La mutation Texel Belge induit une hypertrophie musculaire. Elle affecte le gène codant pour la myostatine et touche l'ensemble de la musculature. Toutefois les mécanismes physiologiques et biochimiques sous-jacents ne sont pas encore élucidés. Notre étude est axée sur la fraction sarcoplasmique du protéome dans laquelle se trouvent les protéines du métabolisme et des voies de transduction. L'étude comparative en gels d'électrophorèse 2D porte sur des muscles d'homozygotes Texel et d'homozygotes Romanov au locus. En comparant des muscles aux compositions variées et présentant divers degrés de développement, nous avons montré qu'il existait des variations caractérisants chaque muscle, de l'expression des protéines du métabolisme énergétique et de la machinerie associée. La comparaison des génotypes montre une surexpression des métabolisme energétiques, glycolytiques et oxydatif, chez les TT; 2 protéines marquent le génotype TT: la transferrine ( en plus) et l'A1AT (en moins). L'étude des ARNm montre que ni la transferrine ni l'A1AT ne sont régulés au niveau transcriptionnel et que les ARNm de la myostatine sont sous-exprimés dans le génotype TT. Ces trois sont plus exprimés chez les foetus que dans les muscles adultes. Ce qui laisse supposer, pour ces gènes, un rôle important dans le développement musculaire

Les objectifs de cette étude sont de caractériser des altérations des qualités sensorielles et technologiques de la viande de dinde et de mettre en relation ces altérations avec les caractéristiques des protéines musculaires. Nous avons, tout d'abord, sélectionné des muscles Pectoralis major (PM) de dindes en fonction de leur couleur. Les propriétés sensorielles et technologiques de la viande ne diffèrent jamais entre le groupe ayant une couleur « normale » et le groupe ayant une couleur « pâle » (expérience couleur). Dans un deuxième temps, nous avons essayé d'analyser l'effet de la vitesse de chute du pH post mortem sur la qualité de la viande issue du PM de dinde. Cet effet a été mesuré avec différents types génétiques de dindes : des souches BUT9 (expériences BUT9.1 et BUT9.2) et BIG6 (expérience BIG6) comparées dans des conditions d'abattage commercial ou des souches BUT9 et Label Rouge (expérience Label) comparées en générant artificiellement le défaut PSE. Nos différentes expériences montrent que le pouvoir de rétention en eau et la texture de la viande sont diminués lorsque la glycolyse musculaire post mortem est accélérée. Par contre, la couleur de la viande est peu affectée. Nous avons aussi mis en évidence des altérations de protéines de structure (α-actinine), de protéines contractiles (actine et chaîne lourde de la myosine) et de protéines sarcoplasmiques (GAPDH, aldolase A, myokinase, ATP synthase et phosphorylase). Le type génétique des dindes ne semble pas être déterminant dans l'augmentation de l'apparition des défauts de qualité de viande.

Le redressement du peuplier suite à une stimulation gravitationnelle implique un processus de courbure locale lié à une élongation différentielle dans les zones en croissance primaire et un processus de courbure lié à la différenciation du bois de réaction dans les zones en croissance secondaire. Ces modifications morphogénétiques sont détectées au niveau de la région basale et apicale de la tige de peuplier inclinée. La région basale a développé le bois de tension une semaine après l'inclinaison, alors que la région apicale est réorientée 24 h après l'inclinaison. Ceci implique que les tissus de la région basale et apicale de la tige répondent de façon différente à l'inclinaison. Une étude d'expression menée au niveau du transcriptome a été réalisée à partir des ARNm extraits de tiges ayant été ou non inclinées pendant 45 min. En 45 min., la plante ne s'est pas redressée, mais a perçu le signal. Cette approche a permis d'identifier des transcrits de gènes impliqués dans la graviperception. L'étude de la régulation du transcriptome a été élargie par une analyse de la variation de l'accumulation des protéines extraites de tiges inclinées ou non. Les profils d'électrophorèse bidimensionnelle des conditions non stressées et stressées de la région basale et apicale ont montré une variation dans l'accumulation des protéines. Une analyse par RT-PCR quantitative de certaines protéines différentielles dont l'activité est potentiellement régulée par la thioredoxine (Trx) montre une accumulation de transcrits variable entre la région apicale et basale et des changements d'expression rapides et transitoires. Une étude complémentaire sur 2 thiorédoxines (Trx) (western blot, immunolocalisation in situ) a permis de montrer d'une part l'expression de Trx h1 une semaine après l'inclinaison et d'autre part la localisation de Trx h1 et Trx h2 au niveau des amyloplastes. L'ensemble de ces résultats a conduit à suggérer que les évènements moléculaires conduisant à la réorientation de la tige sont différents selon le tissu analysé. Probablement, chaque partie de la tige reçoit et répond différemment au signal gravité.

Listeria monocytogenes est l'agent étiologique de la listériose, une infection d'origine alimentaire peu fréquente mais avec un taux de mortalité de 25% chez l'homme. Nous avons d'abord caractérisé un mutant ferritine et montré l'importance du produit de ce gène dans la virulence, la résistance à des conditions de carence en fer et de stress thermique ou oxydatif. Nous nous sommes ensuite intéressés à la biodiversité de L. monocytogenes, par une approche protéomique, en étudiant 12 souches d'origines, de sérovars et de niveaux de virulence variés. Sur la base des profils des protéines intracellulaires et sécrétées, une classification hiérarchique a montré deux groupes distincts, l'un comprenant les souches de sérovar 1/2a, l'autre les souches de sérovar 4b et 1/2b. Des spots protéiques spécifiques de chaque souche et des différents sérovars ont été identifiés par spectrométrie de masse MALDI-TOF avec pour objectif de mieux hiérarchiser et gérer le risque dû à L. monocytogenes.

