Submitted by Alberto Vieira (martins_vieira@ibest.com.br) on 2017-10-18T21:04:05Z No. of bitstreams: 1 617504.pdf: 10819251 bytes, checksum: 4c45611c345620bfb2c4538c883acdbe (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-18T21:04:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 617504.pdf: 10819251 bytes, checksum: 4c45611c345620bfb2c4538c883acdbe (MD5) Previous issue date: 2003-06 / CAPES / FAPERJ / Para se estudar a história de vida de um organismo é fundamental que se possa identificá-lo ao longo de seu ciclo de vida. Em relação aos corais, um fator complicador é a dificuldade de sua identificação nos seus estágios iniciais. A taxonomia dos corais está fundamentada em caracteres presentes nos adultos. O objetivo deste trabalho é descrever os juvenis de corais recifais brasileiros e analisar criticamente as características esqueléticas de importância taxonômica em suas diferentes fases de desenvolvimento. Foram analisadas placas de recrutamento colocadas no Banco de Abrolhos, Recifes Itacolomis e Arraial do Cabo. Foram identificados oito táxons com até um ano de idade de família e espécie. Os resultados indicaram que a identificação depende do desenvolvimento do coralo, da morfogênese dos caracteres e dos caracteres que definem cada táxon. É viável classificar os juvenis, apesar desta atividade se mostrar muito trabalhosa, exigindo considerável conhecimento e treino de identificação. Estas identificações são importantes em estudos de história de vida, de padrões de recrutamento e avaliações de manutenção e crescimento das populações de corais recifais. Estas são uma ferramenta fundamental na otimização de manejo, conservação e recuperação dos recifes de coral. / To study an organism's life history, it is important to identify them throughout their life cycle. ln corals, a complicating factor is the difficulty of identification at their initial stages. The taxonomy of corais is based on skeletal structures present in the adults. The purpose of this study was to describe the juveniles of Brazilian reef corals and critically analyze the taxonomic important skeletal characteristics at different developmental stages. Recruitment plates from Banco de Abrolhos, Itacolomis Reefs and Arraial do Cabo, were examined. Eight taxa, up to one year of age, were identified from family to species. Results show that recruitment identification depends on the corallum, its skeletogenesis, and the structures that define each taxa. This study demonstrates that it is possible to classify juvenile corals, although the process of identification can be demanding, requiring an extensive knowledge of the structures involved in the identification. Juvenile identification is important for life history and recruitment studies, as well as, the estimation of growth and maintenance of coral populations. The identification of recruits is an important tool for the optimization of management, conservation, and recovery of reef corals.

Submitted by Carlos Augusto Rolim da Silva Junior (carlos_jrolim@hotmail.com) on 2016-02-17T17:17:41Z No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 2218956 bytes, checksum: a548059b9522dd6db92240b0b0c48fee (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-17T17:17:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 2218956 bytes, checksum: a548059b9522dd6db92240b0b0c48fee (MD5) Previous issue date: 2013-05-08 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Coral reefs are recognized as the largest biological structures in the oceans. They formed by building organisms (e.g. scleractinian corals and calcareous algae). In the last five decades, there have been declines in coral cover worldwide. Overfishing, pollution and increased coastal sedimentation are pointed as the main impacts responsible for declines in abundance of reef-building organisms and increases in abundance of non-building ones (e.g. algae), a process known as "phase shift". The zoanthid Palythoa caribaeorum is abundant in the Atlantic, particularly in Brazil. It is able to tolerate high environmental variability and displays the highest growth rate among all Anthozoans. Moreover, it has elaborated strategies of competition for space, which makes it competitively superior to most other benthic invertebrates. The present work was performed in the Abrolhos Bank, Bahia, with the following main objectives: 1) to describe the spatio-temporal patterns in cover of P. caribaeorum across the Abrolhos Bank, 2) evaluate the relative influence of distance offshore, depth, latitude and biomass of fish zoanthid predators in the abundance of P. caribaeorum; 3) describe the benthic succession in two areas in which P. caribaeorum was excluded (one next to the coast and subject to high sedimentation levels and another far from the coast and subject to low sedimentation). The study of spatio-temporal patterns was conducted in six reefs from 2006 to 2008: Parcel dos Abrolhos (five sites), Archipelago (five sites), Timbebas (three sites), Itacolomis (eight sites), Parcel das Paredes (two sites) and Sebastião Gomes (one site). The exclusion experiment was conducted from 2006 to 2009 in the top of the reefs of sites Arenguera (Parcel das Paredes) and PAB4 (Parcel dos Abrolhos). Four 5 x 5 m areas were selected at each site. Two of them were manipulataded (all P. caribaeorum removed) and the other two were not manipulated (control). Three treatments were applied within each area: 1) closed cage, to exclude reef fish known to predate P. caribaeorum, 2) open cage (control for the effect of the cage), 3) without cage. The methods used were photo-quadrats (benthic assessments) and stationary visual census (fish assessments). The results showed that P. caribaeorum dominates the top of the reefs, with insignificant coverage in the wall. This suggests the