SILVA, Lilianne Brito da. Caracterização clínica, hematológica e molecular dos pacientes com anemia falciforme em Fortaleza, Ceará. 2009. 75 f. Dissertação (Mestrado em Patologia) - Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina, Fortaleza, 2009. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2011-12-21T15:55:40Z No. of bitstreams: 1 2009_dis_lbsilva.pdf: 1279336 bytes, checksum: 99b7beb606dc53352dd46882758c40db (MD5) / Approved for entry into archive by Eliene Nascimento(elienegvn@hotmail.com) on 2012-02-02T16:15:37Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_dis_lbsilva.pdf: 1279336 bytes, checksum: 99b7beb606dc53352dd46882758c40db (MD5) / Made available in DSpace on 2012-02-02T16:15:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_dis_lbsilva.pdf: 1279336 bytes, checksum: 99b7beb606dc53352dd46882758c40db (MD5) Previous issue date: 2009 / Introduction: The sickle cell anemia is the result of a point mutation in the β-globin gene, leading to a substitution of glutamic acid by valine at the sixth position of the polypeptide chain. The sickle cell anemia presents heterogeneous clinical manifestations, which may be related to the type of haplotype associated with the gene for HbS and HbF levels. Objective: Clinical characterization, molecular and haematological patients with sickle cell anemia in Fortaleza, Ceará. Methods: We analyzed 47 patients with sickle cell anemia, adults of both sexes. The determination of hematological values was performed on blood cells automated meter; the determination of the presence of HbSS was performed by alkaline hemoglobin electrophoresis on cellulose acetate tapes and by differentiation electrophoresis on agar-phosphate pH 6.2; the levels of HbF were determined by alkali denaturation technique; and the analysis of the haplotypes of the ßS mutation was done by polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP). Statistical analysis was developed in the program GraphPad Prism (version 5.0) and the level of significance was set p <0.05. Results: The distribution of the haplotypes of βS-globin gene - 63% of the Bantu type, 25% of the Benin type and 12% atypical – was in conformity with that observed for the entire Brazilian population, in which the Bantu haplotype is most prevalent, followed by the Benin and Senegal. There was no significant difference between the results found in this study and those found for the cities of Rio de Janeiro, Porto Alegre, Campinas and Ribeirão Preto; but there was a significant difference with the results obtained for the cities of Salvador and Belém and the state of Amazonas, and by other researchers in Ceará. The distribution of haplotype frequencies of the βS-globin gene in the different studies is in line with the history of the formation of the Brazilian population, except for the results of a previous study carried out in Ceará, in which the Benin haplotype was found to be most prevalent. According to the historical information on the origins of the slave population brought to Ceará, the Bantu haplotype should be the most prevalent. In the comparison between the haplotypes and the haematological characteristics studied, only the values of HbF and Ht showed statistically significant difference. The levels of HbF were higher in the Benin haplotype, followed by the Bantu haplotype, which is in accordance with the literature. Was demonstrated greater presence of painful episodes and episodes of pneumonia in Benin haplotype/Atypical haplotype than in Bantu/Atypical and increased presence of urinary infection crises in Benin haplotype/Atypical haplotype than in Benin/Benin. There was no statistically significant difference between the haplotypes Bantu/Bantu and Benin/Benin for clinical complications, however it was observed that the haplotype Bantu/Bantu has a higher frequency in all studied clinical events when compared to Benin/Benin. Among the results was shown a trend of fewer patients with painful episodes and of leg ulcers with increased levels of HbF. There was no statistically significant difference in the comparison between the levels of HbF and the values of red blood cells, hemoglobin, hematocrit, leukocytes and platelets. Conclusions: The determination of haplotypes of sickle cell anemia is of great importance not only for monitoring and prognosis of patients, but also as a tool for anthropological studies which help in clarifying the origin of Africans who have contributed so much in training ethnological, economic, cultural and social Brazil. / Introdução: A anemia falciforme é o resultado de uma mutação pontual (GAGGTG) no códon do gene da globina β, conduzindo a uma substituição de ácido glutâmico por valina na sexta posição da cadeia polipeptídica. A anemia falciforme apresenta manifestações clínicas heterogêneas, que podem ser relacionadas ao tipo de haplótipo associado ao gene da HbS e aos níveis de HbF. Objetivo: Caracterização clínica, hematológica e molecular dos pacientes com anemia falciforme em Fortaleza, Ceará. Metodologia: Foram analisados 47 pacientes com anemia falciforme, adultos e de ambos os sexos. A determinação dos valores hematológicos foi realizada em contador automático de células sangüíneas; a determinação da presença de HbSS foi realizada por eletroforese em pH alcalino em fitas de acetato de celulose e por eletroforese de diferenciação em Ágar-fostato pH 6.2; os níveis de HbF foram determinados pela técnica da desnaturação alcalina; e a análise dos haplótipos da mutação ßS foi realizada por meio da técnica da reação em cadeia mediada pela polimerase para polimorfismo dos comprimentos dos fragmentos de restrição (PCR-RFLP). As análises estatísticas foram desenvolvidas no programa GraphPad Prism (versão 5.0) e o nível de significância estabelecido foi p < 0,05. Resultados: A distribuição dos haplótipos do gene da βS-globina, 63% do tipo Bantu, 25% do tipo Benin e 12% do tipo Atípico, está em conformidade com a observada para a população brasileira, em que o haplótipo Bantu é o mais prevalente, seguido pelo Benin e Senegal. Não houve diferença significativa entre o presente estudo e os resultados encontrados no Rio de Janeiro, Porto Alegre, Campinas e Ribeirão Preto; porém uma diferença significativa foi observada quando o estudo foi comparado aos resultados obtidos em Salvador, Belém, Amazonas e por outros pesquisadores no Ceará. A distribuição das freqüências dos haplótipos do gene da βS-globina nos diferentes estudos está condizente com a história da formação da população brasileira, exceto nos resultados do estudo anterior realizado no Ceará, que obteve o haplótipo Benin com maior prevalência. Conforme os dados históricos sobre as origens da população negra trazida ao estado do Ceará, o haplótipo Bantu seria o mais prevalente. Na comparação entre os haplótipos e as características hematológicas estudadas, apenas os valores de HbF e Ht apresentaram diferença estatisticamente significativa. Os níveis de HbF foram maiores no haplótipo Benin, seguido do haplótipo Bantu, o que está em conformidade com os dados da literatura. Foi demonstrada maior presença de crises vaso-oclusivas e episódios de pneumonia no haplótipo Benin/Atípico do que no haplótipo Bantu/Atípico; e maior presença de crises de infecção urinária no haplótipo Benin/Atípico do que no haplótipo Benin/Benin. Não houve diferença estatisticamente significativa entre os haplótipos Bantu/Bantu e Benin/Benin em relação às complicações clínicas, entretanto foi observado que o haplótipo Bantu/Bantu tem uma maior freqüência em todos os eventos clínicos estudados quando comparado ao Benin/Benin. Dentre os resultados foi demonstrada uma tendência de menor número de pacientes com crises vasos-oclusivas e úlceras de perna com o aumento dos níveis de HbF. Não houve diferença estatisticamente significativa na comparação entre os níveis de HbF e os valores de Hemácias, Hemoglobina, Hematócrito, Leucócitos e Plaquetas. Conclusões: A determinação dos haplótipos da anemia falciforme é de grande importância não só para o acompanhamento e prognóstico dos pacientes, como também como ferramenta para estudos antropológicos que contribuam no esclarecimento da origem dos africanos que tanto contribuíram na formação etnológica, econômica, cultural e social do Brasil.

