Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-06-27T14:31:34Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 178752 bytes, checksum: a3cf4a241824c5fd7f8d40c532deca3a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-27T14:31:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 178752 bytes, checksum: a3cf4a241824c5fd7f8d40c532deca3a (MD5) Previous issue date: 2003-08-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Bactérias Gram positivas e Gram negativas foram isoladas de pele de pacientes, de espécimes clínicos e do ambiente de um Centro de Terapia Intensiva hospitalar com o objetivo de estudar sua resistência a agentes biocidas e outros antimicrobianos. Dos trinta e oito isolados do ambiente, treze foram identificados como Staphylococcus sp.; sete como S. aureus; dez como Acinetobacter sp.; um como Acinetobacter baumannii; e sete como Pseudomonas aeruginosa. Na pele de pacientes, dos dezessete isolados, encontraram-se sete de P. aeruginosa; cinco de Staphylococcus sp.; quatro de Escherichia coli; e um de S. aureus. Entre os dez isolados dos espécimes clínicos, três foram identificados como P. aeruginosa; três como Staphylococcus sp.; dois como A. baumannii; um como Acinetobacter sp.; e um como Stenotrophomonas altophila. A resistência a cinco ou a mais antimicrobianos foi freqüente na maioria dos isolados de P. aeruginosa e S. aureus. Os isolados de P. aeruginosa, provenientes da pele de pacientes, apresentaram-se mais multirresistentes quando comparados à linhagem-tipo, e houve prevalência de sulfametoxazol/trimetoprim resistência e a à tetraciclina, perfloxacina. Houve cloranfenicol, prevalência de sensibilidade a imipenem, ciprofloxacina, norfloxacina, ceftazidima e a amicacina. Os três isolados de A. baumannii apresentaram sensibilidade a imipenem e resistência a norfloxacina, cloranfenicol, sulfametoxazol/trimetoprim, amicacina, gentamicina, perfloxacina, tetraciclina, cefotaxima, ceftazidima, ceftriaxona e ciprofloxacina. Destes, dois isolados foram sensíveis à fosfomicina. Todos os oito isolados identificados como S. aureus apresentaram sensibilidade a fosfomicina; seis a amicacina; e cinco a tetraciclina, ciprofloxacina e vancomicina. Todos foram resistentes à penicilina; sete a norfloxacina, eritromicina, gentamicina, oxacilina e cefoxitina; seis a clindamicina e ticarcilina/ácido clavulânico; e cinco, a cefalotina. As concentrações inibitórias mínimas (MIC) do digluconato de clorhexidina indicam maior suscetibilidade da espécie S. aureus, quando comparada com P. aeruginosa e A. baumannii. Houve diferença de resistência entre os isolados de diferentes origens, principalmente entre os identificados como P. aeruginosa. Isolados de A. baumannii apresentaram MICs, para polivinilpirrolidona-iodo (PVP-I), pelo menos duas vezes maiores que a linhagem de referência. MICs de PVP-I em P. aeruginosa e S. aureus não foram muito superiores aos encontrados nas respectivas linhagens-tipo. Não houve correlação entre a resistência aos antimicrobianos e aos biocidas. / Gram-positive and Gram-negative bacteria were isolated from patients skin surfaces, clinical samples, and the environment in an intensive care unit at a hospital in order to determine their resistance to and other biocides antimicrobial agents. Among the thirty eight environmental isolates, thirteen were identified as Staphylococcus sp; seven were S. aureus; ten were Acinetobacter sp.; one Acinetobacter baumannii, and seven Pseudomonas aeruginosa. From patients skin surfaces were isolated seven strains of P. aeruginosa, five Staphylococcus sp, two A. baumannii, one Acinetobacter sp and one Stenotrophomonas altophila. Resistance to five or more antibiotics was found in most isolates identified as P. aeruginosa and S. aureus. When compared to the type-strain, isolates of P. aeruginosa were more multiresistant, prevailing resistance sulfametoxazol/trimetropin, to and tetracycline, perfloxacin. Sensitivity chloranphenicol, to imipenem, ciprofloxacin, norfloxacin, and ceftazidime prevailed in most isolates of this species. All A. baumannii isolates were sensitive to imipenem and resistant to the other antibiotics tested. All the S. aureus isolates were resistant to penicillin, seven were resistant to norfloxacin, erythromycin, gentamycin, oxacillin, cefoxitin; six were resistant to clindamycin, ticarcillin/clavulanic acid, and five to cefalotin. Minimal Inhibitory Concentrations (MIC) for chlorhexidine digluconate showed that S.aureus is more sensitive to this biocide as compared to P. aeruginosa and A. baumannii. Differences in resistance could be noticed among isolates of distinct origins, mainly among P. aeruginosa isolates. MICs for PVP-I for A. baumannii were at least twice as large as that for the type-strain. MICs for PVP-I for P. aeruginosa and S. aureus were not very different from those for the respective type-strains. There was no correlation between resistance to biocides and resistance to antibiotics. / Dissertação antiga

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-06-27T16:38:17Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1862693 bytes, checksum: 55859873780bd6411394ca24d7cc0f14 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-27T16:38:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1862693 bytes, checksum: 55859873780bd6411394ca24d7cc0f14 (MD5) Previous issue date: 2005-02-21 / O objetivo deste trabalho foi definir as rotas tecnológicas para o desenvolvimento de processos de produção de probióticos contendo células de Lactobacillus delbrueckii UFV H2b20, bem como o de analisar a viabilidade técnica dos processos identificados, considerando a otimização do conjunto das etapas de cada processo. A produção de concentrado de células de L. delbrueckii UFV H2b20, a ser usado em todos os produtos, foi estabelecida em soro de queijo Minas Frescal esterilizado por calor. As condições ótimas para a esterilização foram determinadas. O rendimento em células foi da ordem de 10 9 UFC/mL. Os probióticos produzidos foram leite fermentado com L. delbrueckii UFV H2b20, leite em pó e sorvete contendo células viáveis dessa bactéria; foram produzidos também leite UHT, leite pasteurizado e leite em pó contendo células