preference of P. caribaeorum for horizontal inclination and high light levels. The relative cover of P. caribaeorum was higher in the sites PAB4, PAB5, TIM2, TIM3, ARENG and SG, and was positively influenced by depth and negatively influenced by distance offshore. The five most abundant reef fish species recognized as predatos of zoanthids in terms of biomass were A. saxatilis, P. paru, P. arcuatus, H. ciliares, and C. striatus. In the exclusion experiment, a slow recovery of P. caribaeorum was recorded in the manipulated areas, with no differences in recolonization rates between the two sites (near or away from the coast). Settlement of P.caribaeorum at the manipulated areas may have been inhibited by the proliferation iof fast growing epilithic algae, particularly inside closed cages. The overall average growth rate was higher in ARENG (0.23 cm-2.day-1) than in PAB4 (0.12 cm-2.day-1) in the manipulated area. However, in the control area of PAB4 P. caribaeorum showed a growth rate of 3.18 cm-2.day-1, while in the control area of ARENG it declined (-0.25 cm-2.day-1). Total coverage of P. caribaeorum declined in the control area of ARENG due to a bleaching event that occurred throughout the study. Conclude that: 1) environmental variables such as depth and distance from the coast, are more important than biotic (eg predation) in the dynamics of P. caribaeorum, 2) despite the coverage of P. caribaeorum present negative relationship with distance from the coast, recolonization rates were not higher at the site closest to shore, 3) coverage of P. caribaeorum increases in periods near the summer at both sites, and 3) low density of Palythoa was unfavorable for a faster process of recolonization. / Os recifes de corais são as maiores estruturas biológicas dos oceanos, formados, principalmente, por organismos construtores (ex. corais escleractíneos e algas calcárias). Nas ultimas cinco décadas, foram registrados declínios acentuados na cobertura de corais em todo o mundo. Sobrepesca, poluição e aumento da sedimentação costeira são apontados como os principais impactos responsáveis por esses declínios e pelo aumento na abundância de organismos não construtores (e.g. algas e zoantideos), processo conhecido como “mudança de fase”. O zoantídeo Palythoa caribaeorum é abundante no Atlântico Sul, particularmente no Brasil. Ele é capaz de tolerar alta variabilidade ambiental e apresenta a maior taxa de crescimento entre os antozoários, além de estratégias elaboradas de competição por espaço, as quais garantem sua superioridade competitiva sobre a maioria de outros invertebrados bentônicos recifais. O presente trabalho foi realizado no Banco dos Abrolhos, BA, e tem como objetivos principais: 1) descrever os padrões espaço-temporais de cobertura de P. caribaeorum ao longo do Banco dos Abrolhos, 2) avaliar a influência da distância da costa, profundidade, latitude e biomassa de peixes predadores de zoantídeo na abundância de P. caribaeorum, 3) descrever a sucessão bentônica em áreas nas quais P. caribaeorum foi retirada. O estudo dos padrões espaço-temporais foi conduzido em seis recifes de 2006 a 2008: Parcel dos Abrolhos (cinco sítios), Arquipélago (cinco sítios), Timbebas (três sítios), Itacolomis (oito sítios), Parcel das Paredes (dois sítios) e Sebastião Gomes (um sítio). O experimento de exclusão foi realizado de 2006 a 2009 no topo dos sítios Arenguera (Parcel das Paredes) e PAB4 (Parcel dos Abrolhos). Em cada sitio foram selecionadas quatro áreas de 5 x 5 m, sendo duas manipuladas (cobertura de P. caribaeorum retirada). Três tratamentos foram aplicados dentro de cada área: gaiola fechada, gaiola aberta e sem gaiola. Os métodos utilizados foram foto-quadrado (caracterização do bentos) e censo visual estacionário (quantificação de peixes). Os resultados mostraram que P. caribaeorum domina no topo dos recifes, com coberturas insignificantes na parede, demonstrando a preferência de P. caribaeorum por ambientes mais iluminados e horizontais. A cobertura relativa de P. caribaeorum foi maior nos sítios PAB4, PAB5, TIM2, TIM3, ARENG e SG, tendo sido influenciada positivamente pela profundidade e negativamente pela distância da costa. A biomassa de predadores variou entre os sítios mas não influenciou significativamente na distribuição da P. caribaeorum. As cinco espécies de predadores de P. caribaeorum mais abundantes em termos de biomassa foram Abudefduf saxatilis, Pomacanthus paru, Pomacanthus arcuatus, Holacanthus ciliares e Chaetodon striatus. No experimento de exclusão foi registrada recuperação lenta de P. caribaeorum na área manipulada, não sendo registrada diferença nos padrões de recolonização entre os dois sítios (próximo e afastado da costa). Um dos fatores que pode ter inibido o assentamento da P. caribaeorum na área manipulada foi a proliferação de algas epilíticas, principalmente dentro das gaiolas fechadas, fato conhecido como uma das primeiras fases de degradação nos ambientes recifais. A taxa de recolonização (i.e. assentamento seguido de crescimento) foi maior em ARENG (0,23 cm-2.dia-1) do que em PAB4 (0,12 cm-2.dia-1) na área manipulada. Entretanto, na área controle, PAB4 apresentou taxa de recuperação de 3,18 cm-2.dia-1 enquanto que em ARENG a área de P. caribaeorum declinou (-0,25 cm2.dia-1). Pode-se concluir: 1) variáveis ambientais, como profundidade e distância da costa, são mais importantes do que variáveis bióticas (i.e predação) na dinâmica de P. caribaeorum, 2) apesar da cobertura de P. caribaeorum apresentar relação negativa com a distância da costa, as taxas de recolonização não foram maiores no sítio mais próximo a costa, 3) a cobertura de P. caribaeorum aumenta em períodos próximos ao verão, em ambos os sítios e 3) a baixa densidade de Palythoa foi desfavorável para um processo mais rápido de recolonização.

