A Filogeografia é um dos campos mais multidisciplinares da Biologia, e agrega diferentes áreas como sistemática filogenética, genética de populações, geologia, modelos paleogeográficos e paleoclimáticos, demografia e conservação. Assim, além da Filogeografia comparada, apresento resultados importantes para a conservação das espécies estudadas e a descrição de uma espécie críptica. Bombus morio e B. pauloensis são espécies simpátricas que ocupam uma grande área em dois importantes biomas brasileiros, Mata Atlântica e Cerrado. Exceto pelas diferenças na dispersão, maior em B. morio, possuem comportamento e nicho ecológico semelhantes. Os resultados gerados a partir de marcadores moleculares e modelagem de distribuição sugerem que as alterações climáticas do final do Pleistoceno influenciaram a estrutura populacional das duas espécies, e que a maior capacidade de dispersão foi responsável pela ausência de estruturação em B. morio. O leste do estado de São Paulo, no qual foram encontradas diferentes quebras filogeográficas para vários organismos, mostrou-se mais uma vez complexo e com mais um diferente cenário filogeográfico. Além disso, essa região por ser o centro da diversidade genética em B. pauloensis e ter sido estável ao longo da mudanças climáticas para ambas espécies, é prioritária para a conservação das mesmas / Phylogeography is one of the most multidisciplinary fields in Biology and joins different areas such as phylogenetic systematics, population genetics, geology, paleogeographic and paleoclimatic models, demography, and conservation. Thus, besides comparative Phylogeography, I also present important results concerning the conservation of the species studied and the description of a cryptic species. Bombus morio and B. pauloensis are sympatric species, occupying a large area in two important Brazilian biomes, Atlantic forest and Brazilian savanna. Except for differences in dispersal, which is greater in B. morio, both species have similar behavior and ecological niches. The results obtained by molecular data and distribution models suggest that climatic oscillations in the late Pleistocene influenced the population structure of both species, and that a greater dispersal capacity was responsible for the absence of genetic structure in B. morio. Eastern São Paulo state, in which different phylogeographic breaks have been found for many organisms, seems to be complex and to have a new phylogeographic scenario. Furthermore, this region, because it is the center of genetic diversity for B. pauloensis and it was stable throughout periods of climatic change for both species, is a priority for their conservation

A Filogeografia é um dos campos mais multidisciplinares da Biologia, e agrega diferentes áreas como sistemática filogenética, genética de populações, geologia, modelos paleogeográficos e paleoclimáticos, demografia e conservação. Assim, além da Filogeografia comparada, apresento resultados importantes para a conservação das espécies estudadas e a descrição de uma espécie críptica. Bombus morio e B. pauloensis são espécies simpátricas que ocupam uma grande área em dois importantes biomas brasileiros, Mata Atlântica e Cerrado. Exceto pelas diferenças na dispersão, maior em B. morio, possuem comportamento e nicho ecológico semelhantes. Os resultados gerados a partir de marcadores moleculares e modelagem de distribuição sugerem que as alterações climáticas do final do Pleistoceno influenciaram a estrutura populacional das duas espécies, e que a maior capacidade de dispersão foi responsável pela ausência de estruturação em B. morio. O leste do estado de São Paulo, no qual foram encontradas diferentes quebras filogeográficas para vários organismos, mostrou-se mais uma vez complexo e com mais um diferente cenário filogeográfico. Além disso, essa região por ser o centro da diversidade genética em B. pauloensis e ter sido estável ao longo da mudanças climáticas para ambas espécies, é prioritária para a conservação das mesmas / Phylogeography is one of the most multidisciplinary fields in Biology and joins different areas such as phylogenetic systematics, population genetics, geology, paleogeographic and paleoclimatic models, demography, and conservation. Thus, besides comparative Phylogeography, I also present important results concerning the conservation of the species studied and the description of a cryptic species. Bombus morio and B. pauloensis are sympatric species, occupying a large area in two important Brazilian biomes, Atlantic forest and Brazilian savanna. Except for differences in dispersal, which is greater in B. morio, both species have similar behavior and ecological niches. The results obtained by molecular data and distribution models suggest that climatic oscillations in the late Pleistocene influenced the population structure of both species, and that a greater dispersal capacity was responsible for the absence of genetic structure in B. morio. Eastern São Paulo state, in which different phylogeographic breaks have been found for many organisms, seems to be complex and to have a new phylogeographic scenario. Furthermore, this region, because it is the center of genetic diversity for B. pauloensis and it was stable throughout periods of climatic change for both species, is a priority for their conservation

