Qu’est-ce que la liberté de conscience ? Après avoir examiné deux grandes traditions théologiques issue de la Réforme, celle de Castellion au XVIe siècle puis celle de Bayle au XVIIe siècle, qui font chacune de la liberté de conscience le nom d’un nouveau rapport entre l’individu et Dieu questionnant l’importance de l’institution religieuse, la présente thèse considère l’apport politique de cette notion qui reparaît en France lors de la Révolution française pour souligner les enjeux religieux de l’avènement de la République. Le concept de liberté de conscience permet de dévoiler cette réflexion qui s’étend tout au long du XIXe siècle sur la nature des fondements moraux de la République, réputés universels et indépendants des religions particulières, que l’institution scolaire est chargée de diffuser. À partir de quatre moments clés de la construction de l’école républicaine française au XIXe siècle (le moment Guizot sous la monarchie de Juillet ; la Révolution de 1848 avec le plan Carnot et le Manuel républicain de Renouvier ; la pensée du républicain Edgar Quinet en exil sous le Second Empire ; l’apport de Ferdinand Buisson dans l’institutionnalisation de la laïcité sous la Troisième République), nous cherchons à mettre en évidence la proximité entre cette quête d’un universel moral, qui prendra le nom de « laïcité », et une réflexion théologique menée par plusieurs républicains autour de l’institutionnalisation d’une religion respectueuse de la liberté de conscience qui accompagnerait la construction de la République française. / What is freedom of conscience? After analyzing two great theological traditions coming from the Reformation, the ones of Castellion in the 16th century and Bayle in the 17th century, which both make freedom of conscience the name of a new relationship between the individual and God, questioning the importance of the religious institution; this thesis considers the political contribution of this concept which reappears in France during the French Revolution to emphasize religious issues coming from the advent of the Republic. The idea of freedom of conscience reveals a reflection process, spreading over the 19th century, about the nature of the Republic’s moral foundations, considered as universal and independent from any particular religion, which the academic institution has to transmit.