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2015-12-14T21:55:06Z No. of bitstreams: 1 PauloVictorDoNascimentoAraujo_DISSERT.pdf: 3127413 bytes, checksum: cdae08570f89009579d86e19f9b32fa5 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2015-12-18T20:01:04Z (GMT) No. of bitstreams: 1 PauloVictorDoNascimentoAraujo_DISSERT.pdf: 3127413 bytes, checksum: cdae08570f89009579d86e19f9b32fa5 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-18T20:01:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PauloVictorDoNascimentoAraujo_DISSERT.pdf: 3127413 bytes, checksum: cdae08570f89009579d86e19f9b32fa5 (MD5) Previous issue date: 2014-05-30 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico - CNPq / A Plataforma Continental possui grande import?ncia no estudo da evolu??o costeira, pois representa uma ?rea afetada pelas oscila??es do n?vel do mar no per?odo Quatern?rio. Na plataforma continental rasa no Nordeste do Rio Grande do Norte, importantes fei??es geomorfol?gicas submersas podem ser encontradas a cerca de 6 km da linha de costa. S?o os recifes de corais, conhecidos localmente por parrachos. O presente estudo objetiva caracterizar e analisar as fei??es geomorfol?gicas e da superf?cie bent?nica, al?m da distribui??o dos sedimentos biog?nicos encontrados nos parrachos de Rio do Fogo e plataforma rasa associada, a partir da utiliza??o de produtos de sensores remotos e coletas de dados in situ. Para isto foram criados mapas sedimentol?gicos, batim?tricos e geomorfol?gicos gerados a partir de composi??es de bandas de imagens dos sensores orbitais ETM+/Landsat-7, OLI/Landsat 8, MS/GeoEye e PAN/WordView 1, e an?lise de amostras de sedimentos de fundo. Estes mapas foram analisados e interpretados de forma integrada e validados em trabalhos de campo, permitindo ao final, a gera??o de um novo zoneamento geomorfol?gico da plataforma rasa em estudo e um mapa geoambiental dos Parrachos de Rio do Fogo. As imagens utilizadas, foram submetidas a t?cnicas de processamento digital de imagens (PDI). Todos os dados e informa??es obtidos est?o armazenados em um Sistema de Informa??es Geogr?ficas (SIG) e podem ser disponibilizados a comunidade cient?fica. Esta plataforma rasa possui um fundo carbon?tico, composto principalmente por algas. As amostras de sedimento coletadas e analisadas podem ser classificadas como areias carbon?ticas biog?nicas, onde 75% do material encontrado ? composto por algas calc?rias. As classes mais abundantes s?o ?s algas verdes, algas vermelhas, sedimentos n?o biog?nicos (gr?os minerais), algas antigas e os moluscos. Nos parrachos foram mapeados: o Canal de Barreta, recifes intermareais, recifes submersos, rastros e sulcos, piscinas, um banco arenoso e composto por algas, faner?gamas marinhas, caminhos submersos e o Canal de Rio do Fogo. O presente trabalho apresenta novas informa??es sobre a geomorfologia e evolu??o da ?rea de estudo e ser? norteador, em futuras tomadas de decis?o no manejo e gerenciamento ambiental da regi?o. / In the shallow continental shelf in Northeastern Rio Grande do Norte - Brazil, important underwater geomorphological features can be found 6km from the coastline. They are coral reefs, locally known as ?parrachos?. The present study aims to characterize and analyze the geomorphological feature as well as the ones of the benthic surface, and the distribution of biogenic sediments found in parrachos at Rio do Fogo and associated shallow platforms, by using remote sensing products and in situ data collections. This was made possible due to sedimentological, bathymetric and geomorphological maps elaborated from composite bands of images from the satellite sensors ETM+/Landsat-7, OLI/Landsat-8, MS/GeoEye and PAN/WordView-1, and analysis of bottom sediments samples. These maps were analyzed, integrally interpreted and validated in fieldwork, thus permitting the generation of a new geomorphological zoning of the shallow shelf in study and a geoenvironmental map of the Parrachos in Rio do Fogo. The images used were subject to Digital Image Processing techniques. All obtained data and information were stored in a Geographic Information System (GIS) and can become available to the scientific community. This shallow platform has a carbonate bottom composed mostly by algae. Collected and analyzed sediment samples can be classified as biogenic carbonatic sands, as they are composed 75% by calcareous algae, according to the found samples. The most abundant classes are green algae, red algae, nonbiogenic sediments (mineral grains), ancient algae and molluscs. At the parrachos the following was mapped: Barreta Channel, intertidal reefs, submerged reefs, the spur and grooves, the pools, the sandy bank, the bank of algae, sea grass, submerged roads and Rio do Fogo Channel. This work presents new information about geomorphology and evolution in the study area, and will be guiding future decision making in the handling and environmental management of the region

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2017-01-13T13:10:16Z No. of bitstreams: 1 AlineCamilaMedeirosPinheiro_DISSERT.pdf: 2070282 bytes, checksum: 2dc5a4e02f354ba8fa90c6a7240a1df2 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2017-01-24T11:56:12Z (GMT) No. of bitstreams: 1 AlineCamilaMedeirosPinheiro_DISSERT.pdf: 2070282 bytes, checksum: 2dc5a4e02f354ba8fa90c6a7240a1df2 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-24T11:56:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AlineCamilaMedeirosPinheiro_DISSERT.pdf: 2070282 bytes, checksum: 2dc5a4e02f354ba8fa90c6a7240a1df2 (MD5) Previous issue date: 2016-04-29 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior (CAPES) / Os ecossistemas recifais proveem bens e servi?os que abrangem as esferas social, ambiental e econ?mica. Contudo, cerca de 35% encontram-se amea?ados mundialmente. No Brasil, est?o situados ao longo da regi?o nordeste e geralmente pr?ximos ? costa, facilitando o acesso da popula??o humana que utiliza-os para sustento e lazer. Para manter a resili?ncia e evitar a perda da biodiversidade torna-se importante estudar como ocorre o recrutamento e a sobreviv?ncia dos seres vivos que estruturam as comunidades. O coral Siderastrea stellata, ? um dos mais resistentes e comuns nos recifes brasileiros. Buscou-se entender aspectos da sua distribui??o, recrutamento e manuten??o das col?nias. Para tal, efetuou-se mapeamento das col?nias por tamanho em diferentes s?tios de estudo no Parracho de Pirangi/RN, experimento de recrutamento com manipula??o de rodolitos e experimento de avalia??o da sa?de de col?nias com manipula??o de macroalgas b?nticas. Com o