inativadas pelo calor. O leite fermentado apresentou valores de pH entre 4,0 a 4,5 e aproximadamente 10 8 UFC/g, e, estocado a 5oC, manteve-se nestas condições por até 30 dias; após 45 dias, a contagem foi de 10 7 UFC/g, valor ainda em conformidade com o estabelecido pela Resolução 47/97 de GMC para probióticos. O sorvete apresentou contagem na ordem de 10 8 UFC/g até 45 dias a -20oC. Após 60 dias nessa temperatura, houve redução para 10 7 UFC/g, contagem estável até 90 dias. O leite em pó probiótico foi produzido com células pré-tratadas para melhor sobrevivência ao processo em spray dryer, rendendo 10 8 UFC/g de L. delbrueckii UFV H2b20. Este número reduziu- se 10 7 UFC/g em 90 dias de estocagem a -20oC e a 10 6 e 10 5 à temperatura ambiente após 60 e 90 dias, respectivamente. A adição de células inativadas no leite pasteurizado não causou alterações no pH e na acidez do produto. No leite contendo células inativadas, houve desenvolvimento de proteólise e a conseqüente coagulação das proteínas após 30 dias de estocagem do produto, tornando seu processo inviável. As rotas tecnológicas definidas, o estudo de viabilidade técnica e a análise dos processos levaram a conclusões que recomendam a submissão de pedido de patente em função de três pontos demonstrados como inovações em processos. / The objective of this work was to define the technological routes for development of processes of production of probiotics which have cells of Lactobacillus delbrueckii UFV H2b20, as well as to analyze the viability technique of the identified processes, considering the optimization set of stages of each process. The production of concentrated cells of L. delbrueckii UFV H2b20, to be used in all the products, was established in cheese whey Minas Frescal sterilized by heat. The excellent conditions for the sterilization had been determined. The income of cells was in order of 10 9 UFC/mL. The produced probiotics had been fermented milk with L. delbrueckii UFV H2b20, powdered milk and ice cream having viable cells of this bacterium. There have also been produced UHT milk, pasteurized milk and powdered milk with inactivated cells by heat. Fermented milk presented values of pH between 4,0 to 4,5 and approximately 10 8 UFC/g, and, stored at 5oC, was remained in these conditions for up to 30 days; after 45 days, the counting was of 10 7 UFC/g, value still in compliance with the established Resolution 47/97 of GMC for probiotics. The ice cream presented counting in order of 10 8 UFC/g up to 45 days at -20oC. After 60 days in this temperature, it had been reduced to 10 7 UFC/g, steady counting up to 90 days. The probiotic powdered Milk was produced with cells pre-treated for better survival to the process in spray dryer, generating 10 8 UFC/g de L. delbrueckii UFV H2b20. This number was reduced to 10 7 UFC/g in 90 days of storage at -20oC and 10 6 and 10 5 at environment temperature after 60 and 90 days, respectively. The addition of inactivated cells in pasteurized milk did not cause modifications in pH and acidity of the product. Proteolyse have developed in milk with inactivated cells and a consequent coagulation of proteins after 30 days of storage of the product, becoming this process impracticable. The defined technological routes, the viability study techniques and the process analysis had taken the conclusions which advise a patent order in three points functions showed as innovations in processes. / Dissertação antiga

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-06-28T10:52:56Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 763129 bytes, checksum: 3ac0dfda7a6d9889b2b5e8a638958d85 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-28T10:52:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 763129 bytes, checksum: 3ac0dfda7a6d9889b2b5e8a638958d85 (MD5) Previous issue date: 2009-06-02 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / No Brasil, os derivados do petróleo, como óleo diesel e gasolina, possuem grande importância econômica, sendo produzidos e distribuídos em larga escala. Vazamentos acidentais desses combustíveis de tanques de armazenamento subterrâneos são causa comum de contaminação do solo e de águas subterrâneas no país. Nesse tipo de acidente, a remediação do solo é muito importante, uma vez que previne a contaminação do lençol freático. Neste trabalho, foram desenvolvidos inoculantes microbianos para a biorremediação de solo contaminado com óleo diesel ou gasolina comercial. Para isso, composto de resíduos sólidos urbanos foi enriquecido em populações microbianas com potencial de degradação de hidrocarbonetos, por meio de adições freqüentes de óleo diesel ou gasolina. Durante esse processo, verificou-se que as populações de bactérias cultiváveis se adaptaram mais rapidamente ao óleo diesel, havendo inicialmente efeito tóxico da gasolina sobre as mesmas. A adição de gasolina ao composto promoveu alterações no perfil de ácidos graxos da comunidade microbiana, sendo observado aumento dos ácidos graxos marcadores de bactérias gram-positivas e diminuição dos marcadores de gram-negativas e de actinomicetos. A aplicação dos inoculantes microbianos ao solo contaminado com gasolina aumentou a degradação desse contaminante, fato atribuído ao estabelecimento de populações microbianas mais resistentes aos efeitos tóxicos dos hidrocarbonetos leves contidos nesse combustível. No solo contaminado com óleo diesel, o efeito da aplicação dos inoculantes foi menos expressivo, em virtude da elevada eficiência de degradação dos microrganismos autóctones do solo. A temperatura de refrigeração foi a mais adequada para o armazenamento dos inoculantes. Nessa condição, houve maior viabilidade das populações bacterianas cultiváveis dos inoculantes e maior eficiência de degradação de hidrocarbonetos no solo. O método desenvolvido neste estudo mostrou-se simples e eficiente para a produção de inoculantes aplicáveis à biorremediação de solos contaminados com hidrocarbonetos. / In Brazil, the petroleum derivatives, such as diesel and gasoline, have great economic importance, being produced and distributed on a large scale. Accidental leakages of these fuels from underground storage tanks are a common cause of contamination