Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, 2008. / Submitted by Raquel Viana (tempestade_b@hotmail.com) on 2009-11-05T20:14:13Z No. of bitstreams: 1 2008_BrianaCardosoFerreira.pdf: 1726853 bytes, checksum: 79af1e6efd638a8c867fcfa532c05c27 (MD5) / Approved for entry into archive by Marília Freitas(marilia@bce.unb.br) on 2009-12-08T11:41:03Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2008_BrianaCardosoFerreira.pdf: 1726853 bytes, checksum: 79af1e6efd638a8c867fcfa532c05c27 (MD5) / Made available in DSpace on 2009-12-08T11:41:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2008_BrianaCardosoFerreira.pdf: 1726853 bytes, checksum: 79af1e6efd638a8c867fcfa532c05c27 (MD5) Previous issue date: 2008-07-28 / Os baculovirus são vírus patogênicos a insetos, principalmente aos da ordem Lepidoptera. É comum o aparecimento de mutantes defectivos em populações de campo, com ausência de genes essenciais, que são mantidos pela co-infecção de células por diferentes genótipos virais. Esses genótipos quando purificados podem perder a capacidade de infectar a larva hospedeira, devido a deleções em genes pif (per os infectivity factor), essenciais para a infecção por via oral. Sabe-se que as proteínas PIF estão associadas ao envelope da partícula ODV, necessária para o estabelecimento da infecção primária no inseto. O genoma do Anticarsia gemmatalis multiple nucleopolyhedrovirus (AgMNPV) foi recentemente seqüenciado sendo então relatada a presença dos genes pif-1 e pif-2 no vírus. Neste trabalho, genótipos de AgMNPV derivados do isolado de campo AgMNPV-79 foram selecionados e, através de análise de perfil de restrição do DNA viral, foi confirmada a existência de variantes genotípicos na população. Para a investigação da possível presença de mutantes defectivos, amplificações das regiões de pif-1 e pif-2 por PCR foram realizadas em cada variante sendo que todos os clones da população apresentaram amplificações dos dois genes. Todos os clones mostraram-se altamente infecciosos por ingestão oral, porém o genótipo Ag79-01 apresentou maior virulência entre eles. A presença de um terceiro gene pif (pif-3) foi identificada recentemente no genoma do Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (AcMNPV). Da mesma forma, esse gene é também essencial para o estabelecimento da infecção primária por via oral. Por análise de BLAST o gene foi então identificado como a ORF 114 do genoma do vírus AgMNPV, a qual apresentou uma identidade de aminoácidos de 67% com a ORF do vírus AcMNPV. Com base nessa informação, primers para o gene pif-3 foram desenhados e amostras de DNA dos diferentes genótipos virais foram submetidas a amplificações por PCR. Novamente todos os clones virais apresentaram amplificação de um fragmento correspondente à região de pif-3. Uma vez que os genes pif estavam presentes em todos os variantes genotípicos analisados, foi elaborada uma estratégia para a construção de um vírus recombinante com deleção do gene pif-1, visando o estudo de seu papel na infecção oral do inseto. O vírus recombinante vAgGFP?pif-1, obtido por recombinação homóloga, teve o gene pif-1 substituído por um cassete gênico contendo um gene repórter (gfp) sob comando do promotor constitutivo hsp70. Esse vírus foi selecionado a partir da visualização de células infectadas emitindo fluorescência, devido à expressão da proteína GFP. O vírus vAgGFP?pif-1 encontra-se sob processo de purificação.

Submitted by Geyciane Santos (geyciane_thamires@hotmail.com) on 2015-07-03T15:08:24Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Marcos César Fernandes Pessoa.pdf: 6006738 bytes, checksum: 6bf14f8b1d3cb3d2908ac7e37e22c668 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-13T15:51:34Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Marcos César Fernandes Pessoa.pdf: 6006738 bytes, checksum: 6bf14f8b1d3cb3d2908ac7e37e22c668 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-13T15:56:30Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Marcos César Fernandes Pessoa.pdf: 6006738 bytes, checksum: 6bf14f8b1d3cb3d2908ac7e37e22c668 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-13T15:56:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Marcos César Fernandes Pessoa.pdf: 6006738 bytes, checksum: 6bf14f8b1d3cb3d2908ac7e37e22c668 (MD5) Previous issue date: 2009-07-15 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Bacillus thuringiensis is a Gram-positive bacterium commonly used in the tropical disease vectors and agriculture pragues control. Despite of its use both agriculture and human health, this bacterium can be enterotoxins producer that are also present in a few Bacillus cereus strains, emphasizing the non-haemolytic enterotoxin (NHE), haemolysin BL (HBL) and enterotoxin T (BceT) that have been related to food poisoning outbreaks reported in the literature. Thereby, this work had as a purpose to identify and to realize a genotypic characterization of these enterotoxins in one hundred B. thuringiensis strains isolated in the Amazon State, as well as to achieve the sequencing of these enterotoxin genes starting from the product of Polymerase Chain Reaction (PCR). The prevalence of these enterotoxin genes in B. thuringiensis strains by PCR method was relatively high, of which the results for the seven genes researched (bceT, hblA, hblD, hblC, nheA, nheB and nheC) showed different between themselves. By the genotypic profile were determined 27 groups and was evidenciated that 41% of the strains were positives for all the enterotoxin genes, whereas 3% were negatives for all the genes studied.. The analysis of the nucleotides and amino acids sequences of the Amazonian B. thuringiensis strains identified similarities with the nucleotides and amino acids sequences that are deposited in the GenBank and EMBL databases. / Bacillus thuringiensis é