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Genómica evolutiva de Bostryx aguilari (Gastropoda : Orthalicidae), relaciones filogenéticas con otros orthalicidos del Perú

Ramírez Malaver, Jorge Luis January 2009 (has links)
Las lomas son ecosistemas estacionales que se encuentran en la costa peruana. Dentro de las especies endémicas de moluscos de lomas podemos encontrar a Bostryx aguilari (Mollusca, Gastropoda, Orthalicidae), reportada para lomas cercanas a la ciudad de Lima. La información brindada por los genomas, como el ADN mitocondrial, se ha convertido en el componente clave para desarrollar estudios de filogenias y conservación. En el presente trabajo se realizó una evaluación de la evolución de esta especie a nivel de su genoma. Se realizaron distintas colectas y se procedió a la extracción del ADN por medio del método del CTAB con separación cloroformo: alcohol isoamílico y precipitación con etanol. Se amplificaron dos marcadores mitocondriales (COI y 16S rRNA) y un marcador nuclear (rRNA). Se secuenciaron los mejores productos de amplificación. Se procedió a realizar una caracterización genómica por marcador así como la evaluación de la diversidad genética encontrada. Para la reconstrucción filogenética se utilizaron distintas secuencias de Orthalicidos obtenidos por diversos proyectos de investigación así como de la base de datos del GenBank. Se construyeron árboles filogenéticos mediante los métodos de Neighbor-Joining, Máxima Parsimonia, Máxima Verosimilitud e Inferencia Bayesiana. Las distintas extracciones realizadas mostraron una baja en la eficiencia de esta técnica, en especial por la dificultad para separar los pigmentos propios de B. aguilari. Se realizó un total de 80 extracciones. Fueron obtenidas 11 secuencias de distintas poblaciones para el marcador 16S rRNA, cuatro para el marcador COI y cuatro para el gen rRNA nuclear. La caracterización genómica mostró valores cercanos a otros Orthalicidos. La diversidad genética encontrada fue menor a la esperada. B. aguilari es una especie bien diferenciada y conforma un grupo natural en todos nuestros análisis. La población de Atocongo se mostró ligeramente más diferenciada del resto. Las relaciones evolutivas de B. aguilari dentro de la familia Orthalicidae la mostraron como especie más emparentada a B. conspersus y S. versicolor. Al contrario de lo esperado, el género Bostryx conformó un grupo polifilético. El marcador COI mostró ser eficiente como un código de barras de B. aguilari. Toda la evidencia molecular presentada, sumada a la evidencia conquiológica y morfológica, nos lleva a concluir que B. aguilari no formaría parte del género Bostryx, sino más bien de un nuevo género. Posteriores estudios donde se incluyan un mayor número de especies podría conducirnos a aclarar sus relaciones evolutivas dentro de la familia Orthalicidae. / Lomas are seasonal ecosystems occurring in the Peruvian coast. Bostryx aguilari (Mollusca, Gastropoda, Orthalicidae) is an endemic land snail which lives in Lomas from Lima. Genomic information (for example mitochondrial genome) has become a key factor to develop both phylogenetic and conservation studies. The present work is an evaluation of the genomic evolution of B. aguilari. Land snails were collected and DNA was isolated using CTAB method. The mitochondrial markers both Cytochrome oxidase I (COI) and 16S rRNA as well as the rRNA nuclear markers were amplified and sequenced. The three markers were used for genomic characterization and the evaluation of genetic diversity. Phylogenetic reconstruction was carried out also using sequences of other nine Orthalicid species and ten species retrieved from the GenBank. The phylogenetic trees were constructed with Neighbor-Joining, Maximum Parsimony, Maximum Likelihood and Bayesian Inference. DNA was difficult to amplify probably due to pigments in the muscle tissue of the snail foot. From the 80 extractions, eleven sequences of 16S rRNA from different populations of B. aguilari were obtained, four of COI and four of nuclear rRNA. The genomic characterization showed similar values with other species of the Family Orthalicidae. Genetic diversity showed low values. B. aguilari showed high differentiation from other Orthalicids and conformed a natural group. B. aguilari is more related to B. consperus and S. versiocolor than to other members of the Family Orthalicidae. Surprisingly, the genus Bostryx showed a polyphyletic pattern. The COI marker is an efficient barcode for B. aguilari. Molecular and morphological evidence lead us to conclude a B. aguilari does not belong to the genus Bostryx. B. aguilari would be a new genus. It is necessary more studies including more species to solve the evolutionary relationships within the Family Orthalicidae.
