O gene da apolipoproteina E (APOE) possui três alelos com freqüências polimórficas. Esta apolipoproteína possui um importante papel no metabolismo de lipídeos, crescimento e regeneração neuronal, e parece estar relacionada com a doença de Alzheimer. No entanto, a magnitude destas influências difere de acordo com a população estudada, sugerindo uma interação genótipo/ambiente. No presente trabalho, foram estudadas seis tribos indígenas sul-americanas (n=186), 100 negróides e 466 caucasóides de Porto Alegre. Destes últimos, 343 foram investigados quanto à associação com níveis lipídicos e 23 quanto à associação com doença de Alzheimer. Todas as amostras foram amplificadas pela reação em cadeia da polimerase (PCR) e clivadas com a enzima de restrição Hha I. Os genótipos foram identificados após separação dos fragmentos de restrição por eletroforese em gel de agarose a 4% corado com brometo de etídeo. O presente estudo teve os seguintes objetivos específicos: 1)Determinar as freqüências gênicas e genotípicas da APOE nas populações negróides e caucasóides de Porto Alegre e de seis tribos indígenas da América do Sul; 2)Verificar se as associações entre os alelos da APOE e lipídeos séricos descritas em caucasóides também ocorrem em populações indígenas brasileiras; 3)Investigar a influência do polimorfismo do gene APOE em pacientes com hipercolesterolemia e hipertrigliceridemia, bem como em indivíduos normais da população de Porto Alegre e 4)Determinar a distribuição dos alelos da APOE em uma amostra de pacientes com Doença de Alzheimer. / The apolipoprotein E gene (APOE) has three alleles with polymorphic frequencies. This apolipoprotein has an important role in lipid metabolism, neuronal growth and is probably related to Alzheimer’s disease. However, the magnitude of these influences differs in diverse populations suggesting an environment/genetic interaction. In the present study six South American Indian tribes (n=186), 100 Blacks and 466 Caucasian from Porto Alegre were investigated. Among the caucasians, 343 were investigated for an association with lipid levels and 23 for an association with Alzheimer’s disease. All samples were amplified by the polymerase chain reaction (PCR) and digested with the Hha I restriction enzyme. Genotypes were identified after electrophoresis of the digested DNA fragments on 4% agarose gels containing ethidium bromide. The present study had following specific objectives: 1) To determine APOE allelic and genotypic frequencies in Caucasian and Blacks from Porto Alegre and from six South American Indian tribes; 2) To verify if the associations among APOE alleles and serum lipid levels described in Caucasian populations also occurs in Brazilian Indian populations; 3) To investigate the influence of APOE polymorphism in hypercholesterolemic and hypertriglyceridemic patients as well as in normal individuals from the Porto Alegre population; and 4) To determine the APOE allele distribution in a sample of Alzheimer’s disease patients.

Existe um número crescente de componentes químicos lançados ao meio ambiente, muitos dos quais são capazes de induzir efeitos danosos adversos à saúde de animais e humanos, representando uma causa importante de preocupação por seus possíveis efeitos a longo prazo. O impacto ecológico e os riscos a saúde dos organismos associados com a exposição a poluentes ambientais são extremamente difíceis de se avaliar devido a muitos desses componentes serem parte de misturas complexas. Os gases produzidos pelos motores dos veículos à combustão contém diversos poluentes sabidamente genotóxicos, como óxidos de nitrogênio (NOX), monóxido de carbono (CO), óxidos de enxofre (SOx), hidrocarbonetos (HC) e seus derivados, bem como particulados, e metais (cádmio, cromo, cobre, níquel, vanádio, zinco e chumbo). Todos esses compostos isolados ou associados a outros elementos são tóxicos ou de efeito danoso aos organismos, de forma não totalmente esclarecida. Este estudo teve como objetivo verificar o possível efeito genotóxico das emissões dos automóveis em roedor nativo Ctenomys minutus cronicamente exposto, através do Ensaio Cometa (EC), comparando os resultados com o Teste de Micronúcleos (MN), ambos em sangue periférico. Levando em consideração alguns fatores que pudessem influenciar os resultados dos testes de genotoxicidade, este trabalho ainda teve como objetivos: identificar a presença de alguns agentes envolvidos na poluição gerada pelos veículos; verificar possíveis diferenças sazonais, como temperatura e ventos; e se existe influência da idade e sexo dos roedores. Os C. minutus (Octodontidae-Rodentia), foram capturados em dois campos diferentes, ambos ao lado da estrada RS/030, na cidade de Osório, Estado do Rio Grande do Sul (RS): (a) Amaral, e (b) Weber. Animais para controle externo foram capturados no Campo Maribo à cerca de 3 km de distância