Orientador: Maria de Fatima Sonati / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-09T04:43:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ribeiro_DanielaMaria_D.pdf: 2122347 bytes, checksum: 625fa24f0c7882709f12ba0054267aff (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: A expressão dos genes do cluster da globina a em humanos é regulada pelo a-MRE ( a-Major Regulatory Element), um elemento localizado 40 kb à montante do respectivo cluster na região telomérica do braço curto do cromossomo 16. O a-MRE é geneticamente polimórfico e seis diferentes haplótipos, nomeados de A a F, foram determinados em alguns grupos populacionais da África, Europa e Ásia e em indivíduos pertencentes a duas populações indígenas brasileiras. As substituições de base que resultaram nestes haplótipos estão localizadas entre sítios de ligação para fatores nucleares ou em um sítio não ocupado in vivo, exceto no caso do haplótipo D, em que o polimorfismo altera a seqüência de um dos sítios ocupado in vivo pelo fator NF-E2. Não há, de nosso conhecimento, nenhum estudo experimental feito para avaliar se essa variabilidade pode influenciar a expressão gênica. Assim, no presente trabalho foi analisada e comparada a expressão do gene repórter da luciferase em células K562 transientemente transfectadas com construções que tiveram como enhancers os diferentes haplótipos do a-MRE, além de 3 dos polimorfismos isoladamente (+130, +199 e +209). Os resultados revelaram redução da expressão do gene da luciferase com todas as construções em relação à do haplótipo selvagem A: os haplótipos B e C corresponderam a 19% do grau de expressão do haplótipo A, o D a 21%, o E a 15%, o F a 3%, o polimorfismo +130 a 24%, o +199 a 32% e o +209 a 3%. Em seu conjunto, eles demonstram que os polimorfismos responsáveis pelos diferentes haplótipos do a-MRE, em sua maioria situados nas seqüências flanqueadoras dos sítios de ligação para proteínas regulatórias, reduzem a expressão gênica in vitro / Abstract: The expression of human a-like globin genes is regulated by the a-MRE (a-Major Regulatory Element), an element located 40 kb upstream of the a cluster in the short arm of chromosome 16. The a-MRE is genetically polymorphic and six different haplotypes, named A to F, have been identified in some population groups from Europe, Africa and Asia and in native Indians from two Brazilian Indian tribes. The base substitutions that resulted in these haplotypes are located between binding sites for nuclear factors or in a site that is considered not to be active in vivo, with the exception of haplotype D, in which the polymorphism changes the first binding site for the NF-E2 factor occupied in vivo. To our knowledge, there are no experimental studies evaluating whether this variability may influence gene expression. Thus, the present work analyzed and compared the expression of the luciferase reporter gene in K562 cells transiently transfected with constructs that have, as enhancers, the different a-MRE haplotypes, besides three isolated polymorphisms (+130, +199 and +209). The results demonstrated a reduction in luciferase gene expression with all the constructs compared with the wild type a-MRE (A haplotype): the B and C haplotypes corresponded to 19% of the A haplotype expression, the D to 21%, the E to 15%, the F to 3%, the polymorphism +130 to 24%, the +199 to 32% and the +209 to 3%. They demonstrate that the polymorphisms responsible for the a-MRE haplotypes, most located in the flanking sequences of the regulatory protein binding sites, decrease in vitro gene expression / Doutorado / Ciencias Biomedicas / Doutor em Ciências Médicas

Orientadores: Carmen Silvia Passos Lima, Claudio Saddy Rodrigues Coy / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-12T04:46:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Angelo_SandroNunes_M.pdf: 2804773 bytes, checksum: b88b1fbf49effea5eae1bf248bc95389 (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: A exposição das células do cólon e do reto a substâncias carcinogênicas está associada ao consumo de alimentos que constituam fonte de substratos, como aminas aromáticas e hidrocarbonetos aromáticos policiclícos. Enzimas como a mono-oxigenase do citocromo P450, codificada pelo gene CYP1A1 e a N-acetiltransferase, codificada pelo gene NAT1, estão relacionadas com o metabolismo dessas substâncias. Os polimorfismos T6235C e A4889G, do gene CYP1A1, e o haplótipo NAT1*10, do gene NAT1, foram associados ao risco do câncer colorretal (CC) em indivíduos do hemisfério norte. Não há descrições sobre as influências desses polimorfismos no risco do CC em nossa população, sendo este o objetivo do estudo. O DNA de 254 pacientes com adenocarcinoma colorretal esporádico (ACE) e 255 controles foi analisado por meio da reação em cadeia da polimerase e digestão enzimática. Foi avaliado também, o padrão dietético de pacientes e controles por meio do recordatório de freqüência alimentar. Houve risco maior de ocorrência do ACE em indivíduos com os genótipos variantes dos polimorfismos T6235C e A4889G do gene CYP1A1 e com consumo excessivo de carnes. A frequência do haplótipo NAT1*10 foi maior em pacientes do que em controles, havendo risco maior de ocorrência do ACE nesses indivíduos. Maior risco de ocorrência da doença foi também observado em indivíduos com os haplótipos NAT1*10 do gene NAT1 e consumo excessivo de carnes e escasso de verduras e frutas. Os resultados deste estudo sugerem que as vias herdadas do metabolismo de carcinógenos, CYP1A1 e NAT1, associadas ao padrão da dieta influenciam o risco de ocorrência do ACE em nosso meio. / Abstract: The exposure of the cells of the colon and rectum to carcinogenic substances is associated with the consumption of foods that are source of substrates, such as aromatic amines and polycyclic aromatic hydrocarbons. Enzymes such as cytochrome P450 monooxygenase, encoded by the CYP1A1 gene, and acetyltransferase, encoded by the NAT1 gene, are related to the metabolism of these substances. T6235C and A4889G polymorphisms, of the CYP1A1 gene, and NAT1*10 haplotype of the gene NAT1 were associated with incidence of colorectal cancer (CC). There are no descriptions about the influences of these polymorphisms on the risk for the CC in our population, which is the objective of the study. DNA from 254 sporadic colorectal adenocarcinoma (SCA) patients and 255 controls were analysed by polymerase chain reaction and restriction digestion. It was also assessed the dietary pattern pacients and controls through the recall of food frequency. There was a greater risk of the occurrence of SCA in individuals with the variant genotypes of the T6235C and A4889G polymorphisms, of the CYP1A1 gene, associated with high consumption of meat. The frequency of the NAT1*10 haplotype was greater in pacients than in controls, with increased risk of occurrence of SCA these individuals. Increased risk of occurrence of the disease was also observed in individuals with NAT1*10 haplotype of the gene NAT1 and excessive consumption of meat and little vegetables and fruits. The results of the study suggest that the pathaway inherited from the metabolism of carcinogens, CYP1A1 and NAT1, associated with the pattern of diet influences the risk of occurrence of SCA in our country. / Mestrado / Cirurgia / Mestre em Cirurgia

