O gênero Passiflora L. (Passifloraceae) é composto por mais de 520 espécies, classificadas em quatro subgêneros: Astrophea, Decaloba, Deidamioides e Passiflora. Embora algumas análises filogenéticas tenham sido realizadas nos últimos anos, sua classificação infra-subgenérica permanece em aberto. Com o objetivo de auxiliar na elucidação destas questões e caracterizar novos marcadores filogenéticos para o gênero Passiflora, análises com seqüências do gene plastidial que codifica a maior subunidade da enzima RNA-polimerase de cloroplasto (rpoC1), dos espaçadores internos transcritos do DNA ribossomal nuclear (ITS1 e ITS2) e do íntron b-c do gene nad1 do genoma mitocondrial, foram desenvolvidas para 121 espécies de Passiflora. As análises foram realizadas usando métodos de distância, máxima parcimônia, máxima verossimilhança e inferência bayesiana para cada subgênero em separado e para o conjunto total de dados. A monofilia dos subgêneros Astrophea, Decaloba e Passiflora foi confirmada, embora a monofilia do subgênero Deidamioides permaneça em aberto. Os resultados suportam, ainda, a existência de um quinto subgênero, Tryphostemmatoides. Análises realizadas para cada subgênero em separado demonstraram que esta estratégia é um método eficiente para a análise de marcadores com alta variabilidade entre os grupos, como é o caso dos subgêneros de Passiflora. ITS1 e ITS2 foram os marcadores moleculares mais informativos. Em geral, as superseções, seções e séries dos quatro subgêneros foram não-monofiléticas, sugerindo a necessidade de uma revisão cuidadosa dos caracteres morfológicos tipicamente usados em sua delimitação. / The Passiflora L. (Passifloraceae) genus is composed of more than 520 species, classified in four subgenera: Astrophea, Decaloba, Deidamioides and Passiflora. Although some molecular phylogenetic analyses have been carried out in the last years, its infrasubgeneric classification remains open. With the intent to help to elucidate these issues and to characterize new phylogenetic markers for the Passiflora genus, analyses with sequences of the plastidial gene that codifies the biggest subunit of the RNA-polymerase enzyme of chloroplast (rpoC1), the internal transcribed spacer of nuclear ribosomal DNA (ITS1 and ITS2), and nad1 b-c intron of the mitochondrial genome have been carried out in 121 Passiflora’s species. The analyses have been conduced using distance, parsimony, maximum likelihood, and Bayesian methods for each subgenus separately and for the whole data. The Astrophea, Decaloba and Passiflora subgenera monophyly were confirmed, although the Deidamioides monophyly remains open. The results also support the existence of a fifth subgenus, Tryphostemmatoides. Separated analyses for each subgenus demonstrated to be an efficient method for analysis of markers with high variability between groups, as it is the case of the Passiflora’s subgenera. The ITS1 and ITS2 have been the more informative molecular markers. In general, the supersections, sections and series of the four subgenera were found non-monophyletic, suggesting the need of a careful revision of the morphologic characters typically used for their delimitation.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Ciência da Computação, 2017. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2017-05-11T17:50:21Z No. of bitstreams: 1 2017_JoséLuisSonccoÁlvarez.pdf: 1420459 bytes, checksum: d3aeb52c5b121fa780cdd693f78d263a (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline (jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2017-05-17T14:03:21Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_JoséLuisSonccoÁlvarez.pdf: 1420459 bytes, checksum: d3aeb52c5b121fa780cdd693f78d263a (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-17T14:03:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_JoséLuisSonccoÁlvarez.pdf: 1420459 bytes, checksum: d3aeb52c5b121fa780cdd693f78d263a (MD5) / O cálculo de distâncias evolutivas, como as distâncias de reversão e double cut and join, entre a ordem dos genes de dois organismos e um problema combinatório complexo. Este cenário pode ficar ainda mais complicado se quisermos construir árvores filogenéticas, visto que a maioria das abordagens da literatura primeiro solucionam o problema da mediana de três genomas, o qual foi demonstrado ser NP-Difícil para vários modelos evolutivos. Neste trabalho propomos vários algoritmos evolutivos para o problema de ordenação de permutações (sem sinal) por reversões, cuja saída e a distancia de reversão. Estes algoritmos são baseados em um algoritmo genético