de outra estrada (RS/389-Osório/RS), conseqüentemente afastada das emissões dos veículos. No final do período desse estudo, foram capturados 123 animais (73 fêmeas e 50 machos). / There is an ever-increasing number of chemicals present in our environment, many of which are capable of inducing adverse health effects in both animals and humans, representing an important cause of concern for its possible long-term effects on organisms health. The ecological impact and risks to organisms health associated with exposure to environmental pollutants are exceedingly difficult to evaluate because many of these are components of complex mixtures. In the cities, the automobiles are responsible for more than half of aerial pollution, since the gases produced from the internal combustion consist of thousands of separate hazardous compounds. The most commonly mentioned hazardous substances are nitrogen oxides (NOX), carbon monoxide (CO), sulfur dioxide (SO2), hydrocarbons (HC) and their derivatives, and inorganic compounds, including metals (cadmium, chromium, copper, nickel, vanadium, zinc and lead). The present report is concerned with the application and verification of alkaline Comet assay (SCG) to Ctenomys minutus (a fossorial rodent) to detect the possible genotoxicity effects to automobile emissions and to compare the results with a Micronucleus (MN) assay, both in peripheral blood, besides to identify some agents involved and verify whether seasonal patterns exist. Considering other factors that could affect the results, identify some agents involved with vehicle exhaust, seasonal patterns, temperature, wind, and rodents’ gender and age. Automobile exhaust exposed C. minutus (Octodontidae-Rodentia), were captured at two different fields from both sides of RS/030, a highway, in the state of Rio Grande do Sul: (a) Amaral and (b) Weber. Reference animals, the external control, were obtained from Maribo field, about 3 km far from the other highway (RS/389), consequently far from vehicle emissions. By the end of this study time, 123 rodents (73 females and 50 males) had been live-trapped.

Um total de 201 seqüências de DNA, de 50 espécies pertencentes a 32 gêneros e 12 famílias, foi investigado através do método da máxima verossimilhança para identificar, nas proteínas respectivas, possíveis códons nos quais estivesse ocorrendo seleção positiva. Foram considerados 15 tipos de proteínas relacionadas à patogênese (PR1-PR15), quanto a 14 modelos diferentes de seleção. Tanto quanto se possa avaliar, não há qualquer estudo disponível na literatura que tenha examinado de maneira homogênea tal número de seqüências de forma tão abrangente. / A total of 210 DNA sequences from 50 species belonging to 32 genera and 12 families was investigated by the maximum likelihood method to identify, in the respective proteins, possible codons in which positive selection would be occurring. Fifteen types of pathogenesis related proteins (PR1 – PR15) were considered in conection with 14 different selection models. As far as can be ascertained, there is no study in the literature which had examined in a homogeneous and comprehensive way such a number of sequences.

Resumo não disponível

Resumo não disponível

Os roedores fossoriais do gênero Ctenomys formam um grande grupo com 56 espécies, sendo os mamíferos dominantes da exploração do nicho subterrâneo neste continente. Apresentam grande variação cariotípica, com o número diplóide variando entre 10 em C. steinbachi a 70 em C. pearsoni. Dentre as espécies observadas no sul do Brasil, C. minutus é a que apresenta a distribuição mais ampla, ocorrendo desde o município de Jaguaruna, em Santa Catarina até São José do Norte no estado do Rio Grande do Sul. Sete números diplóides e oito citótipos eram descritos anteriormente para a espécie, sendo eles: 2n=42, 45, 46a, 46b, 47, 48, 49, 50a, apresentando, inclusive, zonas de hibridação entre 2n=46-48 e 2n=48 e 42. Com o objetivo de caracterizar, descrever e comparar os citótipos encontrados com os demais descritos para a espécie, analisando-os filogeneticamente, uma amostra de 51 espécimes de Ctenomys minutus Nehring,1887, foi coletada ao longo região da Planície Costeira do RS, entre os municípios de Tavares (31°23'S; 51°09'N) e São José do Norte (31°52'S; 51°54'N). Foram definidos cinco pontos de coleta ao longo da área de estudo, sendo os mesmos, distanciados cerca de 20km entre si. O material foi obtido a partir de medula óssea (FORD & HAMERTON, 1956) e analisado por meio das técnicas de coloração convencional, bandamento G (SEABRIGTH, 1971), bandamento C (SUMNER, 1972), NOR (HOWELL & BLACK 1980) e o material de meiose, segundo FORD & EVANS (1959). Para a realização da técnica de FISH, utilizou-se o kit de sondas “todos os telômeros humanos” (ONCOR). A homeologia dos caracteres entre os diversos citótipos foi estabelecida