Orientador: Jose Eduardo Tanus dos Santos / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-14T19:43:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Muniz_JaquelineJoice_M.pdf: 1631017 bytes, checksum: 07857094129c2a3044916bda7b45c0d5 (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: O Fator de Crescimento Endotelial Vascular (VEGF, ou também conhecido como VEGF-A), é uma glicoproteína homodimérica de 45KDa que é produzida principalmente em células endoteliais em condições de hipóxia. VEGF leva a proliferação, migração e sobrevivência de células endoteliais; desenvolve um papel importante na regulação da permeabilidade vascular e angiogênese, tanto fisiológica como fisiopatológica, além de outras atividades biológicas, como vasodilatação, vasculogênese e homeostase vascular. Enquanto muitos SNPs (polimorfismos de base única) estão presentes no gene do VEGF, três SNPs clinicamente significantes localizados na região promotora do gene (C-2578A, G-1154A e G-634C) têm sido associados a várias doenças cardiovasculares. Porém associações inconsistentes entre esses polimorfismos e doenças cardiovasculares têm sido encontradas. Essas diferenças podem ser uma conseqüência da diversidade étnica, que leva a uma distribuição desproporcional dos variantes do gene do VEGF entre grupos étnicos. Embora alguns estudos sugiram que haja uma diferença na distribuição destes SNPs, nenhum estudo prévio analisou esta hipótese em populações miscigenadas. Nós analisamos a distribuição destes três SNPs em 175 brancos e 185 negros brasileiros, avaliamos também a distribuição haplotípica e a associação entre as variantes desses SNPs. O alelo C-2578 e o alelo G-1154 foram mais comuns em indivíduos negros do que brancos (71% e 61%, respectivamente), enquanto para o SNP G-634C não houve diferença quanto a frequência alélica e genotípica entre os dois grupos étnicos. O haplótipo contendo os alelos C-2578/G-1154/G-634 foi o mais comum em ambos grupos étnicos e também o mais freqüente em negros comparados a brancos. O haplótipo contendo os alelos C-2578/A-1154/C-634 e o haplótipo contendo os alelos C-2578/A-1154/G-634 foram mais frequentes em indivíduos brancos do que em negros. Estes resultados mostraram diferenças na distribuição de variantes genéticas e haplótipos do gene do VEGF relevantes clinicamente quando brancos e negros são comparados. Estas diferenças podem explicar, no mínimo em parte, os resultados inconsistentes em estudos de associação desses SNPs com doenças cardiovasculares e, as diferenças interétnicas na suscetibilidade a doenças cardiovasculares / Abstract: Vascular Endothelial Growth Factor (VEGF, or also known as VEGF-A) is a homodimeric glycoprotein of 45kDa produced mostly in endothelial cells in hypoxic conditions. VEGF leads to proliferation, migration and survival of endothelial cells, plays an important role in regulating vascular permeability and angiogenesis, both physiological and pathophysiological and other biological characteristics such as vasodilation, vasculogenesis and vascular homeostasis. While many Single Nucleotides Polimporphisms (SNPs) are present in the VEGF gene, three clinically significant SNPs in the promoter region of the gene (C-2578A, G-1154A and G-634C) have been associated with cardiovascular diseases, however inconsistent associations have been found between these polymorphisms and cardiovascular diseases. These differences may be a consequence of ethnic diversity, which leads to a distinct distribution of VEGF gene variants between ethnic groups. Although some studies suggest difference in the distribution of these SNPs, no previous study has examined this hypothesis in admixed populations. We examined the distribution of these three SNPs in 175 white and 185 black Brazilian subjects, we have also evaluated haplotype distribution and the association between variants of these SNPs. The C-2578 and G-1154 alleles were more frequent in black subjects than in white (71% and 61% respectively), while for the G-634C SNP no differences in allele and genotype frequencies were found between the two ethnic groups. The haplotype containing the alleles C-2578/G-1154/ G-634 was the most common in both ethnic groups and was more common in blacks compared to whites. The haplotype containing the alleles C-2578/A-1154/C-634 and the haplotype containing the alleles C-2578/A-1154/G-634 were more frequent in whites compared to blacks. These results showed differences in the distribution of clinically relevant genetic variants and haplotypes of VEGF gene when whites and blacks are compared. These differences may explain, at least in part, the inconsistent results in studies of association of these SNPs with cardiovascular disease, and ethnic disparities in susceptibility to cardiovascular disease / Mestrado / Mestre em Farmacologia

Orientador: Margareth Castro Ozelo / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-15T17:29:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Santos_Andreydos_D.pdf: 4770033 bytes, checksum: 92cd7a4adf25e169140e6fbbb68fe9d2 (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: Uma complicação decorrente do tratamento da hemofilia é a formação de anticorpos neutralizadores da atividade coagulante do fator VIII ou IX (inibidores). Diversos fatores estão relacionados com o desenvolvimento desses inibidores em indivíduos com hemofilia, incluindo fatores genéticos e ambientais. Entre os fatores genéticos, a mutação associada ao diagnóstico da hemofilia é um fator de risco bem documentado. Recentemente foi observada a maior ocorrência de inibidores em indivíduos da etnia negra. O objetivo deste trabalho foi analisar os aspectos genéticos e não genéticos envolvidos no desenvolvimento de inibidores. Foram incluídos nesse estudo 411 pacientes hemofílicos, sendo 321 com hemofilia A (HA) (238 famílias) e 99 com hemofilia B (HB) (59 famílias). A presença de inibidores foi constatada apenas entre os pacientes HA graves. Do total de 220 HA graves desse estudo, 46 (20,9%) apresentaram inibidor detectado em pelo menos uma ocasião após sua inclusão no estudo. Mutações consideradas de alto-risco para o desenvolvimento de inibidores foram identificadas em 125/220 pacientes HA graves (58,8%), e 33 deles desenvolveram inibidores (26,4%). Considerando o grupo étnico de acordo com traços físicos e ancestralidade, 