Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-06-28T11:23:03Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 795430 bytes, checksum: 6642533f621d46a9a7502f063b45aeea (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-28T11:23:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 795430 bytes, checksum: 6642533f621d46a9a7502f063b45aeea (MD5) Previous issue date: 2009-05-08 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A diversidade de leveduras endofíticas e epifíticas em frutos de café cereja das cultivares Catuaí Vermelho, Catuaí Amarelo, Bourbon Vermelho e Bourbon Amarelo em lavouras situadas a diferentes altitudes na Zona da Mata Norte em Minas Gerais, Brasil, foi estudada por metodologias dependentes e independentes de cultivo. A densidade de leveduras epifíticas e endofíticas em frutos de café é variável, menos de 25 UFC.fruto -1 a 6,5 x 10 4 UFC.fruto -1 . As 36 leveduras isoladas foram agrupadas em doze morfotipos e a árvore filogenética reconstruída com dados de sequências de bases de rDNA 26S mostrou o agrupamento com as sequências de Candida smithsonii, Pichia guilliermondii, Cryptococcus flavescens, Meira geulakonigii, Pseudozyma sp e Sporobolomyces sp., já depositadas no National Center for Biotechnology Information (NCBI). O isolado LEM 647-9, proveniente de Bourbon Vermelho, 1101 m, foi o único com identidade correspondente a Meira geulakonigii, um fungo yeast-like classificado em Ustilaginales, a mesma ordem de Pseudozyma. A ocorrência de um só morfotipo de leveduras endofíticas cultiváveis em Malt yeast glucose peptone medium (MYGP), contendo cloranfenicol, em apenas 4 amostras de café cereja é considerada baixa. As endofíticas foram identificadas com base no perfil de ésteres metílicos de ácidos graxos (FAME), pelo sistema de identificação Sherlock ® (MIDI), e por análise filogenética de sequências de rDNA 26S. As sequencias parciais de rDNA destes isolados mostraram identidade entre 96 e 100 % com as correspondentes a Candida, Pichia e Brettanomyces. Pela análise filogenética a maior identidade foi com Candida e Pichia. A constatação de C. diddensiae P. guilliermondii e C. parapsilosis como endofíticas em frutos de café sadios no estádio cereja se configura como relato novo sobre nicho de ocorrência das espécies. Clones de uma biblioteca de rDNA 26S obtida por amplificação de DNA metagenômico de frutos cereja da C.Vermelho, coletada a 1189 m, foram sequenciados. Doze clones mostraram 98-99% de identidade com rDNAs de fungos filamentosos. Estes correspondem a Mycosphaerella, Glomerella, Microdiplodia e Phaeophaeria e a alguns fungos filamentosos potencialmente endofíticos e ainda não identificados, cujas sequências estão presentes no GenBank. A DGGE da sucessão de leveduras associadas aos grãos de C. arabica durante os 14 dias do período de secagem natural no terreiro de cimento revelou UTOs dominantes já nos 4 primeiros dias. A análise com o programa GelCompar II ® demonstrou que o perfil de UTOs da comunidade é alterado a cada dois dias, até o 12o dia de secagem. A determinação de ocorrência e diversidade de leveduras endofíticas nos frutos de café cereja se constitui em etapa fundamental para identificar a síntese de metabólitos produzidos por esses microrganismos e para desenvolver processo biotecnológico que assegure a qualidade superior da bebida do café. / Diversity among endophytic and epiphytic yeasts in coffee cherries (Coffea arabica L.) from the cultivars Catuaí Vermelho, Catuaí Amarelo, Bourbon Vermelho, and Bourbon Amarelo, sampled from plantations located at different altitudes in the Zona da Mata Norte, Minas Gerais State, Brazil, were studied using culture-dependent and culture-independent methods. Density of epiphytic and endophitic yeasts in coffee cherries varied from less than 25 CFU. cherries -1 to 6,5.10 4 CFU.cherries -1 . Thirty six isolated yeasts were grouped in 12 morphotypes. The reconstructed phylogenetic tree, obtained with 26S rDNA sequence data, grouped the sequences with those of Candida smithsonii, Pichia guilliermondii, Cryptococcus flavescens, Meira geulakonigii, Pseudozyma sp and Sporobolomyces sp. present in the National Center for Biotechnology Information (NCBI) database. The isolate LEM 647-9, from Bourbon Vermelho collected at 1101 m, was identified as Meira geulakonigii, a yeast-like fungus classified among the Ustilaginales, the same order of Pseudozyma. Five yeast colonies of the same morphotype were selected and identified using the fatty acid methyl ester profiling (FAME) by the Sherlock ® identification system (MIDI). The isolates were phylogenetically clustered using 26S rDNA sequences