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GluA2 - Glutamatergic Receptor Study: A Molecular Approach. / GluA2 - Glutamatergic Receptor Study: A Molecular Approach

Martins, Ana Caroline Vasconcelos January 2017 (has links)
Submitted by José Orlando Soares de Oliveira (orlando.soares@bol.com.br) on 2017-11-30T12:23:47Z No. of bitstreams: 1 2017_tese_acvmartins.pdf: 10270409 bytes, checksum: f2b0eb40db54875e0e40a6d040ce7336 (MD5) / Rejected by Weslayne Nunes de Sales (weslaynesales@ufc.br), reason: A aluna optou por publicar apenas os elementos pré-textuais. on 2017-12-01T12:36:51Z (GMT) / Submitted by José Orlando Soares de Oliveira (orlando.soares@bol.com.br) on 2017-12-01T13:50:35Z No. of bitstreams: 1 Tese corrigida - elementos pretextuais.pdf: 159585 bytes, checksum: 9531b29bc8c5a46f5ed5753442df383f (MD5) / Approved for entry into archive by Weslayne Nunes de Sales (weslaynesales@ufc.br) on 2017-12-01T13:57:30Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese corrigida - elementos pretextuais.pdf: 159585 bytes, checksum: 9531b29bc8c5a46f5ed5753442df383f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-01T13:57:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese corrigida - elementos pretextuais.pdf: 159585 bytes, checksum: 9531b29bc8c5a46f5ed5753442df383f (MD5) Previous issue date: 2017-11-17 / Glutamate receptors are the mediators of most excitatory neurotransmission processes in the central nervous system, acting as prominent targets for the treatment of several neurological disorders such as Epilepsy, Amyotrophic Lateral Sclerosis, Parkinson’s disease and Alzheimer’s disease. Hence an improved understanding of how glutamate and other ligands interact with the binding domain, of these receptors, can bring relevant insights to the development of new ligands. Therefore, this work aims to study the GluA2–ligand interaction using the structure of GluA2 co-crystallized with the ligands glutamate, AMPA, kainate and DNQX applying a method based on the Density Functional Theory combined with the molecular fractionation with conjugate caps scheme. To address that the dielectric constant of the GluA2 receptor is not homogeneous, a novel molecular approach was proposed and it was applied to study the interaction between the GluA2 and the ligands glutamate, AMPA, kainate and DNQX. The results obtained, considering the inhomogeneous model, were compared with those obtained using an uniform dielectric function for the GluA2 receptor and with data published in the literature establishing a more detailed description of the relevant amino acid residues for the protein-ligand binding interaction. Molecular dynamics studies and protein DFT calculations usually consider a fixed value for the protein dielectric function. In this work when ε = 1 is considered, many amino acid residues seem important, but when the dielectric constant shield was considered, they lost their relevance. The results for the GluA2-ligand total interaction energy and the D1-ligand and D2-ligand total interaction energy also shed some light on the differentiation between full and partial agonists, and between agonists and antagonists. Additionally, the results allow a hypothesis on the correlation between the Glu705-ligand interaction energy and the ligand action, paving the way for the use of the inhomogeneous dielectric function to study glutamate receptors and other protein-ligand systems. Finally, the results also suggests that for different ligands, different homogeneous dielectric constant will be able to well represent the system GluA2-ligand, making it necessary the previous analyses with the inhomogeneous dielectric constant approach. / Os receptores de glutamato são os mediadores da maioria dos processos de neurotransmissão excitatória no sistema nervoso central, atuando como alvos proeminentes para o tratamento de vários distúrbios neurológicos, como Epilepsia, Esclerose Lateral Amiotrófica, Doença de Parkinson e Doença de Alzheimer. Assim, uma compreensão aprimorada de como o glutamato e outros ligantes interagem com o domínio de interação, desses receptores, pode trazer informações relevantes para o desenvolvimento de novos ligantes. Portanto, este trabalho teve por objetivo estudar a interação GluA2-ligante utilizando a estrutura de GluA2 co-cristalizada com os ligantes Glutamato, AMPA, Cainato e DNQX utilizando método baseado na Teoria do Funcional da Densidade combinado com o esquema de fracionamento molecular com capas conjugadas. Para abordar que a constante dielétrica do receptor GluA2 não é homogênea, foi proposta uma nova abordagem molecular, que foi aplicada para estudar a interação entre a GluA2 e os ligantes Glutamato, AMPA, Cainato e DNQX. Os resultados obtidos, considerando o modelo não-homogêneo, foram comparados com aqueles obtidos usando uma função dielétrica uniforme para o receptor GluA2 e com dados publicados na literatura, estabelecendo uma descrição mais detalhada dos resíduos de aminoácido mais relevantes para a interação proteína-ligante. Estudos de dinâmica molecular e cálculos DFT de sistemas proteicos normalmente consideram um valor fixo para a função dielétrica proteica. Nesse trabalho quando ε = 1 é considerado, muitos resíduos de aminoácido parecem relevantes, mas quando a blindagem da constante dielétrica foi considerada, eles perderam sua relevância. Os resultados apresentados para a energia de interação total GluA2-ligante e a energia de interação total D1-ligante e D2-ligante contribuiu com a diferenciação entre agonistas totais e agonistas parciais e entre agonistas e antagonistas. Além disso, os resultados permitem que seja feita hipótese sobre a correlação entre a energia de interação Glu705-ligante e a ação do ligante, abrindo caminho para o uso da função dielétrica não-homogênea para estudar receptores de glutamato e outros sistemas proteína-ligante. Por fim, os resultados também sugerem que para diferentes ligantes, diferentes constantes dielétricas homogêneas serão capazes de representar bem o sistema GluA2-ligante, tornando necessária a análise prévia com a abordagem da constante dielétrica não-homogênea.
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Superfícies com curvatura média constante não nula

