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Wechselwirkung halophiler Mikroorganismen mit Radionukliden

Bader, Miriam 08 May 2018 (has links)
Im Rahmen dieser Arbeit wurde die Wechselwirkung von halophilen Mikroorganismen mit Uran unter Verwendung verschiedener spektroskopischer, mikroskopischer und molekularbiologischer Methoden untersucht. Ausgewählte Vertreter halophiler Mikroorganismen waren dabei das moderat halophile Bakterium Brachybacterium sp. G1 sowie zwei extrem halophile Archaea der Gattung Halobacterium. Für das extrem halophile Archaeon H. noricense DSM15987T wurde auch die Wechselwirkung mit den trivalenten Metallionen Europium und Curium untersucht. Es konnte festgestellt werden, dass die Bioassoziation von Uran durch das untersuchte Bakterium und die beiden Archaea in unterschiedlicher Art und Weise erfolgte. Für den niedrigeren Urankonzentrationsbereich (30 - 50 μM) konnte für das moderat halophile Bakterium der Prozess der Biosorption nachgewiesen werden, welcher nach 2 h abgeschlossen war. Mittels in situ ATR FT-IR war ausschließlich die Anbindung von Uran an Carboxylgruppen detektierbar. Die Assoziation desselben Radionuklids an die Zellen der beiden extrem halophilen Archaea erfolgte im Gegensatz dazu in einem mehrstufigen Prozess. Dieser ist bisher in der Literatur nach bestem Wissen nur einmal für ein Bakterium beschrieben. Der mehrstufige Prozess ist gekennzeichnet durch eine erste kurze Assoziationsphase von einer Stunde, gefolgt von einer Freisetzung des Urans in die umgebende Lösung. Nach dieser vierstündigen Desorptionsphase setzte ein erneuter Assoziationsprozess ein. Bei höheren Urankonzentrationen (85 - 100 μM) wurde mit zunehmender Kontaktzeit mehr Uran assoziiert, ohne dass Desorptionsprozesse erkennbar waren. Um den mehrstufigen und konzentrationsabhängigen Assoziationsprozess von Uran an H. noricense DSM15987T auf molekularer Ebene aufzuklären, wurden Fluoreszenzmikroskopie, Elektronenmikroskopie gekoppelt mit EDX – Analyse sowie in situ ATR FT-IR, TRLFS und XAS komplementär eingesetzt und diese mikroskopischen und spektroskopischen Methoden durch die molekularbiologische Methode der Proteomik ergänzt. Mikroskopisch konnte eine Agglomeration der Zellen detektiert werden. Diese war mit zunehmender Inkubationszeit sowie bei höherer Urankonzentration stärker ausgeprägt. Mit den spektroskopischen Methoden konnte die Anbindung von Uran an carboxylische Funktionalitäten nachgewiesen werden. Zusätzlich war eine Phosphatspezies, strukturell analog dem U(VI) Mineral Meta-Autunit, nachweisbar. Die Fraktionsanalyse zeigt, dass bei niedriger Urankonzentration diese Phosphatspezies dominant ist. Demgegenüber überwiegt bei einer höheren Urankonzentration die carboxylische Spezies. Dies kann mit der verstärkten Agglomeration und der damit einhergehenden Freisetzung von EPS, wozu auch carboxylische Funktionalitäten in Form von verschiedenen Zuckerderivaten gehören, erklärt werden. Eine Bestätigung der Bildung eines Uran-Phosphat-Minerals erfolgte mit TEM/EDX. Die erhaltenen spektroskopischen und mikroskopischen Nachweise des Uran-Phosphat-Minerals konnten auch erstmalig mit molekularbiologischen Ergebnissen in Übereinstimmung gebracht werden. Dabei war mit Hilfe der Proteomik eine Uran-induzierte Änderung der Expression von Enzymen des Phosphatmetabolismus nachweisbar. Zusätzlich wurde die Interaktion von H. noricense DSM15987T mit trivalenten Metallen untersucht. Dabei kam das radioaktive Element Curium und sein analoges Lanthanid Europium zum Einsatz. Es konnte festgestellt werden, dass es sich bei der Assoziation von Europium, anders als beim Uran, nicht um einen mehrstufigen Prozess handelt. Jedoch ist auch hier nicht von einer reinen Biosorption auszugehen, da die Assoziation relativ langsam erfolgt. Mit TRLFS konnten drei zellassoziierte Spezies extrahiert werden. Durch den Vergleich mit Referenzspektren fand eine Zuordnung zu einer phosphatischen und einer carboxylischen Spezies statt. Bei der Assoziation von Curium an das halophile Archaeon konnten zwei Spezies identifiziert werden, welche allerdings auf Grund der geringen Anzahl an vorhandenen Referenzspektren nicht eindeutig zugeordnet werden konnte. Mit der vorliegenden Arbeit konnte gezeigt werden, dass die bisher in der Literatur noch nicht beschriebene Kombination von spektroskopischen, mikroskopischen und molekularbiologischen Methoden zur Aufklärung der Uraninteraktion mit Mikroorganismen notwendig ist. So können stattfindende Prozesse zusätzlich durch eine veränderte Proteinexpression erklärt werden. Zusammenfassend ist zu sagen, dass die Art und Weise der Wechselwirkung eines Radionuklids mit einem Mikroorganismus stark vom jeweiligen Mikroorganismus abhängt. Daher ist es zukünftig wichtig die unter Endlagerbedingungen aktiven dominanten Vertreter zu identifizieren, um daraus resultierend die bedeutenden Stoffwechselwege abzuleiten und letztendlich thermodynamische Daten für die Sicherheitsanalyse zu generieren. Das in dieser Arbeit untersuchte Bakterium wird aufgrund seiner geringen Salztoleranz, trotz seiner starken Biosorption des Urans, eher eine untergeordnete Rolle für das Migrationsverhalten der Radionuklide im Salzgestein spielen. Demgegenüber sind Halobacterium Spezies auf Grund ihrer hohen Salztoleranz und ihres ubiquitären Vorkommens in weltweiten Salzvorkommen ein dominanter Mikroorganismus in Steinsalz. Die untersuchten extrem halophilen Archaea tragen dabei zu einer Immobilisierung des Urans (z. Bsp. durch Biomineralisierung und Bioreduktion) und somit zur Rückhaltung von im Salzgestein freigesetzten Radionukliden bei. Inwiefern diese Transformationsprozesse auch für andere sechswertige Actinide wie PuO22+ und NpO22+ zutreffen, muss in weiteren Experimenten geklärt werden.
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Transcriptional regulation and physiological importance of the kdp-system from the halophilic archaeon Halobacterium salinarum

