L'anguille d'Amérique est un poisson avec un cycle de vie très particulier. En effet, elle occupe une aire de répartition qui s'étire du Groenland aux Caraïbes, mais tous les individus se reproduisent dans la mer des Sargasses. Après la reproduction, les larves sont dispersées de façon aléatoire jusqu'aux côtes. Ce lieu de reproduction unique fait en sorte que tous les individus de l'espèce appartiennent à la même population. Par contre, les conditions environnementales varient grandement au sein de l'aire de répartition, puisque celle-ci s'étend de régions subarctiques à des régions subtropicales, ce qui confronte les individus à des conditions différentes selon l'endroit jusqu'où ils dérivent et peut entraîner la sélection d'allèles différents selon les régions. Les objectifs de cette étude étaient d'identifier les régions du génome soumises au phénomène de sélection spatialement variable et quels mécanismes sont affectés par la sélection. Pour ce faire, 710 individus en provenance de 13 sites différents représentant une grande partie de l'aire de répartition de l'espèce ont été séquencés. Un total de 12 098 SNP a été obtenu. Des méthodes d'association environnementale et d'analyse de redondance ont été employées pour identifier des marqueurs potentiellement sous sélection spatialement variable. Un total de 183 marqueurs a été identifié comme étant sous sélection spatialement variable. L'interaction entre les différentes régions sous sélection a également été évaluée en utilisant des scores polygéniques additifs. Des corrélations significatives entre ces scores polygéniques et la latitude, la longitude et la température ont été identifiées. Finalement, nous avons identifié les gènes à proximité des marqueurs potentiellement sous sélection. Parmi ces gènes, le mécanisme de réponse à l'insuline était le seul mécanisme significativement enrichi. Cette étude a permis de mieux documenter l'étendue de la sélection spatialement variable chez l'anguille d'Amérique en montrant qu’il semble y avoir de la sélection dans de nombreuses régions du génome. / The American eel is a fish with a complex life cycle. The eel occupy a wide species range from Greenland to the Caribbean, but all eels reproduce in the Sargasso Sea. After the reproduction, the larvea are advected randomly to the coast by ocean currents. Because of this reproduction mode, all the American Eel are in the same population. On the other hand, the range is extending from subarctic to subtropical regions and the eels occupying these different regions are facing really different environmental conditions. These differents conditions could result in the selection of different alleles. The objective of this study was to identify the different regions of the genome that are affected by this phenomenon of spatially-varying selection and which mecanisms are affected by selection. A total of 710 glass eels captured in 12 different sites representing an important part of the species range were sequenced to reach these objectives. After sequencing, 12 098 SNPs were conserved for further analysis. Using environmental association and redundancy analyses approaches, 183 of these markers were identified to be potentially under spatially-varying selection. The interaction between these differents regions was analyzed using additive polygenic scores. Significant correlations were identified between these polygenic scores and the latitude, longitude and temperature. Genes close to outliers were identified and gene ontology analyses were made. The only significantly enriched pathway was the insuline signalling pathway. With this study our understanding of the spatially-varying selection in the American Eel has been increased.