simples, sobre o qual foram incorporados varias heurísticas como busca local, busca por oposição, e eliminação de pontos de quebra. Experimentos foram realizados usando diferentes dados (permutações) baseados na ordem dos genes, os quais foram gerados artificialmente (de forma aleatória) e também a partir de dados biológicos. Dentre estes algoritmos os que melhores resultados tem para casos práticos, ou seja, permutações de comprimento ate 120, são os chamados AMBO e AMBO-Híbrido. Estes resultados foram validados usando testes estatísticos como Friedman e Holm. Adicionalmente, foi implementado um software para construir arvores filogenéticas chamado de HELPHY, que toma como entrada dados baseados na ordem dos genes (permutações com sinal). Primeiro foi proposto um algoritmo guloso para o problema da pequena filogenia, cujo objetivo e calcular o custo de uma determinada árvore. Logo, para o problema da grande filogenia foi proposta uma abordagem baseada em busca em vizinhança variável, cujo objetivo e explorar o espaço de soluções de estruturas de árvores. Experimentos mostraram que HELPHY conseguiu melhorar o tempo de execução para encontrar árvores com bons escores (distância de reversão) para o dataset Campanulaceae; além disso, uma nova árvore tendo o melhor escore (distância double cut and join) na literatura foi encontrado para o dataset Hemiascomycetes. / Calculating evolutionary distances, such as the reversal distance or the double cut and join distance, between the gene orders of two organisms is a complex combinatory problem. This scenario can be even more complicated if we want to build phylogenetic trees, since most of the approaches in the literature first solves the median problem for three genomes, which was shown to be NP-Hard for various evolutionary models. In this work, we are proposing several evolutionary algorithms for the problem of sorting (unsigned) permutations by reversals, whose output is the reversal distance. These algorithms are based on a simple genetic algorithm, on which were embedded different heuristics such as local search, opposition-based learning, and elimination of breakpoints. Experiments were performed using different types of data (permutations) based on gene orders which were generated artificially (in a random way) and also from biological data. From these algorithms, the ones with the best results for practical cases, that is, permutations of length up to 120, are called as AMBO and AMBO-Hibrido. These results were validated by applying the Friedman and Holm statistical tests. Moreover, a software called HELPHY for building phylogenetic trees was implemented, which takes as input data based on gene order (signed permutations). First, an greedy algorithm was proposed for the small phylogeny problem, whose aim is to calculate the cost (score) of a given tree structure. Then, an approach based on variable neighborhood search was proposed for the large phylogeny problem, whose aim is to explore the search space of tree structures. Results of the experiments showed that HELPHY improved the execution time for finding good scores (reversal distance) for the dataset Campanulaceae; besides, a new tree structure with the best score (double cut and join distance) in the literature was found for the dataset Hemiascomycetes.

Resumo não disponível

Os percevejos-do-mato da família Pentatomidae formam um dos maiores grupos dentre os hemípteros-heterópteros, sendo encontrados principalmente nas regiões tropicais. São exclusivamente terrestres e a maioria das espécies têm hábitos fitófagos, algumas delas registradas como pragas de plantas. A atual classificação do grupo encontra-se em intenso debate, mas a definição de grupos monofiléticos e o estudo das relações entre esses grupos dentro de Pentatomidae ainda são relativamente escassos. Este trabalho aborda o estudo de um grupo de percevejos-verdes (Pentatomidae) historicamente relacionados ao gênero Nezara Amyot & Serville. A análise cladística incluíndo, incialmente, 28 espécies de 11 gêneros de Pentatominae e 53 caracteres morfológicos permitiu a definição de um grupo monofilético que inclui 8 gêneros (6 conhecidos e dois novos), aqui denominado grupo Nezara. As características diagnósticas para o grupo incluem duas sinapomorfias: lobo ventral do tubérculo antenífero desenvolvido e espessamento secundário das gonapófises 9 amplos. Os resultados indicam que o gênero Chinavia, como atualmente configurado, é polifilético. A seguinte classificação para o grupo Nezara, em notação parentética, é proposta: (Pseudoacrosternum((Aethemenes, Nezara) (Genêro1 (Porphyroptera (Neoacrosternum (Gênero2(Chinavia))))))) Os gêneros Glaucias, Acrosternum e Parachinavia não compartilham as sinapomorfias dos gêneros do grupo Nezara e os resultados indicam uma relação mais próxima com outros gêneros de Pentatominae. As espécies Parachinavia prunasis (Dallas) comb. nov. e Neoacrosternum varicornis (Dallas) comb. nov. são transferidas dos gêneros Acrosternum e Chinavia, respectivamente. Com base no padrão de distribuição dos táxons do grupo Nezara, é discutida uma hipótese sobre a origem e diversificação do grupo. Dois novos gêneros são propostos: Schoutedenia gen. nov., para incluir S. distans (Schouteden) comb. nov., e Afrochinavia gen. nov., para incluir A. rinapsa comb. nov. Uma chave dicotômica para identificação, a diagnose dos clados resultantes da análise cladística e a descrição atualizada dos gêneros do grupo Nezara são apresentadas Com base no exame dos holótipos das espécies de Chinavia, as seguintes sinonimias são propostas: Chinavia aequale (Linnavuori, 1975) é sinônimo júnior de Chinavia aliena (Schouteden, 1960); Chinavia amosi (Linnavuori, 1982) é sinônimo júnior de Chinavia kaisaka (Schouteden, 1960); Chinavia bella (Rolston, 1983) é sinônimo júnior de Chinavia nigrodorsata (Breddin, 1901); Chinavia gerstockeri (Bergroth, 1893) é sinônimo júnior de Chinavia pallidoconspersa (Stal, 1858); e Chinavia panizzi (Frey-da- Silva & Grazia, 2001) é sinônimo júnior de Chinavia obstinata (Stal, 1860). Uma lista remissiva das espécies incluídas é fornecida, incluíndo as seis novas espécies de Chinavia Orian descritas neste trabalho: Chinavia vanduzeei sp. nov. do Peru e Brasil (AM, PA); Chinavia schuhi sp. nov. do Peru, Colômbia e Brasil (AM); Chinavia sebastiaoi sp. nov. do Brasil (MS), Bolívia e Paraguai; Chinavia cearensis sp. nov., Chinavia tuiucauna sp. nov. e Chinavia rufitibia sp. nov. do Brasil (CE, BA e PR, respectivamente). No Brasil, são registradas 32 espécies de Chinavia, dentre as quais 18 endêmicas; uma chave pictórica para a identificação das espécies e a diagnose, dados de distribuição e, quando disponível, o registro das plantas hospedeiras de cada uma delas, são apresentados.

Passiflora é um gênero neotropical que apresenta uma grande variabilidade floral e foliar, o que dificulta enormemente sua classificação taxonômica. A característica mais marcante do gênero é a corona de filamentos em suas flores. Para melhor entender a taxonomia de Passiflora, foram analisadas sete regiões de seu DNA, englobando os genomas plastidial, mitocondrial e nuclear de 104 espécies. Essas espécies incluem 19 dos 23 subgêneros da classificação morfológica antiga e todos os quatro subgêneros da classificação mais recente, também baseada em caracteres externos. Os resultados corroboraram a proposta mais recente, que divide o gênero em quatro subgêneros (Astrophea, Decaloba, Deidamioides e Passiflora), com a adição de mais um, Tryphostemmatoides. Os três subgêneros com o número de espécies mais representativo (Astrophea, Decaloba e Passiflora) formam grupos monofiléticos estatisticamente bem fundamentados. No entanto, Deidamioides não é monofilético em todas as análises e marcadores, enquanto que Tryphostemmatoides é representado por apenas uma espécie. Foram também estudadas as prováveis datas de surgimento de Passiflora e sua diversificação nos três principais subgêneros, através do estudo de quatro regiões do DNA, englobando também os três genomas, em 70 espécies. Verificou-se que o gênero Passiflora deve ter aparecido há cerca de 42 milhões de anos atrás (Ma); Decaloba parece ter sido o primeiro subgênero a se estabelecer (35 Ma), enquanto que os subgêneros Astrophea e Passiflora devem ter se diversificado há 24 Ma Estes dois subgêneros parecem ter tido uma radiação rápida em comparação a Decaloba, que possui árvores filogenéticas com comprimentos dos ramos significativamente maiores que os outros dois. As adaptações morfológicas a diferentes polinizadores devem ter sido as principais responsáveis pela radiação rápida. A herança organelar de dois subgêneros, Decaloba e Passiflora, foi investigada através de um e quatro híbridos interespecíficos, respectivamente. A herança foi estritamente materna para a mitocôndria e o cloroplasto em Decaloba, enquanto que no subgênero Passiflora ocorreu herança materna para o DNA mitocondrial e paterna para o DNA plastidial. Esses resultados reforçam os dados obtidos pela filogenia, no que se refere à diferenciação e diversificação dos subgêneros, pois há evidências de que a herança materna dos cloroplastos seja ancestral em plantas.