Surprisingly little is known about the organization and distribution of tRNAs and tRNA-related sequences on a genome-wide scale. While tRNA complements are usually reported in passing as part of genome annotation efforts, and peculiar features such as the tandem arrangements of tRNAs in Entamoeba histolytica have been described in some detail, comparative studies are rare. We therefore set out to systematically survey the genomic arrangement of tRNAs in a wide range of eukaryotes to identify common patterns and taxon-specific peculiarities. We found that tRNA complements evolve rapidly and that tRNA locations are subject to rapid turnover. At the phylum level, distributions of tRNA numbers are very broad, with standard deviations on the order of the mean. Even within fairly closely related species, we observe dramatic changes in local organization. Consistent with this variability, syntenic conservation of tRNAs is also poor in general, with turn-over rates comparable to those of unconstrained sequence elements. We conclude that the genomic organization of tRNAs shows complex, lineage-specific patterns characterized by extensive variability, and that this variability is in striking contrast to the extreme levels of sequence-conservation of the tRNA genes themselves. Our comprehensive analysis of eukaroyotic tRNA distributions provides a basis for further studies into the interplay between tRNA gene arrangements and genome organization in general. Secondly, we focused on the investigation of small non-coding RNAs (ncRNAs) from whole transcriptome data. Since ncRNAs constitute a significant part of the transcriptome, we explore this data to detect and classify patterns derived from transcriptome-associated loci. We selected three distinct ncRNA classes: microRNAs, snoRNAs and tRNAs, all of which undergo maturation processes that lead to the production of shorter RNAs. After mapping the sequences to the reference genome, specific patterns of short reads were observed. These read patterns appeared to reflect RNA processing and, if so, should specify the RNA transcripts from which they are derived. In order to investigate whether the short read patterns carry information on the particular ncRNA class from which they orginate, we performed a random forest classification on the three distinct ncRNA classes listed above. Then, after exploring the potential classification of general groups of ncRNAs, we focused on the identification of small RNA fragments derived from tRNAs. After mapping transcriptome sequence data to reference genomes, we searched for specific short read patterns reflecting tRNA processing. In this context, we devised a common tRNA coordinate system based on conservation and secondary structure information that allows vector representation of processing products and thus comparison of different tRNAs by anticodon and amino acid. We report patterns of tRNA processing that seem to be conserved across species. Though the mechanisms and functional implications underlying these patterns remain to be clarified, our analysis suggests that each type of tRNA exhibits a specific pattern and thus appears to undergo a characteristic maturation process.

Les travaux présentés dans cette thèse se situent dans le cadre de la synthèse de la parole à partir du texte et, plus précisément, dans le cadre de la synthèse paramétrique utilisant des règles statistiques. Nous nous intéressons à l'influence des descripteurs linguistiques utilisés pour caractériser un signal de parole sur la modélisation effectuée dans le système de synthèse statistique HTS. Pour cela, deux méthodologies d'évaluation objective sont présentées. La première repose sur une modélisation de l'espace acoustique, généré par HTS par des mélanges gaussiens (GMM). En utilisant ensuite un ensemble de signaux de parole de référence, il est possible de comparer les GMM entre eux et ainsi les espaces acoustiques générés par les différentes configurations de HTS. La seconde méthodologie proposée repose sur le calcul de distances entre trames acoustiques appariées pour pouvoir évaluer la modélisation effectuée par HTS de manière plus locale. Cette seconde méthodologie permet de compléter les diverses analyses en contrôlant notamment les ensembles de données générées et évaluées. Les résultats obtenus selon ces deux méthodologies, et confirmés par des évaluations subjectives, indiquent que l'utilisation d'un ensemble complexe de descripteurs linguistiques n'aboutit pas nécessairement à une meilleure modélisation et peut s'avérer contre-productif sur la qualité du signal de synthèse produit.