mapeamento observou-se uma zona??o das col?nias, com menos corais ocorrendo pr?ximo ao local destinado ? atividade tur?stica. Possivelmente impactos como a constante suspens?o de sedimentos provocada por banhistas e embarca??es esteja agindo como o mecanismo condutor desta zona??o. O recrutamento de corais foi baixo comparado a outros recifes rasos do nordeste brasileiro. Embora muito resistente, o coral S. stellata n?o est? conseguindo se estabelecer nesta forma??o recifal. Notou-se que o recrutamento n?o ? facilitado por rodolitos. Bancos de rodolitos abrigam alta riqueza de invertebrados bent?nicos que podem competir por espa?o ou se alimentar das larvas de corais. De modo geral, a sa?de das col?nias jovens foi afetada pelo branqueamento, que aumentou ao longo ano. Este aumento foi correlacionado com hipossalinidade e elevada turbidez da ?gua. Por?m, notou-se que na presen?a das macroalgas b?nticas o branqueamento foi menor. Possivelmente o crescimento dessas macroalgas dentro do limite observado atenuou o efeito da elevada radia??o solar nas col?nias jovens de corais, protegendo-as do branqueamento. / Reef ecosystems are known worldwide for their natural beauty and their capacity to harbor a great variety of marine life. In addition, these environments provide goods and services that encompasses social, environmental and economic spheres. However, around 20% of the world's reefs have been destroyed and 35% are threatened. In Brazil, the reefs are located along the northeast region and are usually near the coast, enabling the access of the human populations that use them for food, sport and recreation. One way to maintain reef resilience and avoid biodiversity loss would be to gather information on recruitment and survival of organisms from reef communities. The endemic hard coral, Siderastrea stellata, is one of the most resistant and common species in Brazilian reefs. Considering the ecological importance of this species of coral, we aimed to understand some aspects of its distribution, recruitment and colony maintenance. Therefore, S. stellata colonies were analyzed at different study sites in the ?Parracho de Pirangi/RN?. The following activities were performed: 1) mapping colonies size (Chapter 1), 2) running recruitment experiment subjected to manipulation of calcareous algae (rhodoliths), testing the hypothesis that rhodoliths act as facilitators due its complex three-dimensional structure (Chapter 2), and 3) running a health evaluation experiment of juvenile colonies in different areas of the reef, through macroalgae manipulation, testing the hypothesis that coral colony health is affected negatively by the presence of benthic macroalgae (Chapter 3). A distribution pattern in Parracho de Pirangi/RN was observed with less coral occurring in the area nearby touristic site. It is possible that impacts such as the constant suspension of sediments caused by swimmers and boats are acting as the main mechanism driving this distribuition pattern. Coral recruitment of Parracho de Pirangi was low compared to other shallow reefs from northeastern Brazil. This shows that although very resistant, the coral S. stellata is not able to establish on this reef formation. It was also noted that recruitment is not facilitated by calcareous algae that form rhodoliths. Instead, rhodolith banks sheltered abundant concentration of benthic invertebrates that might compete for space or feed on coral larvae, preventing recruitment. Generally, the health of young colonies was affected by bleaching, which increased throughout the year. This increase was correlated with low water salinity registered. However, it was notable that bleaching was lower in the treatment where benthic macroalgae was not removed. Possibly, the growth of benthic macroalgae within the limits observed over the months attenuated the effects of high solar radiation on young coral colonies, protecting them from bleaching.

Orientador: Ines Joekes / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Química / Made available in DSpace on 2018-08-09T00:07:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Bonalume_Clauber_M.pdf: 1295510 bytes, checksum: 20c20d40e0b0a19af56f06a1076fb4cb (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: Corais marinhos do mundo inteiro estão ameaçados pelas alterações climáticas que vêm acontecendo nas duas últimas décadas. O aquecimento da superfície terrestre associado à intensificação do fenômeno El Niño têm causado prejuízos à saúde dos corais marinhos com intensidade, extensão e escala temporal sem precedentes. Quando expostos a situações de estresse ambiental, corais podem sofrer branqueamento, perdendo suas algas simbiontes, as zooxantelas, e morrer se não as recuperarem. Desta forma, métodos de avaliação da saúde dos corais tornam-se necessários. Dois métodos fotométricos foram desenvolvidos neste trabalho. No primeiro, utilizou-se a técnica de reflectância difusa para estudo do histórico de branqueamento de fatias de núcleos de esqueletos coralinos através da análise da cor do núcleo na direção do crescimento do coral. Esse método mostrou-se sensível à variação de cor ao longo da amostra e foi capaz de evidenciar o histórico conhecido de branqueamento de 2 entre 3 amostras analisadas. O método é promissor para o estudo de esqueletos, mas depende sensivelmente do tratamento prévio das amostras. No segundo, fotografaram-se amostras de Mussismilia híspida em seu ambiente natural na Laje de Santos. Foram colhidas amostras dos corais fotografados e foi determinada a densidade de zooxantelas em cada amostra. Utilizando o software MatLab e uma rotina específica de análise multivariada, estabeleceu-se uma correlação entre aspectos da imagem digital e a densidade de zooxantelas. A correlação obtida é boa, com erros menores que 35 % na estimativa da densidade de zooxantelas a partir das imagens digitais. O método é bastante promissor e tem a vantagem de ser não destrutivo. / Abstract: In the last two decades marine corals around the world have been threatened by weather global changes. Coral health is declining at unprecedented intensity, extension and temporal scale, by world surface heating associated with the strengthening of the El Niño Southern Oscillation. When exposed to environmental stresses coral can bleach, loosing their symbiotic algae, the zooxanthellae, and die if they are permanently lost. The development of methods capable to assess coral health is necessary. Two photometric methods were developed. In the first one, difuse reflectance spectrophotomety was used to analize the bleaching history of slices of coral skeletons