através de bandamento G e C e os caracteres foram definidos conforme MODI (1987) e ORTELLS (1995). Para a análise filogenética utilizou-se o método de “outgroup”, sendo escolhido C. lami como grupo externo, pois, segundo FREITAS (2001) mais antigo em relação a C. minutus A distribuição geográfica da espécie foi ampliada em cerca de 90km, passando o limite sul, do município de Tavares para o município de São José do Norte. Cinco números diplóides e três citótipos foram encontrados, 2n = 46b, 47b, 48b, 49b e 50b, sendo que, apenas 46b era descrito para a espécie. Em todos os citótipos estudados, o par sexual está representado, nos machos, por um cromossomo X submetacêntrico e um cromossomo Y acrocêntrico de tamanho similar ao braço longo de seu par e nas fêmeas, por um par X submetacêntrico. Comparando-se os padrões de bandas G dos cariótipos de C. minutus pode-se notar que 2n=50a, encontrado em Jaguaruna apresenta os cromossomos 20 e 17 e que esses estão fusionados na forma 2n=50b de São José do Norte. O par 2 está fissionado em 2n=50b, sendo que apresenta ainda uma inversão pericentromérica que o transforma em um metacêntrico. Os cromossomos 23 e 19 são mantidos entre as formas e o mesmo acontece entre os cromossomos 22, 24 e 16. Os citótipos 2n=48a e 2n=48b apresentam os mesmos cromossomos, com exceção do braço curto 2p de 2n=48b, que se apresenta na forma metacêntrica. No que se refere aos híbridos, 2n=47b difere de 2n=47a pelo par heterozigoto, formado pelos cromossomos 24 e 16 em 2n=47b e pelo par 2 em 2n=47a. Já em 2n=49a e 2n=49b a diferença não está no par heterozigoto, formado pelos cromossomos 23 e 19, mas sim, no par 2, que encontra-se fusionado em 2n=49a e fissionado com inversão em 2n=49b e nos cromossomos 20 e 17, que encontram-se fissionados em 2n=49a e fusionados em 2n=49b Pouca quantidade de heterocromatina constitutiva foi encontrada no bandamento C dos três citótipos analisados. Somente três autossomos apresentaram um bloco de heterocromatina constitutiva, que ocupou todo o braço curto em 48b e 50b e apenas um autossomo em 46b. Também o cromossomo Y nos machos, independente de seu citótipo, é totalmente positivo. Em relação a NOR, todos os citótipos analisados apresentaram marcação na constrição secundária do braço longo do par marcador. No que se refere à meiose, a aparente ausência de trivalentes em ambos os heterozigotos, aliada ao fato de que, em algumas diacineses, em vez da presença do número esperado de bivalentes mais o trivalente, observar-se um cromossomo a mais, pode indicar a presença de um univalente. A seqüência telomérica foi observada em todas as extremidades dos cromossomos. Não foram observadas bandas teloméricas etópicas em 2n=50b. Em 2n=46b e 48b, a desnaturação das metáfases não possibilitou a análise. Para a análise filogenética, apenas cinco caracteres puderam ser analisados. A árvore de consenso separou os citótipos em três grupos: o mais basal representado apenas por 50a, outro por 46a, 48a e 42 e o terceiro, possuindo as características mais apomórficas, representado por 46b, 48b e 50b. O índice de consistência obtido foi de 0.71 e o índice de retenção foi de 0.75. O caracter 01 (fusão 20/17) foi o principal responsável pela separação de 50a do restante dos citótipos. A formação do grupo basal pode ser explicada pela presença do Rio Araranguá, que atuaria como uma barreira geográfica. Quanto à separação dos outros dois grupos, duas hipóteses puderam ser formuladas. Uma, explicada por fatores extrínsecos e outra por fatores intrínsecos. Como nenhuma barreira geográfica que explique a separação foi encontrada, a explicação alternativa é que os dois rearranjos 02 e 05, que dão suporte a um dos grupos, poderiam ser responsáveis pelo surgimento de uma barreira reprodutiva. Para testar essas duas hipóteses, contudo, mais estudos devem ser realizados. Os achados indicam também a existência de duas novas zonas híbridas para a espécie, com, pelo menos uma delas, resultante de um contato secundário, após regressão do nível do mar e fechamento da ligação existente entre a lagoa dos Patos e o oceano, na feição atualmente denominada de Barra Falsa, na localidade de Bojuru, à cerca de 2.300 anos. Mais coletas devem ser realizadas para confirmar a existência desta zona. / The rodents of the genus Ctenomys form a large group of fifty-six species, being the dominating mammals occupying the subterranean niche in South America. Chromosome polymorphism among species ranges from 2n=10 to 70. Among the species observed in southern Brazil, C. minutus is the one with the widest geographic distribution, inhabiting the sand fields and dunes that extend from Jaguaruna, in the State of Santa Catarina, to São José do Norte, in the state of Rio Grande do Sul. Seven diploid numbers and eight cytotypes were previously described for this species: 2n=42, 45, 46a, 47, 48, 49, 