Medeiros, Nubem Airton Cabral January 1988 (has links)
Neste trabalho são tratados alguns resultados sobre superfícies com curvatura média constante, imersas na R3, sendo destacadas os teoremas de DELAUNAY (1841), LIEBMANN (1900), H. HOPF (1956), A.D. ALEXANDROV (1957) e J. RIPOLL (1985). Demonstra-se, com algum detalhamento, o leorema de DELAUNA Y para o caso da cônica -que rola, sobre urna reta, sem deslizar, ser uma elipse e não uma hipérbole, como no trabalho original, bem como prova-se 1que para gue a superfície de revolução com curvatura média constante seja completa, tal cônica deve ser, obrigatoriamanente, uma elipse. Utiliza-se, neste último teorema, resultados mais recentes como o de'i'ido a W. HSIANG (1981). São também demonstrados o clássico teorema de ALEXANDROV de caracterização da esfera, como única superfície compacta e conexa que possui curvatura média constante não nula, e o de J. RIPOLL que generaliza o anterior pais substitui a hipótese de compaticidade por outra mais fraca que é a sua completude, embora exija que seja propriamente mergulhada na R 3, bem como sua inclusão num cone plano.
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Gráficos parabólicos de curvatura média constante em H3 com bordo prescrito satisfazendo a condição da declividade limitada

Mathias, Carmem Vieira January 2009 (has links)
Neste trabalho, investigamos a existência e unicidade de gráficoscos parabólicos de curvatura média constante H em H³ cujo bordoé dado a priori, sobre hipóteses que relacionam H com a geometria do domínio e uma condição sobre o dado no bordo, que por analogia com um problema similar para gráficos em R³, a denominamos condição de declividade limitada. / In this work, we investigate the existence and uniqueness of parabolic graphs of constant mean curvature H in H³ whose boundary is given a priori, under hypothesis relating H with the geometry of the domain and a condition on the boundary data that, by anal- ogy with a similar problem for vertical graphs in R³, we denominated it by bounded slope condition.
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Superfícies de curvatura média constante em H² x R

Soares, Rodrigo Barbosa January 2012 (has links)
Neste trabalho apresentamos resultados de existência e unicidade para gráficos de curvatura média constante em H² x R, com bordo prescrito em planos paralelos, obtidos através da resolução de problemas de Dirichlet para a equação da curvatura média. / In this work we investigate the existence and uniqueness of constant mean curvature graphs in H² x R, with boundary in parallel planes, by solving a Dirichlet problems for the mean curvature equation.
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Superfícies com curvatura média constante não nula

Medeiros, Nubem Airton Cabral January 1988 (has links)
Neste trabalho são tratados alguns resultados sobre superfícies com curvatura média constante, imersas na R3, sendo destacadas os teoremas de DELAUNAY (1841), LIEBMANN (1900), H. HOPF (1956), A.D. ALEXANDROV (1957) e J. RIPOLL (1985). Demonstra-se, com algum detalhamento, o leorema de DELAUNA Y para o caso da cônica -que rola, sobre urna reta, sem deslizar, ser uma elipse e não uma hipérbole, como no trabalho original, bem como prova-se 1que para gue a superfície de revolução com curvatura média constante seja completa, tal cônica deve ser, obrigatoriamanente, uma elipse. Utiliza-se, neste último teorema, resultados mais recentes como o de'i'ido a W. HSIANG (1981). São também demonstrados o clássico teorema de ALEXANDROV de caracterização da esfera, como única superfície compacta e conexa que possui curvatura média constante não nula, e o de J. RIPOLL que generaliza o anterior pais substitui a hipótese de compaticidade por outra mais fraca que é a sua completude, embora exija que seja propriamente mergulhada na R 3, bem como sua inclusão num cone plano.
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Superfícies de curvatura média constante em H² x R