of soil and groundwater. The prompt remediation of soils contaminated with diesel or gasoline is very important, in order to prevent the contamination of groundwater. In this work, microbial inoculants for bioremediation of soil contaminated with diesel or gasoline were developed. For this, compost of municipal solid waste was enriched in microbial populations with hydrocarbon-degrading potential, by frequent additions of diesel or gasoline. Populations of culturable bacteria adapted rapidly to the hydrocarbons present in diesel. On the other hand, hydrocarbons in gasoline caused a transient toxic effect on these populations. The addition of gasoline to the compost caused changes in the fatty acid profile of the microbial community; an increase of fatty acid markers of gram-positive bacteria and the reduction of gram-negative and actinomycetes fatty acids were observed. The application of microbial inoculants to soil contaminated with gasoline increased the degradation of this contaminant. This is due to the establishment of microbial populations more resistant to the toxic effects of soft hydrocarbons which are into this fuel. In the soil contaminated with diesel, the effect of inoculants was less significant, due to the high efficiency of degradation of indigenous soil microorganisms. The temperature of refrigeration was the most suitable for the storage of inoculants. Under this condition, higher counts of cultivable bacterial populations and increased efficiency of degradation of hydrocarbons in soil were obtained. The method developed in this study proved to be simple and efficient for the production of microbial inoculants used for the bioremediation of hydrocarbons-contaminated soils. / Dissertação antiga

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-06-28T08:42:33Z No. of bitstreams: 1 texto completo..pdf: 1713533 bytes, checksum: cd405fdf078ca1121913afb7ac7c4176 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-28T08:42:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo..pdf: 1713533 bytes, checksum: cd405fdf078ca1121913afb7ac7c4176 (MD5) Previous issue date: 2005-10-27 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / Bactérias do ácido láctico, isoladas de salame tipo italiano, com atividade antagonista a Listeria monocytogenes e Staphylococcus aureus foram caracterizadas. A natureza protéica dos agentes antagonistas nas seis linhagens foi demonstrada por serem conservadas em sobrenadantes neutralizados, pela não sensibilidade à catalase e pela sensibilidade a proteases. Cinco perfis de resistência a Proteinase K, Papaína, Tripsina e Protease de Bacillus polimyxa foram observados entre os seis isolados lácticos. Em todos os isolados, a atividade antagonista manteve-se presente em sobrenadantes neutralizados após tratamento térmico de 98 o C por 40 minutos. Em todos os isolados, a atividade inibitória manteve-se independentemente do pH do meio, entre pH 2 e pH 10. O isolado que apresentou melhor inibição contra L. monocytogenes e S. aureus, inclusive em meio líquido, foi identificado pela análise da seqüência de um gene codificador do rRNA 16S e pelo perfil de fermentação de açúcares como Lactococcus lactis subsp. lactis, e aqui denominado L. lactis subsp. lactis PD 6.9. O modo de ação da bacteriocina produzida por L. lactis subsp. lactis PD 6.9 sobre L. monocytogenes foi definido como bactericida. A produção de bacteriocina e o efeito inibitório sobre L. monocytogenes em condições que simulam o salame foram demonstrados. L. lactis subsp. lactis PD 6.9 atingiu 10 9 UFC/mL e a bacteriocina foi detectada após 8 horas. Em estudo de co-cultivo com L. monocytogenes, o crescimento de L. lactis subsp. lactis PD 6.9 não foi afetado pela presença de L. monocytogenes e apresentou o mesmo comportamento que quando cultivado como monocultura. Porém, o crescimento de L. monocytogenes foi reprimido e o número inicial de 10 6 células foi mantido até aproximadamente 12 horas de cultivo e nenhum crescimento foi detectado após 32 horas em um limite de detecção de 10 UFC/mL. A atividade da bacteriocina produzida por L. lactis subsp. lactis PD 6.9, em meio D-MRS, surge no final da fase logarítmica de crescimento e é máxima na fase estacionária. A atividade foi mais alta em condições ácidas do que em básicas, com atividade máxima em pH 2 e não foi alterada por tratamento térmico a 121 o C por 20 minutos, pelo processo de liofilização ou pelo efeito de congelamento e descongelamento. O armazenamento da bacteriocina nas temperaturas de -20 o C e -80 o C por até 6 meses também não alterou a atividade de inibição. A purificação foi realizada utilizando precipitação com sulfato de amônio, cromatografia de troca iônica, cromatografia de interação hidrofóbica e HPLC- fase reversa. Grande perda de atividade da bacteriocina foi observada especialmente após cromatografia de troca iônica e somente 0,025% da atividade inicial foi recuperada após HPLC-fase reversa. Os resultados obtidos com a purificação indicam que a bacteriocina é pequena, catiônica, hidrofóbica e com capacidade de formar agregados. / Lactic acid bacteria, isolated from Italian type salami, displaying antagonistic activity against Listeria monocytogenes and Staphylococcus aureus were characterized. The proteinaceous nature of the inhibitory agents in the six strains was demonstrated by their maintenance in neutralized supernatants, non sensibility to catalase and by sensibility proteases. Five resistance profiles to Proteinase K, Papain, Trypsin and Protease of Bacillus polimyxa were observed among the six strains. In all the isolates, the antagonistic activity was present in neutralized supernatants after heat treatment at 98 o C for 40 minutes. For all the isolates, the inhibitory activity was maintained, independently of the pH of the broth, between pH 2 and pH 10. The isolate that presented best activity against L. monocytogenes and S. aureus, including in broth, was identified by nucleotide sequence analysis of a gene encoding 16S rRNA and by sugar fermentation pattern as Lactococcus lactis subsp. lactis, here denominated L. lactis subsp. lactis PD 6.9. The bacteriocin produced by L. lactis subsp. lactis PD 6.9 has bactericidal effect on