L'augmentation de la densité d'une population amplifie la compétition pour les ressources, ce qui amène généralement des processus dépendants de la densité qui influencent la dynamique d'une population. Bien que les effets dépendants de la densité soient documentés chez plusieurs grands herbivores, l'importance relative des effets dépendants et indépendants de la densité est peu connue dans les populations d'ongulés relativement isolées, comme les espèces alpines qui vivent généralement en petits groupes. J'ai évalué l'influence relative de la densité, des conditions environnementales et des épisodes de pneumonie et de spécialisation d'un prédateur sur le taux d'accroissement des populations, le taux de reproduction, la proportion de femelles primipares, ainsi que la survie des femelles adultes et des jeunes de l'année de trois populations d'ongulés alpins. Les suivis à long-terme se sont déroulés sur deux populations de mouflons d'Amérique (Ovis canadensis) et une population de chèvres de montagne (Oreamnos americanus) où les individus étaient marqués annuellement depuis 30 à 47 ans. Les facteurs indépendants de la densité avaient la plus forte influence sur le taux d'accroissement des populations, en particulier les épisodes de pneumonie et de spécialisation du cougar (Puma concolor) qui diminuaient le taux d'accroissement de 22,2% et 16,6%, respectivement. Alors que la pneumonie a diminué les taux de survie et que la prédation a influencé négativement tous les paramètres démographiques étudiés, les effets dépendants de la densité ont eu un impact négatif seulement sur la survie juvénile. Mes analyses démontrent que les populations d'ongulés relativement isolées, contrairement aux autres populations, sont plus sensibles aux événements stochastiques qu'aux effets dépendants de la densité. Comme plusieurs de ces populations se retrouvent de plus en plus fragmentées, ces résultats soulignent l'importance de considérer les événements stochastiques qui peuvent jouer un rôle important sur le risque d'extinction de ces populations. / Increases in population density can amplify competition for resources, which generally leads to density-dependent processes regulating population dynamics. Density dependence is documented in multiple large herbivores, but the relative influence of density-dependent and independent effects has been questioned in isolated ungulate populations, such as in mountain species that are generally found in small groups. I evaluated the relative influence of population density, environmental conditions, pneumonia outbreaks, and occurrence of specialist predators on population growth rate, female reproductive rate, proportion of primiparous females, and survival of adult females and young of the year in three mountain ungulate populations. Long-term monitoring was conducted on two bighorn sheep (Ovis canadensis) populations and one mountain goat (Oreamnos americanus) population, following marked animals annually for 30 to 47 years in each population. Long-term studies are useful for understanding large herbivore dynamics, but they are rarely replicated. My study is therefore a major asset for disentangling the relative influence of density-dependent and independent effects on the dynamics of isolated populations. Globally, density-independent factors had the greatest influence on population growth rate, with stochastic pneumonia and cougar (Puma concolor) predation episodes decreasing population growth rate by 22.2% and 16.6%, respectively. While pneumonia outbreaks reduced adult female and juvenile survival rates and predation episodes decreased all demographic rates, population density only decreased juvenile survival. A four-fold increase in density decreased juvenile summer survival by 8.3% and winter survival by 15.0%. My analysis of three mountain ungulate populations reveals how isolated populations, in contrast with well-connected and larger populations, are more sensitive to stochastic events than to density dependence. As many populations of mountain ungulates are declining worldwide and are increasingly isolated, these results highlight the necessity of considering stochastic events because they can greatly increase the risk of extinction of these populations.