50a, including the existence of hybrid zones between 2n=46 and 48, and 2n=48 and 42. A sample of 51 specimens of Ctenomys minutus Nehring, 1887 was collected along the Coastal Plain of Rio Grande do Sul, between collection points Tavares (31o23’S 51o09’N) and São José do Norte (31o52’S 51o54’N). Five collection points were actually defined along this area, distancing each other by approximately 20km. The geographic distribution of C. minutus was enlarged in 90km from Tavares to São José do Norte in south way. Three cytotypes and five karyotypes were found, 2n = 46b, 47b, 48b, 49b and 50b, four of which, were not described for the specie. The animals were captured with the use of Oneida Victor no 0 traps. Chromosomes were obtained from bone marrow according to FORD and HAMERTON (1956) and analyzed through G (SEABRIGHT, 1971) and C band patterns (SUMNER, 1972). The characterization of nucleolus organizer regions (NOR) was done through techniques, developed by HOWELL and BLACK (1980). For the fluorescence in situ hybridization (FISH), the all-telomeric human probes (ONCOR) were used. The phylogenetic analysis was performed through the outgroup method using the TREE GARDENER 2.2 software, considering C. lami as outgroup, since it is ancient in relation to C. minutus, according to FREITAS (2001). In all the cytotypes studied, the sex pair is represented by a submetacentric X chromosome and an acrocentric Y chromosome sized similarly to its pair’s long arm in the males. In the females, it is represented by a submetacentric X pair. Analyzing the G-band patterns found, and comparing them with those described by FREITAS (1997), it was observed that in cytotypes 50a and 50b, pairs 17 and 20 of the Jaguaruna cytotypes are fused in the São José do Norte karyotype, while pair 2 identified in 2n=50 from Jaguaruna is fissioned in São José do Norte. Cytotype 2n=48b differs from 2n=48a because of the presence of an inversion in chromosome 2p, which transforms it in a metacentric chromosome. Cytotype 47b’s difference from 47a stems from the heterozygote pair, which is formed by a 24/16 rearrangement in the former, and by a 2p/2q rearrangement in latter. 49a and 49b differ not because of the heterozygote pair, but because of the 2p/2q rearrangement, which is fused in 2n=49a and fissioned in 2n=49b, and by rearrangement 20/17 fissioned in 2n=49a and fused in 2n=49b. Constitutive heterochromatin was found in small quantity in the C banding for the three cytotypes analyzed. Only three autosomes presented it, occupying the entire length of the short arm in 2n=48b and 2n=50b and only one autosome in 2n=46b. Chromosome Y in males, independent of its cytotype, also showed positive. The nucleoulus organizer region (NOR) was found to be located in the secondary constriction of the long arm of pair 8. The probe hybridization was found in the telomeric regions of both short and long arms, of all chromosomes in the 2n=50b cytotype. No etopic signs were detected around the centromeres. In both 48b and 46b the desnaturation of the chromosomes did not allow the analysis. For the phylogenetic analysis, only five characters could undergo the analysis. The consense tree separated the karyotypes into three groups: the most basal one being represented only by 50a; 46a, 48a, and 42 formed another one; and the third group, represented by 46b, 48b and 50b, showing more apomorphic characteristics. The consistency index was 0.71 and the retention index, 0.75. Character 1 (fusion 20/17) was the main responsible for the separation of 50a from the remaining karyotypes. The group formed by 46b, 48b, and 50b was found to be supported by two synapomorphys, of character 2 (fusion 2p/2q) and character 05 (presence of heterochromatin in the marker pair). Character 4 (fusion 22/24/16) represented an autapomorphy for its respective cytotypes. The formation of the basal group can be explained by the presence of the Araranguá River, which acts as a geographical barrier. Regarding the other two groups’ separation, two hypotheses could be formulated. The first can be explained by extrinsic factors; the other one could be due to intrinsic factors. As there are no geographic barriers that can account for the separation, the alternative explanation would be that rearrangements 2 and 5, which support one of the groups, could be responsible for the appearance of a reproductive barrier. However, more studies are required for to test of these hypotheses. The present findings also indicate the existence of two possible new hybrid zones for this species – one of them, at least, being the result of a secondary ntact after the regression of the sea level and the closing of a connection between Patos Lagoon and the Atlantic Ocean, called Barra Falsa, in a location called Bojuru, approximately 2,300 years ago. More collects are also required to confirm this.