38% dos pacientes HA graves foram classificados como negros. A incidência de inibidores foi maior nesse grupo de pacientes (31% do total de pacientes HA graves classificados como negros) quando comparada aos pacientes caucasóides (20% do total de pacientes HA graves classificados como caucasóides). Recentemente, foi observado que a maior incidência de inibidores em uma população norte-americana de pacientes com HA, estava relacionada com a presença de determinados haplótipos no gene do fator VIII. Esta observação poderia ser explicada pelo fato dos as proteínas expressas pelos haplótipos que aparecem exclusivamente entre a população negra (denominados H3 e H4), estarem ausentes nos concentrados de fator VIII recombinantes utilizados rotineiramente no tratamento desses pacientes. Em nossa análise a presença desses haplótipos não está relacionada com a maior freqüência de inibidor na população negra desse estudo. Além disso, a distribuição dos diferentes haplótipos do gene do fator VIII, classificados de H1 a H6, foi distinta entre todos os grupos étnicos brasileiros e norte-americanos. Essa observação pode ser explicada pela origem distinta entre os negros que imigraram da África para o Brasil e para a América do Norte, assim como o alto índice de miscigenação de nossa população. Em outra fase desse estudo, foi realizada a análise comparativa da expressão gênica a partir de amostras de RNA mensageiro (RNAm) extraídas em pool leucocitário de pacientes com HA grave, com ou sem a presença de inibidores. Na avaliação que incluiu numa primeira análise pacientes de uma mesma família discordante para a presença de inibidor e, em uma segunda fase, indivíduos não relacionados, foram observados 50 genes mais expressos e 16 genes menos expressos em pacientes com inibidor em comparação aos sem inibidor. Dentre esses genes foram selecionados dez, levando-se em conta sua participação na resposta imune ou sua correlação prévia com o desenvolvimento de inibidores em outros estudos. Pela técnica de PCR em tempo real, observou-se que os genes da interleucina 8 (IL-8) e da cistatina F (CST7) demonstraram ser mais expressos em pacientes com inibidor, enquanto que o gene da interleucina 10 (IL-10) foi menos expresso nesse grupo de pacientes. Dessa forma, nossos resultados fortalecem a idéia de que o mecanismo de desenvolvimento de inibidores em hemofilia é complexo e ainda não totalmente esclarecido e que existe um grande envolvimento de diversos genes relacionados com sistema imune na formação desses inibidores. O estudo em diferentes populações é uma importante etapa para o entendimento dos fatores de risco para o desenvolvimento de inibidores. Esse foi o primeiro trabalho realizado no Brasil incluindo pacientes de diversas regiões e analisando simultaneamente diferentes fatores e seu envolvimento com o desenvolvimento de inibidores. A determinação desses fatores de risco ajudará no futuro a determinar um tratamento diferenciado para o controle e sobretudo prevenção do desenvolvimento de inibidores / Abstract: The most serious complication of the treatment of hemophilia is the development of neutralizing antibodies to coagulation activity of factor VIII or IX (inhibitors). Several risk factors are related to the development of these inhibitors in patients with hemophilia, including genetic and environmental factors. Among genetic factors, the mutation associated with the diagnosis of hemophilia is a risk factor well documented. Recently, it was observed a higher incidence of inhibitors in African ancestry patients. The aim of this study was to analyze the genetic and non-genetic factors involved in the development of inhibitors. The study included 411 hemophilia patients, of which 321 with hemophilia A (HA) and 99 with hemophilia B (HB), belonging to a total of 238 and 59 families, respectively. The inhibitors were observed only in severe HA patients. From the 220 severe HA, 46 (20.9%) had inhibitor. The high risk mutation for the development of inhibitors were identified in 125 / 220 (58.8 %) severe HA patients, and 33 (26.4 %) of them developed inhibitors. Considering the ethnic group according to physical traits and ancestry, 38 % of severe HA patients were classified as black. The incidence of inhibitors is higher in this group of patients (31%) when compared to Caucasian patients (20%). The higher risk of inhibitor among African-Brazilians, could not be explained by the presence of the distinct factor VIII haplotypes, such as H3 and H4, as suggested in previous study. In fact, the prevalence rates of these haplotypes were distinct between Brazilians and North Americans, probably due to the fact that migrations of blacks to Brazil and to North America were originated from different geographic areas of Africa. In another phase of this study, we performed a comparative analysis of gene expression in samples of messenger RNA (mRNA) extracted from leukocytes of inhibitor and non-inhibitor patients with severe HA was performed. The evaluation consisted of an initial analysis of severe HA patients siblings, or from the same family, discordant for inhibitor development and in a second phase a group of unrelated individuals. Using the bioarrays technology 50 genes were upregulated and 16 were downregulated in inhibitor patients compared with non-inhibitor patients. Ten genes were selected among them, which are involved in immune response and were related to inhibitors development in other studies. It was observed by real time PCR that the genes for interleukin 8 (IL-8) and cystatin F (CST7) were upregulated and for interleukin 10 (IL-10) was downregulated in inhibitor patients. In conclusion, our results strengthen the idea that the mechanism of inhibitor development in hemophilia is complex, not clear and there is a large involvement of several genes related to the immune system in the development of these inhibitors. The study in different populations is important to understand the risk factors for the development of inhibitors. This is the first work in Brazil, to study patients from various regions and to performe analysis of different factors and their involvement in the development of inhibitors. The determination of these risk factors will help in the future to determine differential treatment for the control and in particular, for preventing the development of inhibitors / Doutorado / Clinica Medica / Doutor em Clínica Médica