by color analysis along the growing direction of the colony. The method showed apropriate sensibility for measuring color changes along the samples and was able to disclose the bleaching history in two of the three samples studied. However, results depend strongly on the previous treatment of the skeleton samples. In the second method, samples of Mussismilia híspida coral colonies were photographed in their natural habitat in the Laje de Santos marine conservation park. Small samples of the photographed coral were taken and the density of zooxanthellae in each sample was measured. Using the MatLab sofware and a specific algorithm for multivariated image analisys (MIA), a correlation between features of the images and the density of zooxanthellae was established. The correlation obtained is fairly good, with less than 35 % error in the estimation of zooxanthellae density from the digital images. The method is quite promissing and has the advantage of being nondestructive. / Mestrado / Físico-Química / Mestre em Química

Orientador: Laura Maria Mariscal Ottoboni / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-24T16:24:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Carlos_Camila_D.pdf: 3834562 bytes, checksum: ae067ac8bf3731e5d1ab6af674e63c67 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: Os recifes de corais são ecossistemas sensíveis que estão ameaçados pelas mudanças climáticas. Estudos têm demonstrado a importância da microbiota associada aos corais na resistência às doenças e aos estresses. Neste trabalho, a caracterização taxonômica e funcional da microbiota associada a corais encontrados no litoral de São Paulo permitiu a identificação de associações espécie-específicas entre corais e bactérias e a identificação de funções bacterianas responsáveis pelo estabelecimento de associações coral-bactéria. A composição taxonômica associada a ambientes coralíneos (muco, água e sedimento do entorno) de quatro espécies de corais encontradas no litoral de São Paulo foi avaliada por pirosequenciamento do gene de rRNA 16S. Os resultados indicam que a comunidade microbiana do muco não é apenas distinta do ambiente do entorno, todavia é, também, mais estável ao longo das estações do ano. A composição taxonômica da microbiota do coral mole Palythoa caribaeorum foi bastante distinta das demais espécies, pertencentes estas à ordem Scleractinia, indicando a influência das relações filogenéticas na moldagem das comunidades microbianas associadas aos corais. O metagenoma de Madracis decactis e da espécie brasileira endêmica Mussismilia hispida foi sequenciado por pirosequenciamento. A maior parte das sequências obtidas não pôde ser anotada, o que pode indicar a abundância de micro-organismos, especialmente vírus, ainda não estudados. Entre as sequências anotadas, foi observada uma grande abundância de sequências de origem viral em ambas as bibliotecas. Os metagenomas de M. hispida e M. decactis foram comparados a outros metagenomas disponíveis no banco de dados do MG-RAST e foi possível identificar genes ou funções mais abundantes nessas bibliotecas, como genes de resistência a antibióticos da classe dos aminoglicosídeos, que podem estar sujeitos à transferência horizontal nesse ambiente. Por último, foi sequenciado o genoma de uma bactéria isolada de muco de M. hispida, Paracoccus sp. SM22M-07. A análise comparativa desse genoma com outros genomas do gênero Paracoccus revelou funções únicas do isolado de muco de coral, por exemplo, genes do sistema de secreção do tipo IV podem exercer a função de contribuir com o estabelecimento de interações bactéria-coral. Todos os resultados aqui apresentados e analisados apontam para uma grande diversidade tanto taxonômica quanto funcional da comunidade bacteriana associada aos corais brasileiros. A estabilidade sazonal dessas comunidades é uma propriedade importante que contribui para a prevenção da colonização de bactérias patogênicas. Os resultados aqui apresentados representam um extenso inventário da diversidade microbiana em um ecossistema ameaçado pelas mudanças climáticas globais e permitirão futuros estudos comparativos e a criação de modelos e estimativas das taxas de redução da diversidade microbiana em ambientes marinhos / Abstract: Coral reefs are one of the ecosystems most threatened by global climate changes. Studies have shown the importance of the coral microbiota in stress and disease resistance. In this work, the taxonomic and functional characterization of the bacterial communities associated with corals from the coast of São Paulo State, Brazil, allowed the identification of species-specific interactions between corals and bacteria and the identification of the bacterial functions responsible for the establishment of these interactions. The taxonomic composition of mucus, water and surrounding sediment of four coral species found in the coast of Sao Paulo State was assessed by 16S rDNA pyrosequencing of metagenomic DNA. The microbial communities found in samples of mucus, water, and sediment differed according to the taxonomic composition, and the coral mucus community seemed to be more stable to seasonal changes. The taxonomic composition of the microbiota of the soft coral Palythoa caribaeorum was distinct from the other species belonging to the order Scleractinia, indicating the influence of phylogenetic relationships in shaping the microbial communities associated with the coral. The metagenome of Madracis decactis and the Brazilian endemic species Mussismilia hispida was sequenced by pyrosequencing. Most of the sequences obtained could not be annotated, which might indicate an abundance of unknown microorganisms, especially viruses. Among the annotated sequences, an abundance of viral sequences in both libraries was observed. The metagenomas M. decactis and M. hispida were compared with metagenomes datasets available in the MG-RAST database and through these comparisons, the most abundant genes or functions of the corals¿ metagenomes were identified, for example, genes for resistance to antibiotics of the aminoglycoside class. Finally, the genome of an isolate of mucus of M. hispida, Paracoccus sp . SM22M - 07 was sequenced. The comparative analysis of this genome with other genomes of the genus Paracoccus revealed unique functions of the bacteria isolated from coral mucus, such as genes of the type IV secretion system, which may contribute to the establishment of coral-bacteria interactions. All results presented and analyzed in this work show a great diversity, both taxonomic and functional, of the bacterial community associated with Brazilian corals. The seasonal stability of these communities is an important property that contributes to preventing the colonization by pathogenic bacteria. The results presented here represent an extensive inventory of microbial diversity in an ecosystem threatened by global climate change and will allow future comparisons, modeling and estimates of the rates of reduction of microbial diversity in marine environments / Doutorado / Genetica de Microorganismos / Doutora em Genética e Biologia Molecular