A população brasileira possui um considerável grau de miscigenação. O objetivo deste trabalho foi verificar a ocorrência de estratificação populacional em um estudo do tipo caso-controle em uma amostra da população de Porto Alegre considerada fenotipicamente de ancestralidade européia. Foram genotipados, por métodos baseados em PCR, 10 marcadores informativos de ancestralidade africana. A comparação das freqüências alélicas não mostrou diferenças significativas em casos e controles, sugerindo ausência de estratificação populacional, embora as estimativas de mistura racial tenham indicado uma baixa introgressão (2 e 6%, respectivamente) de genes africanos nessas amostras. A utilização de um Índice de Ancestralidade Africana (IAA) também indicou que não havia diferenças significantes entre casos e controles. Como esse índice permite a avaliação da mistura racial ao nível individual, foi possível, retirando os indivíduos com valores de IAA maiores do que o descrito na literatura para os portugueses, homogeneizar ainda mais as amostras. Portanto, no presente trabalho propomos a utilização do Índice de Ancestralidade Africana como Método de Controle Genômico em estudos de associação, evitando associações espúrias devido à estratificação populacional. / The Brazilian population has a high degree of admixture. The objective of this investigation was to verify the occurrence of population stratification in a case-control study in a sample from the Porto Alegre population considered phenotipically as of European ancestry. Ten African ancestry informative markers were genotyped by PCR based methods. The allele frequency comparisons did not show statistically significant differences between cases and controls, suggesting an absence of population stratification, although racial admixture estimates showed a low introgression (2 and 6% respectively) of African genes in these samples. The use of an African Ancestry Index (AAI) also did not show significant differences between cases and controls. As this index allow to estimate admixture at the individual level, it was possible to select those individuals with AAI values higher than those described in the literature for Portuguese and drop them from the samples, making cases and controls more homogeneous. Therefore, in the present study we propose the use of the African Ancestry Index as a Genomic Control Method for association studies, avoiding spurious associations due to population stratification.

Orientadora : Profª Drª Vanessa Kava-Cordeiro / Co-orientadora : Profª Drª Chirlei Glienke / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Genética. Defesa: Curitiba, 30/05/2012 / Inclui referências / Área de concentração / Resumo: A citricultura brasileira é responsável por grande parte da produção mundial de citros. Entre as doenças que acometem a produção destaca-se a Mancha Preta dos Citros (MPC). Esta patologia vegetal de difícil controle é provocada pelo fungo Phyllosticta citricarpa (McAlpine) Van der Aa. Apesar de não deteriorar o conteúdo interno, o patógeno induz o aparecimento de lesões na casca do fruto, o que acarreta recusa para o comércio in natura e em casos mais severos promove a queda prematura dos frutos, reduzindo a produtividade. Restrições fitossanitárias impostas pelos países importadores acarretam a rejeição de cargas inteiras de frutos com sintomas, ocasionando grandes prejuízos aos países produtores. Devido aos problemas ambientais e de saúde, muitos fungicidas utilizados na agricultura vem sendo removidos do mercado, o que cria uma necessidade da substituição alternativa destes agroquímicos para o controle de pragas e patógenos. Neste contexto, a utilização de microrganismos no controle biológico e na bioprospecção de produtos naturais aparece como uma ciência promissora. Microrganismos endofíticos tem se destacado pelo crescente número de novos compostos bioativos obtidos a partir do seu estudo. O uso de microrganismos endofíticos isolados de citros com ação antagônica a P. citricarpa possui oportuno potencial na bioprospecção de compostos para o controle da MPC. Fungos endofíticos de citros foram testados em laboratório quanto ao antagonismo à P. citricarpa. De 68 morfotipos isolados, 6 apresentaram-se promissores em teste de cultura pareada. Em teste de metabólitos voláteis, o isolado LGMF1254 apresentou os melhores resultados. Este fungo foi capaz de causar inibição no diâmetro de colônia de P. citricarpa em 60%, pela produção de metabólitos voláteis. Os voláteis deste fungo também inibiram em 100% a formação de picnídios do fitopatógeno em ensaio com folhas cítricas. Em testes com frutos cítricos em condições controladas, os voláteis não inibiram o aparecimento de lesões em frutos oriundos de regiões com alta incidência da doença. Por outro lado, em teste com indução de lesões em frutos cítricos em condições controladas, houve diminuição em 26% no diâmetro médio das lesões de MPC. Tal resultado é de grande importância uma vez que a exposição de frutos pós-colheita