La mutation Texel Belge induit une hypertrophie musculaire. Elle affecte le gène codant pour la myostatine et touche l'ensemble de la musculature. Toutefois les mécanismes physiologiques et biochimiques sous-jacents ne sont pas encore élucidés. Notre étude est axée sur la fraction sarcoplasmique du protéome dans laquelle se trouvent les protéines du métabolisme et des voies de transduction. L'étude comparative en gels d'électrophorèse 2D porte sur des muscles d'homozygotes Texel et d'homozygotes Romanov au locus. En comparant des muscles aux compositions variées et présentant divers degrés de développement, nous avons montré qu'il existait des variations caractérisants chaque muscle, de l'expression des protéines du métabolisme énergétique et de la machinerie associée. La comparaison des génotypes montre une surexpression des métabolisme energétiques, glycolytiques et oxydatif, chez les TT; 2 protéines marquent le génotype TT: la transferrine ( en plus) et l'A1AT (en moins). L'étude des ARNm montre que ni la transferrine ni l'A1AT ne sont régulés au niveau transcriptionnel et que les ARNm de la myostatine sont sous-exprimés dans le génotype TT. Ces trois sont plus exprimés chez les foetus que dans les muscles adultes. Ce qui laisse supposer, pour ces gènes, un rôle important dans le développement musculaire

L'habitat et le régime alimentaire de la loutre d'Europe (Lutra lutra) ont été etudiés en région Auvergne, en relation avec la dynamique d'acides gras essentiels et d'éléments toxiques. Le mouvement de recolonisation naturelle de l'espèce l'amène à fréquenter des milieux aquatiques dégradés et non dégradés. Le régime alimentaire, dominé par les poissons, est plus diversifié dans ses derniers. Les proies d'origine aquatique constituent une source majeure d'acides gras essentiels dans les tissus de la loutre, et le rapport DHA/LA constitue un outil d'évaluation de l'origine terrestre ou aquatique des proies. Des pesticides organochlorés, des PCBs ,des éléments traces et des anticoagulants ont été détectés dans les épreintes, les tissus, et les proies principales de la loutre. Les concentrations de ces éléments, dans les tissus, augmentent selon un gradient amont aval, au sein des bassins hydrographiques, en raison du transfert des composés toxiques des proies vers le prédateur

De nombreuses espèces de poissons sont connues pour produire des sons dans différents contextes sociaux suggérant un rôle important des signaux acoustiques dans la communication. L'objectif de cette thèse est d'étudier la structure et la fonction des sons produits lors d'interactions agressives entre mâles chez le poisson cichlidé Metriaclima zebra. Grâce à des expériences de playback, le rôle relatif des indices acoustiques et visuels lors des interactions agonistiques est évalué. Les résultats montrent que les comportements agressifs reposent essentiellement sur des stimuli visuels. Les stimuli acoustiques seuls ne déclenchent jamais d'agression mais modulent le comportement des mâles en diminuant le niveau élevé d'agressivité observé lorsque le canal visuel est seul présent. Une analyse fine de la structure acoustique des sons produits pendant des conflits montre que les signaux émis par M. zebra codent des informations relatives à la taille de l'individu émetteur. La signature individuelle reste assez mal définie. Pour comprendre le décodage de l'information au niveau du poisson récepteur, j'ai mis au point un protocole de test permettant de constater que des mâles territoriaux augmentent leur activité territoriale et approchent le haut-parleur en réponse aux playbacks. Des expériences de playback utilisant des signaux aux paramètres acoustiques artificiellement modifiés suggèrent une grande tolérance des individus envers les variations temporelles. Cette thèse participe ainsi à la compréhension de la fonction biologique de la communication acoustique chez un poisson. Elle appelle de nouvelles études concernant les informations transmises et leur codage

