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Design and synthesis of substituted cyclopropanes as conformationally restrained dipeptide mimicsDorsey, Gordon Owen. January 1992 (has links)
Thesis (M.A. in Chemistry)--University of Texas at Austin, May 1992. / "May 1992." Description based on title screen as viewed on April 8, 2009. Includes bibliographical references (p. 94-101). Also available in print.
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Metal coordination directed folding of intramolecularly hydrogen-bonded dendronsPreston, Sarah Suzanne, January 2005 (has links)
Thesis (Ph. D.)--Ohio State University, 2005. / Title from first page of PDF file. Includes bibliographical references (p. 193-213).
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Computational simulation of biological systems studies on protein folding and protein structure prediction /Zhang, Wei. January 2005 (has links)
Thesis (Ph. D.)--University of Delaware, 2005. / Principal faculty advisor: Yong Duan, Dept. of Chemistry & Biochemistry. Includes bibliographical references.
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Estudo teórico-experimental de complexo metálico de amilopectinaLeite, Daiani Canabarro January 2013 (has links)
Polímeros com funções quelantes têm sido amplamente encontrados no campo de separação e recuperação de íons metálicos de efluentes, sendo também utilizados na área de cosmetologia. O polímero utilizado neste trabalho foi obtido pela solubilização do Amidex 40003, amido geneticamente modificado contendo majoritariamente amilopectina, utilizando a mistura dimetilsulfóxido (DMSO)/H2O 90/10% v/v como solvente. O objetivo foi a formação de complexos de amilopectina com os íons metálicos Cr3+, Fe3+, Cu2+, Ni2+, Co2+ e Pb2+ nas formas de sais de acetato, nitrato e cloreto. O estudo buscou a otimização de alguns fatores considerados importantes para a obtenção de melhores rendimentos de reação, realizados através de um planejamento fatorial completo 23, nos quais as variáveis estudadas foram temperatura, tempo e massa do sal. Além disso, foram realizadas análises de pH, condutividade, infravermelho (FT-IR), UV-Visível (UV-Vis) e termogravimetria (TGA) para a comprovação dos complexos formados e para o estudo aprofundado das mudanças ocorridas nas características do polímero. O estudo também compreendeu a realização de cálculos ab initio utilizando a Teoria do Funcional da Densidade (DFT) com o intuito de entender a conformação da amilopectina no vácuo e em solvente implícito, obter um espectro vibracional teórico da amilopectina a fim de comparação com aquele obtido experimentalmente e, através do cálculo de cargas parciais, verificar os potenciais sítios de coordenação da amilopectina na complexação com o metal. Na primeira etapa experimental do trabalho foi verificado através do cálculo do efeito das variáveis que os fatores tempo e massa do sal devem ser mantidas no nível superior (+) e o fator temperatura deve ser mantido no nível inferior (-). As análises de pH, condutividade, FT-IR, UV-Vis e TGA evidenciaram a formação dos complexos devido às mudanças observadas antes e após a complexação. O estudo conformacional teórico da amilopectina revelou a importância dos efeitos estereoeletrônicos e a influência do conjunto de base utilizado no cálculo. O cálculo das cargas parciais mostrou que os prováveis sítios de coordenação da amilopectina são os oxigênios ligados ao C2 e C3, corroborando com dados da literatura. O espectro vibracional teórico apresentou resultados correlacionáveis com aqueles encontrados experimentalmente. / Polymers with chelating functions have been widely found in the field of separation and recovery of metal ions from wastewater and are also used in the cosmetology area. The polymer used in this work was the Amidex 40003, a genetically modified starch containing mostly amylopectin, using the mixture dimethylsulfoxide (DMSO)/H2O 90/10% v/v as solvent. The purpose was the formation of amylopectin complexes with Cr3+, Fe3+, Cu2+, Ni2+, Co2+ and Pb2+ metal ions in the