analyses. Partial 26S rDNA sequences showed 96 % and 100 % similarity to rDNA from yeast species belonging to Candida, Pichia, and Brettanomyces. However, phylogenetic cluster analyses showed that the rDNA sequences from the isolates were more closely related to rDNA sequences from the genera Candida and Pichia. The presence of C. diddensiae, P. guilliermondii e C. parapsilosis as endophytes in wholesome coffee cherries is reported here and thus a new niche for these species. Sequencing of clones obtained from a 26S rDNA library of amplified metagenomic DNA from Catuaí Vermelho coffee cherries, collected at 1189 m, yielded 12 clones with 98-99% identity with filamentous fungi. They corresponded to the genera Mycosphaerella, Glomerella, Microdiplodia e Phaeophaeria, and also to some potentially endophytic fungi yet to be identified and that have sequences already in GenBank. DGGE fingerprint of yeasts in C. arabica during 14 days of natural drying revealed dominant OTUs already in the four first days. GelComparII analysis demonstrated that the OTU profile is altered each two days up to the 12 th day. Knowledge on the occurrence and diversity of endophytic yeasts, as well as on the secondary metabolites that they produce should contribute to the development of biotechnological processes aimed at improving the quality of coffee beverages. / Tese antiga

Made available in DSpace on 2017-07-21T19:59:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Karin Cristina.pdf: 1779954 bytes, checksum: fa7540fc1601cdb177d071d632782f2e (MD5) Previous issue date: 2009-10-05 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Chemical fertilizers and pesticides have become an important part of modern agriculture. The use of these chemical brought great benefits but also created new problems, such as disposal after use, persistence over time and accumulation in the environment, resulting significant bad consequences to public health and adverse impact on ecosystems. Maize culture deserves attention because the large amount of herbicides used. Mesotrione is a new selective herbicide developed for use in maize culture. Due it has not been used for a long time, there is little information available on the ecotoxicological risk. Only two mesotrione-degrading strains, from soil and water, both the genus Bacillus, were isolated and identified. The aim of this study was to isolate and characterize endophytic and epiphytic bacterial strains collected from maize leaves, able to biodegrade the herbicide mesotrione. Samples were collected in maize planting variety Penta without treatment with mesotrione and maize planting variety DKB 234 treated with mesotrione, at Fazenda Escola Capão da Onça, Ponta Grossa, PR. The microorganisms were isolated and cultured in mineral medium supplemented with mesotrione as sole carbon source. Of the twenty samples were isolated 347 tolerant and/or mesotrione-degrading strains. These were selected in increasing concentrations of the herbicide and had their degradation capability evalueted by VIS spectrophotometry. Ten strains were able to grow in the presence of high concentrations of mesotrione. Of these, 9 strains (7 epiphytic and 2 endophytic) were isolated from maize variety Penta without treatment with mesotrione and only 1 epiphytic strain was isolated from maize variety DKB 234 treated with mesotrione. Five strains had the ability to degrade the herbicide confirmed. One strain was identified as Acinetobacter baumanii and other as Micrococcus luteus. Just M. luteus is an endophytic strain, the others are maize epiphytics. Four mesotrione-degrading strains were isolated from maize untreated with mesotrione, only one strain of Gram-negative bacilli non fermenter was isolated from maize treated with the herbicide. The growth in high concentration of the strains that didn’t have the mesotrione degradation capability detected by spectrophotometry indicates the possibility of these strains degrade this herbicide when in association with other microorganisms consortia in the environment. The real quantitative capability of mesotrione degradation by the strains recorded by spectrophotometry may be underestimated due to the accumulation of degradation products which have the same wavelength as the mesotrione. This study reports the first isolation and characterization of mesotrione degrading strains endophytic and epiphytic from maize. / Os adubos químicos e pesticidas tornaram-se parte integral da agricultura moderna. O emprego destas substâncias químicas trouxe grandes vantagens, mas também criou novos problemas, como a eliminação após o uso, a persistência ao longo