a um composto volátil é de fácil operacionalização, especialmente em frutos destinados a exportação. Este é o primeiro relato de um composto volátil produzido por um fungo endofítico de citros com ação antagonista a Phyllosticta citricarpa. Palavras chave: Phyllosticta citricarpa, metabólitos voláteis, Mancha Preta dos Citros, antagonismo / Abstract: The Brazilian citrus industry is responsible for much of the world production of citrus. Among the diseases affecting this production, there is the Citrus Black Spot (CBS). This plant pathology, which is difficult to control, is caused by the fungus Phyllosticta citricarpa (McAlpine) Van der Aa. Although there is no damage in the internal contents, the pathogen induces the appearance of lesions on the fruit skin, which leads to refusal to trade in natura, and in severe cases promotes the premature fall of fruit, reducing productivity. Phytosanitary restrictions imposed by importing countries lead to the rejection of entire loads of fruit with symptoms, causing great losses to producing countries. Due to environmental and health problems, many fungicides used in agriculture have been removed from the market, which generates a necessity of alternative replacement of chemicals to control pests and pathogens. In this context, the use of microorganisms for the biological control and biopanning of natural products appears as a promising science. Endophytic microorganisms have been highlighted by the growing number of new bioactive compounds obtained from these studies. The use of endophytic microorganisms isolated from citrus with antagonistic action against P. citricarpa has appropriate potential of biopanning of the compounds for the control of the CBS. Endophytic fungi isolated from citrus were tested in the laboratory on the antagonism to P. citricarpa. Of 68 endophytic fungi isolated from citrus, 6 showed to be promising in paired culture test. In test of volatile metabolites, the isolate LGMF1254 showed the best results. This fungus was able to cause inhibition in colony diameter of P. citricarpa by 60%, by the production of volatile metabolites. The volatiles of this fungus also inhibited by 100% the formation of pycnidia of the pathogen in citrus leaves essays. In tests with citrus fruit under controlled conditions, the volatiles did not inhibit the appearance of lesions on fruit from regions with high incidence of the disease. On the other hand, in test with lesion induction in citrus under controlled conditions there was 26% decrease of mean diameter of lesions of the CBS. This result is of great importance, since the exposure of postharvest the volatile compound is an easy operation, particularly in fruit intended for export. This is the first report of an endophytic fungal volatile compound with the antagonist action against Phyllosticta citricarpa. Keywords: Phyllosticta citricarpa, volatile compounds, Citrus Black Spot, antagonism

Orientadora : Profª Drª Lupe Furtado Alle / Tese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Genética. Defesa: Curitiba, 19/03/2015 / Inclui referências / Área de concentração / Resumo: A síndrome metabólica (SMet) compreende vários distúrbios endócrinos cujas vias contribuem para o aparecimento de doenças cardiovasculares (primeira causa de morte no mundo), o que a torna alvo de pesquisas e políticas de saúde pública. Identificar seus fatores de suscetibilidade é importante para a melhor compreensão da doença, possibilitando assim a aplicação de medidas de prevenção e tratamento mais eficientes. Por se tratar de uma doença complexa, são muitos os contribuintes para sua ocorrência, dentre estes, os fatores genéticos, que ganham destaque dadas as significativas taxas de recorrência familial da mesma. O presente trabalho analisou a influência de oito SNPs (single nucleotide polymorphism), localizados em genes cujos produtos participam de vias do metabolismo energético (ADIPOQ, ADBR2, ADBR3, GHRL, HSD11B1, PLIN4), sobre componentes isolados da SMet, compostos por parâmetros antropométricos (índice de massa corporal (IMC), razão cintura estatura, composição corporal), bioquímicos (glicemia em jejum, insulina, HDL-C, LDL-C, TG, CT, adiponectina), e de imagem (espessura da camada de gordura visceral, espessura médio intimal da carótida), em uma amostra populacional, aparentemente saudável de trabalhadores da Universidade Federal do Paraná. As medidas antropométricas, bioquímicas e de imagem foram obtidas por métodos padronizados e seguindo protocolos adequados. Os SNPs foram genotipados pelo ensaio de discriminação alélica TaqMan (Applied Biosystems). As análises estatísticas incluíram a contagem direta dos genótipos, cálculo de frequência alélica, comparação de médias (parâmetros com distribuição paramétrica foram comparados por teste T, enquanto dados com distribuição não paramétrica foram comparados por teste Mann Whitney), análise de regressão múltipla e correlação de Spearman. Todos os SNPs investigados apresentaram associação com componentes