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Genómica evolutiva de Bostryx aguilari (Gastropoda : Orthalicidae), relaciones filogenéticas con otros orthalicidos del Perú

Ramírez Malaver, Jorge Luis January 2009 (has links)
Las lomas son ecosistemas estacionales que se encuentran en la costa peruana. Dentro de las especies endémicas de moluscos de lomas podemos encontrar a Bostryx aguilari (Mollusca, Gastropoda, Orthalicidae), reportada para lomas cercanas a la ciudad de Lima. La información brindada por los genomas, como el ADN mitocondrial, se ha convertido en el componente clave para desarrollar estudios de filogenias y conservación. En el presente trabajo se realizó una evaluación de la evolución de esta especie a nivel de su genoma. Se realizaron distintas colectas y se procedió a la extracción del ADN por medio del método del CTAB con separación cloroformo: alcohol isoamílico y precipitación con etanol. Se amplificaron dos marcadores mitocondriales (COI y 16S rRNA) y un marcador nuclear (rRNA). Se secuenciaron los mejores productos de amplificación. Se procedió a realizar una caracterización genómica por marcador así como la evaluación de la diversidad genética encontrada. Para la reconstrucción filogenética se utilizaron distintas secuencias de Orthalicidos obtenidos por diversos proyectos de investigación así como de la base de datos del GenBank. Se construyeron árboles filogenéticos mediante los métodos de Neighbor-Joining, Máxima Parsimonia, Máxima Verosimilitud e Inferencia Bayesiana. Las distintas extracciones realizadas mostraron una baja en la eficiencia de esta técnica, en especial por la dificultad para separar los pigmentos propios de B. aguilari. Se realizó un total de 80 extracciones. Fueron obtenidas 11 secuencias de distintas poblaciones para el marcador 16S rRNA, cuatro para el marcador COI y cuatro para el gen rRNA nuclear. La caracterización genómica mostró valores cercanos a otros Orthalicidos. La diversidad genética encontrada fue menor a la esperada. B. aguilari es una especie bien diferenciada y conforma un grupo natural en todos nuestros análisis. La población de Atocongo se mostró ligeramente más diferenciada del resto. Las relaciones evolutivas de B. aguilari dentro de la familia Orthalicidae la mostraron como especie más emparentada a B. conspersus y S. versicolor. Al contrario de lo esperado, el género Bostryx conformó un grupo polifilético. El marcador COI mostró ser eficiente como un código de barras de B. aguilari. Toda la evidencia molecular presentada, sumada a la evidencia conquiológica y morfológica, nos lleva a concluir que B. aguilari no formaría parte del género Bostryx, sino más bien de un nuevo género. Posteriores estudios donde se incluyan un mayor número de especies podría conducirnos a aclarar sus relaciones evolutivas dentro de la familia Orthalicidae. / Lomas are seasonal ecosystems occurring in the Peruvian coast. Bostryx aguilari (Mollusca, Gastropoda, Orthalicidae) is an endemic land snail which lives in Lomas from Lima. Genomic information (for example mitochondrial genome) has become a key factor to develop both phylogenetic and conservation studies. The present work is an evaluation of the genomic evolution of B. aguilari. Land snails were collected and DNA was isolated using CTAB method. The mitochondrial markers both Cytochrome oxidase I (COI) and 16S rRNA as well as the rRNA nuclear markers were amplified and sequenced. The three markers were used for genomic characterization and the evaluation of genetic diversity. Phylogenetic reconstruction was carried out also using sequences of other nine Orthalicid species and ten species retrieved from the GenBank. The phylogenetic trees were constructed with Neighbor-Joining, Maximum Parsimony, Maximum Likelihood and Bayesian Inference. DNA was difficult to amplify probably due to pigments in the muscle tissue of the snail foot. From the 80 extractions, eleven sequences of 16S rRNA from different populations of B. aguilari were obtained, four of COI and four of nuclear rRNA. The genomic characterization showed similar values with other species of the Family Orthalicidae. Genetic diversity showed low values. B. aguilari showed high differentiation from other Orthalicids and conformed a natural group. B. aguilari is more related to B. consperus and S. versiocolor than to other members of the Family Orthalicidae. Surprisingly, the genus Bostryx showed a polyphyletic pattern. The COI marker is an efficient barcode for B. aguilari. Molecular and morphological evidence lead us to conclude a B. aguilari does not belong to the genus Bostryx. B. aguilari would be a new genus. It is necessary more studies including more species to solve the evolutionary relationships within the Family Orthalicidae.
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Genómica evolutiva de Bostryx aguilari (Gastropoda : Orthalicidae), relaciones filogenéticas con otros orthalicidos del Perú