Cette thèse à pour but d'étudier des alternatives à l’augmentation des faisceaux dans des systèmes satellite THD deprochaine génération, évaluant des stratégies pour augmenter de manière significative la capacité totale du système. Dansce contexte, les schémas de réutilisation de fréquence (FR) agressives viennent naturellement dans l'esprit afin d'augmenterles ressources globales en bande passante et, par conséquent, augmenter la capacité globale du système. Cependant, cesschémas mènent à une augmentation des interférences co-canal, rendant l'utilisation du spectre supplémentaire pastellement efficace. Visant à trouver une solution à ce défi, des techniques basées sur des interférences ont été évaluées dans un contexte satellitaire réaliste, correspondant au précodage linéaire et la réutilisation fréquentielle fractionnelle (FFR). Le précodage linéaire est une technique MIMO qui permet l’application des schémas de réutilisation plus agressifs en traitantconjointement les signaux transmis afin de pré-compenser les interférences co-canal. Cette technique a été étudiée dans lecadre des systèmes THD et sa performance dérivé en considérant une caractérisation réaliste antenne, prouvantl'importante amélioration dans la capacité totale du système. Des stratégies de scheduling ont été également étudiées etdes algorithmes évalués, prouvant que d'autres améliorations peuvent être réalisées considérant mécanismes intelligentsde scheduling. Une autre voie d'augmenter les ressources spectrales par faisceau a été étudiée considérant des schémasFFR, utilisés en grande partie dans les réseaux mobiles terrestres (c.-à-d. WiMax, LTE…). / The purpose of this Ph.D. thesis has been to investigate alternatives to the beam scaling in NG-HTS systems, assessingadvanced strategies to significantly increase total system capacity, without further exploding the number of beams. In thiscontext, aggressive frequency reutilization (FR) strategies come naturally into mind as a potential mean to increase overallbandwidth resources and therefore, boost system capacity. However, it leads to an increase on co-channel interferences,rendering the usage of additional spectrum not as efficient. Aiming to find a solution to this challenge, advancedinterference-based system techniques have been assessed in a realistic NG-HTS context, corresponding to Linear Precodingand Fractional FR (FFR) schemes. Linear Precoding is a MIMO-based technique which allows considering more aggressiveFR schemes by jointly processing the transmitted signals in order to pre-compensate co-channel interferences. Thistechnique has been studied in the frame of NG-HTS systems and their performances derived considering realistic antennacharacterization, proving significant improvement in total system capacity. Scheduling strategies have been alsoinvestigated and schedule algorithms assessed, showing further improvements can be achieved considering smartscheduling mechanisms. Another way to increase spectral resources per beam has been then investigated considering FFR schemes, used mostly in mobile terrestrial networks (i.e. WiMAX, LTE…). FFR scheme application has been characterized and adapted to the particularities of a realistic HTS satellite context and its gains in total capacity have been derived. A natural synergy between Linear Precoding and FFR has been then studied, leading to further improvements on total system capacity.

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This Master´s thesis describes the design of composite horizontal tail of VUT 100 aircraft. Load calculation and selection of the critical load cases is performed. Internal structure of stabilizer and right elevator is designed. Construction materials are chosen and the structure of the composite materials is proposed. FEM models of stabilizer and the right elevator are created in MSC Patran system and consequently the strength test of the models for the selected load cases is executed using MSC Nastran software and COMPOST.

京都大学 / 新制・課程博士 / 博士(医学) / 甲第24879号 / 医博第5013号 / 新制||医||1068(附属図書館) / 京都大学大学院医学研究科医学専攻 / (主査)教授 後藤 慎平, 教授 渡邊 直樹, 教授 平井 豊博 / 学位規則第4条第1項該当 / Doctor of Medical Science / Kyoto University / DFAM

Nous proposons l’étude d’une machine supraconductrice à flux axial composée d’un stator bobiné en cuivre et d’un inducteur avec des solénoïdes supraconducteurs à hautes températures critiques (HTc). Ce type de machine est adapté pour des applications de fortes puissances (plusieurs MW) avec de faibles vitesses de rotation (quelques centaines de tr/min), comme la propulsion de navire. Un accouplement magnétique, intégré au moteur, est utilisé pour transmettre le couple de l’inducteur supraconducteur vers la charge à température ambiante sans contact. On peut ainsi se passer des « torques tubes » qui sont habituellement présents dans les moteurs supraconducteurs pour relier mécaniquement l’inducteur à la charge et ainsi réduire les pertes thermiques par conduction. De plus, les accouplements magnétiques offrent une protection naturelle contre les surcharges mécaniques. Pour évaluer les performances de la solution proposée, nous avons développé un modèle analytique en 3D prenant en compte le comportement non linéaire des supraconducteurs en fonction du champ magnétique appliqué et de la température de fonctionnement. Ce modèle est ensuite intégré dans un processus de dimensionnement utilisant un algorithme génétique multi objectifs. Les résultats de cette optimisation montrent un gain en compacité (machine avec accouplement magnétique) 2 à 3,5 fois plus importants par rapport à des machines conventionnelles. Un prototype de machine supraconductrice à flux axial avec accouplement magnétique intégré est aussi réalisé. La conception, la fabrication et les tests sont présentés dans ce manuscrit. Tous les résultats sont validés par des calculs par éléments finis. / The study of an axial-field high temperature superconducting (HTS) motor for applications requiring high torque densities is proposed. The HTS motor consists of a stator with copper winding and an inductor with superconducting coils. A HTS magnetic coupler is used as a part of the system, to transmit the torque from the HTS motor to the load. This solution is a good alternative to the usually used torques tubes as it results in the reduction of conduction thermal losses and offers an intrinsic protection against overloads. To evaluate the performance of the studied device, a 3D electromagnetic analytical model has been developed. This model takes into account the dependence on the applied magnetic field and temperature of the HTS material. Finally, a genetic algorithms optimization of the studied device is carried out to find the optimum geometric dimensions. The results show that the proposed solution (machine with magnetic coupling) is about 2 to 3,5 times more compact than a conventional machine drive solution. An axial-field HTS motor with integrated magnetic coupling has been also designed, constructed and tested. The test results have been checked by 3D finite element computations.