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Botânica, Programa de Pós-Graduação em Botânica, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-12-23T16:25:13Z No. of bitstreams: 1 2016_AnaGabrielaDuarteSilva.pdf: 21257825 bytes, checksum: 74e74b186ac78f669ac172403267fcfd (MD5) / Approved for entry into archive by Patrícia Nunes da Silva(patricia@bce.unb.br) on 2017-01-26T10:51:18Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_AnaGabrielaDuarteSilva.pdf: 21257825 bytes, checksum: 74e74b186ac78f669ac172403267fcfd (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-26T10:51:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_AnaGabrielaDuarteSilva.pdf: 21257825 bytes, checksum: 74e74b186ac78f669ac172403267fcfd (MD5) / A região neotropical é uma ecozona e apresenta alto grau de endemismo. Para a flora essa região abrange desde o sul do México até o extremo sul do Brasil. Das 97 espécies de Callicostella aceitas mundialmente 47 ocorrem na região neotropical. O gênero é bastante diverso, com ausência de características exclusivas, dificultando a sua circusncrição dentro de Pilotrichaceae. Além disso, as espécies de Callicostella também são muito parecidas morfologicamente o que também dificulta a delimitação de cada uma. O objetivo deste trabalho foi circunscrever o gênero Callicostella utilizando uma filogenia molecular como ferramenta. Foi identificado um core monofilético na hipótese de história evolutiva, que passou a ser reconhecido como gênero. Dentro do core foram identificadas cinco espécies, C. apophysata, C. crenata, C. depressa, C. merkelii e C. pallida. Para todas as espécies foi realizado o tratamento taxonômico, incluindo descrições, pranchas com fotos, mapas de distribuição e status de conservaçãoo baseado nos critérios da IUCN. / The Neotropics is an ecozone and has a high degree of endemism. For the flora, this region extends from southern Mexico to southern Brazil. Of the 97 species of Callicostella accepted worldwide, 47 occur in the Neotropics. The genus is quite diverse, with no unique features, making it difficult to circunscribe within Pilotrichaceae. Additionally, species of Callicostella are also similar morphologically, which also hinders the definition of each. The goal of this study was to circumscribe the Callicostella using a molecular phylogeny as a tool. A monophyletic core has been identified in phylogeny, which has been recognized as a genus. Within the core five species were identified, C. apophysata, C. crenata, C. depressa, merkelii C. and C. pallida. For all species was performed taxonomic treatment, including descriptions, boards with photographs, distribution maps and status conservaçãoo based on the IUCN criteria.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Biologia, Departamento de Botânica, Programa de Pós-Graduação em Botânica, 2016. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2017-02-03T12:49:14Z No. of bitstreams: 1 2016_OsvandaSilvadeMoura.pdf: 9556040 bytes, checksum: bca731011a0a9bcd9d38079ca11a4b2b (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2017-02-10T20:35:58Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_OsvandaSilvadeMoura.pdf: 9556040 bytes, checksum: bca731011a0a9bcd9d38079ca11a4b2b (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-10T20:35:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_OsvandaSilvadeMoura.pdf: 9556040 bytes, checksum: bca731011a0a9bcd9d38079ca11a4b2b (MD5) / A família Hypnaceae pertence ao grupo dos musgos pleurocárpicos, ordem Hypnales. É uma família cosmopolita que coloniza diversos substratos e muitos de seus representantes exercem um papel ecológico importante. Estima-se que a família seja composta por 1.000 espécies e 40 gêneros, distribuídas em regiões tropicais e temperadas do mundo. O objetivo deste trabalho foi realizar uma revisão taxonômica dos gêneros Chryso-hypnum (in. prep.) e Mittenothamnium para o neotrópico; apresentar uma hipótese filogenética com uso de marcadores moleculares para esses dois gêneros a nível mundial e determinar quais são caracteres morfológicos informativos para separar os gêneros e espécies de Hypnaceae. Para tanto, a tese está subdividida em três capítulos. O primeiro aborda a filogenia molecular de Chrysohypnum e Mittenothamnium baseada em marcadores de cloroplasto e núcleo. Neste capítulo foram produzidas 43 novas sequências. Três regiões de dois genomas foram utilizadas: rps4, ITS e 26S. Em todas as análises foi possível observar o polifiletismo de Chryso-hypnum e o monofiletismo de Mittenothamnium. O segundo capítulo aborda a morfologia dos esporos