based on visual stimuli. Acoustic stimuli alone never trigger aggression but modulate males‘ behavior by decreasing the high level of aggressiveness found when only the visual channel is present. A fine analysis of the structure of sounds produced during disputes shows that signals emitted by M. zebra encode information related to the size of the emitter. The individual signature remains poorly defined. In order to understand the decoding process of information by receivers, I set up a paradigm allowing to show that territorial males increase their territorial activity and approach loudspeakers in response to playbacks. Playback experiments using signals with artificially modified acoustic parameters suggest a large tolerance for temporal variations. This thesis thus participates to the comprehension of the biological function of acoustic communication in a fish. It calls for further studies concerning the transmitted information and its encoding process

La construction de cartes de génomes consiste à baliser les chromosomes par des repères : les marqueurs. Plus une carte est dense en marqueurs régulièrement espacés, plus elle est informative et donc plus les applications ultérieures sont nombreuses. Parmi les différentes stratégies de cartographie, celle exploitant les hybrides d'irradiation dite carte RH, présente de nombreux avantages. Ainsi, des marqueurs polymorphes tels que les microsatellites, utiles pour les analyses de liaisons génétiques et des marqueurs de gènes, polymorphes ou non polymorphes permettant d'établir des cartes comparées avec d'autres génomes et définir des zones de conservation ou de rupture de synténie, peuvent être localisés sur une carte RH. Ces cartes comparées sont utiles non seulement pour l'identification de gènes d'intérêts mais également pour l'étude de l'évolution des génomes. Parmi les nombreux vertébrés d’intérêt, nous nous sommes particulièrement attachés à la construction de cartes RH de poissons et de cichlidés en particulier. Ceux-ci constituent en effet un modèle génétique très intéressant du point de vue économique et évolutif. La réalisation de cartes des génomes de plusieurs poissons devrait aider à l'identification de gènes impliqués dans des traits phénotypiques ou pathologiques voire même des marqueurs liés aux stress et à la reproduction. Mon travail de thèse a consisté à construire une carte du génome du bar, un panel RH de tilapia et la carte RH attenante qui a été utilisée dans la phase finale de l’assemblage des données de séquence du génome de Tilapia. Par ailleurs nous avons construit un panel RH d’esturgeon et un autre d’huitre. La cartographie du génome de tilapia, réalisée dans le cadre d’un consortium international, nous a donné un accès privilégié aux données de séquences des génomes de cinq cichlidés (O. niloticus, P. nyererei, H. burtoni, N. brichardi et M. zebra) et nous a permis de participer à l’annotation de ces séquences génomiques en nous intéressant plus particulièrement à l’identification des répertoires des gènes codant pour les récepteurs olfactifs (OR) et les récepteurs connus sous le vocable de TAAR pour ‘ Trace Amine-Associated Receptors’. C’est ainsi que nous avons identifié et caractérisé 158, 88, 90, 69, 102 gènes OR et 45, 19, 23, 12, 20 gènes TAAR dans les génomes de ces cinq poissons (O. niloticus, P. nyererei, H. burtoni, N. brichardi et M. zebra) / The construction of genome maps consists in placing tags, called markers, on the chromosomes. The denser in evenly spaced markers is a map, the more it is informative, leading to the development of more future applications. Among the different mapping strategies, those using radiation hybrids (RH) have numerous advantages. Indeed, polymorphic markers such as microsatellites, useful for linkage analyses, as well as gene markers, polymorphic or not and allowing comparative mapping with other genomes and definition of synteny breaks and conservation, can be localized on a RH map. Not only these maps are useful to identify genes of interest but they are also essential tools to study genome evolution. Among numerous vertebrates of interest, we constructed RH maps of fishes and cichlids in particular. Indeed these fishes constitute interesting genetic models from economical and evolution points of view. Having genome maps of several of these fishes would help to identify genes implicated in phenotypical or pathological traits, or even markers linked to stress and reproduction. My thesis work consisted in the construction of a genome map of the sea bass, a tilapia RH panel and its RH map, a sturgeon RH panel as well as an oyster RH panel. The tilapia map was used for the assembly of the sequencing data of the tilapia genome. Thanks to this last work realized with an international consortium we had a privileged access to the sequencing data of five cichlid genomes (O. niloticus, P. nyererei, H. burtoni, N. brichardi and M. zebra). We then participated to the annotation of these genomic sequences. In particular we have identified and characterized the olfactory receptor gene (OR) repertoires and of the trace amine-associated receptor (TAAR) gene repertoires of these five cichlids. Which are then made of 158, 88, 90, 69, 102 OR genes and 45, 19, 23, 12, 20 TAAR genes respectively.