Durch das Einbringen von Additiven, Füll- und Verstärkungsstoffen in eine polymere Matrix oder durch das Blenden unterschiedlicher Polymere ist es möglich, die Eigenschaften von Kunststoffen gezielt auf den Anwendungsfall hin zu optimieren. Gerade durch diese „Einstellbarkeit“ der Eigenschaften und infolge ihrer vergleichsweise geringen Dichte verdrängen Kunststoffe zunehmend klassische Werkstoffe und erobern so neue Anwendungsgebiete. Die Entwicklung solcher innovativer Kunststoffrezepturen (Compounds) ist jedoch zeitaufwendig und kostenintensiv. Um die gewünschten Gebrauchseigenschaften des Endproduktes zu erreichen, ist oft eine Vielzahl unterschiedlicher Zusatzstoffe erforderlich; somit werden entsprechende Rezepturen schnell sehr komplex. Bei der klassischen Materialentwicklung wird zumeist nicht erfasst/ermittelt, welche Synergien die einzelnen Bestandteile - positiver oder negativer Art - untereinander haben. Eine gezielte systematische Untersuchung dieser Synergien mit klassischen Methoden ist aus Kosten- und Zeitgründen kaum möglich. Für eine zeitgemäße Materialentwicklung sind daher neue Methoden gefragt, die eine schnelle Rezepturvariation, gepaart mit einem schnellen Eigenschaftsscreening, ermöglichen. Mit der Entwicklung des kombinatorischen Compoundier und High Throughput Screening Systems (CC/HTS-Systems) wurde im Rahmen dieser Arbeit eine, auch industriell einsetzbare, Basisanlage für die schnelle Entwicklung von neuen und innovativen Compoundrezepturen erstellt und hinsichtlich der Übertragbarkeit der Ergebnisse verifiziert. Das CC/HTS-System besteht aus: • einem Doppelschneckenextruder (ZSK 18 MegaLab) Eine entscheidende Besonderheit dieses System resultiert aus der Möglichkeit, die Materialzufuhr und damit die Zusammensetzung über rechnergesteuerte Dosierwaagen kontinuierlich zu verändern. Die im Vergleich zur klassischen Vorgehensweise somit vorhandene schnelle Rezepturänderung ermöglicht es in kürzester Zeit, eine große Rezepturvielfalt abzuarbeiten. • einer Flachfolienanlage Durch die direkte Kopplung der Flachfolienanlage mit der Folienextrusion wird der Rezepturgradient in einer Folie, im Sinne einer 1-dimensionalen Library „eingefroren“. • integrierten Prüfeinrichtungen Durch den Einsatz von in das System zu integrierenden unterschiedlichen HTS-Methoden ist eine schnelle und aussagefähige Charakterisierung der so hergestellten Rezepturen direkt online möglich. Erst diese im Rahmen dieser Arbeit entwickelten und validierten mechanischen Online-Prüfungen, als neue HTS-Methoden, ermöglichen durch deren Integration in das Gesamtsystem ein schnelles Materialscreening, indem die im Rahmen des CC hergestellten Folien (Library) online auf ihre mechanische Performance hin geprüft werden. Die mechanische Online-Prüfeinrichtung wurde so konzipiert, dass drei unterschiedliche Tests simultan in einer Vorrichtung durchgeführt werden. Hierbei handelt es sich um: • einen Durchstoßversuch, • einen Weiterreißversuch (wahlweise in oder travers zur Folienabzugsrichtung), • einen modifizierten Zugversuch (wahlweise in oder travers zur Folienabzugsrichtung). Anhand dieser drei zeitgleich online gemessenen Werkstoffkennwerte sind Aussagen über die wichtigsten mechanischen Eigenschaften - Steifigkeit, Zähigkeit und Festigkeit - abhängig von der Werkstoffzusammensetzung möglich. Die Prüfeinrichtungen für den Zug- und den Weiterreißversuch sind so konstruiert, dass sie sich je nach Entwicklungsaufgabe in der Prüfeinrichtung um 90° drehen lassen, um auch mechanische Eigenschaften in und/oder travers zur Folienabzugsrichtung zu ermitteln. Durch das Entfernen der Kerbmesser in der Prüfeinrichtung des