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Cambios en la estructura y dinámica poblacional del caracol Stramonita chocolata (Duclos, 1832) asociados al evento El Niño 1997-98 en la zona del Callao, Perú.

Argüelles Torres, Juan Pedro January 2004 (has links)
Se realizó un estudio de los cambios en la estructura y dinámica poblacional del caracol Stramonita chocolata (Duclos, 1832) asociados al evento el Niño 1997 - 98, en tres áreas submareales de fondo rocoso, en la zona del Callao, durante el periodo abril de 1997 a junio de 1999. Se observaron cambios significativos en la estructura y dinámica poblacional del caracol durante el periodo de estudio. Durante 1997, el caracol presentó un mayor peso por talla, una más amplia estructura por tallas y mayores valores de densidad y biomasa; asimismo, el desove presentó una estacionalidad con dos máximos, en los meses de junio - julio y noviembre - diciembre. Durante 1998, se observó un desove más prolongado pero con menos valores porcentuales. Esto tuvo un efecto directo en el reclutamiento, apreciándose las mismas tendencias observadas en el desove, pero con un desfase de 3 a 4 meses. En la dinámica poblacional se detectaron cambios significativos en las tasas de crecimiento, desde valores medios de 2,75 mm mes-1 para el intervalo 32,5 - 72,5 mm durante 1997, hasta 1,20 mm mes-1 para el intervalo 16,5 - 60,5 mm durante 1998. La mortalidad natural de 0,66 - 0,84% a inicios de 1998, se incrementó a 1,98 - 2,37% a inicios de 1999. Se postula que los cambios en las tasas de crecimiento y mortalidad se deberían a cambios en la temperatura superficial del mar (TSM) y en la oferta alimentaria. / --- A study of the structure and population dynamics of the snail Stramonita chocolata (Duclos, 1832), related to event El Niño 1997 - 98, was carried out from April 1997 to June 1999 in three rocky subtidal areas in Callao, Peru. During the period of study, significant changes in the structure and population dynamics of the snail were observed. During 1997, the snail presented a higher weight for size, a wider size structure and bigger values of density and biomass; also the spawning period presented a seasonality with two peaks in the months of June - July and November - December. During 1998, it was observed a more prolonged spawning but with lower percentage values. This had a direct effect in the recruitment, with same tendencies but 3 to 4 months delayed. In the population dynamics, significant changes were observed in the rates of growth, from means values of 2,75 mm month-1 for the interval 32,5 - 72,5 mm during 1997 to 1,20 mm month-1 for the interval 16,5 - 60,5 mm during 1998. The natural mortality showed an increment of 0,66 - 0,84% at beginnings of 1998 to 1,98 - 2,37% at beginnings of 1999. It is postulated that the changes in the rates of growth and mortality would be caused by changes in the sea surface temperature and in the diet.
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Cambios en la estructura y dinámica poblacional del caracol Stramonita chocolata (Duclos, 1832) asociados al evento El Niño 1997-98 en la zona del Callao, Perú.