form of acetate, nitrate and chloride salts. The study sought to optimize some factors considered important for obtaining better reaction yields, carried out through a 23 full factorial design, which the variables studied were temperature, time and mass of salt. In addition, analysis of pH, conductivity, infrared (FT-IR), UV-Visible (UV-Vis) and thermogravimetry (TGA) were performed to prove the complexes formed and for detailed study of the changes in the polymer characteristics. The study also included the achievement of ab initio calculations using Density Functional Theory (DFT) in order to understand the amylopectin conformation in vacuum and implicit solvent, get a theoretical vibrational spectrum of amylopectin in order to compare with the one experimentally obtained and, through the partial charges calculation, check the potential amylopectin coordination sites in the complexation with the metal ion. In the first step of the experimental work was verified by variables effect calculations that time and mass of salt variables should be maintained at the higher level (+) and the temperature variable should be maintained at the lower level (-). Analysis of pH, conductivity, FT-IR, UV-Vis and TGA proved the complexes formation due to the changes observed before and after complexation. The theoretical conformational study of amylopectin showed the significance of stereo electronics effects and the influence of the basis set used in the calculation. Partial charges calculation showed that the probable amylopectin coordination sites are the oxygen atoms connected to C2 and C3, confirming literature data. The theoretical vibrational spectrum presented results comparable with those experimentally found.
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Estudo teórico-experimental de complexo metálico de amilopectinaLeite, Daiani Canabarro January 2013 (has links)
Polímeros com funções quelantes têm sido amplamente encontrados no campo de separação e recuperação de íons metálicos de efluentes, sendo também utilizados na área de cosmetologia. O polímero utilizado neste trabalho foi obtido pela solubilização do Amidex 40003, amido geneticamente modificado contendo majoritariamente amilopectina, utilizando a mistura dimetilsulfóxido (DMSO)/H2O 90/10% v/v como solvente. O objetivo foi a formação de complexos de amilopectina com os íons metálicos Cr3+, Fe3+, Cu2+, Ni2+, Co2+ e Pb2+ nas formas de sais de acetato, nitrato e cloreto. O estudo buscou a otimização de alguns fatores considerados importantes para a obtenção de melhores rendimentos de reação, realizados através de um planejamento fatorial completo 23, nos quais as variáveis estudadas foram temperatura, tempo e massa do sal. Além disso, foram realizadas análises de pH, condutividade, infravermelho (FT-IR), UV-Visível (UV-Vis) e termogravimetria (TGA) para a comprovação dos complexos formados e para o estudo aprofundado das mudanças ocorridas nas características do polímero. O estudo também compreendeu a realização de cálculos ab initio utilizando a Teoria do Funcional da Densidade (DFT) com o intuito de entender a conformação da amilopectina no vácuo e em solvente implícito, obter um espectro vibracional teórico da amilopectina a fim de comparação com aquele obtido experimentalmente e, através do cálculo de cargas parciais, verificar os potenciais sítios de coordenação da amilopectina na complexação com o metal. Na primeira etapa experimental do trabalho foi verificado através do cálculo do efeito das variáveis que os fatores tempo e massa do sal devem ser mantidas no nível superior (+) e o fator temperatura deve ser mantido no nível inferior (-). As análises de pH, condutividade, FT-IR, UV-Vis e TGA evidenciaram a formação dos complexos devido às mudanças observadas antes e após a complexação. O estudo conformacional teórico da amilopectina revelou a importância dos efeitos estereoeletrônicos e a influência do conjunto de base utilizado no cálculo. O cálculo das cargas parciais mostrou que os prováveis sítios de coordenação da amilopectina são os