do tempo e o acúmulo no ambiente, acarretando conseqüências adversas consideráveis à saúde pública e um impacto negativo nos ecossistemas. A cultura do milho merece atenção pela elevada quantidade de herbicidas usados. O mesotrione é um novo herbicida seletivo utilizado na cultura do milho. Devido sua introdução recente, há pouca informação referente ao risco ecotoxicológico do mesotrione e de seus produtos de degradação. Apenas duas linhagens bacterianas do gênero Bacillus, degradadoras do mesotrione, provenientes do solo e da água, já foram isoladas e identificadas. O objetivo deste estudo foi isolar e caracterizar linhagens bacterianas endofíticas e epifíticas, isoladas das folhas de milho, com capacidade de biodegradar o herbicida mesotrione. As coletas foram realizadas em plantação de milho variedade Penta sem tratamento com o herbicida mesotrione e em plantação de milho variedade DKB 234 com tratamento com o herbicida, na Fazenda Escola Capão da Onça, Ponta Grossa, PR. Os microrganismos foram isolados e cultivados em meio mineral com mesotrione como única fonte de carbono. Das vinte coletas foram isoladas 347 linhagens bacterianas tolerantes e/ou degradadoras. Estas foram selecionadas em concentrações crescentes do herbicida e tiveram sua capacidade de degradação investigada por espectrofotometria visível. Dez linhagens capazes de crescer na presença de altas concentrações do herbicida foram avaliadas. Destas, 9 linhagens (7 epifíticas e 2 endofíticas) foram isoladas de milho variedade Penta sem tratamento com o herbicida mesotrione e 1 foi isolada de milho variedade DKB 234 com tratamento com mesotrione. Cinco linhagens tiveram a capacidade de degradar o herbicida comprovada. Uma linhagem foi identificada como Acinetobacter baumannii e outra como Micrococcus luteus. Somente Micrococcus luteus é uma linhagem endofítica, sendo as demais epifíticas do milho. Quatro linhagens degradadoras foram isoladas de plantação de milho sem tratamento prévio com mesotrione; apenas uma linhagem de bacilo Gram-negativo não fermentador foi isolada de plantação sob tratamento com o herbicida. O crescimento, em alta concentração, das linhagens que não tiveram a capacidade de degradação do mesotrione detectada pela espectrofotometria indica a possibilidade destas linhagens participarem da degradação deste herbicida quando associadas com outros microrganismos em consórcios no ambiente. A capacidade quantitativa real de degradação do mesotrione pelas linhagens investigadas registrada pela espectrofotometria pode estar subestimada devido ao acúmulo dos produtos de degradação que possuem o mesmo comprimento de onda no espectro de absorção que a molécula de mesotrione. Este trabalho é o primeiro relato de isolamento de linhagens bacterianas degradadoras do herbicida mesotrione epifíticas e endofíticas de milho.

A filosfera da Mata Atlântica é um importante nicho de colonização por micro-organismos, cuja comunidade ainda é pouco conhecida. Algumas bactérias associadas à superfície das folhas possuem habilidade de fixar nitrogênio, mineralizar substratos orgânicos e também suprir as árvores com dióxido de carbono e fatores de crescimento. Este trabalho teve como objetivo gerar informações sobre a comunidade cianobacteriana que coloniza a filosfera de algumas plantas da Mata Atlântica e investigar a comunidade diazotrófica presente nesse habitat. Um total de 40 linhagens de cianobactérias da filosfera de Merostachys neesii (bambu), Euterpe edulis (palmeira Juçara), Guapira opposita e Garcinia gardneriana foram isoladas e cultivadas. Os isolados foram caracterizados por análises morfológicas e filogenia do gene 16S RNAr. Essa abordagem permitiu a identificação de uma linhagem do gênero Nostoc, sete Desmonostoc, seis Leptolyngbya, uma Oculatella, cinco Brasilonema, uma Pleurocapsa e duas Chroococcidiopsis. Dezessete linhagens (uma Microchaetaceae, dez Nostocaceae e seis Pseudanabaenaceae) não puderam ser identificadas ao nível de gênero. Vinte e seis linhagens (24 pertencentes às ordens Nostocales e duas à Pseudanabaenales) foram caracterizadas como diazotróficas pela amplificação, sequenciamento e filogenia do gene nifH. Além disso, caracterizou-se o perfil de fixação biológica de nitrogênio da linhagem Desmonostoc sp. CENA362. Com relação ao potencial biotecnológico dessas linhagens, treze isolados foram identificados como potenciais produtores de ácido indol acético (IAA) de acordo com o teste Salkowski. Diversas linhagens apresentaram genes associados à via biossintética do inibidor de protease microviridina, sendo que três delas codificam para novas variantes. Além disso, dez linhagens foram