Argüelles Torres, Juan Pedro January 2004 (has links)
Se realizó un estudio de los cambios en la estructura y dinámica poblacional del caracol Stramonita chocolata (Duclos, 1832) asociados al evento el Niño 1997 - 98, en tres áreas submareales de fondo rocoso, en la zona del Callao, durante el periodo abril de 1997 a junio de 1999. Se observaron cambios significativos en la estructura y dinámica poblacional del caracol durante el periodo de estudio. Durante 1997, el caracol presentó un mayor peso por talla, una más amplia estructura por tallas y mayores valores de densidad y biomasa; asimismo, el desove presentó una estacionalidad con dos máximos, en los meses de junio - julio y noviembre - diciembre. Durante 1998, se observó un desove más prolongado pero con menos valores porcentuales. Esto tuvo un efecto directo en el reclutamiento, apreciándose las mismas tendencias observadas en el desove, pero con un desfase de 3 a 4 meses. En la dinámica poblacional se detectaron cambios significativos en las tasas de crecimiento, desde valores medios de 2,75 mm mes-1 para el intervalo 32,5 - 72,5 mm durante 1997, hasta 1,20 mm mes-1 para el intervalo 16,5 - 60,5 mm durante 1998. La mortalidad natural de 0,66 - 0,84% a inicios de 1998, se incrementó a 1,98 - 2,37% a inicios de 1999. Se postula que los cambios en las tasas de crecimiento y mortalidad se deberían a cambios en la temperatura superficial del mar (TSM) y en la oferta alimentaria. / A study of the structure and population dynamics of the snail Stramonita chocolata (Duclos, 1832), related to event El Niño 1997 - 98, was carried out from April 1997 to June 1999 in three rocky subtidal areas in Callao, Peru. During the period of study, significant changes in the structure and population dynamics of the snail were observed. During 1997, the snail presented a higher weight for size, a wider size structure and bigger values of density and biomass; also the spawning period presented a seasonality with two peaks in the months of June - July and November - December. During 1998, it was observed a more prolonged spawning but with lower percentage values. This had a direct effect in the recruitment, with same tendencies but 3 to 4 months delayed. In the population dynamics, significant changes were observed in the rates of growth, from means values of 2,75 mm month-1 for the interval 32,5 - 72,5 mm during 1997 to 1,20 mm month-1 for the interval 16,5 - 60,5 mm during 1998. The natural mortality showed an increment of 0,66 - 0,84% at beginnings of 1998 to 1,98 - 2,37% at beginnings of 1999. It is postulated that the changes in the rates of growth and mortality would be caused by changes in the sea surface temperature and in the diet.
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Diversidad y estructura genética de Bostryx scalariformis (Mollusca, Gastropoda) en base a polimorfismos del gen mitocondrial 16S rRNA

Romero Condori, Pedro Eduardo January 2008 (has links)
Bostryx scalariformis (Mollusca, Gastropoda) es un molusco terrestre endémico de las lomas costeras de la costa central del Perú que habita principalmente las zonas arenosas. Sólo se encuentran individuos vivos en las siguientes lomas del departamento de Lima: Ancón, Pasamayo, Lachay y Cerro de Agua. Además, posee morfotipos geográficamente aislados, uno en Ancón-Pasamayo y el otro en Lachay-Cerro de Agua. La fragmentación de su hábitat y la disminución en su tamaño poblacional pueden haber conllevado al decremento en su diversidad genética y una diferenciación genética entre sus poblaciones. El objetivo principal de esta investigación fue evaluar la diversidad genética en B. scalariformis comparándola con su distribución geográfica y morfotipos, para así obtener información sobre la estructura genético-poblacional de la especie. Para ello, se realizó un análisis morfométrico del diseño de la concha en 200 individuos. De las 10 variables utilizadas, 8 fueron digitalizadas y procesadas para encontrar las distancias entre los puntos de medición; a este conjunto se sumaron las variables: número de costillas por cada 3 mm y número de vueltas. Luego, se utilizaron individuos colectados vivos para la extracción de DNA total a partir de tejido del músculo del pie y se realizaron las amplificaciones del gen mitocondrial 16S rRNA por PCR. Los productos de amplificación fueron secuenciados y las secuencias obtenidas se utilizaron en el análisis filogenético intraespecífico y poblacional. / Bostryx scalariformis (Mollusca, Gastropoda) is a land snail species from central Peru. It is endemic to coastal "lomas" ecosystem and inhabits mainly in sand formations. Alive individuals have only been found in Ancon, Pasamayo, Lachay and Cerro de Agua lomas from Lima department. This species has two morphotypes, which in turn are geographically isolated, one morphotype inhabits in Ancon-Pasamayo lomas and the other one in Lachay-Cerro de Agua. Habitat fragmentation and decreasing of population size could have lead to reduction of genetic diversity and to genetic differentiation between its populations. The aim of this research was to evaluate genetic diversity in B. scalariformis comparing it with both its geographical distribution and morphotypes, in order to know about its population genetic structure.