isolados da SMet. Os parâmetros bioquímicos: LDL-C e CT apresentaram associação com o polimorfismo 276G>T do gene ADIPOQ exclusivamente em homens; enquanto que o polimorfismo rs8887 do gene PLIN4 apresentou associação com estes mesmos parâmetros somente em mulheres, sendo que em homens este mesmo SNP foi associado aos níveis de TG. A glicemia foi associada ao polimorfismo rs12086634 do gene HSD11B1, e ao polimorfismo Arg16Argdo gene ADBR2 somente entre as mulheres que compuseram o estudo, enquanto que entre os homens este parâmetro bioquímico foi associado ao polimorfismo Gln27Glu também do gene ADBR2. Os níveis de HDL-C foram associados ao polimorfismo rs846910 do gene HSD11B1 entre as mulheres, enquanto que este mesmo parâmetro foi associado ao polimorfismo Trp64Trp do gene ADBR3 em homens. Entre os fatores antropométricos e de imagem analisados, os níveis massa magra e IMC foram influenciados pelo polimorfismo Arg16Argdo gene ADBR2 apenas nas mulheres, enquanto que a variação Gln27Glu do mesmo gene foi associada à espessura médio intimal da carótida em ambos os sexos. O polimorfismo Trp64Trp do gene ADBR3 foi associado à espessura médio intimal da carótida somente em homens. O polimorfismo L72M do gene GHRL não apresentou associação dependente de gênero, sendo associado aos níveis de HDLC na amostra geral. Verificamos que as associações entre os parâmetros de risco que compõem a SMet e os SNPs investigados foram marcadamente dependentes do gênero, sendo que estudos futuros são necessários para avaliar a possível influência dos hormônios sexuais na modulação das relações observadas. Palavras chave: Síndrome metabólica, parâmetros antropométricos, parâmetros bioquímicos, parâmetros de imagem, polimorfismos genéticos, associação, gênero. / Abstract: Metabolic syndrome (MetS) comprises several endocrine disorders that contribute to the onset of cardiovascular disease (the leading cause of death in the world), making it the subject of research and public health policies. Identifying your susceptibility factors is important for a better understanding of the disease, thus enabling the implementation of prevention measures and treatment more effective. Because it is a complex disease, many factors contribute to its development, among them, the genetic factors that are highlighted given the significant familial recurrence rates. This study examined the influence of eight SNPs (single nucleotide polymorphism), located in genes whose products participate in energy metabolism pathways (ADIPOQ, ADRB2, ADRB3, GHRL, HSD11B1, PLIN4) on MetS individual components, composed of anthropometric parameters (body mass index (BMI), waist height ratio, body composition), biochemical (fasting glucose, insulin, HDL-C, LDL-C, TG, TC, adiponectin), and image (thickness of visceral fat layer, mean intimal thickness of the carotid), in a population sample, workers apparently healthy of the Federal University of Paraná. The anthropometric, biochemical, and imaging measures were obtained by standard methods, following appropriate protocols. SNPs were genotyped by TaqMan allelic discrimination assay (Applied Biosystems). The statistical analysis included the direct counting of genotypes, allele frequency calculation, comparison of means (parameters with parametric distribution were compared by t test, while data with non-parametric distribution were compared by Mann Whitney test), multiple regression analysis and Spearman correlation. All investigated SNPs were associated with isolates MetS components. The biochemical parameters: LDL-C and TC were associated with the ADIPOQ 276G>T polymorphism exclusively in men; while the PLIN4 rs8887 polymorphism was associated with the same parameters only in women, and in men this SNP was associated with TG levels. Blood glucose was associated with the HSD11B1 rs12086634 polymorphism and the ADRB2 Arg16Arg polymorphism, only among women who composed the study. Among men this biochemical parameter was associated with ADRB2 Gln27Glu polymorphism. HDL-C levels were associated with HSD11B1 rs846910 polymorphism among women, while the same parameter was associated with ADRB3 Trp64Trp polymorphism in men. Between anthropometric and image factors analyzed, the lean mass and BMI were influenced by ADRB2 Arg16Arg polymorphism only in women, while the Gln27Glu variation of the same gene was associated with carotid artery intima-media thickness in both sexes. The ADRB3 Trp64Trp polymorphism was associated with carotid artery intima-media thickness in men only. The GHRL L72M polymorphism showed no gender dependent association, being associated with HDL-C levels in the general sample. The associations between the MetS risk parameters and the investigated SNPs were markedly gender dependent. Future studies are needed to evaluate the possible sex hormone influence on the modulation of the observed relationships. Key words: Metabolic syndrome, anthropometric, biochemical, imaging parameters, genetic polymorphisms, association, gender.