La variabilité des réponses individuelles est un processus central dans le fonctionnement du troupeau. L'objectif de cette thèse est d'étudier comment la variabilité se construit à partir des interactions entre réponses biologiques et pratiques de conduite et comment les performances du troupeau se construisent à partir de cette variabilité. Ainsi, un modèle individu-centré de fonctionnement du troupeau caprin laitier a été développé. Le modèle comprend un système décisionnel, qui représente les opérations techniques d'alimentation, de reproduction et de renouvellement et un système biotechnique, qui repose sur la démultiplication d'un modèle de chèvre simulant le poids vif et la production laitière en réponse aux pratiques d'alimentation et de reproduction. Trois plans d'expériences ont testé les effets du niveau des apports alimentaires, de la segmentation du plan d'alimentation et du niveau du potentiel de production du troupeau. La variabilité intra-conduite est caractérisée par des variables de durée et de productivité de la carrière. La variabilité inter-conduites est caractérisée par les variables liées à l'efficacité alimentaire. Des efficacités similaires peuvent être obtenues avec différentes combinaisons d'options de conduite. Celles ci ne sollicitent cependant pas les mêmes bases biologiques et génèrent des proportions contrastées d'individus à l'équilibre par rapport à leur potentiel de production. Ces différences dans l'élaboration des performances pourraient conduire à des capacités d'adaptation du troupeau variables dans un environnement fluctuant. Le simulateur permettrait alors d'explorer le rôle de la variabilité dans la résilience du troupeau.

Après une vingtaine d'année de mise en œuvre, les mesures agro-environnementales n'ont pas permis d'enrayer le déclin de la biodiversité des paysages agricoles. Des études récentes défendent l'idée que des mesures efficaces demanderaient non seulement de développer des pratiques favorables à la biodiversité à l'échelle de la parcelle mais aussi de favoriser des usages et des agencements spatiaux de ces usages qui accroissent l'hétérogénéité des paysages. Toutefois, on dispose à ce jour de peu de quantifications des relations entre production et conservation de la biodiversité en milieux agricoles. L'objectif de cette thèse est d'analyser à différentes échelles spatiales et temporelles l'arbitrage entre production agricole et conservation d'oiseaux dans un agroécosystème prairial exploité par des élevages bovins viande. La démarche de recherche s'appuie sur le développement de plusieurs modèles basés sur le cadre mathématique de la viabilité. Ces modèles formalisent à trois échelles spatiales emboitées (parcelles, exploitation, paysage) les interactions entre les pratiques de pâturage et de fauche et les dynamiques écologiques de deux espèces d'oiseaux prairiaux. Cette thèse apporte cinq résultats principaux. A l'échelle de la parcelle (1) Les périodes et les intensités de pâturage sont des déterminants majeurs de l'arbitrage entre production et conservation. (2) Les meilleures performances écologiques sont atteintes aux niveaux intermédiaires de performances productives. (3) Des variations interannuelles de modes de gestion permises par des mesures agro-environnementales à objectif de résultat améliorent les performances écologiques tout en augmentant la flexibilité de la gestion des prairies. (4) A l'échelle de l'exploitation agricole, la proportion des différents usages agricoles est un levier majeur de l'arbitrage entre production et conservation mais la conservation des oiseaux a toujours un coût en termes de production. (5) A l'échelle du paysage, l'agencement spatial des usages améliore les conditions de l'arbitrage entre production et conservation. L'ensemble de ces résultats révèle des leviers d'arbitrage spécifiques aux différentes échelles. A chacune de ces échelles, l'interaction entre une diversité de modes d'exploitation est à la base des mécanismes d'arbitrage entre production et conservation. L'importance de l'agencement spatial des modes d'exploitation suggère que la conciliation entre production et conservation pourrait fortement bénéficier de coordinations accrues entre exploitations agricoles.

Notre objectif a été d'étudier l'origine et l'évolution du système kisspeptine, un nouvel acteur du contrôle de la reproduction. L'analyse de génomes d'espèces occupant des positions clés dans la classification des vertébrés nous a permis de réévaluer la diversité des kisspeptines (Kiss) ainsi que celle de leurs récepteurs (Kissr). A partir des données obtenues, nous avons pu proposer une nouvelle classification des familles Kiss et Kissr, basée sur des critères phylogénétiques et synténiques. De plus, nous avons montré que la diversité des Kiss, d'une part, et celle des Kissr, d'autre part, résultent des deux événements de duplication génomique (1R et 2R) survenus à la base des vertébrés. Des pertes de gènes ont ensuite diminué le nombre de Kiss et Kissr chez les vertébrés, notamment en annulant l'impact de la 3R, propre aux téléostéens. Nos résultats ont révélé des histoires évolutives complexes ayant conduit à la perte ou à la conservation de Kiss et Kissr différents selon les lignées de vertébrés. Afin d'aborder les mécanismes évolutifs qui ont pu mener à la conservation de plusieurs Kiss et Kissr chez un même organisme, nous nous sommes intéressés à l'anguille européenne qui possède, comme nous l'avons montré, deux Kiss et trois Kissr. L'étude de ce modèle a apporté un éclairage nouveau sur la fonctionnalité de ce système chez les vertébrés, avec la découverte d'un effet inhibiteur sur l'expression de la LHβ hypophysaire, alors que certains composants du système pourraient avoir un rôle stimulateur classique sur la GnRH cérébrale. Cette thèse a permis d'illustrer la complexité du système kisspeptine, tout en clarifiant sa classification et son histoire évolutive