uma bactéria Gram-positiva comumente utilizada no controle de vetores de doenças tropicais e pragas da agricultura. Apesar de seu uso tanto na agricultura quanto em saúde humana, esta bactéria pode ser produtora de enterotoxinas que estão presentes também em algumas linhagens de Bacillus cereus, destacando-se a enterotoxina não-hemolítica (NHE), a hemolisina BL (HBL) e a enterotoxina T (BceT), que têm sido relacionadas a surtos de intoxicação alimentar relatados na literatura. Em vista disso, este trabalho teve como objetivo identificar e caracterizar genotipicamente estas enterotoxinas em 100 linhagens de B. thuringiensis isoladas no Estado do Amazonas, bem como realizar o seqüenciamento destes genes de enterotoxinas a partir do produto da Reação em Cadeia de Polimerase (PCR). A prevalência dos genes destas enterotoxinas nas estirpes de B. thuringiensis pelo método de PCR foi relativamente alta, cujos resultados para os sete genes pesquisados (bceT, hblA, hblD, hblC, nheA, nheB e nheC) mostraram-se distintos entre si. Pelo perfil genotípico foram determinados 27 grupos e ficou evidenciado que 41% das linhagens deram positivas para todos os genes de enterotoxinas, enquanto que 3% foram negativas para todos os genes estudados. A análise das sequências de nucleotídeos e de aminoácidos das linhagens de B. thuringiensis amazônicas identificou similaridades com as sequências de nucleotídeos e aminoácidos que estão depositadas no banco de dados do GenBank/EMBL.

Submitted by Fabio Sobreira Campos da Costa (fabio.sobreira@ufpe.br) on 2016-03-16T15:28:47Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) RogerioSantosRosa_Tese.pdf: 1740026 bytes, checksum: aa346f64c34419c4b83269ccb99ade6a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-16T15:28:48Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) RogerioSantosRosa_Tese.pdf: 1740026 bytes, checksum: aa346f64c34419c4b83269ccb99ade6a (MD5) Previous issue date: 2015-03-12 / Haplotype information has a central role in the understanding and diagnosis of certain illnesses, and also for evolution studies. Since that type of information is hard to obtain directly, computational methods to infer haplotype from genotype data have received great attention from the computational biology community. Unfortunately, haplotype inference is a very hard computational biology problem and the existing methods can only partially identify correct solutions. I present neural network models that use different properties of the data to predict when a method is more prone to make errors. I construct models for three different Haplotype Inference approaches and I show that our models are accurate and statistically relevant. The results of our experiments offer valuable insights on the performance of those methods, opening opportunity for a combination of strategies or improvement of individual approaches. I formally demonstrate that Linkage Disequilibrium (LD) and heterozygosity are very strong indicators of Switch Error tendency for four methods studied, and I delineate scenarios based on LD measures, that reveal a higher or smaller propension of the HI methods to present inference errors, so the correlation between LD and the occurrence of errors varies among regions along the genotypes. I present evidence that considering windows of length 10, immediately to the left of a SNP (upstream region), and eliminating the non-informative SNPs through Fisher’s Test leads to a more suitable correlation between LD and Inference Errors. I apply Multiple Linear Regression to explore the relevance of several biologically meaningful properties of the genotype sequences for the accuracy of the haplotype inference results, developing models for two databases (considering only Humans) and using two error metrics. The accuracy of our results and the stability of our proposed models are supported by statistical evidence. / Haplótipos têm um papel central na compreensão e diagnóstico de determinadas doenças e também para estudos de evolução. Este tipo de informação é difícil de obter diretamente, diante disto, métodos computacionais para inferir haplótipos a partir de dados genotípicos têm recebido grande atenção da comunidade de biologia computacional. Infelizmente, a Inferência de Halótipos é um problema difícil e os métodos existentes só podem predizer parcialmente soluções corretas. Foram desenvolvidos modelos de redes neurais que utilizam diferentes propriedades dos dados para prever quando um método é mais propenso a cometer erros. Foram calibrados modelos para três abordagens de Inferência de Haplótipos diferentes e os resultados validados estatisticamente. Os resultados dos experimentos oferecem informações valiosas sobre o desempenho e comportamento desses métodos, gerando condições para o desenvolvimento de estratégias de combinação de diferentes soluções ou melhoria das abordagens individuais. Foi demonstrado que Desequilíbrio de Ligação (LD) e heterozigosidade são fortes indicadores de tendência de erro, desta forma foram delineados cenários com base em medidas de LD, que revelam quando um método tem maior ou menor propensão de cometer erros. Foi identificado que utilizando janelas de 10 SNPs (polimorfismo de um único nucleotídeo), imediatamente a montante, e eliminando os SNPs não informativos pelo Teste de Fisher leva-se a uma correlação mais adequada entre LD e a ocorrência de erros. Por fim, foi aplicada análise de Regressão Linear para explorar a relevância de várias propriedades biologicamente significativas das sequências de genótipos para a precisão dos resultados de Inferência de Haplótipos, estimou-se modelos para duas bases de dados (considerando apenas humanos) utilizando duas métricas de erro. A precisão dos resultados e a estabilidade dos modelos propostos foram validadas por testes estatísticos.