Orientador: Heron Fernando de Sousa Gonzaga / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-10T16:40:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rodrigues_Marcelo_D.pdf: 760160 bytes, checksum: 48a5a2282ffba53fa69fd0f990fa8ed0 (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: A hialinose cutâneo-mucosa (HCM) é uma dermatose autossômica recessiva rara, congênita, de aparecimento precoce na infância. Caracteriza-se por deposição de material hialino, que se acumula na pele e mucosas. Foram descritos 258 casos na literatura mundial e no Brasil, doze casos. A HCM apresenta aumento da expressão do colágeno tipo IV e V e redução da expressão do colágeno I e III. Esta doença foi mapeada no locus do cromossomo 1q21. Mutações patogênicas foram identificadas no gene ECM1. A doença é caracterizada por voz rouca, pápulas cutâneas amareladas, cicatrizes atróficas, lesões ulceradas cutâneas, blefarose moniliforme e conjuntivite pseudo-membranosa. Manifesta multiplicidade de sintomas, afetando vários órgãos. A revisão da literatura sobre HLA e HCM não mostrou nenhum trabalho. Realizou-se o estudo clínico e das especificidades HLA na família de uma afetada por HCM. Foram submetidos a exames clínicos e complementares. A tipificação HLA foi realizada através da análise de DNA genômico pela técnica de PCR-SSP. A afetada era branca, com 14 anos. Referia choro rouco desde o nascimento e eritema na região subescapular e cervical há 13 anos, que evoluiu para vesículas e posteriormente, micropápulas, que se rompiam, evoluindo para lesões ulceradas. Nesses locais, apareciam verrucosidades nos ângulos da boca, joelhos, cotovelos e regiões palmares. Concomitantemente, evoluiu para micropápulas hipocrômicas no dorso das mãos e axilas. Referia disfagia. Negava história familiar. Ao exame dermatológico, pápulas amareladas nas pálpebras e linearmente na borda livre; cicatrizes atróficas varioliformes nas regiões antecubitais; placas verrucosas nos cotovelos, regiões palmares, joelhos; pápulas amareladas em dorso das mãos e região cervical posterior. Apresentava alopecia parieto-occipital. Ao exame bucal, abertura limitada, endurecimento labial, lesões vegetantes no ângulo da boca, placas branco-amareladas em regiões de mucosa jugal, vestibular, orofaringe, dorso e ventre da língua. Ulcerações linguais e no palato duro e mole. Xerostomia discreta foi observada. Ao exame dentário, placa bacteriana, cálculos e agenesia do dente 22. A gengiva era friável, hipertrófica com bolsas periodontais. Ao exame oftalmológico, obstrução das vias lacrimais, mucosa espessada nos pontos lacrimais e prurido periocular. Diagnóstico psiquiátrico de Distimia foi estabelecido. Na avaliação neurológica, cefaléia. O exame clínico nos outros membros da família não mostrou nenhum traço da doença. Na fibronasofaringolaringoscopia, espessamento epidérmico em epiglote e hipertrofia de falsas cordas, pregueamento mucoso em prega interaritenóidea. O EEG não mostrou anormalidades. A tomografia computadorizada apresentou calcificações parenquimatosas hipocampais bilaterais. O exame histopatológico confirmou o diagnóstico de HCM. Constatou-se que sendo a doença autossômica recessiva, a ausência de manifestações clínicas nos pais da afetada, mostrou serem os mesmos heterozigotos. As manifestações clínicas são importantes para o diagnóstico. A primeira manifestação clínica mais freqüente na literatura, apresentada pela afetada, é a rouquidão. As manifestações clínicas mais exuberantes na doença são as cutâneas e mucosas. O estudo das especificidades HLA determinou os seguintes haplótipos na afetada: A31-B39-Cw7-DR4-DQ8 e A74-B7-Cw7-DR8-DQ-. A paciente era haploidêntica a um dos seus dois meioirmãos. Este foi o primeiro trabalho em que se investigou especificidades HLA em portador de HCM / Abstract: Cutaneous-mucous hyalinosis (CMH) is a rare congenital autosomal recessive dermatose, which is presented precociously in early childhood. It is characterized by disposition of hyaline material that accumulates in the skin and cutaneous mucous. 258 cases were described in the world and 12 cases in Brazil. The CMH presents an increase of the expression of the collagen types IV and V and reduction of the expression of the collagen I and II. The disorder was mapped in a locus on chromosome 1q21 and pathogenic mutations were identified in the ECM1 gene. The disease is characterized by hoarse voice, yellowed cutaneous papules, atrophic scars, ulcerated cutaneous lesions, moniliform blepharosis, and pseudomembranous conjunctivitis. It manifests multiple symptoms affecting several organs. The review of literature about HLA as well as CMH has not presented any work so far. The clinical study as well as of the HLA antigens in the family of an individual affected by CMH was performed. They were submitted to clinical and auxiliary tests. The HLA type was accomplished through the analysis of genome DNA by the technique of PCR-SSP. The proband was a 14 year old white female. It referred hoarse crying from the birth and erythema in the sub-omoplate and cervical area 13 years ago which developed for vesicles and later on, micropapules that broke up, developing for ulcerated lesions, verrucous lesions in the angles of the mouth, knees, elbows and palm areas appeared. Concomitantly it developed for hypochromic micropapules in the back of the hands and armpits. It referred dysphagia. There was no history family. During the dermatological examination she presented yellowed papules in the eyelids and lineally in the free border; atrophic varioliform scars in the ante-cubital areas; verrucous plates in the elbows, palm areas and knees: yellowed papules in the back of the hands and posterior cervical area. She showed Parietal-occipital alopecia. During the oral examination she Presented limited opening, labial hardening, vegetative lesions in the angle of the mouth, white yellowed plaques in the areas of buccal, vestibular, oro-pharynx, dorsal and ventral tongue mucous membranes. Tongue ulcerations and also in the hard and soft palate. Discreet xerostomia was observed. During the dental examination, bacterial plaque, calculous and agenesis of the tooth 22. The gengive was friable, hypertrophic with periodontal depressions. During the ophthalmic examination, obstruction of the lacrimal via, thickened mucous in the lacrimal vias and perio-ocular pruritis. Psychiatric diagnosis of Dysthymia was estableshed. In the neurological evaluation, migraine. The clinical examination in the other members of the family did not show any line of the disease. Epidermal thickening in the epiglottis and hypertrophy of false strings, mucous pleatment in interarytenoide pleat were found. EEG did not show abnormalities. Computed tomography presented bilateral parenchymatosis hippocampus calcifications. The histopathology examination confirmed the diagnosis of CMH. It was verified because of the disease was recessive autosomal, the absence of clinical manifestations in the parents of the affected individual who were heterozygote. The clinical manifestations are important for the diagnosis. The most frequent clinical manifestation in the literature, presented by the affected girl, is the hoarse voice. The most exuberant clinical manifestations in the disease are the cutaneous and the mucous ones. The study of the HLA antigens determined the following haplotypes in the affected girl: A31-B39-Cw7-DR4-DQ8 and A74-B7-Cw7DR8-DQ- . She is haplo-identical to one of two her middle-siblings. This was the first work in which HLA antigens were investigated in carrier of CMH / Doutorado / Estomatologia / Doutor em Estomatopatologia