A dissertação tem como objetivo apresentar o estudo dos elementos rítmicos do samba e propor uma forma de escrita desse gênero para coro. Apresentamos a análise de sambas de compositores paulistas, a elaboração de arranjos corais para três obras selecionadas e a leitura e apresentação dos arranjos por coros com diversos perfis, domínios musicais e níveis de performance. Os autores representantes do samba paulista selecionados foram: Adoniran Barbosa, Eduardo Gudin e Paulo Vanzolini. Depoimentos, entrevistas e outros meios foram utilizados para contextualizar vida e obra dos compositores durante os processos de análise e de idealização dos arranjos. As análises foram ancoradas no Referencial Silva Ramos de Análise de Obras Corais, método de análise criado por Marco Antonio da Silva Ramos. Os arranjos a quatro ou mais vozes foram elaborados com a utilização das características do gênero samba, procurando clareza estilística para que o chamado \"balanço\" possa acontecer sem a utilização de instrumentos de percussão ou acompanhamento: um samba a capela. Os arranjos foram lidos pelos coros comunitários e de estudantes de música do Comunicantus - Laboratório Coral do Departamento de Música da ECA/USP. As partituras estão apresentadas em um Caderno com dezoito arranjos (quinze deles escritos entre 2016 e 2018). O processo de criação dos três arranjos principais foi documentado em um Diário de bordo, que dialoga com os processos analíticos e os dados da pesquisa no decorrer do trabalho. / The purpose of the masters dissertation is to present the study of the rhythimic elements of samba and to propose a writing way of this genre for choir. We present the analysis of sambas by São Paulo composers, the elaboration of coral arrangements for three selected works and the reading and presentation of the arrangements by choirs with different profiles, musical skills and levels of performance.The selected authors that represent the samba from São Paulo are: Adoniran Barbosa, Eduardo Gudin e Paulo Vanzolini. Interviews, testimonials and other ways were used to contextualize the composers\' life and work during the process of analysis and creation of the arrangements.The analysis procedures were based on Referencial Silva Ramos de Análise de Obras Corais, analysis method created by Marco Antonio da Silva Ramos. The arrangements to four or more voices were elaborated by means of the characteristics of samba genre, seeking stylistic clarity to enable the so called \"balanço\" (swing) can occur without the usage of percussion or instrumental accompaniment: a \"samba a capela\". The arrangements were read by the community choirs and music students choirs from Comunicantus: Laboratório Coral do Departamento de Música da ECA/USP (Choral Laboratory of the Dept. of Music - ECA-USP). The scores are presented in a songbook with eighteen arrangements (most of them wrote between 2016 and 2018).The process of creating the three main arrangements was documented in a logbook that alternates the analytical processes and the research data, throughout the work.

A dissertação tem como objetivo apresentar o estudo dos elementos rítmicos do samba e propor uma forma de escrita desse gênero para coro. Apresentamos a análise de sambas de compositores paulistas, a elaboração de arranjos corais para três obras selecionadas e a leitura e apresentação dos arranjos por coros com diversos perfis, domínios musicais e níveis de performance. Os autores representantes do samba paulista selecionados foram: Adoniran Barbosa, Eduardo Gudin e Paulo Vanzolini. Depoimentos, entrevistas e outros meios foram utilizados para contextualizar vida e obra dos compositores durante os processos de análise e de idealização dos arranjos. As análises foram ancoradas no Referencial Silva Ramos de Análise de Obras Corais, método de análise criado por Marco Antonio da Silva Ramos. Os arranjos a quatro ou mais vozes foram elaborados com a utilização das características do gênero samba, procurando clareza estilística para que o chamado \"balanço\" possa acontecer sem a utilização de instrumentos de percussão ou acompanhamento: um samba a capela. Os arranjos foram lidos pelos coros comunitários e de estudantes de música do Comunicantus - Laboratório Coral do Departamento de Música da ECA/USP. As partituras estão apresentadas em um Caderno com dezoito arranjos (quinze deles escritos entre 2016 e 2018). O processo de criação dos três arranjos principais foi documentado em um Diário de bordo, que dialoga com os processos analíticos e os dados da pesquisa no decorrer do trabalho. / The purpose of the masters dissertation is to present the study of the rhythimic elements of samba and to propose a writing way of this genre for choir. We present the analysis of sambas by São Paulo composers, the elaboration of coral arrangements for three selected works and the reading and presentation of the arrangements by choirs with different profiles, musical skills and levels of performance.The selected authors that represent the samba from São Paulo are: Adoniran Barbosa, Eduardo Gudin e Paulo Vanzolini. Interviews, testimonials and other ways were used to contextualize the composers\' life and work during the process of analysis and creation of the arrangements.The analysis procedures were based on Referencial Silva Ramos de Análise de Obras Corais, analysis method created by Marco Antonio da Silva Ramos. The arrangements to four or more voices were elaborated by means of the characteristics of samba genre, seeking stylistic clarity to enable the so called \"balanço\" (swing) can occur without the usage of percussion or instrumental accompaniment: a \"samba a capela\". The arrangements were read by the community choirs and music students choirs from Comunicantus: Laboratório Coral do Departamento de Música da ECA/USP (Choral Laboratory of the Dept. of Music - ECA-USP). The scores are presented in a songbook with eighteen arrangements (most of them wrote between 2016 and 2018).The process of creating the three main arrangements was documented in a logbook that alternates the analytical processes and the research data, throughout the work.