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Variabilidad morfológica y de la aloenzima malato deshidrogenasa en poblaciones peruanas del gasterópodo intermareal Stramonita haemastoma (Linnaeus, 1767)

Sotil Caycho, Giovanna Elizabeth January 2008 (has links)
Variabilidad morfológica y de la aloenzima malato deshidrogenasa en poblaciones peruanas del gasterópodo intermareal Stramonita haemastoma (Linnaeus, 1767) Stramonita haemastoma presenta una amplia distribución en una gran diversidad de ambientes reflejando una alta variabilidad en su morfología y a nivel aloenzimático, tanto dentro como entre poblaciones. En este estudio, 11 poblaciones de la zona norte, centro y sur del Perú fueron colectadas para el análisis de 14 caracteres de la morfología externa de la concha; mientras que 4 poblaciones fueron consideradas para el análisis de la aloenzima malato deshidrogenasa (Mdh), a lo largo de una diversidad de hábitats de acuerdo a la temperatura superficial del mar (TSM), exposición al oleaje y corrientes marinas. A nivel morfológico, altas correlaciones fueron observadas entre longitud y peso total. Mayores longitudes fueron observadas en poblaciones expuestas a altas TSM y de alta variabilidad genética. Esto fue atribuido a una mayor actividad, capacidad de fijación a sustrato y en consecuencia a un mayor fitness de los organismos. Además, la mayor diferenciación poblacional estuvo influenciada por la variabilidad en la relación entre la longitud total y de la abertura de la boca (índice Ltt/Lb) sobretodo entre los organismos de la zona norte. Entre los caracteres cualitativos de influencia ambiental, el desarrollo de tubérculos estuvo relacionado con el nivel de exposición al oleaje. Una diferenciación marcada de las poblaciones del norte se observó a nivel de la coloración y de la variabilidad aloenzimática. A nivel aloenzimático, existe una alta heterocigosidad (Ho 0,14) en el total de las poblaciones de S. haemastoma. El índice de fijación de Wright mostró un alto flujo génico (FST 0,06) entre las poblaciones, mientras que una divergencia de individuos en relación a las poblaciones (FIS 0,154) y al total de las poblaciones (FIT 0,210). Variaciones en el número y frecuencias alélicas estuvieron relacionadas con diferencias en la TSM. / Morphological and malate dehydrogenase allozyme variability in Peruvian populations of the intertidal gastropod Stramonita haemastoma (Linnaeus, 1767) Stramonita haemastoma has a wide distribution in a high environmental diversity, showing a high morphological and allozyme variability, within and between populations. In this study, 11 populations form the north, central and south of Peru were collected, for the analysis of 14 morphological traits of the external shell; whereas 4 populations were considered for the analysis of the malate dehydrogenase (Mdh) allozyme, along a diversity of habitats according to the sea surface temperature (SST), wave exposure and marine currents. Morphologically, high correlations were observed between total length and weight. Higher lengths were observed in populations exposed to high SST and of high genetic variability. This was related to a higher activity, fixation capacity to the substrate and in consequence a higher fitness of the organisms. A better population differentiation was influenced by the total – aperture lengths index (Ltt/Lb), moreover for the north zone. Among the qualitative traits with environmental influence, the growth of nodules was related with the wave exposure level. A wide differentiation of the northern populations was related to the shell color and the allozyme variability. At the allozyme evaluation, a high heterozygosis (Ho 0.14) was observed in the total of S. haemastoma populations. Wright’s index fixation showed a high gene flow among populations (FST 0.06), a divergence of individuals relative to the populations (FIS 0.154) and to the total of populations (FIT 0.210). Variations in the allelic number and frequencies were related with the SST differences
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Genómica evolutiva de Bostryx aguilari (Gastropoda : Orthalicidae), relaciones filogenéticas con otros orthalicidos del Perú

Ramírez Malaver, Jorge Luis January 2009 (has links)