En plus de leur taille, la configuration des coupes forestières influence la quantité de lisières dans un paysage. La martre d'Amérique est considérée sensible aux opérations forestières puisqu'elle évite les milieux ouverts comme les coupes forestières. Il n'est pas clair comment la martre réagit aux lisières des milieux ouverts. Celles-ci peuvent offrir des proies mais également exposer les martres à leurs prédateurs et aux intempéries. Nous avons analysé l'effet de ces lisières sur la répartition spatiale des mammifères en hiver, avec une attention particulière à la martre d'Amérique. Nous avons également comparé les résultats basés sur des images LiDAR de 2011 et 2016 et sur la couche thématique écoforestière du gouvernement du Québec afin de déterminer l'effet de la résolution spatiale sur la mesure des effets de lisière. Nous avons géolocalisé des pistes de martres et d'autres mammifères à la forêt Montmorency, le long de transects répartis systématiquement, entre 2009 et 2018. Nous avons comparé les distances des pistes et de points de référence disposés sur les transects aux lisières avec des modèles linéaires généralisés. Les pistes de martres se retrouvaient davantage éloignées des lisières d'ouvertures forestières que les points de référence, tout comme les espèces qu'elle consomme. Avec les images LiDAR, la distance des pistes de martres aux lisières de chemins, de rivières et de lacs ne se distinguait pas de celle des points de référence. Avec la couche thématique écoforestière, nous n'avons trouvé aucune influence des lisières forestières, suggérant qu'une délimitation précise des lisières est nécessaire pour en mesurer l'effet. L'évitement des lisières LiDAR était obtenu en n'appliquant aucune taille minimale aux ouvertures utilisées pour leur délimitation. La taille des coupes n'aurait donc pas d'influence sur l'évitement des lisières. Nous concluons qu'une configuration spatiale réduisant la quantité de lisières augmenterait la superficie d'habitat de la martre dans la sapinière à bouleau blanc de l'Est. / Besides their size, spatial configuration of clear cuts determines the amount of edges in a landscape. The American marten is considered sensitive to forest management since it avoids open areas such as clear-cuts. It is unclear how marten respond to edges of open areas. Edges may represent foraging opportunities, but also increased exposure to predators and severe weather. We analyzed the edge effect on the spatial distribution of wintering mammals with a focus on marten. We compared the results obtain by LiDAR images (2011 and 2016) and Quebec government's photo interpretation data to determine the impact of spatial resolution on measured responses to edges. We geolocated marten and other mammal snow tracks in Forêt Montmorency, along systematically distributed transects, between 2008 and 2018. We compared distances of snow tracks and reference points along transects to edges with generalized linear models. Martens were found further from the edges of forest openings than reference points, as were prey species. With LiDAR images, we found no association of martens to roads, rivers and lakes edges. With the photo interpretation layer, we found no influence of forest openings edges suggesting that a fine and precise delineation of edges is necessary to measure edge effects. LiDAR edge avoidance was obtained by applying no minimum size to the openings used for their delineation. Thus, the size of clear cuts would therefore not have an influence on edges avoidance. We conclude that a spatial configuration with fewer edges would increase the area of suitable habitat for martens in the eastern balsam fir-white birch forest.

Québec Université Laval, Bibliothèque 2012

Cette étude visait à déterminer quelle devise nutritionnelle, parmi les gains journaliers en énergie digestible, les gains instantanés en énergie digestible, en phosphore ou en sodium, expliquait le mieux la répartition du bison (Bison bison) dans les prairies canadiennes. Nous avons caractérisé la sélection de l'habitat des bisons du parc national du Canada des Prairies à l'hiver et au printemps 2007 et interprété cette sélection dans le contexte des gains attendus pour chacune des quatre devises. En toutes saisons, les communautés végétales fournissant les gains instantanés les plus rapides en énergie digestible étaient les plus fortement sélectionnées. Cette sélection s'effectuait au détriment des autres devises. Ces résultats viennent appuyer des observations obtenues dans des écosystèmes boréaux. La recherche de gains rapides en énergie constitue donc un des mécanismes prépondérants de la répartition du bison, et du coup, cette devise devrait permettre d'anticiper sa répartition malgré des changements dans les écosystèmes.