Weiterreißversuchs lässt sich dieser zu einem zweiten Online-Zugversuch umrüsten, um z. B. gleichzeitig in und travers zur Folienabzugsrichtung die Zugfestigkeit zu erfassen. Hierdurch ist es möglich, in einem Prozessdurchlauf das anisotrope Werkstoffverhalten rezeptur- und prozessabhängig zu charakterisieren. Die Entwicklung der mechanischen Online-Prüfeinrichtung wurde durch stetige Validierung der Prüfergebnisse abgesichert. Als Ergebnis dieser Validierungsschritte ist festzuhalten, dass die online und offline ermittelten mechanischen Eigenschaften gut miteinander korrelieren. Eine entscheidende Frage beim CC war neben der Korrelierbarkeit der mechanischen Eigenschaften die Zuordnung der Rezepturzusammensetzung - welche sich kontinuierlich infolge der Gradientendosierung verändert - zu den online ermittelten Materialeigenschaften. Hierbei ist das Verweilzeitverhalten des Gesamtsystems, bestehend aus Extruder und Flachfolienanlage, zu berücksichtigen. Zur Beantwortung dieser Fragestellung wurden zunächst verschiedene theoretische Modelle auf ihre Anwendbarkeit hin untersucht. Es konnte gezeigt werden, dass das Double Backflow Cell Model die gewählte Versuchsanordnung am besten beschreibt. Als Ergebnis dieser theoretischen Überlegungen ist festzuhalten, dass für eine gute Korrelation von Rezepturzusammensetzung und online ermittelten Materialeigenschaften nur die System-Totzeit bei hinreichend langer Gradientenzeit zu berücksichtigen ist. Diese Arbeitshypothese konnte durch einen Versuch mittels Gradientenzugabe von Glasfasern von 0 w% auf 30 w% in Polypropylen und anschließender Glührückstandsbestimmung experimentell bestätigt werden. Im Anschluss an die Entwicklung und Validierung des Gesamtsystems (Gradientendosierung und mechanische Online-Prüfung) wurden die Möglichkeiten des CC/HTS-Systems anhand eines praxisrelevanten Zweistoffsystems, bestehend aus Polypropylen und verschiedenen POEs, welche sich im Viskositätsverhältnis zum Polypropylen und dem α-Olefin-Anteil unterscheiden, aufgezeigt. Durch das Blenden von Polypropylen mit einem Polyolefinelastomer (POE) lässt sich Polypropylen schlagzäh modifizieren. Bei einem solchen Blend aus zwei in der Regel nicht mischbaren Polymeren ist die sich einstellende Phasenmorphologie für das mechanische Werkstoffverhalten von entscheidender Bedeutung. Die Phasenmorphologie, also die Form und Größe der POE-Partikel, in der Polypropylenmatrix ist stark von der ausgewählten POE-Type abhängig. Um Aussagen zur Blendmorphologie zu erhalten, wurde im Rahmen dieser Untersuchungen die mechanische Online-Prüfung erstmals mit einer Online-Kleinwinkellichtstreuung als HTS-Methoden gekoppelt. Durch die Online-Kleinwinkellichtstreuung ist es möglich, simultan zu den mechanischen Eigenschaften auch online Rückschlüsse auf die Blendmorphologie zu erhalten. Diese Untersuchungen zeigten, wie die Morphologie und die mechanischen Eigenschaften korrelieren und welche Bedeutung der Auswahl der Blendpartner - des POEs – für das mechanische Werkstoffverhalten zukommt. Interessant war, dass die untersuchten Prozessparameter von untergeordneter Bedeutung für die Performance eines solchen Blends sind. Abschließend wurde die CC/HTS Methode auf eine industrielle Fragestellung - Dreistoffsystem bestehend aus Polypropylen/Glasfasern/Koppler – angewandt. Die Anwendbarkeit des Systems auch auf komplexere Werkstoffzusammensetzungen wurde dabei bestätigt. Es konnte gezeigt werden, dass mit Hilfe dieser Methode / Versuchseinrichtung die Compoundentwicklung deutlich beschleunigt und ressourcenschonender durchgeführt werden kann und die Ergebnisse mit den klassisch erarbeiteten Werten korrelieren.