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-09-29T13:05:17Z No. of bitstreams: 1 Tese Parcial - Larissa Barros Muniz Orlando.pdf: 381313 bytes, checksum: df99b0b6a914f167477232ddaa7d3a68 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-09-29T13:05:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese Parcial - Larissa Barros Muniz Orlando.pdf: 381313 bytes, checksum: df99b0b6a914f167477232ddaa7d3a68 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-09-29T13:05:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese Parcial - Larissa Barros Muniz Orlando.pdf: 381313 bytes, checksum: df99b0b6a914f167477232ddaa7d3a68 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-29T13:05:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese Parcial - Larissa Barros Muniz Orlando.pdf: 381313 bytes, checksum: df99b0b6a914f167477232ddaa7d3a68 (MD5) Previous issue date: 2015-12-11 / Methodologies for molecular analysis population and forensic studies, have been developed based on microsatellites or STRs. The application of the markers, enhance the PCR amplification system, utilizing only one pair of primers (monoplex), or several pairs (multiplex). For human identification by using DNA techniques, the first multiplex system were stabilished with STRs on autossomal chromosomes followed by using of reduced-size STRs (Mini-STRs). Then to the Y chromosome, have been developed the Y-STRs, mini–YSTRs and more recently the rapidly mutating (RM)-YSTRs. However, there are no studies using STRs on Y chromosome for the population of Manaus city, the objective of this study was developed a multiplex system Mini-YSTR to evaluate the amplification efficiency of degraded forensic DNA samples. In addtion, to determine haplotype frequency of the population in Manaus, a commercial Kit PowerPlex ® Y23 System (Promega) was used. Therefore, was developed a multiplex system denominated Mini YSTR09, combining nine mini-YSTR markers and (RM)-YSTR (Chapter I). For validation, tests to evaluate sensbilty, tests of detection sample containing mixtures and tests of degraded forensic DNA samples (98 samples of bones human) were conducted, by SWGDAM procedures.The multiplex was able to amplified 09 (100%) in a DNA mixture system and in 64,4% of degraded forensic DNA samples. For the population studies (chapter II), 214 blood samples were collected of male people, not correlated genetically. All de samples were extracted by using commercial kits and the amplified PCR products (31 Y-STRs in three dferent groups) and they are subjected to capillary electrophoresis in ABI 3500, automatic DNA sequence and analyzing in Genemapper v.4.1 software. 204 DNA samples were typed with the commercial kit (group I),189 with the Mini YSTR09 (group II) and 168 with the set (Mini YSTR09 more commercial Kit PowerPlex ® Y23 System),(group III). Results demonstrated the existing unique haplotypes in group I, II e III of the 202, 181 e 168, respectively.The greatest genetic diversity was found in locos DYS626, DYS570, DYS576, DYS447 (group I); DYS385, DYS570, DYS458, DYS481 e DYS456 (group II) e DYS385, DYS461, DYS626, DYS458, DYS576, DYS447 e DYS456 (group III).The locos DYS447, is was most polymorphic of group I and III. Therefore, the use of multiplex Mini YSTR09 developed made possible the forensic DNA samples amplification and for population analysis, provided a higher capacity of discrimination, when it was used in addition with the commercial kit PowerPlex ® Y23 System, highlighting the locos DYS447, DYS570, DYS576, DYS626. / Metodologias para análise molecular relacionadas com estudos populacional e forense, têm sido desenvolvidas a partir de marcadores de microssatélites (STRs) e as aplicações desses marcadores, potencialzam os sistemas de amplificação por PCR, seja utilizando apenas um par de STRs (monoplex) ou vários STRs (multiplex). Para a identificação humana por DNA, os primeiros sistemas multiplex foram estabelecidos com STRs de cromossomos autossomômicos, seguidos do uso de STRs de tamanho reduzido, conhecidos como Mini- STRs. Posteriormente, para o cromossomo Y, foram desenvolvidos os Y-STRs, os Mini-YSTRs e mais recentemente o uso dos YSTR de mutação rápida (RM)-YSTR. E por não existirem dados com STRs do cromossomo Y na população da Cidade de Manaus, o estudo com tais marcadores torna-se relevante. Assim, os objetivos deste trabalho foram desenvolver um sistema multiplex do tipo MiniY-STR para avaliar a eficiência na amplificação de amostras de casos forenses (DNA degradado) e além disso, em conjunto com o Kit comercial PowerPlex®Y23 System (Promega), determinar a frequência haplotípica da população da cidade de Manaus. Para tanto, foi construído um sistema multiplex “in house” denominado Mini YSTR09, contendo 9 locos de Mini-YSTR e (RM)-YSTR (Capítulo I).Para a validação,foram realizados testes de sensibilidade, de detecção em amostras com misturas e testes em amostras de DNA degradado (98 amostras de osso humano), conforme recomendação do SWGDAM. O multiplex foi capaz de amplificar todos os 09 (100%) locos nos sistemas de mistura de DNA e nos sistemas com amostras de DNA degradado (69,4%). Para o estudo populacional (capítulo II), as 214 amostras de sangue coletadas de indivíduos do sexo masculino não relacionados geneticamente, foram extraídas com kits comerciais e os produtos amplificados por PCR (31 Y-STRs em três grupos), foram submetidos a eletroforese capilar no sequenciador ABI 3500 e analisados no software Genemapper v. 4,1. 204 amostras foram tipadas com o kit comercial (grupo I), 189 com o Mini YSTR09 (grupo II) e 168 com o conjunto desses dois multiplexs, Kit comercial mais o Mini YSTR09 (grupo III). A presença de haplótipos únicos nos grupos I, II e III foi de 202, 181 e 168, respectivamente. A maior diversidade gênica foi dos DYS626, DYS570, DYS576 e DYS447, para o grupo I; dos DYS385, DYS570, DYS458, DYS481 e DYS456 para o grupo II e DYS385, DYS461, DYS626, DYS458, DYS576, DYS447 e DYS456 para o grupo III, sendo o DYS447, dentre os mais polimórficos quando das análises no grupo I e III. Portanto, a aplicação do multiplex Mini YSTR09 aqui desenvolvido, possibiltou a amplificação desse DNA em quantidades mínimas e degradado e além disso, para as análises populaconais proporcionou uma maior capacidade de discriminação quando foi utilizado em conjunto com o kit comercial PowerPlex® Y23 System, destacando-se os locos DYS447, DYS570, DYS576 e DYS626

