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B virus (Cercopithecine herpesvirus 1), which causes an often fatal zoonotic infection in humans, shares extensive homology with human herpes simplex virus type 1 (HSV-1). The ƒ×134.5 gene of HSV-1 plays a major role in counteracting dsRNA-dependent protein kinase (PKR) activity. HSV-1 Us11 protein, if expressed early as a result of mutation, binds to PKR and prevents PKR activation. The results of experiments in this dissertation revealed that although B virus lacks a ƒ×134.5 gene homolog, it is able to inhibit PKR activation, and subsequently, eIF2ƒÑ phosphorylation. The initial hypothesis was that B virus Us11 protein substitutes for the function of ƒ×134.5 gene homolog by blocking cellular PKR activation. Using western blot analysis, Us11 protein (20 kDa) of B virus was observed early following infection (3 h post infection). Expression of B virus Us11 protein was not blocked by phosphonoacetic acid (PAA), an inhibitor of DNA replication, confirming Us11 is not a ¡§true late¡¨ gene of B virus as it is in HSV-1. Analysis of these results suggested that B virus Us11 protein compensates for the lack of the ƒ×134.5 gene homolog and prevents PKR activation. Next, the results demonstrated that B virus Us11 recombinant protein prevented PKR activation by dsRNA in vitro. A B virus Us11 protein stable expression cell line (U373-BVUs11) was established to investigate whether Us11 protein inhibited PKR activation in vivo. Experiments revealed that B virus Us11 protein stably expressed in U373 cells prevented PKR activation and subsequent eIF2ƒÑ phosphorylation induced by the infection of these cells with ƒ´ƒ×134.5 of HSV-1. As the consequence of preventing PKR activation and subsequent eIF2ƒÑ phosphorylation, B virus Us11 protein complemented ƒ´ƒ×134.5 HSV-1 in U373 cells as evidenced by restoration of virus protein synthesis and replication in U373 cells. Furthermore, pull-down assays showed that B virus Us11 protein binds to PKR. In addition, the results demonstrated that B virus Us11 protein stably expressed in U373 cells counteracted the inhibiting effect of IFN-ƒÑ on HSV-1 replication by preventing PKR activation. These data suggested that B virus and HSV-1, two closely related viruses, use different mechanisms to counteract PKR activity.

Chez les mammifères, l'infection par l'adénovirus conduit à l'activation de la transcription de certains éléments SINE Alu. Il s'agit d'un mécanisme conservé car il est observé avec d'autres familles de virus. Adénovirus code pour une protéine, E1A qui est capable d'interagir avec la protéine Rétinoblastome (RB). Cette interaction provoque l'inactivation de RB ce qui provoque probablement l'activation transcriptionelle des éléments Alu. Ainsi, chez les mammifères, certaines protéines virales agissent négativement sur RB ce qui a pour conséquence de déréguler le cycle cellulaire, la transcription pol III de manière générale et la transcription des éléments SINE en particulier. Chez les plantes, l'activation de la transcription des éléments SINE à la suite d'un stress comme l'infection virale reste à démontrer. Cependant, le virus FBNYV possède au sein de son génome une protéine, CLINK, qui est entre autre constituée d'un domaine de liaison à RB similaire à celui retrouvé chez E1A d'adénovirus. La première étape de ce travail de thèse a porté sur l'analyse de la protéine CLINK et plus particulièrement l'effet de cette protéine sur le cycle cellulaire, sur la transcription pol III en général et sur la transcription des SINE endogènes de plantes. La seconde partie de cette étude porte sur la fonction des éléments SINE de plantes au sein de la cellule. Chez les mammifères, l'élément SINE Alu est capable de jouer un rôle dans la physiologie de la cellule en réponse à certains stress. En effet, la transcription de ces éléments est activée à la suite d'une infection par certaines familles de virus. Les transcrits ainsi produits sont alors capables d'interagir avec la protéine PKR, une kinase d'eIF2α. Ainsi, les éléments SINE sont capables d'intervenir dans des processus clefs de la cellule comme le mécanisme de régulation de la traduction. La seule kinase d'eIF2α identifiée chez les plantes est la protéine GCN2. Ainsi, nous avons choisit de caractériser la fonction de cette protéine chez Arabidopsis. Nous avons déterminé les mécanismes de régulation de la protéine en mettant en évidence certains inducteurs spécifiques aux plantes. Ce travail a permis de montrer l'importance de la protéine pour la plante et de découvrir des fonctions potentielles de la protéine dans des voies de stress typiques des végétaux. Enfin, l'impact des SINE de plantes sur l'activité de GCN2 a été analysé.