Soares, Rodrigo Barbosa January 2012 (has links)
Neste trabalho apresentamos resultados de existência e unicidade para gráficos de curvatura média constante em H² x R, com bordo prescrito em planos paralelos, obtidos através da resolução de problemas de Dirichlet para a equação da curvatura média. / In this work we investigate the existence and uniqueness of constant mean curvature graphs in H² x R, with boundary in parallel planes, by solving a Dirichlet problems for the mean curvature equation.
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Gráficos parabólicos de curvatura média constante em H3 com bordo prescrito satisfazendo a condição da declividade limitada

Mathias, Carmem Vieira January 2009 (has links)
Neste trabalho, investigamos a existência e unicidade de gráficoscos parabólicos de curvatura média constante H em H³ cujo bordoé dado a priori, sobre hipóteses que relacionam H com a geometria do domínio e uma condição sobre o dado no bordo, que por analogia com um problema similar para gráficos em R³, a denominamos condição de declividade limitada. / In this work, we investigate the existence and uniqueness of parabolic graphs of constant mean curvature H in H³ whose boundary is given a priori, under hypothesis relating H with the geometry of the domain and a condition on the boundary data that, by anal- ogy with a similar problem for vertical graphs in R³, we denominated it by bounded slope condition.
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Transmissão de Sinais OFDM com Envoltória em Sistemas Ópticos com Detecção Coerente

PEREIRA, E. V. 30 March 2017 (has links)
Made available in DSpace on 2018-08-02T00:02:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_8270_Esequiel da Veiga Pereira.pdf: 3346629 bytes, checksum: 93f59e00699e0e6a07833af81dafa75a (MD5) Previous issue date: 2017-03-30 / Para acompanhar a crescente demanda por capacidade de canal das redes de transporte ópticas (backbone), a investigação de formatos de modulação suportando uma enorme capacidade de transmissão ganha interesse especial. A multiplexação por divisão de frequências ortogonais (OFDM) aplicado em sistemas ópticos com detecção coerente (COOFDM) tem sido apontado como um dos fortes candidatos para a atualização dos sistemas fotônicos convencionais. Devido ao espectro óptico compacto, os sinais CO-OFDM são pouco influenciados pela degradação linear, tais como dispersão de velocidade de grupo (GVD) e dispersão de modo de polarização (PMD). No entanto, o alto valor da relação entre a potência de pico e a potência média (PAPR) torna-o vulneráveis à não linearidade da fibra e degrada seu desempenho de transmissão. Apresenta-se neste trabalho uma proposta de utilização de técnica Constante envelope aplicado a sinais OFDM transmitidos em redes ópticas com detecção coerente, denominado de CO-CE-OFDM, que reduz o valor do PAPR para apenas 3 dB, como uma forma de combater não só as não linearidades geradas pelo modulador Mach-Zehnder, mas também, as próprias não linearidades geradas pela fibra óptica, devido a altos valores de PAPR e elevados valores de potência óptica. Resultados de simulações feitas em ambiente Matlab, para 1200 km de fibra SSMF, mostraram que quando a transmissão é feita em regime linear (baixa potência na entrada da fibra), em algumas situações, CO-CE-ODFM apresenta um desempenho superior aos apresentados pelo sistema óptico com detecção coerente convencional. Por exemplo, para 100 ��/� de taxa, níveis de mapeamento de 16 QAM e índice de modulação óptica (OMI) igual a 2, 5, o sistema proposto com índice de modulação de fase elétrica (2�ℎ) igual a 3 apresentou ganhos medidos relação sinal-ruído óptico (OSNR) superiores a 12 dB, para uma taxa de erro de bits de 10−3. Em regime n~ao linear, decorrente do aumento da potência óptica, mesmo para baixos valores de OMI e altos valores de relação sinal-ruído óptico (OSNR), CO-CE-OFDM apresentou ganhos de desempenhos de aproximadamente 26 dB, quando a potência óptica na entrada é de 10 dBm. Para altos valores de OMI esse ganho de desempenho é cerca de 12 dB, para 16 QAM e 100 Gb/s de taxa. Além disso, para o sistema proposto, foi desenvolvido um modelo analítico que permite avaliar de forma rápida e a um baixo custo computacional, a variação da taxa de erro de bits em função da variação da relação sinal-ruído. Apesar do ganho de desempenho apresentado, CO-CE-OFDM apresenta um alargamento espectral, o que pode ser um problema em sistemas multicanais. Keywords: Constante envelope, Detecção coerente, Fibra Óptica, Mitigação de não linearidades, OFDM óptico, PAPR.
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The tension between global and local determinations of the Hubble constant in the presence of a non-standard dark energy.