MOTS CLÉS: Montréal, Québec, géographie culturelle, Loi sur les Indiens, Mouvement des centres d’amitié autochtones, lieu, sujet, récit. Cette thèse part du constat que la mise en œuvre de la Loi sur les Indiens enferme l’existence des Premières Nations dans l’espace hétérotopique des réserves, conditionnant ainsi les façons de penser, de s’identifier, mais aussi les relations avec et dans la ville. Postulant l’association consubstantielle entre autochtones et réserves, on ne s’étonnera donc pas d’une présence urbaine qui, aux yeux du gouvernement canadien, devenait d’abord synonyme d’exode rural, puis d’une nécessaire dissolution culturelle dans la société « d’accueil ». Dans l’optique de déconstruire ce cloisonnement idéologique des sociétés autochtones dans des territoires juridiques, la thèse s’intéresse à l’expérience des Autochtones à Montréal et spécifiquement à l’une des plus anciennes institutions de son paysage urbain, le Centre d’amitié autochtone. Afin de contribuer à reconstruire les représentations émises à l’égard des présences autochtones urbaines, nous proposons de restituer la mémoire de ce lieu à travers l’expérience de ceux qui en ont fait l’histoire, puis d’analyser la rhétorique du mouvement social porté par le Regroupement des Centres d’amitié autochtones du Québec dont la visée transformatrice sera enrichie, dans un troisième temps, par un retour sur le témoignage d’individus plus ou moins extérieurs à celui-ci. La nature participative de cette recherche offre la possibilité de repenser l’appareil conceptuel généralement mobilisé lorsqu’il est question d’aborder l’expérience autochtone de la ville, tout en rendant visible le patrimoine historique et culturel caractéristique de la présence montréalaise. C’est ainsi que les acquis théoriques de la géographie culturelle, notamment à propos du triptyque lieu / sujet / récit, permettent d’enrichir un champ d’études émergeant, à savoir celui s’intéressant aux questions relatives aux autochtones en milieu urbain. / KEY WORDS: Montreal, Quebec, cultural geography, Indian Act, Native Friendship Centres movement, place, subject, narrative. This thesis is based on the fact that the Indian Act confines the existence of First Nations in the heterotopic space of reserves, thus not only conditioning their ways of conceiving and identifying themselves, but also their relationships with and within the city. On the premise of a consubstancial association between Aboriginals and Indian reserves, it is hardly surprising that urban Aboriginal presence had been seen by the Canadian government first as equivalent to rural exodus, then synonymous with a cultural dissolution within the ‘‘host’’ society. In order to deconstruct the ideological incarceration of Aboriginal communities in legally defined territories, this thesis explores the experiences of Aboriginal peoples in Montreal and, more specifically, with one of its oldest institutions, the Native Friendship Centre. So as to contribute in reconstructing the representations of urban Aboriginal presence, we propose firstly to restore the memory of this place through the experiences of those who made its history, secondly to analyze the social movement rhetoric carried by the Regroupement des Centres d’amitié autochtones du Québec and thirdly, to enrich its goal of transformation by looking back on testimonials from people more or less external to the Centre. The participative nature of this research provides an opportunity to rethink the conceptual apparatus generally used to address the experiences of Aboriginal peoples in cities while rendering visible the historical and cultural heritage of Montreal’s Aboriginal presence. In this way, cultural geography’s theoretical perspectives, in particular the triptych place / subject /narrative, allows us to contribute to the emerging field of study concerned with Aboriginal people in urban areas.

Tableau d’honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2004-2005 / La présente recherche porte sur la question du chant religieux en langues amérindiennes dans les missions de la Nouvelle-France aux XVIIe et XVIIIe siècles. L'étude de la correspondance missionnaire, des récits de voyages et des manuscrits de chant liturgique rédigés en diverses langues par les missionnaires nous a fourni l'essentiel des données permettant de reconstituer la trajectoire de la musique religieuse chez les Amérindiens convertis et partant, d'éclairer un aspect peu connu de l'histoire ancienne des missions et des autochtones du Canada. En outre, la comparaison d'un grand nombre de témoignages sur le chant dans les missions canadiennes avec le contenu des manuscrits musicaux témoins de cette pratique a permis de mettre en lumière la richesse et l'étendue de la pratique du chant chez les Amérindiens. Au