L. monocytogenes. Bacteriocin production and inhibitory effect on L. monocytogenes under conditions that simulate those of salami were demonstrated. L. lactis subsp. lactis PD 6.9 reached 10 9 CFU/mL and the bacteriocin was detected after 8 hours of cultivation in salami broth. In co- cultivation, L. lactis subsp. lactis PD 6.9 was unaffected by the presence of L. monocytogenes and presented the same behavior as when cultivated as monoculture. However, the growth of L. monocytogenes was repressed and the initial number of 10 6 cells was maintained to approximately 12 hours of cultivation and nothing was detected after 32 hours with a limit of detection of 10 CFU/mL. The activity of the bacteriocin produced by L. lactis subsp. lactis PD 6.9, in D-MRS broth, appears at the end of the logarithmic growth phase and reaches its maximum in the stationary phase. The activity was higher under acidic conditions, with maximum activity in pH 2 and it was not altered by heat treatment at 121 o C for 20 minutes, by lyophilization or by freeze-thaw treatment. The storage of the bacteriocin at -20 o C and -80 o C for up to 6 months did not alter the inhibitory activity. Purification was performed by precipitation with ammonium sulphate, ion-exchange chromatography, hydrophobic-interaction chromatography and reverse-phase HPLC. Loss of activity of the bacteriocin was especially observed after ion-exchange chromatography and only 0,025% of the initial activity was recovered after reverse-phase HPLC. The results obtained with the purification indicate that the bacteriocin is small, cationic, hydrophobic and with capacity to form aggregates. / Tese antiga

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-06-27T12:52:11Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 147753 bytes, checksum: 7ff7f5018eb04189a9e9cc7e7b24b059 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-27T12:52:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 147753 bytes, checksum: 7ff7f5018eb04189a9e9cc7e7b24b059 (MD5) Previous issue date: 2001-11-05 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Os efeitos do choque térmico, 50 o C por 30min, e do choque ácido, em pH3,5 por 2h e 30min a 37 o C, na sobrevivência de Lactobacillus UFV H2b20 à desidratação em “spray dryer” a 180 o C e na resistência a condições ambientais foi estudado. Em relação ao controle, em leite contendo 10% EST após o processamento do leite em pó, observou-se que tanto o choque térmico quanto o choque ácido conferiram às células maior tolerância ao processo de desidratação testado, sendo a diferença na sobrevivência de quase 2 ciclos logarítmicos. Fica demonstrado o efeito protetor do choque térmico e do choque ácido ao tratamento a 65 o C, por 20min, em que o controle, cerca de 10 3 UFC/ml, não logrou sobrevivência, enquanto as células pré-tratadas sofreram redução de apenas 2 ciclos logarítmicos. O mesmo efeito protetor ao tratamento em pH2,5 por 2h e 30min foi observado. No tratamento em 0,8mg/ml de lisozima por 60min não foi verificado efeito protetor ou deletério desses pré-tratamentos. No tratamento com 1% de sais biliares, verifica-se maior sobrevivência do controle quando comparado com as amostras pré-tratadas. Houve sobrevivência de 10% xdas células do controle e 1% das células pré-tratadas, nos primeiros 30min de exposição. Nas células submetidas ao choque ácido, houve efeito deletério nos primeiros 30min e efeito protetor nos demais períodos demonstrando seu efeito protetor na manutenção do número de células sobreviventes a esse tratamento. Observou-se melhor efeito do tratamento com ácido, quando comparado ao choque térmico. / The objectives of this work were to determine the effect of heat shock, 50 o C for 30min, and of acid shock, pH3.5 for 2hr and 30min at 37 o C, on the survival of Lactobacillus UFV H2b20 to milk spray drying and its resistance to stress conditions thereafter. Both heat and acid shocks increased the cell tolerance to the dehydration process, since the heat and acid treated cells presented a number of survivors two log cycles greater than that of the control, i. e. the non-shocked cells. Both pre-treatments, heat and acid, conferred resistance to heat treatment at 65 o C for 20min, yelding a number of survivors at least two log cycles greater than that of the control. The same protective effect was observed when heat and acid pre-treated cells were subject to pH2.5 for 2h and 30min. No effect was detected on the resistance to lisozyme. Exposure to 1% bile salts for 30min resulted in the survival of 10% of the control cells and of only 1% of the heat or acid pre-treated cells. However, a protective effect of the acid shock was observed after 30min of exposure to bile salts. The control and the heat shocked xiicells continued to die and the acid pre-treated cells survived for longer periods of time. As a pre-treatment, acid was more effeective than heat shock. / Dissertação antiga

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-06-27T15:31:26Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 366365 bytes, checksum: 7e074992e593bfccab2ba706da381e72 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-27T15:31:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 366365 bytes, checksum: 7e074992e593bfccab2ba706da381e72 (MD5) Previous issue date: 2005-02-23 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Cinqüenta e dois isolados microbianos pertencentes ao Laboratório de Biodiversidade e Biotecnologia para o Meio Ambiente (LBBMA) do Departamento de Microbiologia, Universidade Federal de Viçosa, Viçosa, MG, foram avaliados quanto à capacidade de crescimento em gasolina pura, gasolina adicionada de 25% de etanol, benzeno, tolueno e xilenos. A capacidade de produzirem biossurfactante em substrato contendo gasolina comercial como fonte de carbono foi também avaliada. Os 16 isolados que apresentaram crescimento considerado satisfatório em meio suplementado com gasolina pura foram avaliados quanto à capacidade de utilização de benzeno, tolueno ou xileno (BTX) como fontes exclusivas de carbono. Os quatro melhores foram selecionados para comporem um consórcio microbiano a ser estudado em biorreatores construídos para esse fim, sendo