oxigênios ligados ao C2 e C3, corroborando com dados da literatura. O espectro vibracional teórico apresentou resultados correlacionáveis com aqueles encontrados experimentalmente. / Polymers with chelating functions have been widely found in the field of separation and recovery of metal ions from wastewater and are also used in the cosmetology area. The polymer used in this work was the Amidex 40003, a genetically modified starch containing mostly amylopectin, using the mixture dimethylsulfoxide (DMSO)/H2O 90/10% v/v as solvent. The purpose was the formation of amylopectin complexes with Cr3+, Fe3+, Cu2+, Ni2+, Co2+ and Pb2+ metal ions in the form of acetate, nitrate and chloride salts. The study sought to optimize some factors considered important for obtaining better reaction yields, carried out through a 23 full factorial design, which the variables studied were temperature, time and mass of salt. In addition, analysis of pH, conductivity, infrared (FT-IR), UV-Visible (UV-Vis) and thermogravimetry (TGA) were performed to prove the complexes formed and for detailed study of the changes in the polymer characteristics. The study also included the achievement of ab initio calculations using Density Functional Theory (DFT) in order to understand the amylopectin conformation in vacuum and implicit solvent, get a theoretical vibrational spectrum of amylopectin in order to compare with the one experimentally obtained and, through the partial charges calculation, check the potential amylopectin coordination sites in the complexation with the metal ion. In the first step of the experimental work was verified by variables effect calculations that time and mass of salt variables should be maintained at the higher level (+) and the temperature variable should be maintained at the lower level (-). Analysis of pH, conductivity, FT-IR, UV-Vis and TGA proved the complexes formation due to the changes observed before and after complexation. The theoretical conformational study of amylopectin showed the significance of stereo electronics effects and the influence of the basis set used in the calculation. Partial charges calculation showed that the probable amylopectin coordination sites are the oxygen atoms connected to C2 and C3, confirming literature data. The theoretical vibrational spectrum presented results comparable with those experimentally found.
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Estudo de variações conformacionais da crotamina em diferentes ph´s, por espalhamento de raio-x à baixo ângulo / SAXS study of conformational changes of crotamine under several pH\'sJosé Ramon Beltran Abrego 12 March 1982 (has links)
Mediante a técnica de espalhamento de raio-X a baixos ângulos por macromoléculas em solução, estudou-se as variações de forma e tamanho da crotamina, proteína básica e neurotóxica do veneno das cascavéis (crotalus durissus terrificus), em diferentes condições de pH e uma concentração de 10% visando a determinação dos valores do raio de giro. Este raio, RG, é definido como RG = (∫vr2 ρ rσ dvσ) 1 ⁄ 2 onde v é o volume da macromolécula, r o módulo do vetor posição rσ com origem no centro de massa, ρ (rσ) a densidade eletrônica e n o número de elétrons da macromolécula. Este parâmetro não conduz obviamente ao conhecimento completo da estrutura da macromolécula, mas a sua determinação possibilita estudo de variações conformacionais de forma relativamente simples em sistemas com condições semelhantes às biológicas. Os valores do raio de giro foram determinados mediante gráficos de Guinier (Log JN(s) vs s2, onde s é o módulo do vetor posição do espaço recíproco e JN(s) a intensidade normalizada e livre de espalhamento parasita). Preliminarmente, foi feito um estudo com oxi-hemoglobina, Insulina e hemoglobina de caramujo, por apresentarem características semelhantes às da crotamina, isto é, serem do tipo globular e de forma aproximadamente esférica com o objetivo de familiarizar-se com a técnica experimental e testar a aparelhagem. Os valores de raio de giro deduzidos para a oxi-hemoglobina RGOX= 23.9 ± 0.7 (A °), Insulina RGI= 18.4 ± 0.5 (A °), e hemoglobina de caramujo RGhc= 92 ± 2 (A°), concordam satisfatoriamente com resultados previamente encontrados na literatura. Os valores de raio de giro medido para as diferentes soluções de crotamina encontram-se em bom acordo com a teoria e com o valor do raio de giro esperado de crotamina REC= 9.7 A° / The small angle x-ray scattering technique was used in order to determine the radius of gyration of crotamine, a basic and neurotoxic protein from rattle snake venom, in 10% solutions at different PHs. The radius of gryration, RG is defined as: RG = (∫vr2 ρ rσ e dvσ) 1 ⁄ 2 Where: v is the volume of the macromolecule, r is the modulus of the position vector r with origin at the center of mass, ρ (rσ) is the electronic density and n the number of electrons of the macromolecule. This parameter does not give a complete information about the structure of the macromolecule but it is possible to get information about conformation to close to the biological ones. The values of the radius of gyration were fdetermined by means of the Guinier graphics (Log JN(s) vs s2, where s is the magnitude of the scattering vetor and JN(s) is the normalized intensity. In order to get familiar wi th the experimental technique and to test the equipment the study of oxihaemoglobin, Insulin and sea-mail hemoglobin was done. This proteins are very similar to crotamine in the sense that they are globular type and almost of the same spherical shape. The values of the radius of gyration obtained agree very well with the reported ones: Oxihaemoglobin RGOX= 23.9 ± 0.7 (A °), Insulin RGI= 18.4 ± 0.5 (A °), and sea-mail hemoglobin RGhc= 92 ± 2 (A°). The values od the radius of gyration measured for the different solution of crotamine are in good agreement with the calculated and with the expected value REC= 9.7 A°
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Estudo teórico-experimental de complexo metálico de amilopectinaLeite, Daiani Canabarro January 2013 (has links)
Polímeros com funções quelantes têm sido amplamente encontrados no campo de separação e recuperação de íons metálicos de efluentes, sendo também utilizados na área de cosmetologia. O polímero utilizado neste trabalho foi obtido pela solubilização do Amidex 40003, amido geneticamente modificado contendo majoritariamente amilopectina, utilizando a mistura dimetilsulfóxido (DMSO)/H2O 90/10% v/v como solvente. O objetivo foi a formação de complexos de amilopectina com os íons metálicos Cr3+, Fe3+, Cu2+, Ni2+, Co2+ e Pb2+ nas formas de sais de acetato, nitrato e cloreto. O estudo buscou a otimização de alguns fatores considerados importantes para a obtenção de melhores rendimentos de reação, realizados através de um planejamento fatorial completo 23, nos quais as variáveis estudadas foram temperatura, tempo e massa do sal. Além disso, foram realizadas análises de pH, condutividade, infravermelho (FT-IR), UV-Visível (UV-Vis) e termogravimetria (TGA) para a comprovação dos complexos formados e para o estudo aprofundado das mudanças ocorridas nas características do polímero. O estudo também compreendeu a realização de cálculos ab initio utilizando a Teoria do Funcional da Densidade (DFT) com o intuito de entender a conformação da amilopectina no vácuo e em solvente implícito, obter um espectro vibracional teórico da amilopectina a fim de comparação com aquele obtido experimentalmente e, através do cálculo de cargas parciais, verificar os potenciais sítios de coordenação da amilopectina na complexação com o metal. Na primeira etapa experimental do trabalho foi verificado através do cálculo do efeito das variáveis que os fatores tempo e massa do sal devem ser mantidas no nível superior (+) e o fator temperatura deve ser mantido no nível inferior (-). As análises de pH, condutividade, FT-IR, UV-Vis e TGA evidenciaram a formação dos complexos devido às mudanças observadas antes e após a complexação. O estudo conformacional teórico da amilopectina revelou a importância dos efeitos estereoeletrônicos e a influência do conjunto de base