XVIIIe siècle, tous les autochtones convertis pratiquent le plain-chant en leur langue et même, en certains lieux, le petit motet polyphonique. La pratique continue du chant religieux chez les Amérindiens chrétiens, jointe à l'enthousiasme qu'ils démontrent à l'endroit des cérémonies du culte attestent un goût pour la musique européenne mais également une réceptivité certaine des autochtones à l'égard du fait religieux des Européens, du moins au XVIIIe siècle. Bien qu'elle s'inscrive en porte-à-faux avec l'idée reçue voulant que les Amérindiens aient subi la religion chrétienne, cette hypothèse se fonde néanmoins sur le fait avéré que les Amérindiens de la colonie française ont dû, plus ou moins consciemment, redéfinir leur identité sur l'échiquier colonial. Les temps avaient changé, les Amérindiens en étaient parfaitement conscients et considéraient désormais de nouvelles avenues à leur survie comme ethnies. Le chant et plus généralement la voix et l'expression vocale, se sont alors présentés à eux et à leurs missionnaires comme l'un des possibles lieux de rencontre, de dialogue et d'appropriation identitaire dans un monde en rapide mutation. / Québec Université Laval, Bibliothèque 2014

Ce mémoire s'intéresse à la relation entre le Canada et les peuples autochtones se trouvant sous sa juridiction. Plus spécifiquement, il analyse certains aspects de cette relation au regard d'un des éléments constitutifs de la définition du crime d'apartheid en vertu du Statut de Rome de la Cour pénale internationale, soit la présence d'un régime institutionnalisé de domination et d'oppression systématiques d'un groupe racial à l'encontre d'un autre groupe racial ou d'autres groupes raciaux. Cette analyse est menée en s'appuyant notamment sur les conclusions de la Commission d'enquête sur les relations entre les Autochtones et certains services publics au Québec (communément appelée « Commission Viens »), et se limite par conséquent aux peuples autochtones au Québec. Le premier chapitre de ce mémoire trace l'historique de la prohibition de l'apartheid en droit international, en recensant notamment les définitions de l'apartheid prévues dans les autres instruments de droit international. Le deuxième chapitre se penche sur la définition du crime d'apartheid en vertu du Statut de Rome de la Cour pénale internationale, décortiquant l'élément constitutif le plus caractéristique du crime d'apartheid, c'est-à dire le régime institutionnalisé de domination et d'oppression systématiques d'un groupe racial sur un autre groupe racial ou sur d'autres groupes raciaux. L'analyse comme telle de la situation prévalant au Québec au regard de l'élément constitutif sélectionné se divise en trois parties, réparties sur les deux derniers chapitres du mémoire. Le troisième chapitre examine ainsi la question de la présence de groupes raciaux distincts ainsi que celle du régime institutionnalisé de domination systématique. Le quatrième chapitre analyse enfin les constats transversaux du rapport de la Commission Viens au regard de l'exigence du régime institutionnalisé d'oppression systématique. / This Master's thesis examines the relationship between Canada and the Indigenous peoples under its jurisdiction. More specifically, it analyzes certain aspects of this relationship through the lens of the most characteristic constitutive element of the crime of apartheid as defined by the Rome Statute of the International Criminal Court, namely the presence of an institutionalized regime of systematic oppression and domination of one racial group over any other racial group or groups. This analysis is carried out based, in particular, on the conclusions of the Public Inquiry Commission on relations between Indigenous Peoples and certain public services in Québec (commonly known as the "Viens Commission") and is therefore limited to Indigenous peoples in Quebec. The first chapter of this thesis traces the history of the prohibition of apartheid in international law, including by canvassing the definitions of apartheid provided for in other international law instruments. The second chapter looks at the definition of the crime of apartheid under the Rome Statute of the International Criminal Court, breaking down the selected constitutive element of the crime of apartheid. The analysis as such of the situation prevailing in Quebec regarding the constitutive element selected is divided into three parts, distributed over the last two chapters of the thesis. The third chapter thus examines the question of the presence of distinct racial groups as well as that of an institutionalized regime of systematic domination. Finally, the fourth chapter analyzes the general findings of the Viens Commission report in light of the requirement of an institutionalized regime of systematic oppression.