Infection fongique opportuniste, l’aspergillose pulmonaire invasive reste redoutée au sein des services hospitaliers d’onco-hématologie, de réanimation ou de transplantations d’organes. Le diagnostic, tant clinique que biologique, souffre globalement d’un manque de sensiblité et de spécificité. De ce fait, le développement de nouveaux marqueurs d’infection semble nécessaire pour améliorer la prise en charge des patients à risque. Dans ce sens, nous avons d’abord mis au point un modèle murin nous permettant d’explorer la maladie aspergillaire avec reproductibilité. Nous avons ensuite étudié le compartiment pulmonaire des rats grâce à deux techniques permettant l’exploration protéomique de leurs liquides de lavages broncho-alvéolaires (LBA). La spectrométrie de masse MALDI-TOF a premièrement dessiné des profils protéiques reproductibles, spécifiques de l’état infecté. L’électrophorèse bidimensionnelle, suivie d’une étude comparative statistique, a ensuite sélectionné 20 spots protéiques surrepreséntés au cours de l’aspergillose expérimentale. Leur caractérisation en spectrométrie de masse a abouti à l’identification de 16 protéines, dont une présentait un intérêt tout particulier car jamais décrite jusqu’ici : ITIH4. Une analyse par western blotting a confirmé la surabondance de cette protéine dans tous les LBA de rats malades, ainsi que son augmentation relative dans le sérum après initiation de l’aspergillose expérimentale. De même, une tendance similaire a été observée dans des LBA d’origine humaine. / Opportunistic fungal infection, invasive aspergillosis is still much feared in the hematologyoncology departments, intensive care units and organ transplant centres. Diagnosis globally suffers from a lack of sensibility and specificity. Therefore, the development of new markers of infection seems necessary to improve the management of patients at risk. In this sense, we first developed a rat model which closely mimics the human disease. We were then able to study the pulmonary compartment of infected rats by the means of two proteomic techniques carried out within their bronchial-oalveolar lavage fluids (BALF). MALDI-TOF mass spectrometry first designed reproducible protein profiles of infected BALF, like a finger print. Two-dimensional electrophoresis, followed by a comparative statistical study, then selected 20 spots overrepresented in experimental aspergillosis. Their characterization by mass spectrometry led to the successful identification of 16 proteins. One of them was of a particular interest because never described so far: ITIH4. Analysis by western blotting confirmed the overabundance of this protein in all infected rat BALF, as well as a relative increase in the serum after initiation of the experimental aspergillosis. Likewise, a similar trend was observed in BALF of human origin.

Les plantes perçoivent et enregistrent les stimuli environnementaux. Du fait de leur immobilité, elles y répondent principalement par des modifications de leur croissance et de leur morphogenèse. La modification transitoire de la concentration du calcium libre dans divers compartiments cellulaires semble avoir un rôle fondamental dans les mécanismes de perception. Les systèmes de transduction des signaux font aussi intervenir des kinases pour véhiculer l'information jusqu'au noyau cellulaire et générer une réponse spécifique. Dans ce travail nous avons étudié l'effet de stimuli abiotiques (stress mécaniques, de froid ou exposition à des micro-ondes de fréquence 0.9 et 105 GHz à une puissance non thermique) chez le lin (Linum usitatissimum L.) et Arabidopsis thaliana. Chez le lin, le modèle de la production de méristèmes épidermiques hypocotylaires nous a permis d'analyser les effets des différents stimuli en l'absence ou en présence d'inhibiteurs de canaux calciques et de chélateur du calcium. En parallèle nous avons développé l'analyse protéomique de l'hypocotyle de lin. Ainsi, nous avons établi un critère statistique permettant d'améliorer la fiabilité de détermination des changements observés sur une carte protéique obtenue par 2-DE. De plus, afin de déterminer si certains changements observés correspondent à des phosphorylations, nous avons mis au point une nouvelle technique d'analyse par spectrométrie de masse d'ions secondaires permettant de détecter directement la présence de phosphore dans un spot après une séparation électrophorétique et qui pourrait permettre la mise en évidence de phosphorylations difficiles à observer par les méthodes conventionnelles. L'analyse protéomique chez le lin a révélé que 4 protéines au moins interviennent dans la réponse rapide aux stimuli mécaniques, 7 à un choc de froid et 3 à une irradiation à 0.9 GHz. Les effets des inhibiteurs de canaux calciques et de l'EGTA portent sur 5 protéines et ceux d'une déplétion calcique (nécessaire pour induire la formation de méristèmes) sur 7. Cependant 5 parmi ces protéines sont affectées de la même façon par deux à quatre de ces stimuli et ont probablement un rôle fondamental dans le traitement des signaux abiotiques chez le lin. Parmi ces protéines une seule impliquée dans la réponse à un choc de froid a été identifiée comme étant la saccharopine déshydrogénase. L'absence de bases de données sur le lin rend difficile l'identification des protéines modifiées par les stimuli. Ainsi en utilisant le modèle Arabidopsis thaliana nous avons mis en évidence des modifications concernant quatre protéines après un choc de froid et outre ces quatre, deux autres après une irradiation de 2 h à 0.9 GHz. Parmi les protéines modifiées par ces deux stimuli, 2 ont été identifiées : l'anhydrase carbonique et la spermidine synthase. De plus l'une des protéines affectées spécifiquement par le rayonnement à 0.9 GHz est une protéine homologue aux phérophorines. Nous avons ainsi apporté des données nouvelles permettant d'avancer dans la compréhension des phases précoces du traitement des signaux abiotiques chez les plantes. En particulier nous avons montré que, de façon inattendue, les plantes perçoivent le rayonnement électromagnétique dans le domaine des GHz en utilisant probablement les voies de transduction des signaux abiotiques.