There are a number of common distributional patterns that have provided the foundations of our current knowledge of Neotropical biogeography. A distinctive pattern is the so-called \"circum-Amazonian distribution\", which expands across the forested lowlands south and east of Amazonia, the Andean foothills, the Venezuelan Coastal Range, and the Tepuis. To date, there is no clear understanding of the processes giving rise to this distribution. To understand the evolutionary history of taxa exhibiting this pattern it is necessary to test biogeographic hypotheses offering mechanistic explanations. Comparative phylogeography allows more accurate phylogeographic hypotheses for these taxa, as well as better population genetic parameters. Comprehensive comparative studies aiming at unraveling the evolutionary and biogeographic mechanisms underlying the circum-Amazonian distribution have not been conducted yet, and only scarce descriptive information has been published. Therefore, the objective of this work was to elucidate the historical and biogeographic mechanisms underpinning circum-Amazonian distribution by performing comparative genomic analyses of a group of Suboscine passerines. Ultraconserved Elements (UCEs) were obtained for eight taxonomic groups to estimate population parameters and genealogical trees. For the Thamnophilidae species were inferred demographic histories with momi2. The best models of each taxon were analyzed in a comparative framework to relate them with previously proposed biogeographic hypotheses for the Neotropics and to propose plausible biogeographical scenarios for the circum-Amazonian pattern. The circum-Amazonian distributional pattern has two main phylogeographic units: an Andean (plus Central America region) and an eastern-forested region (Atlantic Forest ecoregion, forested areas around southeast of Amazonia), interconnected by a northern and southern corridor, allowing biotic interchanges between them (mainly from the southern) and hybridization. Species-tree analyses recovered (a) an Andean clade with two Andean subgroups in the northern Peru and central Andes, and (b) an eastern-forested clade including northern and central/southern Atlantic Forest subgroups. The demographic histories of the Thamnophilidae taxa suggest that diversification of the circum-Amazonian taxa have a strong influence of climatic fluctuations during the Pleistocene, with interconnected refugia allowing phenotypic/genetic differentiation but maintaining a considerable level of gene flow during varying dry/cool and warm/humid periods. In addition, the results of this work opened interesting taxonomic questions about some taxa that could be covered in the future (T. ruficapillus/torquatus complex, Xiphocolaptes complex). / Existe um número de padrões de distribuição comuns que forneceram os fundamentos do nosso atual conhecimento da Biogeografia Neotropical. Um padrão distintivo é o chamado padrão de distribuição circum-Amazônico, apresentado por grupos filogeneticamente relacionados habitando as florestas de baixada ao sul-leste da Amazônia, as encostas úmidas dos Andes, a área costeira da Venezuela e os Tepuis. Atualmente não existe um entendimento claro dos processos que deram surgimento a este padrão de distribuição. Para compreender a história evolutiva dos táxons exibindo este tipo de padrão é necessário testar hipóteses biogeográficas que ofereçam explicações mecanicistas. A Genômica comparativa permite hipóteses filogeográficas mais exatas para estes táxons, assim como melhores parâmetros demográficos. Estudos comparativos abrangentes visando em esclarecer os mecanismos evolutivos e biogeográficos relacionados a distribuição circum-Amazônica não tem sido elaborados ainda, e só informação descritiva escassa tem sido publicada. Portanto, os objetivo fundamental do projeto foi elucidar os mecanismos históricos e biogeográficos subjacentes à distribuição circum-Amazônica desenvolvendo analises genômicos comparativos de um grupo de Passeriformes Suboscines. Dados do gene ND2 e de Elementos Ultraconservados (UCEs) foram obtidos de oito grupos taxonômicos para estimar parâmetros populacionais e arvores genealógicas. Histórias demográficas foram inferidas só para as espécies da família Thamnophilidae usando momi2. Os melhores modelos de cada táxon foram analisados num marco comparativo para relaciona-os ás hipóteses biogeográficas propostas para o Neotrópico e propor cenários possíveis para a distribuição circum-Amazônica. O padrão de distribuição circum-Amazônico possui duas unidades filogeográficas principais: uma unidade Andina (incluindo a região de Centro América) e uma segunda unidade incluindo as regiões florestais do leste (Mata Atlântica, áreas florestais ao sudeste da Amazônia). Estas unidades estão interconectadas por corredores ao norte e sul da distribuição, permitindo intercâmbios de biota entre elas (principalmente pelo corredor sul). SNAPP identificou o clado Andino subdividido em norte do Peru e central Andes, e um segundo clado das Florestas do Leste incluindo dois subgrupos, um do norte e outro do centro-sul da Mata Atlântica. As histórias demográficas dos Thamnophilidae sugerem que a diversificação na distribuição circum-Amazônica foi altamente influenciada pelas flutuações climáticas durante o Pleistoceno, com refúgios interconectados gerando diferenciação fenotípica/genética mas mantendo certo grau de fluxo gênico nos períodos secos/frios e quentes/húmidos. Adicionalmente, algumas questões taxonômicas sobre alguns táxons estudados que poderiam ser estudadas no em futuros estudos (o complexo T. ruficapillus/torquatus e o gênero Xiphocolaptes).