Les lésions iléales de patients atteints de maladie de Crohn (MC) sont anormalement colonisées par Escherichia coli adhérent et invasif (AIEC). Les mutations du gène NOD2 sont un facteur de risque pour la MC iléale et diminuent la clairance bactérienne. Le système immunitaire inné et la flore commensale sont indispensables au maintien de l’intégrité de la barrière intestinale. Le but de notre étude est d’évaluer l’impact d’un déséquilibre de la flore commensale induit par un traitement antibiotique sur la colonisation par AIEC chez des souris sauvages (WT) et NOD2 knock-out (NOD2KO), et les conséquences sur l'inflammation intestinale.MÉTHODE : Après un traitement antibiotique de 3 jours par voie orale, des souris WT et NOD2KO sont infectées avec 10^9 UFC d'AIEC (06362 ou LF82) une fois par jour pendant 2 jours. Les contrôles sont constitués de souris non infectées et de souris infectées sans traitement antibiotique. Les animaux sont sacrifiés à J1, J5 et J60 après l’infection par AIEC. En parallèle, des souris WT sont infectées par AIEC consécutivement à un traitement par dextran sodium sulfate (DSS) et sont sacrifiées 9 jours plus tard. Des échantillons de côlon, d’iléon, et tissus mésentériques sont prélevés pour 1) quantifier AIEC dans les muqueuses colique et iléale, 2) étudier la translocation bactérienne et 3) évaluer les signes d’inflammation histologiques et moléculaires. RÉSULTATS : Sans traitement antibiotique, AIEC n’est pas capable de coloniser les souris WT et NOD2KO. Comparé aux animaux non traités, le traitement antibiotique a permis une augmentation significative de la colonisation des flores adhérentes colique et iléale par AIEC chez les souris WT et NOD2KO. Une colonisation persistante par AIEC était encore observée à J5 uniquement chez les souris NOD2KO, mais n’était plus détectée à J60. La translocation mésentérique d’AIEC était observée uniquement chez les souris NOD2KO. De plus, on remarque une plus grande sensibilité des souris NOD2KO traitées par antibiotiques à la colonisation intestinale par des entérobactéries opportunistes potentiellement pathogènes. Aucun signe d’inflammation intestinale histologique ou moléculaire n’est observé chez les souris WT et NOD2KO traitées par antibiotiques et infectées par AIEC. Au cours de la colite induite par le DSS, une colonisation et une persistance d'AIEC ont été observés dans le côlon. De plus, une augmentation dramatique des paramètres clinique, histologique et moléculaire de la colite a été observé chez les souris infectées par AIEC mais pas chez les souris infectées par une souche d'E. coli commensale.CONCLUSION : Le traitement antibiotique était nécessaire à la colonisation de l'intestin et des tissus mésentériques par AIEC, et la persistance d'AIEC était dépendante de NOD2. AIEC a exacerbé une colite préexistante induite par le DSS chez les souris WT. / Ileal lesions of Crohn's disease (CD) patients are abnormally colonized by adherent-invasive Escherichia coli (AIEC). NOD2 gene mutations are risk factors for CD and impair bacterial clearance. Since innate immune system and commensal microbiota are critical to maintain intestinal barrier integrity, we evaluated the impact of commensal microbiota disruption induced by short term antibiotic treatment on AIEC colonization in wild type (WT) and NOD2 knock-out mice (NOD2KO), and the consequences on intestinal inflammation. Methods: After 3 days of oral antibiotic treatment, WT and NOD2KO mice were infected with 10^9 CFU AIEC once a day for 2 days. Controls are constitued by non infected mice and mice challenged with AIEC without antibiotic treatment. Animals were sacrificed 1, 5 and 60 days after AIEC administration. In parallel, mice were challenged with AIEC subsequent to a dextran sodium sulfate (DSS) treatment and sacrificed 9 days later. Ileum, colon, and mesenteric tissues were sampled for 1) AIEC quantification in ileal and colonic tissues, 2) bacterial translocation, and 3) evaluation of intestinal inflammation. Results: Without antibiotic treatment, AIEC was not able to colonize WT and NOD2KO mice. Compared with non-treated animals, antibiotic treatment led to a significant increase in ileal and colonic adherent AIEC colonization in both WT and NOD2KO mice. Persistent AIEC colonization was still observed until day 5 only in NOD2KO mice, disappearing at day 60. Mesenteric translocation of AIEC was observed only in NOD2KO mice. Morover, NOD2KO mice treated with antibiotics were more colonized by opportunistic enterobacteria. No inflammation was observed in WT and NOD2KO mice treated with antibiotics and infected with AIEC. During DSS-induced colitis, colonization and persistence of AIEC was observed in the colon. Moreover, a dramatic increase in clinical, histological, and molecular parameters of colitis was observed in mice infected with AIEC but not with a commensal E. coli strain.Conclusion: Antibiotic treatment was necessary for AIEC colonization of the gut and mesenteric tissues and persistence of AIEC was dependent on NOD2. AIEC exacerbated a preexisting DSS-induced colitis in WT mice.

