Pour faciliter l’initiation de la transcription par l’ARN Polymérase II, le complexe co-activateur de la transcription SAGA possède une activité d’acétylation des histones H3 et une activité de déubiquitination des histones H2B, catalysée chez l’homme par l’enzyme USP22. Mon travail de thèse a porté sur l’étude de la régulation de cette activité de déubiquitination.Au sein de SAGA, USP22 interagit fortement avec trois protéines pour former un module structural appelé module de déubiquitination (DUBm). Nous avons montré que la formation d’un tel module était requise pour activer USP22. D’autre part, deux sous-unités du DUBm humain, ATXN7 et ATXN7L3, contiennent un domaine SCA7. Nos résultats montrent que le repliement structural adopté par ces deux doigts de zinc n’avait pas encore été décrit. Nous avons démontré que le domaine SCA7 de ATXN7 peut interagir avec un nucléosome in vitro et que cette interaction participe à la régulation fine de l’activité de déubiquitination de SAGA. Nous proposons qu’en interagissant avec le nucléosome, le domaine SCA7 de Sgf73 ou de ATXN7 pourrait positionner le DUBm de façon optimale par rapport à son substrat. / The SAGA complex is one of the most studied transcriptional co-activator complexes. To facilitate transcription by RNA Polymerase II, SAGA presents a modular organization and harbours two enzymatic activities. In human cells, these two enzymes are called GCN5 and USP22 and they can respectivelly acetylate histones H3 and deubiquitinate histones H2B. During my PhD thesis, I have worked on the regulation of SAGA deubiquitination activity. In the SAGA complex, USP22 interacts strongly with three other subunits to form a structural and functionnal module, named deubiquitination module (DUBm). We have shown that the free recombinant USP22 enzyme is not active, but that the formation of a stable DUBm triggers a strong stimulation of USP22 catalytic activity. Secondly, in human cells, two subunits of the DUBm, ATXN7 and ATXN7L3, contain a domain, called SCA7, that is not found in any other protein. Our results show that the new structural fold adopted by these two domains is specific to these zinc-fingers. These two SCA7 domains share a common structural heart, but their atomic structures reveal also differences, especially in the spatial organization of secondary structure elements. Indeed, we have shown that ATXN7 SCA7 domain can interact in vitro with a nucleosome which is not the case of ATXN7L3 SCA7 domain. Finally, I could show that in vivo the SCA7 domain of Sgf73, the ortholog of ATXN7 has a role in fine tunning SAGA deubiquitination activity. We hypothesize that the interaction between a nucleosome and the SCA7 domain of ATXN7 or Sgf73 would regulate SAGA deubiquitination activity by an optimal positionning of the module to its substrate.

[ES] El complejo prefoldina (PFDc) participa en la proteostasis celular en eucariotas actuando como cochaperona de la chaperonina CTT. Este papel se ejerce principalmente en el citoplasma, donde contribuye al correcto plegamiento de las proteínas cliente, evitando así que se formen agregaciones y daño celular. Varios informes indican, sin embargo, que también juegan un papel en la regulación transcripcional en el núcleo en varias especies modelo. En este trabajo, hemos investigado cuán extendido es el papel de la PFD en los procesos nucleares al estudiar su interactoma y sus redes de coexpresión en levaduras, moscas y humanos. El análisis indica que pueden realizar una amplia y conservada variedad de funciones en procesos nucleares. La construcción del interactoma predicho para las PFD de Arabidopsis, basado en interacciones ortólogas, nos ha permitido identificar muchos putativos interactores de PFD que los vinculan a procesos no esperados, como la remodelación de la cromatina. Basados en este análisis, hemos investigado el papel de la PFD en la deposición de H2A.Z a través de su interacción con el complejo remodelador de la cromatina SWR1c. Nuestros resultados muestran que la PFD tienen un efecto positivo sobre SWR1c, lo que se refleja en defectos en la deposición de H2A.Z en cientos de genes en plántulas defectuosas en las actividades de PFD3 y PFD5. / [CA] El complex prefoldina (PFDc) participa a la proteostasis cel·lular en eucariotes actuant com co-xaperona de la xaperonina CTT. Aquest paper s'exerceix principalment en el citoplasma, on contribueix al correcte plegament de les proteïnes client, evitant així que es formen agregacions i dany cel·lular. Diversos informes indiquen, però, que també juguen un paper en la regulació transcripcional en el nucli en diverses espècies model. En aquest treball, hem investigat com d'estès és el paper de la PFD en els processos nuclears estudiant el seu interactoma i les seues xarxes de coexpressió en llevats, mosques i humans. L'anàlisi indica que poden realitzar una àmplia i conservada varietat de funcions en processos nuclears. La construcció de l'interactoma predit per a les PFD d'Arabidopsis, basat en interaccions ortòlegs, ens ha permès identificar molts interactors putatius de les PFDs que les vinculen a processos no esperats, com és la remodelació de la cromatina. Amb base en aquest anàlisi, hem investigat el paper de la PFD en la deposició d'H2A.Z a través de la seva interacció amb el complex remodelador de la cromatina SWR1c. Els nostres resultats mostren que les PFDs tenen un efecte positiu sobre SWR1c, que es reflecteix en defectes en la deposició de H2A.Z en centenars de gens en plàntules defectuoses en les activitats de PFD3 i PFD5 / [EN] The prefoldin complex (PFDc) participates in cellular proteostasis in eukaryotes by acting as cochaperone of the chaperonin CTT. This role is mainly exerted in the cytoplasm where it contributes to the correct folding of client proteins, thus preventing them to form aggregations and cellular damage. Several reports indicate, however, that they also play a role in transcriptional regulation in the nucleus in several model species. In this work, we have investigated how extended is the role of PFDs in nuclear processes by inspecting their interactome and their coexpression networks in yeast, fly, and humans. The analysis indicates that they may perform extensive, conserved functions in nuclear processes. The construction of the predicted interactome for Arabidopsis PFDs, based on the ortholog interactions, has allowed us to identify many putative PFD interactors linking them to unanticipated processes, such as chromatin remodeling. Based on this analysis, we have investigated the role of PFDs in H2A.Z deposition through their interaction with the chromatin remodeling complex SWR1c. Our results show that PFDs have a positive effect on SWR1c, which is reflected in defects in H2A.Z deposition in hundreds of genes in seedlings defective in PFD3 and PFD5 activities. / Esta Tesis doctoral ha sido posible gracias al contrato de formación de personal investigador ofrecido por la Universidad Politécnica de Valencia y a la financiación de Pedro J. Marí & Asociados. El proyecto al que pertenece este trabajo ha sido financiado por la Agencia Española de Investigación BIO2013-43184-P y BIO2016-79133-P / Marí Carmona, C. (2021). A role for prefoldin in H2A.Z deposition in Arabidopsis [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/167014 / TESIS