utilizado no cálculo. O cálculo das cargas parciais mostrou que os prováveis sítios de coordenação da amilopectina são os oxigênios ligados ao C2 e C3, corroborando com dados da literatura. O espectro vibracional teórico apresentou resultados correlacionáveis com aqueles encontrados experimentalmente. / Polymers with chelating functions have been widely found in the field of separation and recovery of metal ions from wastewater and are also used in the cosmetology area. The polymer used in this work was the Amidex 40003, a genetically modified starch containing mostly amylopectin, using the mixture dimethylsulfoxide (DMSO)/H2O 90/10% v/v as solvent. The purpose was the formation of amylopectin complexes with Cr3+, Fe3+, Cu2+, Ni2+, Co2+ and Pb2+ metal ions in the form of acetate, nitrate and chloride salts. The study sought to optimize some factors considered important for obtaining better reaction yields, carried out through a 23 full factorial design, which the variables studied were temperature, time and mass of salt. In addition, analysis of pH, conductivity, infrared (FT-IR), UV-Visible (UV-Vis) and thermogravimetry (TGA) were performed to prove the complexes formed and for detailed study of the changes in the polymer characteristics. The study also included the achievement of ab initio calculations using Density Functional Theory (DFT) in order to understand the amylopectin conformation in vacuum and implicit solvent, get a theoretical vibrational spectrum of amylopectin in order to compare with the one experimentally obtained and, through the partial charges calculation, check the potential amylopectin coordination sites in the complexation with the metal ion. In the first step of the experimental work was verified by variables effect calculations that time and mass of salt variables should be maintained at the higher level (+) and the temperature variable should be maintained at the lower level (-). Analysis of pH, conductivity, FT-IR, UV-Vis and TGA proved the complexes formation due to the changes observed before and after complexation. The theoretical conformational study of amylopectin showed the significance of stereo electronics effects and the influence of the basis set used in the calculation. Partial charges calculation showed that the probable amylopectin coordination sites are the oxygen atoms connected to C2 and C3, confirming literature data. The theoretical vibrational spectrum presented results comparable with those experimentally found.
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Análise conformacional das 2-feniltio, 2-fenilsulfinil e 2-fenilsulfonil-N,N-dietilacetamidas e 2-feniltio, 2-fenilsulfinil e 2-fenilsulfonil-cicloexanonas 4\'-substituídas / Conformational analysis of 2-phenylthio; 2-phenylsulfinyl; 2- phenylsulfonyl N,N-diethylacetamides and 2-phenylthio; 2-phenylsulfonyl; 2- phenylsulfinyl cyclohexanones 4\'-substituted seriesElisângela Vinhato 03 April 2007 (has links)
A presente tese trata da síntese e a análise conformacional de seis séries de compostos: 2-feniltioN;N-dietilacetamidas 4\'-substituídas (I); 2-fenilsulfinil-N,N-dietilacetamidas 4\'-substituídas (II); 2-fenilsulfonil-N,N-dietilacetamidas 4\'-substituídas (III); 2-feniltio-cicloexanonas 4\'-substituídas (IV); 2-fenilsulfonil-cicloexanonas 4\'-substituídas (V); 2-fenilsulfinil-cicloexanonas 4\'substituídas (IV). O estudo conformacional foi realizado por intermédio das espectroscopias no IV e RMN de hidrogênio, apoiados por cálculos teóricos. A análise de vCO no infravermelho para as séries I, II e III, de forma geral, se correlaciona bem com os cálculos em HF e B3LYP os quais demonstram a ocorrência de duas conformações estáveis para os compostos da série (I), tendo o confôrmero gauche mais estável em relação ao confôrmero cis. O efeito dos substituintes da série (I), observado experimentalmente, é mais concordante com os resultados calculados em B3LYP do que em HF. Com relação à série (II), há apenas uma conformação estável, ou seja, a cis, no gás e em solventes de diferentes polaridades. A série (III) apresentou a existência de três conformações estáveis, sendo duas conformações gauche de maior estabilidade que a terceira conformação cis (no gás e no solvente de baixa polaridade: CCl4). Nas séries das cicloexanonas (IV, V e VI) a análise de vCO no infravermelho e RMN de hidrogênio apresentou a conformação axial como preferencial em CCl4, sendo que esta preferência passou para equatorial em CH3CN (CD3CN). Os cálculos ab initio (HF) reproduziram o resultado experimental em CCl4, apenas para os derivados 2-fenilsulfonil-cicloexanonas 4\'-substituídas (V). Por outro lado, para estas cicloexanonas (IV - VI) os cálculos em B3LYP estão mais concordantes com os dados experimentais. O método NBO (Natural Bond Orbital) confirmou que as conformações gauche das séries (I, II e III) são estabilizadas por pelas interações: nN/π*C=O, πC=O/σ*C-S, σC-S/π*C=O, n(S)/π*C=O, π*C=O/σ*C-S, e as séries (IV, V e VI) pelas interações πC=O/σ*C-S, σC-S/π*C=O, n(S)/π*C=O, π*C=O/σ*C-S. Em contraste, estes resultados de NBO demonstraram também a importância das interações: nO(CO)/σC-S, nO(CO)/σ*S-O e nO(CO)/σ*C-H para a estabilização da conformação cis. Adicionalmente, a análise das cargas calculadas sugeriu a participação de interações Coulombicas na estabilização das conformações cis e gauche. Para todas as séries de compostos (I - VI), os cálculos incluindo o efeito do solvente (Onsager e PCM), para alguns compostos representativos, facilitaram a atribuição de cada conformação em solução. / This thesis reports the synthesis and conformational analysis of six sedes of compounds: N,N diethyl-2-[( 4-substituted)phenylthio] acetamides (I); N,N-diethyl-2-[(4-substituted)phenylsulfinyl] acetamides (II); N,N-diethyl-2-[(4-substituted)phenylsulfonyl] acetamides (III); [4 = OMe, Me, H, Cl, Br and N02]; 2-[(4-substituted)phenylthio] cyclohexanones (IV); 2-[(4-substituted)phenylsulfonyl] cyclohexanones (V) and 2-[(4-substituted)phenylsulfinyl] cyclohexanones (VI), [4 = OMe, H and N02]. The conformational study was performed through the IR and 1H NMR spectroscopies, supported by theoretical calculations. The vCO infrared analysis for the series I, II and III in general matches well with the HF and B3LYP calculations which showed the occurrence of two stable conformations for compounds of series (I), being the gauche the most stable and the cis the second one. As for the substituent effect of series (I), the agreement between the experimental results with B3LYP is better than with HF. calculations. Considering the serries (II), there is only one stable conformation, the cis one, in gas and in solvents of different polarity. The series (III) showed the existence of three stable conformations, being the two gauche the most stable and the cis the least stable (both in the gas and in the low polarity solvent, CCl4). In the cyclohexanones series (IV, V and VI) the vCO infrared and 1H NMR analyses showed a preference for the axial conformation, in CCl4, changing the preference to equatorial one in CH3CN (CD3CN). The ab initio (HF) calculations reproduced the experimental preference, in CCl4, for the 2-[(4-substituted)phenylsulfonyl] cyclohexanones only. On the other hand, for these cyclohexanones (IV-VI) the B3LYP calculations improved the agreement with the experimental data. The NBO (Natural Bond Orbital) method confirmed that the gauche conformations of the series (I, II and III) are stabilized by: nN/π*C=O, πC=O/σ*C-S, σC-S/π*C=O, n(S)/π*C=O, π*C=O/σ*C-S, and for the series (IV, V and VI) by the interactions: πC=O/σ*C-S, σC-S/π*C=O, N(S)/π*C=O, π*C=O/σ*C-S. In contrast these NBO results also revealed the importance of the interactions nO(CO)/σ*C-S, nO(CO)/σ*S-O and nO(CO)/σ*C-H for the stabilization of the cis conformation. Additionally, the calculated charge analysis suggested the stabilization of both cis and gauche conformations due to Coulombic interactions. The inclusion of the solvent effect in the computations (Onsager and PCM methods) for some representative compounds of series (I-VI) facilitated the conformer attribution in solution.
