Cette thèse aborde le thème de la maîtrise des flux physiques dans les systèmes manufacturiers. Le mémoire présente dans un premier temps quelques réflexions et premières analyses sur les flux en général. Deux éléments particuliers y sont discutés : la nature et l'échelle d'observation des flux. Dans un second temps, deux approches pour le contrôle des flux sont présentées : la première classique est celle du contrôle par les activités et la seconde, plus récente est celle du contrôle par le produit. L'approche proposée dans cette thèse est ensuite positionnée par rapport aux deux approches précédentes.<br /><br />La partie bibliographique du mémoire expose des définitions courantes et les principes généraux utilisés pour l'étude des flux, puis deux approches particulières : l'approche énergétique et la théorie du trafic. Sur ces bases est ensuite proposée une liste de variables pouvant qualifier un flux à trois niveaux différents et considérés comme complémentaires (les produits dans le flux, les supports du flux et le flux lui-même). <br />Sur les bases des analyses bibliographiques menées, des propositions de différents ordres sont ensuite faites. La première d'entre elles se concentre sur la définition de variables ou concepts pouvant qualifier un flux hétérogène d'objets discrets. La seconde est une adaptation du tétraèdre de Paynter aux flux manufacturiers. Enfin, un macro-modèle de simulation des flux manufacturiers est proposé. <br />Ces propositions sont partiellement validées par simulation.