Bleaching is defined as the disruption of the symbiotic relationship between the host and Symbiodinium dinoflagellates, resulting in the exposure of the calcium carbonate skeleton. This phenomenon has been mostly linked to seawater temperature elevation. Bleaching events are becoming more intense and frequent, harming coral reefs around the world and affecting almost 100% of the community in some places. Therefore, it is important to understand if the effects of these recurrent stress events are cumulative on this photosymbiotic relationship. We experimentally tested how the Symbiodinium-associated jellyfish Cassiopea andromeda is affected by three consecutive thermal stress events, monitoring bell size and chlorophyll-a concentration. Jellyfishes in four physiological conditions regarding feeding frequency (daily and every three days) and Symbiodinium concentration (low and high) were subject to a one-week thermal stress at each experimental round. Three treatments were applied: 27ºC (control, maintained in this temperature during all experiment), 30ºC and 33ºC. After a three-week recovery period at 27ºC, thermal stress events were applied on two more instances intertwined by a recovery period. C. andromeda bleached and its chlorophyll-a content decreased for all temperatures during the first thermal stress and only at 33ºC for the second and third events. Size was only affected by feeding and by the second thermal stress. Higher food offer caused organisms to increase in size while those offered food with lower frequency shrunk. As observed in other hosts, high Symbiodinium concentration resulted in loss of chlorophyll-a, probably due to excessive production of reactive oxygen species and self-shading. C. andromeda jellyfish bleached just in the first stress event and its resilience to multiple thermal stresses is dependent upon biotic and abiotic factors. There was no difference in mortality in any condition or temperature applied. Feeding plays a crucial role on size and symbiotic dependency under thermal stress. Symbiodinium concentration is an important factor in experiments testing climate change scenarios and although symbiont concentration has no relation to the growth of the host, it affects the Symbiodinium itself, thus might be considered in future experiments. Chronic effects of multiple thermal stresses were observed for chlorophyll-a, while these were acute for growth. C. andromeda apparently does not rely only on Symbiodinium, especially under stressful conditions and can be used as a model to investigate the effects of climate change in Symbiodinium symbiosis. Without major host mortality, the behavior of Symbiodinium in its physiological limits after every single bleaching event can be monitored. / O branqueamento é definido pela ruptura da relação simbiótica entre o hospedeiro e o dinoflagelado Symbiodinium, resultando na exposição do esqueleto de carbonato de cálcio do hospedeiro, e tem sido associado principalmente à elevação da temperatura da água do mar. Esses eventos estão se tornando mais intensos e frequentes, prejudicando recifes de corais ao redor do mundo, resultando em branqueamento de quase 100% da comunidade em alguns locais. Portanto, é importante entender se os efeitos desses eventos de estresse são cumulativos neste relacionamento fotossimbiótico. No presente estudo foi experimentalmente testado como medusas de Cassiopea andromeda em simbiose com Symbiodinium são afetadas por três eventos consecutivos de estresse térmico, monitorando o tamanho da umbrella e a concentração de clorofila-a. Medusas em quatro condições fisiológicas em relação à frequência de aporte heterotrófico (diário e a cada três dias) e a concentração de Symbiodinium (baixa e alta) foram sujeitas a um estresse térmico de uma semana em cada rodada experimental. Foram aplicados três tratamentos: 27ºC (controle, mantido nesta temperatura durante todo o experimento), 30ºC e 33ºC. Após um período de recuperação de três semanas a 27ºC, os eventos de estresse térmico foram aplicados em mais duas instâncias interligadas por um período de recuperação. C. andromeda branqueou e sua clorofila-a diminuiu para todas as temperaturas durante o primeiro estresse térmico e apenas a 33ºC para o segundo e terceiro eventos. O tamanho só foi afetado pela alimentação e pelo segundo estresse térmico. A oferta de alimento mais frequente fez com que os organismos aumentassem de tamanho, enquanto aqueles aos quais se oferecia com uma menor frequência, diminuíram de tamanho. Conforme observado em outros hospedeiros, a alta concentração de Symbiodinium resultou em perda de clorofila-a, provavelmente devido à produção excessiva de espécies reativas de oxigênio e auto-sombreamento. Medusas de C. andromeda branquearam apenas no primeiro evento de estresse e sua resiliência a múltiplos estresses térmicos depende de condições bióticas e abióticas. Não houve diferença na mortalidade em qualquer condição ou temperatura aplicada. Sob condições de estresse térmico, o aporte heterotrófico desempenha um papel crucial no tamanho e dependência da simbiose. A concentração de Symbiodinium é um fator importante nos experimentos que utilizam cenários de mudanças climáticas. Embora a concentração de simbiontes não tenha relação com o crescimento do hospedeiro, isso afeta o próprio Symbiodinium e, portanto, deve ser considerado em futuros experimentos. Efeitos crônicos de múltiplos estresses térmicos foram observados para a clorofila-a, enquanto estes são agudos para o crescimento. C. andromeda aparentemente não depende do Symbiodinium, especialmente sob condições estressantes e pode ser usado como modelo para investigar os efeitos das alterações climáticas no Symbiodinium em simbiose. Sem maior mortalidade do hospedeiro, o comportamento do Symbiodinium pode ser monitorado até seus limites fisiológicos após cada evento de branqueamento.