identificados pela análise de ésteres metílicos de ácidos graxos (FAME) como sendo: Stenotrophomonas maltophilia (isolado BBMA 105A), Sphingomonas capsulata (isolado LBBMA 178b) e Pseudomonas balearica (isolado LBBMA 193).O isolado BBMA B1 encontra-se em vias de identificação. Além desses, o isolado LBBMA 53A, identificado como Pseudomonas aeruginosa e o isolado LBBMA 178, também pertencente ao gênero Pseudomonas, foram selecionados por serem os mais eficazes quanto à produção de biossurfactantes. A identificação de S. capsulata como degradadora de tolueno e de P. balearica como degradadora de xileno, representa o acréscimo de mais uma característica metabólica relevante na descrição dessas espécies. O estudo da otimização do processo de biorremediação de amostra de solo contaminado com gasolina em biorreatores, considerando as variáveis fornecimento de oxigênio, fornecimento de nutrientes minerais e inoculação do consórcio bacteriano, permitiu a seleção das condições propícias à degradação de BTX pelo consócio microbiano selecionado. O consórcio microbiano demonstrou ser eficiente na biorremediação de solo contaminado com gasolina comercial. A utilização de um composto liberador de oxigênio não foi eficiente em estimular a biodegradação de hidrocarbonetos. A injeção de ar foi comprovadamente a melhor forma de suprimento de oxigênio ao processo de biorremediação conduzido em birreatores. A inoculação do slurry com o consórcio selecionado neste trabalho promoveu um aumento significativo da degradação dos componentes da gasolina, em especial BTX, demonstrando ser uma estratégia promissora para a biorremediação de solos contaminados com gasolina. / Fifty two microbial isolates belonging to the Laboratory of Biodiversity and Biotechnology for the Environment (LBBMA), of the Department of Microbiology of the University of Viçosa, Viçosa, MG, were evaluated for their capacity to grow in gasohol (ethanol 25%), benzene, toluene and xylenes. The producing biosurfactants in mineral medium with gasohol sole carbon source was also evaluated. Among the 52 isolates, 16 were able to grow satisfactory in gasohol mineral medium. These isolates were evaluated further for their capacity to use benzene, toluene or xylenes (BTX) as sources of carbon. Four isolates were selected to be part of a bacterial consortium for bioremediation of gasohol contaminated soil in bioreactors. These isolates were identified by fatty acid methyl ester (FAME) analysis as: Stenotrophomonas maltophilia (LBBMA 105A), Sphingomonas capsulata (LBBMA 178b) Pseudomonas balearica (LBBMA 193). The isolate LBBMA B1 is under identification. Isolates LBBMA 53A, identified as Pseudomonas aeruginosa and LBBMA 178, a Pseudomonas sp., were also selected as efficient biosurfactant producing members of the microbial consortium. The identification of S. capsulata as able to use toluene and of P. balearica as able to use xylene, represents the inclusion of another relevant metabolic characteristic for the description of these species. The optimization of the bioremediation of soil samples contaminated with gasohol in bioreactors, allowed the selection of the most appropriate conditions for the degradation of BTX by the selected bacterial consortium. Microbial consortium was found to be efficient in bioremediation of soil contaminated with brazilian gasohol. The use of an oxygen-releasing compound was not efficient in stimulating biodegradation of hydrocarbons. Air injection was proved to be the best way of supplying oxygen to the bioremediation process carried out in the bioreactor. Inoculation of contaminated soil slurry with the consortium in this work significantly increased the degradation of the gasoline components, especially BTX. Our data demonstrated that the use of the selected consortium in adequately-operated bioreactors is a promising strategy for bioremediation of soils contaminated with gasohol. / Dissertação antiga

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-09-05T11:16:01Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1214411 bytes, checksum: 7d51b551a60944cba150dc0f89c6b0a8 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-05T11:16:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1214411 bytes, checksum: 7d51b551a60944cba150dc0f89c6b0a8 (MD5) Previous issue date: 2015-07-09 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A Ilha da Trindade está situada no Oceano Atlântico Sul, a aproximadamente 1.160 km da linha de costa, paralela à cidade de Vitória-ES. A ilha apresenta alguns problemas ambientais, dentre os quais se destaca a intensa erosão ocasionada pela retirada da vegetação há alguns séculos e pelo pastejo excessivo, resultante da introdução de espécies exóticas de animais. Com o objetivo de verificar se a revegetação natural tem influenciado na recuperação da qualidade dos solos em diferentes regiões da Ilha da Trindade, analisaram-se os indicadores microbiológicos carbono e nitrogênio da biomassa microbiana (C-mic e N-mic), respiração basal (RBS), quociente metabólico (qCO 2 ), quociente microbiano (qMIC), nitrogênio mineralizável (N-min) e atividades enzimáticas (fosfatase ácida, fosfatase alcalina e β- glicosidase). Duas amostragens foram realizadas, sendo a primeira em maio de 2014 e a segunda em setembro de 2014. Foram coletadas amostras de solos em áreas desnudas (D) e sob vegetação (V), na camada de 0 a 10 cm, nas regiões Pico das Grazinas (PG), Morro da Fazendinha (MF), Morro do Paredão (MP) e Morro Vermelho (MV). Os solos apresentaram teores elevados de silte. A textura variou de média a argilosa, e altos teores de nutrientes foram observados, com destaque para o P. Os solos das áreas sob vegetação apresentaram teores mais elevados de matéria orgânica, quando comparados aos solos das áreas desnudas da mesma região. Os solos sob vegetação de todas as áreas estudadas apresentaram valores mais elevados dos indicadores microbiológicos C-mic, N-mic, RBS, qMIC, N- min e atividades enzimáticas. Com exceção da área MPV, o qCO 2 foi capaz de detectar a recuperação da qualidade do solo nas demais áreas sob vegetação (PGV, MFV e MVV). A atividade das enzimas fosfatase ácida e alcalina foram afetadas pela revegetação natural