De par leur importante diversité phénotypique (10000 espèces), les oiseaux ont colonisé la plupart des niches écologiques, aussi " extrêmes " soient-elles. Les zones polaires (Arctique et Antarctiques) et le climat extrêmement froid qui les aractérise, suscitent l'intérêt de nombreuses études. Ce travail de thèse avait pour but d'explorer les différents mécanismes intervenant dans la mise en place de la thermorégulation chez l'oiseau. Nous nous sommes principalement intéressés, par une approche intégrative, de l'animal entier (méthodes de calorimétrie indirecte) à l'expression génique (techniques de RT-PCR), à caractériser les modifications métaboliques et l'implication d'une protéine découplante (avUCP) dans les mécanismes de thermorégulation, et principalement la thermogenèse sans frisson (NST) en réponse à une exposition chronique au froid.Au cours de deux études menées chez le caneton de Barbarie, nous avons démontré l'aspect " adaptatif " de la NST ainsi que l'implication potentielle de l'UCP aviaire dans ce mécanisme en faisant varier tout d'abord la température d'acclimatation puis la durée d'exposition pour caractériser la mise en place de la NST au cours de la croissance. Lors d'une troisième étude, nous nous sommes intéressés à une étape clé de la vie des manchots royaux (passage en mer) caractérisée par un stress thermique important et une activité physique accrue dus aux longs séjours en eau froide. Ce contexte environnemental et physiologique entraine nécessairement des adaptations métaboliques, comme la mise en place d'un métabolisme lipidique efficace soutenant ainsi les dépenses énergétiques accrues lors des voyages en mer.

Dans cette thèse, nous nous sommes intéressés aux réponses comportementales des poissonsd'un grand fleuve aménagé aux variations fréquentes et contrastées de l'environnement (débit,température et photopériode), de manière à comprendre (1) comment les poissons réagissent àces variations et (2) s'ils ont mis en place des stratégies comportementales en réponse à cesvariations.Le jeu de données comportementales utilisé dans cette thèse est issu d'un suivi télémétriquede 89 jours permettant l'enregistrement en continu de positions de 61 poissons, dont 23barbeaux, 19 chevaines et 11 silures. Le site d'étude est un secteur du Rhône de 2 km soumis àdes éclusées et situé au droit de la centrale nucléaire du Bugey qui rejette de l'eau échauffée enrive droite. Il est le sujet d'une modélisation hydrodynamique 2D permettant de connaitre en toutpoint du site et pour toutes valeurs du débit, les conditions abiotiques locales.De manière à connaitre la qualité des positions acquises durant le suivi télémétrique etcomprendre comment la performance du système de télémétrie est susceptible de varier au coursdu suivi des déplacements de poissons, la précision de ce système a été préalablement étudiéedans cette thèse. Pour la meilleure des combinaisons de variables intrinsèques possibles, laprobabilité de détection varie de 0 à 80 %, et l'erreur moyenne est de 3-5 m dans le chenal et <10 m en berges. La configuration géométrique des hydrophones situés autour de l'émetteuracoustique ajuste la probabilité de détection, alors que le réglage des paramètres de traitementdes signaux acoustiques ajuste l'erreur de positionnement.Les données de position couplées au modèle hydrodynamique ont permis de déterminer lespréférences d'habitat des poissons, leur distribution spatiale et leur mouvement en fonction desvariations de l'environnement (phases de la photopériode, valeur du débit et température del'eau). Les préférences d'habitat des trois espèces sont orientées vers des profondeurs < 1.4 m,des vitesses < 0.4 m.s-1 et un substrat grossier (plutôt caillou et pierre). La différence principaleest observée avec la température de l'eau : les cyprinidés préfèrent des températures < 22°C,alors que les silures préfèrent des températures > 23°C. Ces préférences d'habitat varientmajoritairement avec le débit puisque les trois espèces préfèrent à débit élevé (> 630 m3.s-1) deshabitats ayant des caractéristiques physiques hydrauliquement moins contraignantes(profondeurs et vitesses moins importantes et un substrat plus grossier). La photopériode agitprincipalement sur le mouvement des poissons (les barbeaux sont crépusculaires, les chevainesdiurnes et les silures nocturnes) alors que le débit et la température modifient la distributionspatiale des espèces. Les cyprinidés utilisent très peu la zone échauffée (< 10 % du temps) alorsque les silures passent ~ 55 % de leur temps dans cette zone. Lors des heures de débit élevé, lespoissons utilisent majoritairement les berges et exploitent rarement le chenal. Enfin, les variablesenvironnementales agissent de manière combinée sur le comportement des poissons, parexemple pour les cyprinidés qui profitent des débits faibles durant leurs phases d'activité pourexploiter temporairement des habitats devenus accessibles.Les poissons du Bugey ont donc mis en place des stratégies comportementales baséesessentiellement sur une utilisation importante des zones de berge qui leur permettent de réaliserla majorité de leurs fonctions vitales. Les différentes espèces présentent une grande fidélité àquelques habitats clé qu'ils utilisent fréquemment tout au long de la journée, mais qu'ils peuventquitter durant certaines combinaisons de variations environnementales