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Le travail réalisé au cours de cette thèse aborde la thématique complexe de la place des espèces de la faune sauvage dans des habitats qui sont de plus en plus modifiés par les activités humaines. Nous prenons pour modèle d’étude la population de bisons des prairies (Bison bison bison) établie dans le parc national de Prince Albert (Canada) qui utilisent les terres agricoles exploitées bordant le parc. Dans un premier temps, nous démontrons que ce sont les gains énergétiques qui guident principalement la sélection d’habitat des bisons au détriment d’autres facteurs contribuant à la valeur adaptative, tels que le risque de mortalité lié à la chasse. Les parcelles agricoles constituent alors pour cette population un piège écologique, soit un habitat qui est préféré ou également préféré à d’autres habitats disponibles pourtant de meilleure qualité. L’utilisation des parcelles se diffuse parmi la population grâce aux décisions collectives prises au sein du groupe sur la base de l’expérience passée des membres du groupe. La diminution de la taille de la population est concomitante à la diffusion de ce comportement. Nos résultats nous renseignent sur les effets négatifs que peut avoir l’utilisation des milieux anthropisés et sur comment des mécanismes adaptatifs en milieu naturel, comme l’apprentissage social, peuvent se révéler délétères dans des milieux perturbés par l’homme. Nous étudions ensuite les stratégies comportementales mises en œuvre par les bisons pour échapper aux menaces constituées, à la fois, par leur prédateur naturel (le loup gris, Canis lupus) et par les activités humaines. Les bisons réagissent à la proximité du loup gris quand ils sont dans une prairie naturelle uniquement de nuit en écourtant leur temps de résidence. Alors qu’ils sélectionnent les parcelles agricoles principalement la nuit quand les activités humaines sont au plus bas. Ces stratégies divergentes nous renseignent sur les capacités des bisons à intégrer des informations nouvelles et à ajuster leur comportement en fonction de leur expérience passée. Le déclin de la population nous indique toutefois que ce type de stratégie, certainement efficace pour maximiser le temps passé sur les parcelles agricoles tout en minimisant le risque de perturbations, reste largement insuffisant pour prémunir les bisons contre la mortalité induite par la chasse. Pour mieux comprendre les déplacements des bisons et guider la gestion de la population, nous explorons les propriétés du réseau de sentiers créés et entretenus par les bisons pour se déplacer entre les prairies naturelles. Le réseau est très redondant avec de nombreux sentiers indépendants connectant la même paire de prairies. Le nombre de sentiers et de connexions diminue en même temps que le nombre d’individus. Ces résultats nous renseignent sur la capacité de résistance du réseau aux perturbations, mais également sur l’influence de la taille de la population sur la connectivité fonctionnelle. L’utilisation des milieux anthropisés par les espèces de la faune peut également avoir des impacts sur les écosystèmes. Nous décrivons une situation souvent négligée dans le domaine de la conservation: le conflit de conservation, situation au cours de laquelle un objectif de conservation entre en conflit avec un ou plusieurs objectifs d’un autre programme. Les bisons des prairies, espèce au statut vulnérable, transportent un grand nombre de graines d’espèces de plantes non indigènes acquises sur les parcelles agricoles et qui sont potentiellement envahissantes. Ils favorisent l’installation de ces espèces en créant des conditions favorables, comme au niveau des «wallows» (zone dépourvue de végétation en son centre créée par les bisons en se roulant au sol) ou des sentiers créés au cours leurs déplacements. Les bisons en tant que vecteurs d’espèces non indigènes représentent un danger pour la restauration des prairies à fétuques, objectif de conservation prioritaire pour Parcs Canada. En conclusion, ce travail apporte des éléments de compréhension sur le comportement des animaux face à des contraintes émergentes dans les milieux anthropisés et sur les conséquences pour les animaux et les écosystèmes. Il soulève la question de la pérennité de certaines populations animales dans ces milieux anthropisés en l’absence de mesures de gestion adaptées.