e pelo pH dos solos. A RBS e atividade da enzima fosfatase ácida mostraram-se sensíveis ao efeito sazonal. A área MFV apresentou maiores valores de C-mic, N-mic, RBS e atividade das enzimas fosfatase ácida e β-glicosidase, nos dois períodos de amostragem. Conclui-se que a revegetação natural, em curso na Ilha da Trindade, está contribuindo para a recuperação dos indicadores microbiológicos de qualidade de solos e, consequentemente, para o restabelecimento das funções ambientais dos solos. O reflorestamento de áreas degradadas com espécies nativas pode ser uma forma eficiente de recuperação da qualidade dos solos da Ilha da Trindade. / The Trindade Island is situated in the South Atlantic Ocean, approximately 1160 km of shoreline, parallel to the city of Vitória-ES. The island has some environmental problems, among which stands out the intense erosion caused by removal of vegetation a few centuries and excessive grazing resulting from the introduction of exotic animal species. In order to verify that the natural revegetation has influenced the recovery of soil quality in different regions of the Trindade Island, analyzed microbiological indicators carbon and nitrogen of microbial biomass (C-mic and N-mic), basal respiration (RBS), metabolic quotient (qCO 2 ), microbial quotient (qMIC), mineralized nitrogen (N-min) and enzymatic activities (acidic phosphatase, alkaline phosphatase and β-glucosidase). Two samples were taken, the first in May 2014 and the second in September 2014. Soil samples were collected in denuded areas (D) and under vegetation (V) in the layer 0-10 cm, in the regions of Pico Grazinas (PG), Morro Fazendinha (MF), Morro Paredão (MP) and Morro Vermelho (MV). The soils showed high levels of silt. The texture ranged from medium to clay, and high levels of nutrients were observed, especially the P. The soils of the areas under vegetation had higher levels of organic matter compared to the soils of the denuded areas of the same region. The soils under vegetation of all areas studied showed higher values of microbiological indicators C-mic, N mic, RBS, qMIC, N-min and enzymatic activities. Excluding the MPV area, qCO 2 was able to detect the recovery of soil quality in other areas under vegetation (PGV, MFV and MVV). The activity of the enzymes acid and alkaline phosphatase were affected by natural revegetation and the pH of the soil. RBS and activity of the enzyme acid phosphatase were sensitive to the seasonal effect. The MFV area had higher C-mic values, N-mic, RBS and activity of the enzymes acid phosphatase and β-glucosidase in the two sampling periods. It is concluded that natural revegetation, taking place in the Trindade Island, is contributing to the recovery of microbiological indicators of soil quality and, consequently, for the restoration of environmental functions of soils. The reforestation of degraded areas with native species can be an efficient way to recover the quality of Trindade Island soil. / PDFsem numeração até a página 16.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2018-08-24T18:20:21Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 484015 bytes, checksum: fda75b7a7bc67b7a6301406613010fcd (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-24T18:20:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 484015 bytes, checksum: fda75b7a7bc67b7a6301406613010fcd (MD5) Previous issue date: 2017-07-26 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / Os vírus são as formas de vida mais abundantes e geneticamente diversas conhecidas em nossa biosfera. Para infectar hospedeiros com sucesso, os vírus manipulam componentes celulares do hospedeiro, recrutando fatores do hospedeiro necessários para replicação, infeção e transmissão. Além disso, os vírus precisam suplantar diversas estratégias de defesa do hospedeiro levando a um complexo mecanismo de coevolução que envolve diversas interações. Diferentes vírus podem interagir com componentes celulares do hospedeiro de forma semelhante. Foi demonstrado que a presença da proteína translationally controlled tumor protein (TCTP) é necessária para o estabelecimento de uma infecção eficiente por potyvírus. TCTP é uma proteína multifuncional encontrada em quase todos os eucariotos envolvida no crescimento celular, homeostase de íons, reparo de danos no DNA e possuí atividade anti-apoptótica. Apesar de inúmeros estudos com TCTP, o envolvimento desta proteína na infecção viral ainda não é totalmente compreendido. Devido a sua diversidade funcional, é possível imaginar que TCTP possa ser um fator do hospedeiro envolvido em infeções causadas por vírus de diferentes grupos. Desta forma, neste trabalho, foi avaliado o efeito de TCTP na infecção por begomovírus. Para isso, plantas de Nicotiana benthamiana com TCTP silenciada por VIGS foram utilizados para estudar o efeito da TCTP na infecção pelo begomovírus Tomato yellow spot virus (ToYSV). O silenciamento de TCTP levou a um maior acúmulo de vírus, sugerindo que TCTP é um fator do hospedeiro envolvido no processo de defesa á infecção viral. Além disso, o mRNA de TCTP é altamente estruturado em mamíferos e está relacionado com a indução de resposta a infecções por diferentes vírus. Por ser um mRNA altamente estruturado é razoável supor que o mRNA de TCTP pode ser alvo do processo de silenciamento pós transcrisional da planta levando à produção de pequenos RNAs de interferência (siRNAs) através da clivagem por proteínas Dicer e os siRNAs gerados podem regular a expressão de genes endógenos do hospedeiro. Desta forma, foi realizada uma análise in silico para avaliar os possíveis siRNAs gerados a partir do silenciamento do mRNA de TCTP e os possíveis alvos desses siRNAs. Genes que podem estar envolvidos em infecção viral, como aqueles que codificam proteína kinases, proteínas envolvidas na via de ubiquitinação, fatores de transcrição e tradução e proteínas de ligação ao cálcio foram alguns dos genes identificados como possíveis alvos destes siRNAs. / Viruses are the most abundant and genetically diverse life forms known in our biosphere. To successfully infect hosts, viruses manipulate host cellular components, recruiting host factors necessary for replication, infection, and transmission. In