Bleaching is defined as the disruption of the symbiotic relationship between the host and Symbiodinium dinoflagellates, resulting in the exposure of the calcium carbonate skeleton. This phenomenon has been mostly linked to seawater temperature elevation. Bleaching events are becoming more intense and frequent, harming coral reefs around the world and affecting almost 100% of the community in some places. Therefore, it is important to understand if the effects of these recurrent stress events are cumulative on this photosymbiotic relationship. We experimentally tested how the Symbiodinium-associated jellyfish Cassiopea andromeda is affected by three consecutive thermal stress events, monitoring bell size and chlorophyll-a concentration. Jellyfishes in four physiological conditions regarding feeding frequency (daily and every three days) and Symbiodinium concentration (low and high) were subject to a one-week thermal stress at each experimental round. Three treatments were applied: 27ºC (control, maintained in this temperature during all experiment), 30ºC and 33ºC. After a three-week recovery period at 27ºC, thermal stress events were applied on two more instances intertwined by a recovery period. C. andromeda bleached and its chlorophyll-a content decreased for all temperatures during the first thermal stress and only at 33ºC for the second and third events. Size was only affected by feeding and by the second thermal stress. Higher food offer caused organisms to increase in size while those offered food with lower frequency shrunk. As observed in other hosts, high Symbiodinium concentration resulted in loss of chlorophyll-a, probably due to excessive production of reactive oxygen species and self-shading. C. andromeda jellyfish bleached just in the first stress event and its resilience to multiple thermal stresses is dependent upon biotic and abiotic factors. There was no difference in mortality in any condition or temperature applied. Feeding plays a crucial role on size and symbiotic dependency under thermal stress. Symbiodinium concentration is an important factor in experiments testing climate change scenarios and although symbiont concentration has no relation to the growth of the host, it affects the Symbiodinium itself, thus might be considered in future experiments. Chronic effects of multiple thermal stresses were observed for chlorophyll-a, while these were acute for growth. C. andromeda apparently does not rely only on Symbiodinium, especially under stressful conditions and can be used as a model to investigate the effects of climate change in Symbiodinium symbiosis. Without major host mortality, the behavior of Symbiodinium in its physiological limits after every single bleaching event can be monitored. / O branqueamento é definido pela ruptura da relação simbiótica entre o hospedeiro e o dinoflagelado Symbiodinium, resultando na exposição do esqueleto de carbonato de cálcio do hospedeiro, e tem sido associado principalmente à elevação da temperatura da água do mar. Esses eventos estão se tornando mais intensos e frequentes, prejudicando recifes de corais ao redor do mundo, resultando em branqueamento de quase 100% da comunidade em alguns locais. Portanto, é importante entender se os efeitos desses eventos de estresse são cumulativos neste relacionamento fotossimbiótico. No presente estudo foi experimentalmente testado como medusas de Cassiopea andromeda em simbiose com Symbiodinium são afetadas por três eventos consecutivos de estresse térmico, monitorando o tamanho da umbrella e a concentração de clorofila-a. Medusas em quatro condições fisiológicas em relação à frequência de aporte heterotrófico (diário e a cada três dias) e a concentração de Symbiodinium (baixa e alta) foram sujeitas a um estresse térmico de uma semana em cada rodada experimental. Foram aplicados três tratamentos: 27ºC (controle, mantido nesta temperatura durante todo o experimento), 30ºC e 33ºC. Após um período de recuperação de três semanas a 27ºC, os eventos de estresse térmico foram aplicados em mais duas instâncias interligadas por um período de recuperação. C. andromeda branqueou e sua clorofila-a diminuiu para todas as temperaturas durante o primeiro estresse térmico e apenas a 33ºC para o segundo e terceiro eventos. O tamanho só foi afetado pela alimentação e pelo segundo estresse térmico. A oferta de alimento mais frequente fez com que os organismos aumentassem de tamanho, enquanto aqueles aos quais se oferecia com uma menor frequência, diminuíram de tamanho. Conforme observado em outros hospedeiros, a alta concentração de Symbiodinium resultou em perda de clorofila-a, provavelmente devido à produção excessiva de espécies reativas de oxigênio e auto-sombreamento. Medusas de C. andromeda branquearam apenas no primeiro evento de estresse e sua resiliência a múltiplos estresses térmicos depende de condições bióticas e abióticas. Não houve diferença na mortalidade em qualquer condição ou temperatura aplicada. Sob condições de estresse térmico, o aporte heterotrófico desempenha um papel crucial no tamanho e dependência da simbiose. A concentração de Symbiodinium é um fator importante nos experimentos que utilizam cenários de mudanças climáticas. Embora a concentração de simbiontes não tenha relação com o crescimento do hospedeiro, isso afeta o próprio Symbiodinium e, portanto, deve ser considerado em futuros experimentos. Efeitos crônicos de múltiplos estresses térmicos foram observados para a clorofila-a, enquanto estes são agudos para o crescimento. C. andromeda aparentemente não depende do Symbiodinium, especialmente sob condições estressantes e pode ser usado como modelo para investigar os efeitos das alterações climáticas no Symbiodinium em simbiose. Sem maior mortalidade do hospedeiro, o comportamento do Symbiodinium pode ser monitorado até seus limites fisiológicos após cada evento de branqueamento.