Ramírez Malaver, Jorge Luis January 2009 (has links)
Las lomas son ecosistemas estacionales que se encuentran en la costa peruana. Dentro de las especies endémicas de moluscos de lomas podemos encontrar a Bostryx aguilari (Mollusca, Gastropoda, Orthalicidae), reportada para lomas cercanas a la ciudad de Lima. La información brindada por los genomas, como el ADN mitocondrial, se ha convertido en el componente clave para desarrollar estudios de filogenias y conservación. En el presente trabajo se realizó una evaluación de la evolución de esta especie a nivel de su genoma. Se realizaron distintas colectas y se procedió a la extracción del ADN por medio del método del CTAB con separación cloroformo: alcohol isoamílico y precipitación con etanol. Se amplificaron dos marcadores mitocondriales (COI y 16S rRNA) y un marcador nuclear (rRNA). Se secuenciaron los mejores productos de amplificación. Se procedió a realizar una caracterización genómica por marcador así como la evaluación de la diversidad genética encontrada. Para la reconstrucción filogenética se utilizaron distintas secuencias de Orthalicidos obtenidos por diversos proyectos de investigación así como de la base de datos del GenBank. Se construyeron árboles filogenéticos mediante los métodos de Neighbor-Joining, Máxima Parsimonia, Máxima Verosimilitud e Inferencia Bayesiana. Las distintas extracciones realizadas mostraron una baja en la eficiencia de esta técnica, en especial por la dificultad para separar los pigmentos propios de B. aguilari. Se realizó un total de 80 extracciones. Fueron obtenidas 11 secuencias de distintas poblaciones para el marcador 16S rRNA, cuatro para el marcador COI y cuatro para el gen rRNA nuclear. La caracterización genómica mostró valores cercanos a otros Orthalicidos. La diversidad genética encontrada fue menor a la esperada. B. aguilari es una especie bien diferenciada y conforma un grupo natural en todos nuestros análisis. La población de Atocongo se mostró ligeramente más diferenciada del resto. Las relaciones evolutivas de B. aguilari dentro de la familia Orthalicidae la mostraron como especie más emparentada a B. conspersus y S. versicolor. Al contrario de lo esperado, el género Bostryx conformó un grupo polifilético. El marcador COI mostró ser eficiente como un código de barras de B. aguilari. Toda la evidencia molecular presentada, sumada a la evidencia conquiológica y morfológica, nos lleva a concluir que B. aguilari no formaría parte del género Bostryx, sino más bien de un nuevo género. Posteriores estudios donde se incluyan un mayor número de especies podría conducirnos a aclarar sus relaciones evolutivas dentro de la familia Orthalicidae. / Lomas are seasonal ecosystems occurring in the Peruvian coast. Bostryx aguilari (Mollusca, Gastropoda, Orthalicidae) is an endemic land snail which lives in Lomas from Lima. Genomic information (for example mitochondrial genome) has become a key factor to develop both phylogenetic and conservation studies. The present work is an evaluation of the genomic evolution of B. aguilari. Land snails were collected and DNA was isolated using CTAB method. The mitochondrial markers both Cytochrome oxidase I (COI) and 16S rRNA as well as the rRNA nuclear markers were amplified and sequenced. The three markers were used for genomic characterization and the evaluation of genetic diversity. Phylogenetic reconstruction was carried out also using sequences of other nine Orthalicid species and ten species retrieved from the GenBank. The phylogenetic trees were constructed with Neighbor-Joining, Maximum Parsimony, Maximum Likelihood and Bayesian Inference. DNA was difficult to amplify probably due to pigments in the muscle tissue of the snail foot. From the 80 extractions, eleven sequences of 16S rRNA from different populations of B. aguilari were obtained, four of COI and four of nuclear rRNA. The genomic characterization showed similar values with other species of the Family Orthalicidae. Genetic diversity showed low values. B. aguilari showed high differentiation from other Orthalicids and conformed a natural group. B. aguilari is more related to B. consperus and S. versiocolor than to other members of the Family Orthalicidae. Surprisingly, the genus Bostryx showed a polyphyletic pattern. The COI marker is an efficient barcode for B. aguilari. Molecular and morphological evidence lead us to conclude a B. aguilari does not belong to the genus Bostryx. B. aguilari would be a new genus. It is necessary more studies including more species to solve the evolutionary relationships within the Family Orthalicidae.
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Conquiologia e anatomia de Orthalicus pulchellus (Spix,1827) (Mollusca, Gastropoda, Pulmonata, Orthalicidae) / Conchology and anatomy of Orthalicus pulchellus (Spix,1827) (Mollusca, Gastropoda, Pulmonata, Orthalicidae)

Araujo , Ana Cristina de 02 March 1998 (has links)
Submitted by Alberto Vieira (martins_vieira@ibest.com.br) on 2018-02-08T00:02:46Z No. of bitstreams: 1 278119.pdf: 4340711 bytes, checksum: 557231932960aa262066716864bd39c6 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-02-08T00:02:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 278119.pdf: 4340711 bytes, checksum: 557231932960aa262066716864bd39c6 (MD5) Previous issue date: 1998-03-02 / CAPES / São apresentados os estudos da concha, mandíbula, rádula, teto da câmara palial e sistema reprodutor, incluindo as caracterizações macro e microanatômicas do apêndice peniano, que possibilitaram a caracterização e distinção de Orthalicus pulchellus (Spix, 1827) das demais espécies conhecidas de Orthalicidae para o Brasil. O material examinado permitiu ampliar a distribuição geográfica da espécie, sendo apresentados como novas ocorrências os Estados: Ceará, Paraíba, Alagoas, Mato Grosso, Minas Gerais e Espírito Santo. Dados bibliográficos e observações em terrário permitiram verificar que o animal alimenta-se raspando fungos e líquens da superfície de pequenos troncos e galhos de vegetais de várias espécies. / Studies on shell, Jaw, radula, palial camera roof and reproductive system are presented, including macro and microanatomical characterizations of the penis appendix, what enabled the characterization and distinction of Orthalicus pulchellus (Spix, 1827) from the other known species of Orthalicidae for Brazil. The material examined allowed the enlargement of the geographical distribution of the species; Ceará, Paraíba, Alagoas, Mato Grosso, Minas Gerais and Espírito Santo. Bibliographical data and observations on terraria allowed us to examine that the animal feed itself scratching fungi and lichens from the surfaces of small trunks and branches of several plant species.

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