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Analise conformacional por ressonancia magnetica nuclear e calculos teoricos de metilenocicloexanos 2-substituidos / Conformational analysis by nuclear magnetic resonance and theoretical calculations in 2-substituted methylenecyclohexaneAnizelli, Pedro Renato, Tormena, Cláudio Francisco, 1972- 12 August 2018 (has links)
Orientador: Claudio Francisco Tormena / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Quimica / Made available in DSpace on 2018-08-12T10:26:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1
Anizelli_PedroRenato_M.pdf: 2613817 bytes, checksum: 7e7b3b7a48d38a072cffc5d19dc686b2 (MD5)
Previous issue date: 2008 / Resumo: A preferência conformacional para 2-fluormetilenocicloexano (1), 2-clorometilenocicloexano (2), 2-bromometilenocicloexano (3), 2-N,N-dimetilaminametilenocicloexano (4) e 2-metoximetilenocicloexano (5), foram determinados usando constante de acoplamento spin-spin, entre hidrogênios a três ligações (JH2H3), enquanto que interações estereoeletrônicas foram obtidas por cálculos teóricos e análise NBO. O equilíbrio conformacional dos compostos 1-5 pode ser representado pelos seus confôrmeros axial e equatorial, sendo que o confôrmero axial, para um cada dos compostos (1-5), é o mais estável em fase vapor, solventes polares e não polares. Essa preferência conformacional pode ser atribuída a interações hiperconjugativas entre os orbitais p(C1-C7)s*(C2-Xax), s(C3-Hax)s*(C2-Xax), (LP3Xax)p*(C1-C7) e interações estéreo-repulsivas entre s(C7-H)(LP3Xeq). / Abstract: Conformational preferences for 2-fluoro-methylenecyclohexane (1), 2-chloromethylenecyclohexane (2), 2-bromomethylenecyclohexane (3), 2-N,N-dimethylaminomethylenecyclohexane (4) and 2-methoxymethylenecyclohexane (5) were determined using JHH spin-spin coupling constants, while stereoelectronic interactions were obtained by means of theoretical calculations and NBO (natural bond orbital) analysis. The conformational equilibrium of compounds 1-5 can be represented by their axial and equatorial conformers. The axial conformers for 1-5 are stable in polar and non-polar solvents. These conformational preferences were attributed to the hyperconjugative interactions between the p(C1-C7)s*(C2-Xax), s(C3-Hax)s*(C2-Xax) and (LP3Xax)p*(C1-C7) orbitals, and the repulsive steric interaction observed between s(C7-H)(LP3Xeq). / Mestrado / Quimica Organica / Mestre em Química
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Molecular dynamics simulations on phospholipid membranesHyvönen, M. (Marja) 21 March 2001 (has links)
Abstract
Phospholipids are the main components of cell membranes, lipoproteins and other
membrane structures in living organisms. Properties of lipid molecules are important to the
overall behaviour and interactions of membranes. Furthermore, characteristics of the
biological membranes act as important regulators of membrane functions. Molecular dynamics
(MD) simulations were applied in this thesis to study properties of biological membranes. A
certain degree of acyl chain polyunsaturation is essential for the proper functioning of
membranes, but earlier MD simulations had not addressed the effects of polyunsaturation.
Therefore a solvated all-atom bilayer model consisting of diunsaturated
1-palmitoyl-2-linoleoyl-3-phosphatidylcholine (PLPC) molecules was simulated. The analysis
of the simulation data was focused on the effects of double bonds on a membrane structure.
Self-organising neural networks were applied to the analysis of the
conformational data from the 1-ns simulation of PLPC membrane. Mapping of 1.44 million
molecular conformations to a two-dimensional array of neurons revealed, without human
intervention or requirement of a priori knowledge, the main
conformational features. This method provides a powerful tool for gaining insight into the
main molecular conformations of any simulated molecular assembly.
Furthermore, an application of MD simulations in the comparative analysis of
the effects of lipid hydrolysis products on the membrane structure was introduced. The
hydrolysis products of the phospholipase A2
(PLA2) enzyme are known to have a role in a variety of physiological
processes and the membrane itself acts as an important regulator of this enzyme. The
simulations revealed differences in the bilayer properties between the original and
hydrolysed phospholipid membranes. This study provides further evidence that MD simulations
on biomembranes are able to provide information on the properties of biologically and
biochemically important lipid systems at the molecular level.
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