Las lomas son ecosistemas estacionales que se encuentran en la costa peruana. Dentro de las especies endémicas de moluscos de lomas podemos encontrar a Bostryx aguilari (Mollusca, Gastropoda, Orthalicidae), reportada para lomas cercanas a la ciudad de Lima. La información brindada por los genomas, como el ADN mitocondrial, se ha convertido en el componente clave para desarrollar estudios de filogenias y conservación. En el presente trabajo se realizó una evaluación de la evolución de esta especie a nivel de su genoma. Se realizaron distintas colectas y se procedió a la extracción del ADN por medio del método del CTAB con separación cloroformo: alcohol isoamílico y precipitación con etanol. Se amplificaron dos marcadores mitocondriales (COI y 16S rRNA) y un marcador nuclear (rRNA). Se secuenciaron los mejores productos de amplificación. Se procedió a realizar una caracterización genómica por marcador así como la evaluación de la diversidad genética encontrada. Para la reconstrucción filogenética se utilizaron distintas secuencias de Orthalicidos obtenidos por diversos proyectos de investigación así como de la base de datos del GenBank. Se construyeron árboles filogenéticos mediante los métodos de Neighbor-Joining, Máxima Parsimonia, Máxima Verosimilitud e Inferencia Bayesiana. Las distintas extracciones realizadas mostraron una baja en la eficiencia de esta técnica, en especial por la dificultad para separar los pigmentos propios de B. aguilari. Se realizó un total de 80 extracciones. Fueron obtenidas 11 secuencias de distintas poblaciones para el marcador 16S rRNA, cuatro para el marcador COI y cuatro para el gen rRNA nuclear. La caracterización genómica mostró valores cercanos a otros Orthalicidos. La diversidad genética encontrada fue menor a la esperada. B. aguilari es una especie bien diferenciada y conforma un grupo natural en todos nuestros análisis. La población de Atocongo se mostró ligeramente más diferenciada del resto. Las relaciones evolutivas de B. aguilari dentro de la familia Orthalicidae la mostraron como especie más emparentada a B. conspersus y S. versicolor. Al contrario de lo esperado, el género Bostryx conformó un grupo polifilético. El marcador COI mostró ser eficiente como un código de barras de B. aguilari. Toda la evidencia molecular presentada, sumada a la evidencia conquiológica y morfológica, nos lleva a concluir que B. aguilari no formaría parte del género Bostryx, sino más bien de un nuevo género. Posteriores estudios donde se incluyan un mayor número de especies podría conducirnos a aclarar sus relaciones evolutivas dentro de la familia Orthalicidae. / Lomas are seasonal ecosystems occurring in the Peruvian coast. Bostryx aguilari (Mollusca, Gastropoda, Orthalicidae) is an endemic land snail which lives in Lomas from Lima. Genomic information (for example mitochondrial genome) has become a key factor to develop both phylogenetic and conservation studies. The present work is an evaluation of the genomic evolution of B. aguilari. Land snails were collected and DNA was isolated using CTAB method. The mitochondrial markers both Cytochrome oxidase I (COI) and 16S rRNA as well as the rRNA nuclear markers were amplified and sequenced. The three markers were used for genomic characterization and the evaluation of genetic diversity. Phylogenetic reconstruction was carried out also using sequences of other nine Orthalicid species and ten species retrieved from the GenBank. The phylogenetic trees were constructed with Neighbor-Joining, Maximum Parsimony, Maximum Likelihood and Bayesian Inference. DNA was difficult to amplify probably due to pigments in the muscle tissue of the snail foot. From the 80 extractions, eleven sequences of 16S rRNA from different populations of B. aguilari were obtained, four of COI and four of nuclear rRNA. The genomic characterization showed similar values with other species of the Family Orthalicidae. Genetic diversity showed low values. B. aguilari showed high differentiation from other Orthalicids and conformed a natural group. B. aguilari is more related to B. consperus and S. versiocolor than to other members of the Family Orthalicidae. Surprisingly, the genus Bostryx showed a polyphyletic pattern. The COI marker is an efficient barcode for B. aguilari. Molecular and morphological evidence lead us to conclude a B. aguilari does not belong to the genus Bostryx. B. aguilari would be a new genus. It is necessary more studies including more species to solve the evolutionary relationships within the Family Orthalicidae.
