Lors de l'assemblage de wafers par adhésion moléculaire, un mince film d'air est piégé entre les deux wafers, créant ainsi un système fluide/structure couplé. La qualité finale de l'assemblage dépend fortement de la dynamique de ce système. L'initiation et la propagation du collage ont été étudiées, en régime transitoire, en utilisant un modèle de plaques minces couplée avec l'équation de Reynolds. La résolution numérique de l'équation, ainsi que la mesure optique du déplacement vertical de la plaquette durant le collage, nous a permis de valider le modèle et de mieux comprendre la dynamique du collage. Dans la continuité de cette étude, nous avons proposé une expression analytique de la courbure finale de l'assemblage en fonction des forces en jeu pendant le collage, ceci en utilisant à nouveau la théorie des plaques minces et en considérant l'existence d'un saut de déformation transverse le long de l'interface collée. Ce modèle a été validé par une expérience, impliquant le collage de wafers d'épaisseur différentes et en prenant soin de contrôler l'ensemble des forces agissant sur ces wafers. Nous observons une influence importante du film d'air sur la forme finale des wafers. En complément, un modèle du travail d'adhésion a été développé prenant en compte, à la fois, la rugosité d'interface et la quantité d'eau adsorbée. La différence de répartition de l'eau à l'interface de collage, nous permet d'expliquer les résultats expérimentaux montrant des valeurs d'énergie de séparation supérieure à celle de l'adhésion. Enfin, nous proposons une nouvelle méthode de mesure du travail d'adhésion pour la géométrie entière des wafers, utilisant la mesure de la taille d'une bulle cylindrique intentionnellement créée, par un petit objet, à l'interface de collage.