Genetic factors have been shown to be involved in etiology of a poor response to the antidepressant treatment with sufficient dosage and duration. Our goal was to identify the role of polymorphisms in the poor response to the treatment. To this end, 5 functional polymorphisms in 109 patients diagnosed with unipolar, major depressive disorder are analyzed. Due to the small sample size, exact conditional tests are utilized to analyze the contingency table. The data analysis involves: (1) Exact test for conditional independence in a high dimensional contingency table; (2) Marginal independence test; (3) Exact test for three-way interactions. The efficiency of program always limits the application of exact test. The appropriate methods for enumerating exact tables are the key to improve the efficiency of programs. The algorithm of enumerating the exact tables is also introduced.

Dans cette thèse nous étudierons des problématiques de graphes. Nous proposons deux études théoriques sur la recherche et l'énumération de cliques et quasi-cliques. Ensuite nous proposons une étude appliquée sur la propagation d'information dans un graphe d'entités nommées. Premièrement, nous étudierons la recherche de cliques dans des graphes compressés. Les problèmes MCE et MCP sont des problèmes rencontrés dans l'analyse des graphes. Ce sont des problèmes difficiles, pour lesquels des solutions adaptées doivent être conçues pour les grands graphes. Nous proposons de travailler sur une version compressée du graphe. Nous montrons les bons résultats obtenus par notre méthode pour l'énumération de cliques maximales. Secondement, nous étudierons l'énumération de quasi-cliques maximales. Nous proposons un algorithme distribué qui énumère l'ensemble des quasi-cliques maximales. Nous proposons aussi une heuristique qui liste des quasi-cliques plus rapidement. Nous montrons l'intérêt de l'énumération de ces quasi-cliques par une évaluation des relations en regardant la co-occurrence des noeuds dans l'ensemble des quasi-cliques énumérées. Troisièmement, nous travaillerons sur la diffusion d'événements dans un graphe d'entités nommées. De nombreux modèles existent pour simuler des problèmes de diffusion de rumeurs ou de maladies dans des réseaux sociaux ou des problèmes de propagation de faillites dans les milieux bancaires. Nous proposons de répondre au problème de diffusion d'événements dans des réseaux hétérogènes représentant un environnement économique du monde. Nous proposons un problème de diffusion, nommé problème de classification de l'infection, qui consiste à déterminer quelles entités sont concernées par un événement. Pour ce problème, nous proposons deux modèles inspirés du modèle de seuil linéaire auxquels nous ajoutons différentes fonctionnalités. Finalement, nous testons et validons nos modèles sur un ensemble d'événements / In this thesis we will study graph problems. We will study theoretical problems in pattern research and applied problems in information diffusion. We propose two theoretical studies on the identification/detection and enumeration of dense subgraphs, such as cliques and quasi-cliques. Then we propose an applied study on the propagation of information in a named entities graph. First, we will study the identification/detection of cliques in compressed graphs. The MCE and MCP are problems that are encountered in the analysis of data graphs. These problem are difficult to solve (NP-Hard for MCE and NP-Complete for MCP), and adapted solutions must be found for large graphs. We propose to solve these problems by working on a compressed version of the initial graph. We show the correct results obtained by our method for the enumeration of maximal cliques on compressed graphs. Secondly, we will study the enumeration of maximal quasi-cliques. We propose a distributed algorithm that enumerates the set of maximal quasi-cliques of the graph. We show that this algorithm lists the set of maximal quasi-cliques of the graph. We also propose a heuristic that lists a set of quasi-cliques more quickly. We show the interest of enumerating these quasi-cliques by an evaluation of relations by looking at the co-occurrence of nodes in the set of enumerated quasi-cliques. Finally, we work on the event diffusion in a named entities graph. Many models exist to simulate diffusion problems of rumors or diseases in social networks and bankruptcies in banking networks. We address the issue of significant events diffusion in heterogeneous networks, representing a global economic environment. We propose a diffusion problem, called infection classification problem, which consists to dertemine which entities are concerned by an event. To solve this problem we propose two models inspired by the linear threshold model to which we add different features. Finally, we test and validate our models on a set of events