addition, viruses need to supplant various host defense strategies, leading to a complex coevolution mechanism involving virus-host interactions. Different viruses can interact with host cell components similarly or even antagonistic. The presence of the protein translationally controlled tumor protein (TCTP) has been shown to be necessary for the establishment of an efficient potyvirus infection. TCTP is a multifunctional protein found in almost all eukaryotes and is involved in cell growth; ions homeostasis; DNA damage repair and anti-apoptotic activity. Despite numerous studies with TCTP, the involvement of this protein in viral infection is not yet fully understood. Due to its functional diversity, it is possible to imagine that TCTP may be a host factor involved in infections caused by viruses of different groups. Thus, in this work, the effect of TCTP on begomovirus infection was evaluated. Nicotiana benthamiana plants silenced for TCTP by VIGS experiments were used to study the effect of TCTP expression on infection by the begomovirus Tomato yellow spot virus (ToYSV). TCTP silencing led to higher accumulation of the virus, suggesting that TCTP is a host factor involved in viral infection defense process. Furthermore, TCTP mRNA is highly structured in mammals and is related to the induction of defense response to different viruses. Because it is a highly structured mRNA, it is reasonable to assume that TCTP mRNA may be the target of the plant post transcription gene silencing mechanism, leading to the production of small interfering RNAs (siRNAs) by the cleavage of Dicer proteins and the siRNAs generated might regulate the expression of host endogenous genes involves in virus infection. In silico analysis was performed to evaluate the possible siRNAs generated from the silencing of TCTP mRNA, and the respective targets of this siRNAs. Genes involved in viral infection, such as those encoding protein kinases, proteins involved in the ubiquitination pathway, transcription and translation factors, and calcium binding proteins were some of the genes identified as possible targets of these predicted siRNAs.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2018-08-27T14:33:18Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 789582 bytes, checksum: 2a1d5257736b2d9a9615f6069df6a707 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-27T14:33:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 789582 bytes, checksum: 2a1d5257736b2d9a9615f6069df6a707 (MD5) Previous issue date: 2017-07-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A dengue é uma doença amplamente distribuída pelo mundo, e representa um grande problema de saúde pública em vários países. As manifestações clínicas podem variar desde uma síndrome viral inespecífica e benigna, até um quadro grave e fatal de doença hemorrágica com choque. O diagnóstico na sua fase inicial é muito importante, pois auxilia no tratamento sintomático do paciente e na adoção de medidas para o controle do vetor, prevenindo a dispersão da doença. Nesse contexto, a detecção de antígenos virais, especialmente a proteína não estrutural 1 (NS1), é uma alternativa muito eficaz para realizar o diagnóstico da dengue. Essa proteína é sintetizada pelas células infectadas, podendo ser detectada nos sobrenadantes das culturas ou no soro de pacientes infectados. Dessa forma, ela pode ser utilizada como antígeno para o desenvolvimento de kits de diagnóstico. No entanto, um grande problema no desenvolvimento de tais kits, consiste na obtenção desses antígenos, que geralmente é realizado por métodos caros, trabalhosos e de difícil execução. Nesse contexto, objetivou-se nesse trabalho utilizar um sistema de expressão eucariótico para produzir as proteínas NS1 dos vírus dengue-1, -3 e -4, e avaliar a sua antigenicidade. O gene otimizado da proteína NS1 do vírus dengue-4 foi clonado no plasmídeo pPICZαA, o qual foi utilizado para transformar leveduras Pichia pastoris por eletroporação. Posteriormente,a levedura transformada foi submetida á indução da expressão da proteína NS1. Outras duas leveduras transformadas, de maneira independente, com dois plasmídeos diferentes (pPICZαA/NS1DENV1 e pPICZαA/NS1DENV3) também foram induzidas a expressar as proteínas NS1 dos vírus dengue-1 e dengue-3. Proteínas de 60 kDa (NS1 DENV4), e duas de 50 kDa (NS1 DENV-1 e NS1 DENV-3) foram obtidas. Essas proteínas mostraram-se antigênicas no teste de Western Blot, demonstrando o seu potencial para serem utilizadas como antígenos para aplicações diagnósticas. / Dengue is a disease widely distributed throughout the world and represents a major public health problem in several countries. Clinical manifestations may range from a benign non-specific viral syndrome to severe and fatal hemorrhagic shock syndrome. The diagnosis in its initial phase is very important, since it assists in the symptomatic treatment of the patient and in the adoption of measures for the control of the vector, preventing the dispersion of the disease. In this context, detection of viral antigens, especially nonstructural protein 1 (NS1), is a very effective alternative for the diagnosis of dengue. This protein is synthesized by infected cells and can be detected in culture supernatants or in the serum of infected patients. In this way, it can be used as antigen for the development of diagnostic kits. However, a major problem in the development of such kits is the procurement of these antigens, which is usually accomplished by costly, laborious and difficult methods. In this context, the objective of this study was to use a eukaryotic expression system to produce the NS1 proteins of dengue-1, -3 and -4 viruses, and to evaluate their antigenicity. The optimized NS1 protein gene of the dengue-4 virus was cloned into the plasmid pPICZαA, which was used to transform Pichia pastoris yeasts by electroporation. Subsequently, the transformed yeast was subjected to the induction of NS1 protein expression. Two other yeasts independently transformed with two different plasmids (pPICZαA/NS1DENV1 and pPICZαA/ NS1DENV3) were also induced to express the NS1 proteins of the dengue-1 and dengue-3 viruses. Proteins of 60 kDa (NS1 DENV4) and two of 50 kDa (NS1 DENV1 and NS1 DENV3) were obtained. These proteins were shown to be antigenic in the Western Blot test, demonstrating their potential to be used as antigens for diagnostic applications.