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Variabilidad morfológica y de la aloenzima malato deshidrogenasa en poblaciones peruanas del gasterópodo intermareal Stramonita haemastoma (Linnaeus, 1767)

Sotil Caycho, Giovanna Elizabeth, Sotil Caycho, Giovanna Elizabeth January 2008 (has links)
Variabilidad morfológica y de la aloenzima malato deshidrogenasa en poblaciones peruanas del gasterópodo intermareal Stramonita haemastoma (Linnaeus, 1767) Stramonita haemastoma presenta una amplia distribución en una gran diversidad de ambientes reflejando una alta variabilidad en su morfología y a nivel aloenzimático, tanto dentro como entre poblaciones. En este estudio, 11 poblaciones de la zona norte, centro y sur del Perú fueron colectadas para el análisis de 14 caracteres de la morfología externa de la concha; mientras que 4 poblaciones fueron consideradas para el análisis de la aloenzima malato deshidrogenasa (Mdh), a lo largo de una diversidad de hábitats de acuerdo a la temperatura superficial del mar (TSM), exposición al oleaje y corrientes marinas. A nivel morfológico, altas correlaciones fueron observadas entre longitud y peso total. Mayores longitudes fueron observadas en poblaciones expuestas a altas TSM y de alta variabilidad genética. Esto fue atribuido a una mayor actividad, capacidad de fijación a sustrato y en consecuencia a un mayor fitness de los organismos. Además, la mayor diferenciación poblacional estuvo influenciada por la variabilidad en la relación entre la longitud total y de la abertura de la boca (índice Ltt/Lb) sobretodo entre los organismos de la zona norte. Entre los caracteres cualitativos de influencia ambiental, el desarrollo de tubérculos estuvo relacionado con el nivel de exposición al oleaje. Una diferenciación marcada de las poblaciones del norte se observó a nivel de la coloración y de la variabilidad aloenzimática. A nivel aloenzimático, existe una alta heterocigosidad (Ho 0,14) en el total de las poblaciones de S. haemastoma. El índice de fijación de Wright mostró un alto flujo génico (FST 0,06) entre las poblaciones, mientras que una divergencia de individuos en relación a las poblaciones (FIS 0,154) y al total de las poblaciones (FIT 0,210). Variaciones en el número y frecuencias alélicas estuvieron relacionadas con diferencias en la TSM. / Morphological and malate dehydrogenase allozyme variability in Peruvian populations of the intertidal gastropod Stramonita haemastoma (Linnaeus, 1767) Stramonita haemastoma has a wide distribution in a high environmental diversity, showing a high morphological and allozyme variability, within and between populations. In this study, 11 populations form the north, central and south of Peru were collected, for the analysis of 14 morphological traits of the external shell; whereas 4 populations were considered for the analysis of the malate dehydrogenase (Mdh) allozyme, along a diversity of habitats according to the sea surface temperature (SST), wave exposure and marine currents. Morphologically, high correlations were observed between total length and weight. Higher lengths were observed in populations exposed to high SST and of high genetic variability. This was related to a higher activity, fixation capacity to the substrate and in consequence a higher fitness of the organisms. A better population differentiation was influenced by the total – aperture lengths index (Ltt/Lb), moreover for the north zone. Among the qualitative traits with environmental influence, the growth of nodules was related with the wave exposure level. A wide differentiation of the northern populations was related to the shell color and the allozyme variability. At the allozyme evaluation, a high heterozygosis (Ho 0.14) was observed in the total of S. haemastoma populations. Wright’s index fixation showed a high gene flow among populations (FST 0.06), a divergence of individuals relative to the populations (FIS 0.154) and to the total of populations (FIT 0.210). Variations in the allelic number and frequencies were related with the SST differences / Tesis