Submitted by Fabio Sobreira Campos da Costa (fabio.sobreira@ufpe.br) on 2016-03-16T15:28:47Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) RogerioSantosRosa_Tese.pdf: 1740026 bytes, checksum: aa346f64c34419c4b83269ccb99ade6a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-16T15:28:48Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) RogerioSantosRosa_Tese.pdf: 1740026 bytes, checksum: aa346f64c34419c4b83269ccb99ade6a (MD5) Previous issue date: 2015-03-12 / Haplotype information has a central role in the understanding and diagnosis of certain illnesses, and also for evolution studies. Since that type of information is hard to obtain directly, computational methods to infer haplotype from genotype data have received great attention from the computational biology community. Unfortunately, haplotype inference is a very hard computational biology problem and the existing methods can only partially identify correct solutions. I present neural network models that use different properties of the data to predict when a method is more prone to make errors. I construct models for three different Haplotype Inference approaches and I show that our models are accurate and statistically relevant. The results of our experiments offer valuable insights on the performance of those methods, opening opportunity for a combination of strategies or improvement of individual approaches. I formally demonstrate that Linkage Disequilibrium (LD) and heterozygosity are very strong indicators of Switch Error tendency for four methods studied, and I delineate scenarios based on LD measures, that reveal a higher or smaller propension of the HI methods to present inference errors, so the correlation between LD and the occurrence of errors varies among regions along the genotypes. I present evidence that considering windows of length 10, immediately to the left of a SNP (upstream region), and eliminating the non-informative SNPs through Fisher’s Test leads to a more suitable correlation between LD and Inference Errors. I apply Multiple Linear Regression to explore the relevance of several biologically meaningful properties of the genotype sequences for the accuracy of the haplotype inference results, developing models for two databases (considering only Humans) and using two error metrics. The accuracy of our results and the stability of our proposed models are supported by statistical evidence. / Haplótipos têm um papel central na compreensão e diagnóstico de determinadas doenças e também para estudos de evolução. Este tipo de informação é difícil de obter diretamente, diante disto, métodos computacionais para inferir haplótipos a partir de dados genotípicos têm recebido grande atenção da comunidade de biologia computacional. Infelizmente, a Inferência de Halótipos é um problema difícil e os métodos existentes só podem predizer parcialmente soluções corretas. Foram desenvolvidos modelos de redes neurais que utilizam diferentes propriedades dos dados para prever quando um método é mais propenso a cometer erros. Foram calibrados modelos para três abordagens de Inferência de Haplótipos diferentes e os resultados validados estatisticamente. Os resultados dos experimentos oferecem informações valiosas sobre o desempenho e comportamento desses métodos, gerando condições para o desenvolvimento de estratégias de combinação de diferentes soluções ou melhoria das abordagens individuais. Foi demonstrado que Desequilíbrio de Ligação (LD) e heterozigosidade são fortes indicadores de tendência de erro, desta forma foram delineados cenários com base em medidas de LD, que revelam quando um método tem maior ou menor propensão de cometer erros. Foi identificado que utilizando janelas de 10 SNPs (polimorfismo de um único nucleotídeo), imediatamente a montante, e eliminando os SNPs não informativos pelo Teste de Fisher leva-se a uma correlação mais adequada entre LD e a ocorrência de erros. Por fim, foi aplicada análise de Regressão Linear para explorar a relevância de várias propriedades biologicamente significativas das sequências de genótipos para a precisão dos resultados de Inferência de Haplótipos, estimou-se modelos para duas bases de dados (considerando apenas humanos) utilizando duas métricas de erro. A precisão dos resultados e a estabilidade dos modelos propostos foram validadas por testes estatísticos.

Submitted by William Justo Figueiro (williamjf) on 2015-07-06T23:37:20Z No. of bitstreams: 1 10a.pdf: 1719495 bytes, checksum: 2ed1add8423e889edf7e44b9eb1498f1 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-06T23:37:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 10a.pdf: 1719495 bytes, checksum: 2ed1add8423e889edf7e44b9eb1498f1 (MD5) Previous issue date: 2014-07 / Nenhuma / A baleia-franca-austral (Eubalaena australis) foi alvo de grande exploração comercial entre os séculos XVII a XX no Hemisfério Sul. Estimativas recentes sugerem que a população mundial da espécie é de 12.000 indivíduos, o que representaria 17 a 21% do seu tamanho original. Apesar de aparente recuperação, o declínio drástico no tamanho da população, resultante dos 400 anos de atividade da caça, pode ter gerado altos níveis de endogamia, baixa capacidade reprodutiva e perda de variabilidade genética da espécie, podendo ter seu potencial adaptativo comprometido, aumentando assim a probabilidade de extinção. Frente ao exposto é de extrema importância a avaliação comparativa da variabilidade genética entre as populações atuais de E. australis e amostras representativas do período de caça, em especial no Brasil. Sendo assim, os objetivos deste estudo foram: I. Otimizar e comparar métodos de extração e amplificação de DNA antigo (aDNA) de ossos de baleia-franca-austral, em diferentes estados de degradação; II. Caracterizar geneticamente segmentos da região D-Loop do DNA mitocondrial (mtDNA) a partir de ossos de espécimes de E. australis coletados na Península Valdés na Argentina e em Santa Catarina no Brasil; e III. Comparar as sequências nucleotídicas da região recuperada nas amostras de aDNA com as descritas para as populações atuais. Este estudo comparou cinco métodos diferentes para obter material genético de amostras degradadas. O método de extração que mostrou ser mais eficiente foi o que continha o reagente Dextran Blue. Com a amplificação de 20 fragmentos curtos, obtidos pelo Nested-PCR, com clonagem e posterior sequenciamento, foi possível recuperar pequenos fragmentos, que variaram de 7 a 59 pb, da região D-Loop do mtDNA de 11 amostras de ossos de E. australis das 88 tentativas realizadas. Ao analisar o material recuperado com dados atuais da espécie, o programa Network 4.6 revelou uma rede contendo 19 haplótipos, sendo quatro haplótipos restritos as populações antigas e até então não descritos na literatura. Os resultados são preliminares e seus significados devem ser