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-06-28T11:23:03Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 795430 bytes, checksum: 6642533f621d46a9a7502f063b45aeea (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-28T11:23:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 795430 bytes, checksum: 6642533f621d46a9a7502f063b45aeea (MD5) Previous issue date: 2009-05-08 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A diversidade de leveduras endofíticas e epifíticas em frutos de café cereja das cultivares Catuaí Vermelho, Catuaí Amarelo, Bourbon Vermelho e Bourbon Amarelo em lavouras situadas a diferentes altitudes na Zona da Mata Norte em Minas Gerais, Brasil, foi estudada por metodologias dependentes e independentes de cultivo. A densidade de leveduras epifíticas e endofíticas em frutos de café é variável, menos de 25 UFC.fruto -1 a 6,5 x 10 4 UFC.fruto -1 . As 36 leveduras isoladas foram agrupadas em doze morfotipos e a árvore filogenética reconstruída com dados de sequências de bases de rDNA 26S mostrou o agrupamento com as sequências de Candida smithsonii, Pichia guilliermondii, Cryptococcus flavescens, Meira geulakonigii, Pseudozyma sp e Sporobolomyces sp., já depositadas no National Center for Biotechnology Information (NCBI). O isolado LEM 647-9, proveniente de Bourbon Vermelho, 1101 m, foi o único com identidade correspondente a Meira geulakonigii, um fungo yeast-like classificado em Ustilaginales, a mesma ordem de Pseudozyma. A ocorrência de um só morfotipo de leveduras endofíticas cultiváveis em Malt yeast glucose peptone medium (MYGP), contendo cloranfenicol, em apenas 4 amostras de café cereja é considerada baixa. As endofíticas foram identificadas com base no perfil de ésteres metílicos de ácidos graxos (FAME), pelo sistema de identificação Sherlock ® (MIDI), e por análise filogenética de sequências de rDNA 26S. As sequencias parciais de rDNA destes isolados mostraram identidade entre 96 e 100 % com as correspondentes a Candida, Pichia e Brettanomyces. Pela análise filogenética a maior identidade foi com Candida e Pichia. A constatação de C. diddensiae P. guilliermondii e C. parapsilosis como endofíticas em frutos de café sadios no estádio cereja se configura como relato novo sobre nicho de ocorrência das espécies. Clones de uma biblioteca de rDNA 26S obtida por amplificação de DNA metagenômico de frutos cereja da C.Vermelho, coletada a 1189 m, foram sequenciados. Doze clones mostraram 98-99% de identidade com rDNAs de fungos filamentosos. Estes correspondem a Mycosphaerella, Glomerella, Microdiplodia e Phaeophaeria e a alguns fungos filamentosos potencialmente endofíticos e ainda não identificados, cujas sequências estão presentes no GenBank. A DGGE da sucessão de leveduras associadas aos grãos de C. arabica durante os 14 dias do período de secagem natural no terreiro de cimento revelou UTOs dominantes já nos 4 primeiros dias. A análise com o programa GelCompar II ® demonstrou que o perfil de UTOs da comunidade é alterado a cada dois dias, até o 12o dia de secagem. A determinação de ocorrência e diversidade de leveduras endofíticas nos frutos de café cereja se constitui em etapa fundamental para identificar a síntese de metabólitos produzidos por esses microrganismos e para desenvolver processo biotecnológico que assegure a qualidade superior da bebida do café. / Diversity among endophytic and epiphytic yeasts in coffee cherries (Coffea arabica L.) from the cultivars Catuaí Vermelho, Catuaí Amarelo, Bourbon Vermelho, and Bourbon Amarelo, sampled from plantations located at different altitudes in the Zona da Mata Norte, Minas Gerais State, Brazil, were studied using culture-dependent and culture-independent methods. Density of epiphytic and endophitic yeasts in coffee cherries varied from less than 25 CFU. cherries -1 to 6,5.10 4 CFU.cherries -1 . Thirty six isolated yeasts were grouped in 12 morphotypes. The reconstructed phylogenetic tree, obtained with 26S rDNA sequence data, grouped the sequences with those of Candida smithsonii, Pichia guilliermondii, Cryptococcus flavescens, Meira geulakonigii, Pseudozyma sp and Sporobolomyces sp. present in the National Center for Biotechnology Information (NCBI) database. The isolate LEM 647-9, from Bourbon Vermelho collected at 1101 m, was identified as Meira geulakonigii, a yeast-like fungus classified among the Ustilaginales, the same order of Pseudozyma. Five yeast colonies of the same morphotype were selected and identified using the fatty acid methyl ester profiling (FAME) by the Sherlock ® identification system (MIDI). The isolates were phylogenetically clustered using 26S rDNA sequences analyses. Partial 26S rDNA sequences showed 96 % and 100 % similarity to rDNA from yeast species belonging to Candida, Pichia, and Brettanomyces. However, phylogenetic cluster analyses showed that the rDNA sequences from the isolates were more closely related to rDNA sequences from the genera Candida and Pichia. The presence of C. diddensiae, P. guilliermondii e C. parapsilosis as endophytes in wholesome coffee cherries is reported here and thus a new niche for these species. Sequencing of clones obtained from a 26S rDNA library of amplified metagenomic DNA from Catuaí Vermelho coffee cherries, collected at 1189 m, yielded 12 clones with 98-99% identity with filamentous fungi. They corresponded to the genera Mycosphaerella, Glomerella, Microdiplodia e Phaeophaeria, and also to some potentially endophytic fungi yet to be identified and that have sequences already in GenBank. DGGE fingerprint of yeasts in C. arabica during 14 days of natural drying revealed dominant OTUs already in the four first days. GelComparII analysis demonstrated that the OTU profile is altered each two days up to the 12 th day. Knowledge on the occurrence and diversity of endophytic yeasts, as well as on the secondary metabolites that they produce should contribute to the development of biotechnological processes aimed at improving the quality of coffee beverages. / Tese antiga