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Diversidad y estructura genética de Bostryx scalariformis (Mollusca, Gastropoda) en base a polimorfismos del gen mitocondrial 16S rRNA

Romero Condori, Pedro Eduardo January 2008 (has links)
Bostryx scalariformis (Mollusca, Gastropoda) es un molusco terrestre endémico de las lomas costeras de la costa central del Perú que habita principalmente las zonas arenosas. Sólo se encuentran individuos vivos en las siguientes lomas del departamento de Lima: Ancón, Pasamayo, Lachay y Cerro de Agua. Además, posee morfotipos geográficamente aislados, uno en Ancón-Pasamayo y el otro en Lachay-Cerro de Agua. La fragmentación de su hábitat y la disminución en su tamaño poblacional pueden haber conllevado al decremento en su diversidad genética y una diferenciación genética entre sus poblaciones. El objetivo principal de esta investigación fue evaluar la diversidad genética en B. scalariformis comparándola con su distribución geográfica y morfotipos, para así obtener información sobre la estructura genético-poblacional de la especie. Para ello, se realizó un análisis morfométrico del diseño de la concha en 200 individuos. De las 10 variables utilizadas, 8 fueron digitalizadas y procesadas para encontrar las distancias entre los puntos de medición; a este conjunto se sumaron las variables: número de costillas por cada 3 mm y número de vueltas. Luego, se utilizaron individuos colectados vivos para la extracción de DNA total a partir de tejido del músculo del pie y se realizaron las amplificaciones del gen mitocondrial 16S rRNA por PCR. Los productos de amplificación fueron secuenciados y las secuencias obtenidas se utilizaron en el análisis filogenético intraespecífico y poblacional. / --- Bostryx scalariformis (Mollusca, Gastropoda) is a land snail species from central Peru. It is endemic to coastal "lomas" ecosystem and inhabits mainly in sand formations. Alive individuals have only been found in Ancon, Pasamayo, Lachay and Cerro de Agua lomas from Lima department. This species has two morphotypes, which in turn are geographically isolated, one morphotype inhabits in Ancon-Pasamayo lomas and the other one in Lachay-Cerro de Agua. Habitat fragmentation and decreasing of population size could have lead to reduction of genetic diversity and to genetic differentiation between its populations. The aim of this research was to evaluate genetic diversity in B. scalariformis comparing it with both its geographical distribution and morphotypes, in order to know about its population genetic structure. / Tesis
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Patrones de polimorfismo molecular y morfológico de Megalobulimus (Mollusca, Gastropoda) en el sur de los Andes del Perú

Borda Púa, Víctor Octavio January 2014 (has links)
La vertiente oriental de los Andes es el área con mayor biodiversidad en el mundo. Megalobulimus agrupa a las especies de moluscos terrestres neotropicales de mayor tamaño. Es en el sur de los Andes orientales donde habitan más de la mitad de especies de este género, los cuales son blanco de dos problemáticas importantes; la primera se refiere a la pobre discriminación entre especies, y la segunda sobre la variabilidad intraespecífica, tanto a nivel morfológico como molecular. El objetivo de esta tesis fue evaluar los patrones de polimorfismo molecular y morfológico de Megalobulimus del sureste de los Andes del Perú y determinar sus relaciones evolutivas con otras especies del género. Se emplearon cuatro taxa del género Megalobulimus: M. leucostoma, M. florezi, Megalobulimus sp. 1 y Megalobulimus sp. 2. Se realizó la revisión de especímenes tipo, análisis morfométricos de la concha, análisis de la genitalia, la evaluación de marcadores mitocondriales (16S rRNA y COI) y de filogenia molecular. La revisión de los ejemplares tipo demostró inconsistencias en el estatus de las subespecies de M. leucostoma. M. l. lacunosus se muestra muy diferente del típico leucostoma mientras que M. l. weyrauchi se