Orientador : Prof. Dr. Tales Renato O. de Freitas / Co-orientadora : Profª Drª Iris Hass / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Genética. Defesa: Curitiba, 27/03/2015 / Inclui referências / Área de concentração / Resumo: O gênero Oxymycterus possui uma taxonomia bastante confusa, sendo relativamente mal entendido os reais limites entre as espécies, suas relações filogenéticas, distribuição e história natural. Algumas de suas espécies possuem ampla distribuição geográfica, ocorrendo em mais de uma formação fitofisionômica ou em mesmos biomas, geralmente em simpatria com congêneres de "distribuição restrita". Neste contexto, o presente estudo teve por objetivo investigar a variabilidade haplotípica de gênero Oxymycterus no Brasil Meridional (Estados do PR, SC e RS), através do sequenciamento do gene mitocondrial citocromo b (cyt b) de 181 espécimes, utilizando também sequencias disponíveis em banco de dados públicos (Genbank) como referencia, com o intuito de investigar as potenciais espécies existentes na Região Sul. Apesar de a literatura relatar quatro táxons para o Sul do Brasil, a análise filogenética Bayesiana revelou a existência predominante de duas espécies na região (O. nasutus e O. aff. quaestor) e a inédita extensão de ocorrência de um táxon cuja distribuição na Mata Atlântica restringia-se até então a região Sudeste (O. dasytrichus). A inferência Bayesiana também revelou possíveis erros de informações depositadas em banco de dados, levando a conflitos de identificação de uma amostra entre O. delator e O. amazonicus, e identificando potencialmente uma espécie nova registrada para regiões de Cerrado no Oeste do Estado do Paraná. Ainda de acordo com os resultados obtidos, O. nasutus e o "O. quaestor'' são linhagens com marcada estruturação interna. Oxymycterus nasutus formou clados distintos, dentre eles, dois grupos exclusivos que pertencem ao Planalto Meridional e a Planície Costeira/RS. A linhagem de O. quaestor possui distribuição somente no Planalto Meridional, e também apresentou marcada divisão em dois clados, indicando a possível existência de espécies crípticas dentro deste grupo, cuja divergência genética superou a média interespecífica do gênero (> 6%). Essa informação é forte evidência de uma potencial espécie nova no Sul do Brasil, que ainda necessita revisão de caracteres morfológicos comparativos às demais linhagens próximas para robusta definição. Palavras-Chave: Akodontini, Citocromo b, Filogenia Molecular, Sequenciamento / Abstract: Quite confusing taxonomy, being relatively misunderstood over the limits between species, phylogenetic relationships, and the natural history and distribution of the group, some species of Oxymycterus have wide geographical distribution, occurring in more than one phytophysiognomic training or same biomes, usually with sympatric congeners "restricted distribution". In this context, the present study aimed to investigate the haplotype variability Oxymycterus kind in southern Brazil (PR, SC and RS states), by sequencing the mitochondrial cytochrome b gene (cyt b) of 181 specimens, also using sequences available in public database (Genbank) as a reference, in order to investigate the potential species existing in the South. Although the literature report four taxa for the South Brazil, the Bayesian phylogenetic analysis revealed the existence of two predominant species in the region (O. nasutus and O. aff. quaestor) and the unprecedented extent of occurrence of a taxon whose distribution in the Atlantic Forest was restricted so far to Southeast (O. dasytrichus). The Bayesian inference also revealed possible error information deposited in the database, leading conflicts to identifying a sample of between O. delator and O. amazonicus, and potentially identifying a new recorded species to savannah regions in the west of Paraná. Also according to the results obtained, O. nasutus and "O. quaestor'' are markedly lines with internal structure. Oxymycterus nasutus formed distinct clades, including two exclusive groups belonging to the Southern Plateau and the Coastal Plain. The strain of O. quaestor has distribution only in the southern Plateau, and also showed marked division into two clades, indicating the possible existence of cryptic species within this group, whose genetic divergence exceeded interspecific average gender (> 6%). This information is strong evidence of a potential new species in southern Brazil, which still requires review of comparative morphological characters of other lineages to allow robust species definition. Keywords: Akodontini, Cytochrome b, molecular phylogeny, Sequencing.