Cette thèse a pour objectif l'étude épidémiologique de zoonoses chez le sanglier en Corse afin d'éclairer l'analyse et la gestion du risque zoonotique. La première partie décrit la démarche d'analyse du risque et les données nécessaires à son estimation, met en évidence que le sanglier, porteur potentiel de nombreux agents pathogènes, est un modèle biologique intéressant pour le suivi de maladies transmissibles à l'Homme par ingestion ou manipulation de carcasses, et décrit le contexte d'étude, la Corse, notamment sur le plan cynégétique et de l'élevage. La seconde partie présente le dispositif mis en place pour la collecte des données, un réseau d'épidémiosurveillance active à l'échelle de la région insulaire, puis l'étude épidémiologique de trois agents zoonotiques (respectivement maladies) : Trichinella britovi (trichinellose), Toxoplasma gondii (toxoplasmose) et Mycobacterium bovis (tuberculose bovine). A l'issue de nos travaux, le risque de trichinellose, avéré en 2004, demeure difficile à évaluer mais plausible, nécessitant le maintien des consignes de prévention (cuisson de la viande, test des carcasses commercialisées). Le risque de toxoplasmose est fort sur l'ensemble de l'île et davantage encore dans les zones à forte densité d'exploitations agricoles. Le risque de tuberculose apparaît majeur à considérer, le bacille étant présent à la fois chez les sangliers et chez des porcs ou bovins de quatre régions corses. Nos travaux concluent en l'importance d'une meilleure gestion des carcasses et viscères d'animaux sanvages et domestiques, et la nécessité d'une coordination pérenne du dispositif mis en place pour le suivi des zoonoses en Corse.

Les interactions de la lumière avec les tissus biologiques sont à l'origine de plus en plus de techniques de caractérisation. Parmi elles, la mesure de la polarisation de la fluorescence offre la possibilité d'étudier l'organisation des tissus biologiques. L'objectif de ce travail était de mettre au point une méthode de mesure de l'anisotropie de fluorescence des tissus musculaires, afin de comprendre leur évolution structurale post mortem et de tracer des pistes en vue de l'élaboration de capteurs non destructifs de la qualité des aliments. Une revue bibliographique présente la notion d'anisotropie de fluorescence et la structure et les propriétés optiques des tissus musculaires. La mise en oeuvre des dispositifs expérimentaux est décrite. Un modèle mathématique basé sur la répartion géométrique et les propriétés du trytophane est proposé. Les différents plans d'expérience menés présentent le potentiel d'application de cette méthode pour la caractérisation des produits carnés