De nombreuses espèces de poissons sont connues pour produire des sons dans différents contextes sociaux suggérant un rôle important des signaux acoustiques dans la communication. L'objectif de cette thèse est d'étudier la structure et la fonction des sons produits lors d'interactions agressives entre mâles chez le poisson cichlidé Metriaclima zebra. Grâce à des expériences de playback, le rôle relatif des indices acoustiques et visuels lors des interactions agonistiques est évalué. Les résultats montrent que les comportements agressifs reposent essentiellement sur des stimuli visuels. Les stimuli acoustiques seuls ne déclenchent jamais d'agression mais modulent le comportement des mâles en diminuant le niveau élevé d'agressivité observé lorsque le canal visuel est seul présent. Une analyse fine de la structure acoustique des sons produits pendant des conflits montre que les signaux émis par M. zebra codent des informations relatives à la taille de l'individu émetteur. La signature individuelle reste assez mal définie. Pour comprendre le décodage de l'information au niveau du poisson récepteur, j'ai mis au point un protocole de test permettant de constater que des mâles territoriaux augmentent leur activité territoriale et approchent le haut-parleur en réponse aux playbacks. Des expériences de playback utilisant des signaux aux paramètres acoustiques artificiellement modifiés suggèrent une grande tolérance des individus envers les variations temporelles. Cette thèse participe ainsi à la compréhension de la fonction biologique de la communication acoustique chez un poisson. Elle appelle de nouvelles études concernant les informations transmises et leur codage

La construction de cartes de génomes consiste à baliser les chromosomes par des repères : les marqueurs. Plus une carte est dense en marqueurs régulièrement espacés, plus elle est informative et donc plus les applications ultérieures sont nombreuses. Parmi les différentes stratégies de cartographie, celle exploitant les hybrides d'irradiation dite carte RH, présente de nombreux avantages. Ainsi, des marqueurs polymorphes tels que les microsatellites, utiles pour les analyses de liaisons génétiques et des marqueurs de gènes, polymorphes ou non polymorphes permettant d'établir des cartes comparées avec d'autres génomes et définir des zones de conservation ou de rupture de synténie, peuvent être localisés sur une carte RH. Ces cartes comparées sont utiles non seulement pour l'identification de gènes d'intérêts mais également pour l'étude de l'évolution des génomes. Parmi les nombreux vertébrés d'intérêt, nous nous sommes particulièrement attachés à la construction de cartes RH de poissons et de cichlidés en particulier. Ceux-ci constituent en effet un modèle génétique très intéressant du point de vue économique et évolutif. La réalisation de cartes des génomes de plusieurs poissons devrait aider à l'identification de gènes impliqués dans des traits phénotypiques ou pathologiques voire même des marqueurs liés aux stress et à la reproduction. Mon travail de thèse a consisté à construire une carte du génome du bar, un panel RH de tilapia et la carte RH attenante qui a été utilisée dans la phase finale de l'assemblage des données de séquence du génome de Tilapia. Par ailleurs nous avons construit un panel RH d'esturgeon et un autre d'huitre. La cartographie du génome de tilapia, réalisée dans le cadre d'un consortium international, nous a donné un accès privilégié aux données de séquences des génomes de cinq cichlidés (O. niloticus, P. nyererei, H. burtoni, N. brichardi et M. zebra) et nous a permis de participer à l'annotation de ces séquences génomiques en nous intéressant plus particulièrement à l'identification des répertoires des gènes codant pour les récepteurs olfactifs (OR) et les récepteurs connus sous le vocable de TAAR pour ' Trace Amine-Associated Receptors'. C'est ainsi que nous avons identifié et caractérisé 158, 88, 90, 69, 102 gènes OR et 45, 19, 23, 12, 20 gènes TAAR dans les génomes de ces cinq poissons (O. niloticus, P. nyererei, H. burtoni, N. brichardi et M. zebra)