e desenvolvimento das papilas em Chryso-hypnum e Mittenothamnium. Observa-se que as espécies pertencentes ao gênero Chryso-hypnum apresentam papilas em ambas as extremidades das células dos filídios, enquanto que Mittenothamnium apresentam espécies com papilas apenas no ápice da célula. Já os esporos de Chryso-hypnum apresentam ornamentação com grânulos de tamanho variável formados pela fusão de nanogrânulos. E em Mittenothamnium, os esporos apresentam disposição dos grânulos na superfície da parede que se dá de forma esparsa e irregular. E o terceiro capítulo refere-se à revisão taxonômica de Mittenothamnium para o neotrópico, onde foram estudadas exsicatas provenientes de diversos herbários nacionais e internacionais e o material-tipo de todas as espécies com seus registros de ocorrência. Neste capítulo estão sendo tratadas nove espécies de Mittenothamnium para o neotrópico. Duas novas ocorrências (uma para o Brasil e a outra para o Equador) são apresentadas. / The Hypnaceae family belongs to the pleurocarpous mosses and the Hypnales Order. It is a cosmopolitan family that colonizes a large tips of substrates, having an important ecological function in their environment. 1.000 species from 40 genus are worldwide estimated for the family distributed in tropical and temperate regions. This work objective is to realize a taxonomic revision of the Chryso-hypnum Hampe and Mittenothamnium Henn. genus for Neotropics; present a phylogenetic hypothesis by using molecular markers for the two genus in a worldwide level and determine wich are informative morphological characters to separate the genus and species of Hypnaceae. The thesis is dividing in three chapters. The first one is about a molecular phylogeny of Chryso-hypnum and Mittenothamnium based on nucleus and chloroplast markers. In this chapter 43 new sequences were produced. Three regions and two genomes were used: rps4, ITS and 26S. In all the analyzes was possible to identify the polyphyly of the Chryso-hypnum and the monophyly of the Mittenothamnium. The second chapter refers to morphology of the spores and development of leaf papillae (prorates cells) in the Chryso-hypnum and Mittenothamnium (Hypnaceae). It is observed that Chryso-hypnum has papillae on both ends of the leaf cells, while Mittenothamnium presents species with papillae only at the apex of the leaf cell. Chryso-hypnum spores presents ornaments with granules of variable size formed by the fusion of nanogranules. And in Mittenothamnium the spores present arrangement of the granules in the surface of the wall that is of sparse and irregular form. The third chapter refers to the taxonomic revision of Mittenothamnium to the Neotropic, where exsicates from several national and international herbariums were studied and the types material of all species with their occurrence records. Nine species have been included and an identification key for the genus has been made. Descriptions, nomenclature notes, distribution maps, illustrations and the conservation status have been constructed for each species. Two new occurrences (one for Brazil and the other for Ecuador) are presented.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2015. / Submitted by Guimaraes Jacqueline (jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2015-10-26T14:26:38Z No. of bitstreams: 1 2015_SamiraRezendeDuarte.pdf: 2853365 bytes, checksum: 624a3a17b57b69c9a57ef74a70d63ce2 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2015-12-17T15:55:43Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_SamiraRezendeDuarte.pdf: 2853365 bytes, checksum: 624a3a17b57b69c9a57ef74a70d63ce2 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-17T15:55:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_SamiraRezendeDuarte.pdf: 2853365 bytes, checksum: 624a3a17b57b69c9a57ef74a70d63ce2 (MD5) / A família Bucconidae (Aves: Galbuliformes) é exclusiva da região Neotropical, abriga 12 gêneros e 38 espécies, e ainda, 77 subespécies, sendo que três espécies encontram-se ameaçadas de extinção. Nesta família, se destaca o gênero Nystalus, com sete espécies: N. chacuru (Vieilot, 1816), N. maculatus (Gmelin, 1788), N. striolatus (Pelzeln, 1856), N. striatipectus (Silva, 2001), N. radiatus (Sclater, 1854), Nystalus obamai (Whitney et al., 2013) e N. torridus (Bond & Meyer de Schauensee, 1940). Apresentam uma ampla distribuição na América do Sul, com representantes nos principais biomas, como também na região andina. Portanto, os objetivos deste trabalho foram: validar a taxonomia atual das espécies do gênero Nystalus com base em sequências de