The interferon (IFN) response is a crucial component of cellular innate immunity, vital for controlling virus infections. Dysregulation of the IFN response however can lead to serious medical conditions including autoimmune disorders. Modulators of IFN induction and signalling could be used to treat these diseases and as tools to further understand the IFN response and viral infections. We have developed cell-based assays to identify modulators of IFN induction and signalling, based on A549 cell lines where a GFP gene is under the control of the IFN-β promoter (A549/pr(IFN-β).GFP) and the ISRE containing MxA promoter (A549/pr(ISRE).GFP) respectively. The assays were optimized, miniaturized and validated as suitable for HTS by achieving Z' Factor scores >0.6. A diversity screen of 15,667 compounds using the IFN induction reporter assay identified 2 hit compounds (StA-IFN-1 and StA-IFN-4) that were validated as specifically inhibiting IFNβ induction. Characterisation of these molecules demonstrated that StA-IFN-4 potently acts at, or upstream, of IRF3 phosphorylation. We successfully expanded this HTS platform to target viral interferon antagonists acting upon IFN-signalling. An additional assay was developed where the A549/pr(ISRE).GFP.RBV-P reporter cell line constitutively expresses the Rabies virus phosphoprotein. A compound inhibiting viral protein function will restore GFP expression. The assay was successfully optimized for HTS and used in an in-house screen. We further expanded this assay by placing the expression of RBV-P under the control of an inducible promoter. This demonstrates a convenient approach for assay development and potentiates the targeting of a variety of viral IFN antagonists for the identification of compounds with the potential to develop a novel class of antiviral drugs.

Le bruissement enzymatiques, appelé mélanose post mortem chez les crustacés est un phénomène enzymatique catalysé par des protéines à activités phénoloxydases (tyronase, catécholase, laccase et hémocyanine). L'utilisation de conservateurs de type sulfites (E220 à E228 et E539) reste à l'heure actuelle la solution la plus répandue pour éviter le développement de cette coloration peu attrayante pour le consommateur. Mais une partie de la population développe des réactions d'hypersensibilité en consommant des aliments sulfités. Dans l'onbjectif de rechercher une alternative à ces conservateurs, deux axes de recherche ont été développés durant ces travaux de thèse : la caractérisation biochimique des protéines responsables de la mélanose post mortem chez la crevette P. monodon, puis la recherche de molécules inhibitrices. Un fractionnement sur résine Phenyl Sepahrose™ CL-4B (HIC) suivie d'une séparation par électrophorèse SDS-PAGE ont montré la présence de trois protéines de 46, 82 et 89 kDa à activité principalement laccase. Une identification par RP-HPLC-Q/TOF a mis en évidence la présence d'hémocyanine uniquement. Un pH de 7,0 et une température comprise entre 37 et 50 °C ont mis en évidence les activités les plus importantes, en utilisant le dosage enzymatique dit "test au MBTH". Par ailleurs, un criblage à haut débit de 45 molécules potentiellement inhibitrices a été réalisé dans des conditions d'analyses standardisées grâce à l'outil de robotique de la plateforme Realcat. Une inhibition a été mise en évidence pour 23 composés, certains étant suffisamment efficaces pour être utilisés seuls. D'autres pourraient être introduits dans un cocktail de molécules inhibitrices aux fonctionnalités complémentaires. Les résultats des tests de trempage réalisés sur des crevettes entières ont montré qu'il était indispensable de compléter les études in vitro avec des essais à l'échelle de la matrice alimentaire dans son intégralité. / Enzymatic browning, called post mortem melanosis in crustaceans, is an enzymatic phenomenon catalyzed by proteins with phenoloxidase activities (tyronase, catecholase, laccase and hemocyanin). The use of sulfite preservatives (E220 to E228 and E539) remains at present the most widespread solution to avoid the development of this unattractive color towards consumers. But, a part of the population develops hypersensitivity reactions by consuming sulfited foods. With the objective to find an alternative to these conversators, two research axes have been planned : the biochemical characterization of the proteins responsible for post mortem melanosis in the P. monodon shrimp, then the search for inhibitory molecules. Fractionation on Phenyl Sepahrose™ CL-4B resin (HIC) followed by SDS-PAGE electrophoresis separation showed the presence of three proteins of 46, 82 and 89 kDa with mainly laccase activity. Identification by RP-HPLC-Q / TOF revealed the presence of hemocyanin only. A pH of 7.0 and a temperature between 37 and 50 °C showed the most important activities, using the enzymatic assay called "MBTH test". On the other hand, a high throughput screening of 45 potentially inhibitory molecules could be performed under standardized analysis conditions thanks to the robotic tools of the Realcat platform