identificadas como potenciais produtoras aeruginosina, três de cianopeptolina e três de microcistina. A comunidade bacteriana diazotrófica avaliada por pirosequenciamento do gene nifH apresentou um perfil de variação espécie-específica para Proteobacteria e uma correlação positiva entre a riqueza e a fixação biológica de nitrogênio. Neste estudo, cianobactérias que habitam a filosfera da Mata Atlântica foram isoladas estão sendo mantidas em condições de cultivo. Novos táxons foram descobertos e vários gêneros conhecidos foram descritos pela primeira vez neste hábitat, o que contribuiu para o aprimoramento da sistemática de Cyanobacteria. As linhagens em cultivo e as informações geradas sobre os seus compostos metabólitos representam uma valiosa fonte para estudos posteriores. Além disso, informações sobre a comunidade bacteriana diazotrófica da filosfera pode auxiliar no entendimento da dinâmica do nitrogênio, elemento limitante e pouco disponível na Mata Atlântica / The phyllosphere of the Atlantic Forest is an important niche for colonization by microorganisms, whose community is still little known. Some bacteria associated with leaf surfaces may possess the ability to fix nitrogen, mineralize the organic substrates and also supply the trees with carbon dioxide and growth factors. Therefore, this study aimed to generate information about cyanobacterial community that colonize the phyllosphere of some plants of the Atlantic Forest and investigated the diazotrophic community in this habitat. A total of 40 strains of Cyanobacteria from the phyllosphere of Merostachys neesii (bamboo), Euterpe edulis (Juçara palm), Garcinia gardneriana and Guapira opposita was isolated and cultivated. The isolates were characterized by morphological analyses and phylogeny of the 16S rRNA gene. This approach allowed the identification of one strain of the genus Nostoc, seven Desmonostoc, six Leptolyngbya, one Oculatella, five Brasilonema, one Pleurocapsa and two Chroococcidiopsis. Seventeen strains (one Microchaetaceae, ten Nostocaceae and six Pseudanabaenaceae) could not be identified at the genus level. Twenty-six strains (24 belonging to Nostocales and two belonging to Pseudanabaenales) were characterized as diazotrophic by amplification, sequencing and phylogeny of nifH gene. Also, it was characterized the profile of biological nitrogen fixation for the strain Desmonostoc sp. CENA362. Regarding the biotechnological potential of these strains, thirteen strains were identified as potential producers of indole acetic acid (IAA) according to Salkowski test. Several strains presented genes involved in the biosynthetic pathway of the protease inhibitor microviridin, three of them encoding putative novel variants. Moreover, ten strains were identified as potential producers of aeruginosin, three of cyanopeptolin and three of microcystin. The diazotrophic bacterial community evaluated by pyrosequencing of the nifH gene showed a profile of variation plant species-specific for Proteobacteria, and a positive correlation between richness and biological nitrogen fixation. In this study, cyanobacteria that inhabiting Brazilian Atlantic Forest phyllosphere were isolated and are been maintained in culture conditions. New taxa were discovered and several known genera were described for the first time in this habitat, which contributed to improvement of the cyanobacterial systematic. The culturable strains and the information generated about their metabolites compounds represent a valuable source for further studies. In addition, information about the diazotrophic bacterial community inhabiting the phyllosphere may help in understanding the dynamics of nitrogen, a limiting and low available element in Atlantic Forest

A filosfera da Mata Atlântica é um importante nicho de colonização por micro-organismos, cuja comunidade ainda é pouco conhecida. Algumas bactérias associadas à superfície das folhas possuem habilidade de fixar nitrogênio, mineralizar substratos orgânicos e também suprir as árvores com dióxido de carbono e fatores de crescimento. Este trabalho teve como objetivo gerar informações sobre a comunidade cianobacteriana que coloniza a filosfera de algumas plantas da Mata Atlântica e investigar a comunidade diazotrófica presente nesse habitat. Um total de 40 linhagens de cianobactérias da filosfera de Merostachys neesii (bambu), Euterpe edulis (palmeira Juçara), Guapira opposita e Garcinia gardneriana foram isoladas e cultivadas. Os isolados foram caracterizados por análises morfológicas e filogenia do gene 16S RNAr. Essa abordagem permitiu a identificação de uma linhagem do gênero Nostoc, sete