DNA, assumindo o conceito filogenético de espécies; identificar o processo temporal de diversificação das espécies deste gênero, e elucidar os padrões filogeográficos de N. chacuru e N. maculatus, com intuito de entender como os eventos históricos podem ter contribuído para moldar a distribuição atual da variabilidade genética nestas duas espécies. Para isso, foi utilizado um fragmento de DNA mitocondrial do gene NADH desidrogenase subunidade 2 (ND2) e um segmento de DNA nuclear da região do íntron 5 do β-fibrinogênio (FIB5). As análises filogenéticas foram realizadas pelos métodos de máxima verossimilhança (ML) e inferência bayesiana (IB). As análises populacionais para N. chacuru e N. maculatus foram realizadas por meio da construção de rede de haplótipos e análise de variância molecular (AMOVA). Os resultados obtidos evidenciaram incongruências entre os segmentos de DNA utilizados, além de incongruência entre o gene mitocondrial para os diferentes métodos filogenéticos empregados. No entanto, foi possível inferir que as espécies do gênero Nystalus apresentam duas linhagens principais: uma de ocorrência em áreas florestais e outra de ocorrência em áreas de vegetação aberta. Com exceção de N. obamai e N. striolatus, as demais espécies do gênero formaram linhagens monofiléticas para o gene ND2, porém estas linhagens não foram claramente identificadas com base no segmento nuclear. De acordo com a hipótese do relógio molecular, as espécies do gênero Nystalus se separaram dos outros gêneros da família Bucconidae provavelmente no Mioceno. N. striatipectus e N. maculatus se instalaram nas regiões do centro oeste do Brasil, e posteriormente foram sobrepostas com N. chacuru. Já N. torridus dispersou para o extremo leste do Brasil, enquanto N. striolatus/ N. obamai permaneceram próximos ao rio Madeira no Amazonas e N. radiatus se dispersou para o extremo oeste da América do Sul. Os resultados para análises populacionais das espécies de N. chacuru e N. maculatus indicam estruturação das populações, já que os valores de ɸST foram altos, também apresentaram uma diversidade haplotípica alta, como também uma alta variação. A rede de haplótipos não apresentou nenhum compartilhamento de haplótipos, corroborando com a taxonomia atual, visto que ocorre uma alta diferenciação genética. / The Bucconidae family (Aves: Galbuliformes) is exclusive to the Neotropics and has 12 genera and 38 species, and yet, 77 subspecies, with three species are endangered. In this family, we highlight the genus Nystalus, with seven species: N. chacuru (Vieilot, 1816), N. maculatus (Gmelin, 1788), N. striolatus (Pelzeln, 1856), N. striatipectus (Silva, 2001), N. radiatus (Sclater, 1854), Nystalus obamai (Whitney et al., 2013) e N. torridus (Bond & Meyer de Schauensee, 1940). They Show a wide distribution in South America, with representatives in major biomes, as well as in the Andean region. Therefore, the objectives of this study were to validate the current taxonomy of species of the genus Nystalus based on DNA sequences, assuming the phylogenetic species concept; identify the temporal process of diversification of species of this genus, and elucidate the phylogeographic patterns of N. chacuru and N. maculatus, aiming to understand how historical events may have contributed to shaping the present distribution of genetic variability in these two species. For this, was used a mitochondrial DNA fragment of NADH dehydrogenase subunit 2 gene (ND2) and nuclear DNA segment of intron region 5 of β-fibrinogen (FIB5). The phylogenetic analyzes were performed by methods of maximum likelihood (ML) and bayesian inference (IB). The time of divergence of the species was estimated from the molecular clock hypothesis and population analyzes were performed through the construction of haplotype network and analysis of molecular variance (AMOVA). The results showed inconsistencies between the DNA segments used in addition to the inconsistency between the mitochondrial genes for different phylogenetic methods. However, it was possible to infer that the species of the genus Nystalus have two main lines: one to occur in forests and other vegetation to occur in open areas. Except for N. obamai and N. striolatus, the other species of the genus formed monophyletic lineages for the ND2 gene, but these clades have not been clearly identified based on nuclear segment. According to the hypothesis of the molecular clock, the species of the genus Nystalus separated from other genus Bucconidae family probably in the Miocene. N. striatipectus and N. maculatus settled in the regions of west central Brazil, and were later superimposed with N. chacuru. N. torridus already scattered to the far east of Brazil, while N. striolatus / N. obamai little remained near the Madeira River in the Amazon and N. radiatus dispersed to the west tip of South America. The results population analysis N. chacuru and N. maculatus populations indicate structuring, since high ɸST values were also showed high haplotype diversity, as well as a high variance. The haplotype network did not show any haplotype sharing, supporting the current taxonomy, since a high genetic differentiation occurs.