TORRES, D. F. C. 26 February 2018 (has links)
Made available in DSpace on 2018-08-01T21:59:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_11869_Dissertação David Francisco Camarena Torres - PPGFis.pdf: 3693932 bytes, checksum: d4dbee4c7e7b629e6aee4ab2ede4044e (MD5) Previous issue date: 2018-02-26 / Existe uma tensão ao redor de 3.4σ entre as determinações globais e locais da constante de Hubble H0 fornecidas por observações de supernovas de tipo Ia [1] e da radiação cósmica de fundo [2], respectivamente. Esta tensão não pode ser explicada pelo modelo de concordança ΛCDM e ela poderia ser produzida por erros sistemáticos desconhecidos na calibração da escadaria cósmica ou na análise da radiação cósmica de fundo. Contudo, na ausência destes erros, a tensão poderia ser uma sugestão da existência de física além do modelo ΛCDM. Por outro lado, é bem sabido que a teoria linear de perturbações prevê uma variância cósmica sobre o parâmetro de Hubble H0, produzida pelas velocidades peculiares e estruturas locais, que conduz a um erro sistemático na determinações locais de H0. No presente trabalho, nós consideramos a variância cósmica, prevista pela teoria de perturbações lineares, na presença de uma energia escura não padrão, com o fim de calcular o erro sistemático sobre a taxa de Hubble local. A energia escura não padrão é representada pelo modelo de quintessência e pelas parametrizações γCDM, γwCDM e γaCDM. Logo, nós incluímos o erro sistemático na análise estatística Bayesiana que usa dados da radiação cósmica de fundo, oscilações acústicas dos bárions, supernovas de tipo Ia, distorções no espaço de redshift e H0locl . Assim, nós mostramos o efeito da variância cósmica na determinação de parâmetros cosmológicos e o problema de tensão. Finalmente, nós realizamos a seleção de modelos usando os critérios de seleção AIC e BIC e também mostramos como o erro sistemático, fornecido pelos modelos de energia escura não padrão, poderia ajudar a aliviar a atual tensão nas determinações de H0.
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Funções de base localmente densas em cálculos de Ab Initio de deslocamento químico de 13C e 1H

Ramos de Santana, Sidney January 2002 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T23:01:15Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo9174_1.pdf: 8834873 bytes, checksum: 734c0122d1790c64443e1c447eab24d7 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2002 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / É proposta uma nova metodologia de Distribuição de Funções de Base Localmente Densas (LDBS) de modo a diminuir a demanda computacional e manter a precisão dos cálculos ab initio de deslocamentos químicos de 13C e 1H. Os sistemas moleculares foram divididos em três aproximações: balanceada, em que todos os átomos foram descritos com a função de base AhlrichsTZVP, localmente densa (LD), em que o átomo de interesse e os átomos ligados a ele foram descritos com a base estendida (AhlrichsTZVP), sendo os outros átomos descritos com as funções de base menores 3-21G (LD321G) e 6-311G (LD6311G), e simplesmente densa (SD), em que a base estendida é utilizada apenas no átomo de interesse e o restante dos átomos da molécula são descritos com as funções de bases a 3-21G (SD321G) e 6-311G (SD6311G). As estruturas moleculares foram obtidas com o método MP2/6-311G(d,p) e os cálculos de deslocamento químico foram realizados com os métodos B3LYP, MP2 e RHF gerando as seguintes aproximações: B3LYP/AhlrichsTZVP, B3LYP/LD321G, B3LYP/LD6311G, B3LYP/SD321G, B3LYP/SD6311G, MP2/AhlrichsTZVP, MP2/LD321G, MP2/LD6311G, MP2/SD321G, MP2/SD6311G, RHF/AhlrichsTZVP, RHF/LD321G, RHF/LD6311G, RHF/SD321G, RHF/SD6311G. A metodologia MP2/LD321G mostrou-se a mais precisa para 13C: erro médio de 0,39 ppm e RMS de 3,93 ppm, com relação ao experimento, e erro médio de 1,13 ppm, RMS de 1,44 ppm, e um ganho computacional de 3,7 vezes em relação à base de AhlrichsTZVP; e para 1H: erro médio de 0,02 ppm e RMS de 0,33 ppm, em relação ao experimento, e erro médio de 0,11 ppm, RMS de 0,16 ppm, e um ganho computacional de 9,8 vezes em relação à base de AhlrichsTZVP. Além disso, a metodologia LDBS mostrou-se capaz de auxiliar em problemas de assinalamento em espectros de RMN

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