Desmonostoc, seis Leptolyngbya, uma Oculatella, cinco Brasilonema, uma Pleurocapsa e duas Chroococcidiopsis. Dezessete linhagens (uma Microchaetaceae, dez Nostocaceae e seis Pseudanabaenaceae) não puderam ser identificadas ao nível de gênero. Vinte e seis linhagens (24 pertencentes às ordens Nostocales e duas à Pseudanabaenales) foram caracterizadas como diazotróficas pela amplificação, sequenciamento e filogenia do gene nifH. Além disso, caracterizou-se o perfil de fixação biológica de nitrogênio da linhagem Desmonostoc sp. CENA362. Com relação ao potencial biotecnológico dessas linhagens, treze isolados foram identificados como potenciais produtores de ácido indol acético (IAA) de acordo com o teste Salkowski. Diversas linhagens apresentaram genes associados à via biossintética do inibidor de protease microviridina, sendo que três delas codificam para novas variantes. Além disso, dez linhagens foram identificadas como potenciais produtoras aeruginosina, três de cianopeptolina e três de microcistina. A comunidade bacteriana diazotrófica avaliada por pirosequenciamento do gene nifH apresentou um perfil de variação espécie-específica para Proteobacteria e uma correlação positiva entre a riqueza e a fixação biológica de nitrogênio. Neste estudo, cianobactérias que habitam a filosfera da Mata Atlântica foram isoladas estão sendo mantidas em condições de cultivo. Novos táxons foram descobertos e vários gêneros conhecidos foram descritos pela primeira vez neste hábitat, o que contribuiu para o aprimoramento da sistemática de Cyanobacteria. As linhagens em cultivo e as informações geradas sobre os seus compostos metabólitos representam uma valiosa fonte para estudos posteriores. Além disso, informações sobre a comunidade bacteriana diazotrófica da filosfera pode auxiliar no entendimento da dinâmica do nitrogênio, elemento limitante e pouco disponível na Mata Atlântica / The phyllosphere of the Atlantic Forest is an important niche for colonization by microorganisms, whose community is still little known. Some bacteria associated with leaf surfaces may possess the ability to fix nitrogen, mineralize the organic substrates and also supply the trees with carbon dioxide and growth factors. Therefore, this study aimed to generate information about cyanobacterial community that colonize the phyllosphere of some plants of the Atlantic Forest and investigated the diazotrophic community in this habitat. A total of 40 strains of Cyanobacteria from the phyllosphere of Merostachys neesii (bamboo), Euterpe edulis (Juçara palm), Garcinia gardneriana and Guapira opposita was isolated and cultivated. The isolates were characterized by morphological analyses and phylogeny of the 16S rRNA gene. This approach allowed the identification of one strain of the genus Nostoc, seven Desmonostoc, six Leptolyngbya, one Oculatella, five Brasilonema, one Pleurocapsa and two Chroococcidiopsis. Seventeen strains (one Microchaetaceae, ten Nostocaceae and six Pseudanabaenaceae) could not be identified at the genus level. Twenty-six strains (24 belonging to Nostocales and two belonging to Pseudanabaenales) were characterized as diazotrophic by amplification, sequencing and phylogeny of nifH gene. Also, it was characterized the profile of biological nitrogen fixation for the strain Desmonostoc sp. CENA362. Regarding the biotechnological potential of these strains, thirteen strains were identified as potential producers of indole acetic acid (IAA) according to Salkowski test. Several strains presented genes involved in the biosynthetic pathway of the protease inhibitor microviridin, three of them encoding putative novel variants. Moreover, ten strains were identified as potential producers of aeruginosin, three of cyanopeptolin and three of microcystin. The diazotrophic bacterial community evaluated by pyrosequencing of the nifH gene showed a profile of variation plant species-specific for Proteobacteria, and a positive correlation between richness and biological nitrogen fixation. In this study, cyanobacteria that inhabiting Brazilian Atlantic Forest phyllosphere were isolated and are been maintained in culture conditions. New taxa were discovered and several known genera were described for the first time in this habitat, which contributed to improvement of the cyanobacterial systematic. The culturable strains and the information generated about their metabolites compounds represent a valuable source for further studies. In addition, information about the diazotrophic bacterial community inhabiting the phyllosphere may help in understanding the dynamics of nitrogen, a limiting and low available element in Atlantic Forest