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2015. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2015-12-22T16:56:46Z No. of bitstreams: 1 2015_HelenaRaíraMagaldiRibeiro.pdf: 3739850 bytes, checksum: c9003205f1c12d8c0454cb4be35594c9 (MD5) / Approved for entry into archive by Patrícia Nunes da Silva(patricia@bce.unb.br) on 2016-01-20T12:40:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_HelenaRaíraMagaldiRibeiro.pdf: 3739850 bytes, checksum: c9003205f1c12d8c0454cb4be35594c9 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-20T12:40:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_HelenaRaíraMagaldiRibeiro.pdf: 3739850 bytes, checksum: c9003205f1c12d8c0454cb4be35594c9 (MD5) / Membros do domínio Archaea encontram-se amplamente distribuídos na natureza, sendo frequentemente detectados em sedimentos, solos e ambientes aquáticos. Por outro lado, estudos recentes evidenciam a necessidade do cultivo laboratorial desses organismos, especialmente daqueles de ambientes não extremos, já que muitos aspectos de sua biologia permanecem ainda desconhecidos. Por esta razão, neste trabalho aprimoramos metodologias visando a obtenção de culturas de archaeas a partir de amostras de aquário de água doce residencial, utilizando a água deste aquário para a confecção dos meios de cultura. Visando favorecer o crescimento de archaeas oxidantes de amônia (AOAs), os meios de cultura foram adicionados de cloreto de amônio e suplementados com diversos antibióticos e antifúngicos, a fim de torná-los altamente seletivos para archaeas. Onze tipos coloniais foram selecionados e caracterizados quanto à morfologia celular por diferentes técnicas de microscopia, revelando a presença de células cocóides diminutas, com diâmetro médio de 1 µM, algumas vezes apresentando projeções celulares provavelmente envolvidas na adesão. Para as análises de filogenia molecular, DNA destas colônias foram utilizados em ensaios de PCR específicos para os genes de rRNA 16S dos Domínios Archaea e Bacteria e também o gene amoA, específico de AOAs, seguidos de sequenciamento de DNA. Os resultados revelaram que todas as colônias correspondiam a co-cultivos de archaeas pertencentes ao Filo Thaumarchaeota e bactérias dos gêneros Pandorea ou Cupriavidus. Foi também verificado o potencial nitrificante de algumas amostras, uma vez que foram detectadas sequências do gene amoA em alguns dos tipos coloniais selecionados. Paralelamente, foi construída uma biblioteca de genes de rRNA16S de Archaea, a partir do DNA total extraído de uma amostra de água e elementos do aquário. As análises filogenéticas desta biblioteca sugerem que o aquário consiste em um ambiente pouco diverso em termos da comunidade de Archaea presente. ____________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Members of Archaea are found on a vast range of environments, including soils, sediments, and aquatic habitats. Recent studies stress the need of cultivation of mesophilic Archaea, since several physiological and biochemical aspects of these organisms remain unknown due to cultivation-independent techniques intrinsic limitations. In this work, we refined methodologies in order to obtain archaeal cultures from a freshwater aquarium, using the water from the aquarium to prepare the culture media. In order to favor the growth of ammonia oxidizing archaea (AOAs), the media were supplemented with ammonium chloride, and a number of antibiotics and antifungals. Eleven colonies were selected and characterized microscopically, revealing the presence of small coccoid cells, with an average diameter of 1 µM, sometimes presenting cell appendages probably involved in cell adhesion. Molecular phylogeny analyses were performed by PCR experiments specifically directed to the 16S rRNA genes of Archaea and Bacteria, as well as to the amoA gene, found only on AOAs, followed by automated DNA sequencing. The results revealed that all colonies consisted of co-cultures of archaeal cells belonging to phylum Thaumarchaeote, with bacteria of the genera Pandoraea or Cupriavidus. Some colonies were also positive for the presence of amoA gene, suggesting a nitrification potential of these samples. A genomic 16S rRNA library was also constructed from a sample consisting of water and other elements of the aquarium. The phylogenetic analyses of this library suggest that probably, the aquarium corresponds to an environment with a small diversity, in terms of the archaeal community.