avaliados com muita cautela. Contudo, deve-se ressaltar que os quatro novos haplótipos encontrados podem sustentar a hipótese de uma maior diversidade haplotípica em E. australis quando a mesma era caçada comercialmente. / The Southern Right Whale (Eubalaena australis) was object of great commercial exploitation between the XVII and XX centuries in the Southern Hemisphere. Recent surveys suggest that the world’s population is of 12,000 specimens, which would represent 17% to 21% of its original size. Despite the supposed recovery, the drastic populational decline, resultant from 400 years of hunting activities, could have generated high levels of endogamy, low reproduction capacity and loss of genetic variability of the species, compromising their potential of adjustment, thus increasing their probability of extinction. Due to the exposed, it is of extreme importance the comparative evaluation of the genetic variability between the current E. australis population and representative samples from the hunting period, especially from Brazilian coast. Therefore, the purpose of this study was: I. To optimize and compare extraction and amplification methods of aDNA from Southern Right Whale’s bones in different stages of deterioration; II. To genetically characterize segments of the mtDNA’s D-Loop region from E. australis bones collected at Península Valdés in Argentina and Santa Catarina in Brazil, and III. To compare nucleotide sequences of the recovered region from aDNA samples with those described for the current populations. This study compared five different extraction methods in order to obtain genetic material from deteriorated samples. The extraction method containing Dextran Blue reagent showed the higher efficiency. With the amplification of 20 short fragments and overlapping of aDNA through Nested-PCR technique, and further cloning of the latter fragment, it was possible to sequence small fragments, varying from 7 to 59 pb, from the mtDNA’s D-loop region from 11 bones samples of E. australis, out of the 88 attempts performed. Analyzing the recovered material together with the updated data of the species, the Network 4.6 program revealed a network containing 19 haplotypes, 4 of them generated only with ancient population samples, which are new for the species. The results are still preliminary and their meanings should be evaluated with caution. However, it should be noted that the four new haplotypes found could support the hypothesis of a higher haplotype diversity in E. australis when it was hunted.

Submitted by ALEJANDRA MARIA TORO OSPINA null (alejita-t_92@hotmail.com) on 2017-03-18T16:50:07Z No. of bitstreams: 1 dissertação_Alejandra_Toro.pdf: 1073618 bytes, checksum: 4de34349c23cb909c3128081fe41cc42 (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2017-03-22T12:59:36Z (GMT) No. of bitstreams: 1 toroospina_am_me_jabo.pdf: 1073618 bytes, checksum: 4de34349c23cb909c3128081fe41cc42 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-22T12:59:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 toroospina_am_me_jabo.pdf: 1073618 bytes, checksum: 4de34349c23cb909c3128081fe41cc42 (MD5) Previous issue date: 2017-02-24 / O objetivo deste estudo foi estimar o desequilíbrio de ligação (r2) nas distâncias de 25-50kb, 50-100kb, 100-500kb, 0,5-1Mb e o tamanho efetivo (Ne) nas gerações 0, 5, 10, 15, 20 em população da raça Gir selecionada para crescimento pós-desmama. Os animais utilizados no presente estudo foram provenientes do rebanho fechado do Instituto de Zootecnia, Sertãozinho, SP. Foram obtidos os genótipos de 155 animais com o painel BovineDL 33kb e 18 com painel HD imputado onde realizou-se controle de qualidade (CQ) para alelo de menor frequência (MAF) < 0,02 e call rate < 0,1. Depois do CQ permaneceram 27.236 SNPs e 155 animais do painel de 33 kb e 732.962 SNPs e 173 animais do painel HD Imputado. As análises de r2 foram realizadas pelo programa Plink e programa estatístico R Studio e o Ne por meio do DL. Os resultados das distâncias 25-50kb, 50-100kb, 100-500kb e 0,5-1Mb do r2 para o painel 33kb foram iguais a 0,29, 0,25, 0,16 e 0,032 respectivamente, e 0,35, 0,29, 0,18, 0,032 para o painel HD imputado demostrando que o DL permaneceu nas distâncias menores a 100kb, decaindo com o aumento das distâncias. Estes resultados foram maiores aos descritos na literatura para animais zebuínos, sugerindo como causa os segmentos longos de haplótipos que compartilham os animais aparentados. O Ne foi igual a 9, 17, 24, 30 e 30 animais nas gerações 0, 5, 10, 15, 20, observa-se que o Ne é maior na geração 20, com 30 animais, e decai drasticamente a partir da 5 geração com 17 animais, e sendo de 9 animais a última geração, um tamanho pequeno para uma população. Os valores encontrados neste estudo mostram alto DL e baixo Ne, provavelmente pelo sistema de seleção e a estrutura da população da raça Gir avaliada, que apresenta alto nível de endogamia, perda da variabilidade genética, uso intensivo de pequeno número de reprodutores, conduzindo a diminuição da deriva genética da população, ocasionando dificuldades na seleção dos animais. / The aim of this study was to estimate the linkage disequilibrium (r2) at distances of 25-50kb, 50-100kb, 100-500kb, 0,5-1Mb and the effective population size (Ne) in generations 0, 5, 10, 15, 20 in population of the selected Gir for yearling growth. The animals used in this study were from the closed herd Animal Science Institute, Sertãozinho, SP. the genotypes of 155 animals were obtained with BovineDL 33kb and 18 animals of panel HD, where quality control was held (QC) for minor allele frequency (MAF) <0.02 and call rate <0.1. After QC remained 27,236 SNPs and 155 animals to panel 33 kb, 732.962 SNPs and 173 the panel HD imputation. The r2 analyzes were performed by Plink program and R Studio statistical program and Ne through the DL. The results of r2 for distances 25-50kb, 50-100kb, 100-500kb and 0,5-1Mb were equal to 0.29, 0.25, 0.16 and 0.032, respectively, showing that the DL remained in smaller distances 100kb, decreasing with increasing distances. These results were higher than those reported in the literature for Zebu animals, suggesting a cause to long haplotype segments that share the related animals. Ne is equal to 9, 17, 24, 30 and 30 in the generations 0, 5, 10, 15, 20, it is observed that Ne is higher in generation 20 with 30 animals and decays sharply from 5 Generation 17 animals, and with 9 animals the latest generation, small size for a population. The values found in this study to DL and Ne, explain the selection system and the structure of the population of Gir evaluated, which has a high level of inbreeding, loss of genetic variability, intensive small number of players, leading to decreased drift population genetics, causing difficulties in the selection of the next generations.