Kixmüller, Dorthe 03 April 2012 (has links)
The high affinity, ATP-dependent K+ uptake system KdpFABC of Halobacterium salinarum, is highly induced under K+ limitation. In contrast to the well-characterized Kdp system in Escherichia coli, in which the kdpFABC genes are transcriptionally regulated by the sensor kinase/response regulator system KdpD/KdpE, transcriptional regulation of the kdp genes in H. salinarum was unknown due to the absence of halobacterial homologues of KdpD/KdpE. Furthermore, the physiological relevance of the KdpFABC K+ uptake system of H. salinarum was puzzling, since hypersaline habitats usually comprise K+ concentrations which do not induce kdp expression. In order to analyze the regulation of kdp gene expression, it was essential to gain information about the transcriptional unit(s) involved. Northern blotting, primer extension analysis and real-time RT-PCR revealed the presence of a polycistronic leaderless kdpFABCQ transcript with a putative kdp terminator or at least a potential mRNA processing site downstream of kdpQ. Furthermore, promoter truncation studies verified the so far only predicted basal transcription elements together with an upstream-located operator sequence. Since deletions of this putative operator sequence did not lead to a constitutive expression, a further component has to be involved in the regulation of the kdpFABCQ genes. However, truncation and scanning mutagenesis analyses of the kdp promoter as well as translational fusions of a halophilic beta-galactosidase to the kdp promoter excluded an additional regulatory element up- or downstream of the basal transcription elements and in the kdp-coding region. These results lead to speculations of multiple basal transcription factors to be involved. Furthermore, an inducible expression vector (shuttle vector) was constructed based on the promoter of the kdpFABCQ operon due to its, K+-sensitive features. Inducible expression systems are yet not available for H. salinarum. The resulting, replicating vector pKIX is functional and enables a K+-dependent expression from the kdp promoter with rather high induction ratios of 50-fold. Expression levels could further be improved by plasmid- and additional chromosomally encoded kdpQ and mutations generated in the kdp promoter. Since transcript levels from pKIX were found to be independent of differential target genes, the general application of pKIX as an inducible expression system is strongly supported and pKIX could, thus, be made accessible to the scientific community. To decipher the physiological relevance of the halobacterial Kdp system, H. salinarum was encountered to desiccation stress and salt crystal (halite) entombment. Halite crystals grown under non-inducing K+ concentrations with entombed strains of H. salinarum and H. salinarum deleted in the kdpFABCQ genes revealed a significantly reduced survival rate of the deletion strain upon recultivation. Additionally, a kdpFABCQ-inducing desiccation stress could already be determined on agar plates under non-limiting K+ concentrations. Furthermore, the cell morphology of H. salinarum entrapped in halite crystals resembled that of H. salinarum grown under K+-limiting conditions. Therefore, the Kdp system promotes survival of H. salinarum under desiccation stress. Furthermore, the Kdp system could be identified as at least one of the systems important for long-term survival of H. salinarum in halite.

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