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:00Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-02-26Bitstream added on 2014-06-13T18:09:05Z : No. of bitstreams: 1 santana_jco_me_botib.pdf: 2326768 bytes, checksum: 09502ddce583670c04e291810733f52b (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / O gênero Moenkhausia é um dos mais especiosos em Characidae, com cerca de 65 espécies válidas, amplamente distribuídas nas bacias hidrográficas da América do Sul. Atualmente, este gênero é reconhecido como não monofilético e incertae sedis em Characidae. Os estudos taxonômicos e sistemáticos para o gênero são poucos e foram realizados com base em características morfológicas externa e interna e osteológicas. Sabe-se que as características reprodutivas podem conter sinais filogenéticos. Com o objetivo de contribuir para o entendimento das relações de parentesco do gênero Moenkhausia e outros tetragonopteríneos (sensu Géry, 1977), estudou-se o tipo de espermiogênese e os caracteres ultraestruturais dos espermatozóides de 21 espécies, sendo 17 pertencentes ao gênero Moenkhausia, e 1 espécie de Astyanax, Hasemania, Hemigrammus e Thayeria. Os dados obtidos das espécies de Moenkhausia foram comparados entre si e com a espécie-tipo, Moenkhausia xinguensis, na tentativa de se encontrar caracteres compartilhados que evidenciem uma maior relação destes. Além disso, os dados de M. xinguensis foram comparados com as espécies Hasemania nana, Hemigrammus bleheri, Thayeria boehlkei (este estudo), e Hemigrammus erythrozonus, Hyphessobrycon herbertaxelrodi, Tetratonopterus argenteus (dados da literatura) possivelmente relacionadas, de acordo com a literatura, com o intuito de identificar possíveis características compartilhadas entre os táxons estudados. Os espermatozóides das 21 espécies analisadas apresentam espermiogênese incompleta do tipo I. O processo de espermiogênese destas espécies apresenta variações com relação à rotação nuclear que permitem agrupar três grupos distintos dentro do gênero Moenkhausia: E1, o núcleo sofre uma rotação em relação ao eixo flagelar entre 70º e 80º e compreende as espécies M. chrysargyrea, M. collettii, M. comma... / The genus Moenkhausia is composed by 65 species and widely distributed in hydrographic basins of South America. Currenty, this genus cannot be recognized as a monophyletic unit. Taxonomic and phylogenetic studies that included the genus Moenkhausia are few and were realized based on morphological and osteological characters. Besides the traditional data, reproductive characters show potentially useful in the cladistics analysis. In attempt to contribute to knowledge of relationships of the genus Moenkhausia with others species of Tetragonopterinae (sensu Géry, 1977), the spermiogenesis and sperm ultrastructure from 17 species of Moenkhausia, 1 species of Astyanax, Hasemania, Hemigrammus, Thayeria (this study), and Hemigrammus erythrozonus, Hyphessobrycon herbertaxelrodi, Tetratonopterus argenteus (literature) were studied with the intention of diagnostic characters shared among them. Specimens were obtained from aquarious shop and mainly from zoological collections and were prepared and analyzed under Transmission Electron Microscopy. All species analyzed present spermiogenesis I with a variation on nuclear rotation. Based on nuclear rotation ranging the Moenkhausia species were grouped in three distinct patterns: E1, in which the nuclear rotation in relation to the flagellar axis is about 70º to 80º. This pattern is shared M. chrysargyrea, M. collettii, M. comma, M. cotinho, M. diktyota, M. doceana, M. cf. georgiae, M. latissima and M. sanctafilomenae. In the second pattern, herein termed E2, nuclear rotation is inferior to 50º. This pattern is subdivided in two subtypes E2-A and E2-B. In the subtype E2-A, as occurs in M. phaeonota and M. pyrophthalma, just after the accomplishment of the nuclear rotation, the nucleus slightly turns back and becomes strongly eccentric in relation to the flagellum. In subtype E2-B share by M. costae, M. grandisquamis, M. megalops, M. nigromarginata... (Complete abstract click electronic access below)