mantiene muy similar. El análisis morfométrico de la concha sustenta esta idea, siendo el tamaño de la espira la principal diferencia. Características morfológicas (superficie interna del pene y oviducto libre) y moleculares (distancias genéticas) muestran que los taxa Megalobulimus sp.1 y Megalobulimus sp. 2 son entidades diferentes a otras especies de Megalobulimus previamente descritas. M. florezi presenta el mismo haplotipo que M. capillaceus para el marcador mitocondrial 16S rRNA aunque las diferencias morfológicas son contrastantes. El análisis poblacional de M. l. leucostoma mediante los marcadores 16S rRNA y COI reveló diferentes patrones demográficos que podrían ser explicados por diferentes presiones evolutivas sobre estos marcadores. El análisis filogenético basado en el marcador 16S rRNA dividió al género Megalobulimus en dos clados (A y B) y sugiere que las similitudes en la concha no son evidencia de un mismo origen evolutivo. Con respecto al clado B, se observó una tendencia de diversificación hacia el norte de los Andes, pero con bajo soporte estadístico. En conclusión, los resultados sugieren que M. l. lacunosus sería considerada una entidad independiente de M. leucostoma, mientras que M. l. weyrauchi pasaría a ser una sinonímia de M. leucostoma. Además, los análisis morfológicos y moleculares sugieren que Megalobulimus sp. 1 y Megalobulimus sp. 2 deben ser consideradas como especies nuevas. Finalmente, para Megalobulimus, los caracteres basados en la concha y la genitalia podrían ser consideradas para la diagnosis de las especies pero no como sinapomorfias. / Tesis
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Caracterización molecular de Andiniastra violascens: código de barra de ADN, diversidad genética y relaciones filogenéticas dentro de la familia Clausiliidae (Gastropoda) de distribución mundial

Morín Lagos, Jaime Gerardo January 2018 (has links)
Realiza la caracterización molecular de Andiniastra violascens (Amazonas) y se obtuvo su posición filogenética dentro de la subfamilia Peruiniinae. Además, se aprovechó el material disponible en la colección científica de Malacología del Museo de Historia Natural de la UNMSM para caracterizar y evaluar molecularmente a los Clausiliidae peruanos del género Cylindronenia (Amazonas) y Symptychiella (San Martín) y a una población de Andiniastra sp. colectada en Cajamarca. Se estandarizaron los protocolos moleculares necesarios para obtener secuencias del marcador nuclear 28S rRNA. De esta manera, se obtuvieron por primera vez secuencias de Andiniastra y Symptychiella, aumentando así la cobertura de géneros de Peruiniinae a 40.7% de los 27 géneros descritos para ese grupo. El análisis de estas secuencias de ADN evidenció que el género Andiniastra es monofilético y comparte un ancestro común con el clado conformado por Andinia (género al que A. violascens fue asignada inicialmente), Steeriana y Cylindronenia, mientras que Symptychiella estaría formando un clado muy bien soportado con Zilchiella. Además, se generaron secuencias mitocondriales de COI (28 secuencias) y 16S rRNA (31 secuencias), las cuales representan las primeras en su tipo para Peruiniinae, que se utilizaron para evaluar la variación intraespecífica y la utilidad de ellas como código de barras. Finalmente, las diferencias morfológicas encontradas en el análisis inicial, la divergencia genética en base a los marcadores COI, 16S rRNA y 28S rRNA, los cambios hallados en las secuencias aminoacídicas deducidas de COI y los análisis de estructuras secundarias de 16S rRNA sugieren que Andiniastra sp. podría ser en realidad un nuevo taxón. Adicionalmente, se realizó una calibración secundaria del árbol ML y se encontró que A. violascens (Amazonas) y Andiniastra sp. (Cajamarca) divergieron hace aproximadamente 12.3 millones de años lo que concuerda con el periodo de levantamiento acelerado de los Andes (entre 10 y 5 Ma), evento que pudo haber influenciado en la especiación de este género. / Tesis

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