Dans le cadre des applications thérapeutique et diagnostique en orthopédie assistées par ordinateur, il est essentiel de pouvoir connaître avec précision la position et l'orientation d'une structure osseuse. Selon le domaine d'application, la localisation est obtenue soit par l'implantation d'un corps rigide localisé soit par l'utilisation de marqueurs externes collés sur la peau. Le premier dispositif est relativement précis mais il est assez invasif. Le second est non invasif mais il est peu précis. Nous proposons une solution alternative à ces approches par la mise en œuvre d'un suivi par échographie 3D. Une difficulté vient bien évidemment de la spécificité des ultrasons vis-à-vis des structures osseuses. Nous avons développé un algorithme de recalage iconique rigide utilisant une mesure de similarité hybride calculée sur les images originales et des images de régions. Diverses expérimentations ont été menées pour évaluer notre approche. Les résultats obtenus sont assez prometteurs.

La qualité d’un ovocyte se définit par l’acquisition d’une compétence à la méiose et d’une compétence au développement. Le cumulus joue un grand rôle dans la maturation ovocytaire grâce au dialogue qui s’instaure entre lui et l’ovocyte. Ce dialogue met en jeu le contrôle de l’expression de gènes spécifiques. C’est pourquoi nous avons étudié les variations du profil d’expression de gènes exprimés dans le cumulus. Une première étude nous a permis de relier les variations d’expression de gènes cibles (STAR, COX2, AREG, SCD1, SCD5 et CX43) à la qualité ovocytaire. Puis par une approche globale de puces à oligonucléotides, nous avons pu mettre en évidence 13 marqueurs potentiels de la compétence à la méiose: CMAS, MRO, MT3, ELA2B, ELA2A, SFRP4, LAPTM4B, ANG, VWF, ITPR1, PTX3, NRIP1 et RUNX2; et 5 marqueurs potentiels de la compétence au développement: RGS2, ANG, PTX3, NRIP1 et NOTCH2. Mes travaux de thèse ont donc permis de mieux appréhender le dialogue ovocyte-cumulus en étudiant les acteurs de celui-ci et de caractériser des marqueurs non invasifs de la qualité ovocytaire. / During its maturation, an oocyte will acquire a meiotic competence and a developmental competence, which define its quality. It has been well established that the dialog between oocyte and surrounding cumulus cells will contribute to oocyte maturation, through (but not only) the expression of some specific genes. Therefore, we studied the expression profile of genes expressed in cumulus cells according to the oocyte maturity. In a first study, we observed that the variation of expression levels of some genes (STAR, COX2, AREG, SCD1, SCD5 and CX43) can be related to the maturity status of the oocyte. Moreover, by microarray hybridization, we identified 13 potential markers of oocyte nuclear maturity: CMAS, MRO, MT3, ELA2B, ELA2A, SFRP4, LAPTM4B, ANG, VWF, ITPR1, PTX3, NRIP1 and RUNX2; and 5 potential markers of developmental competence of the oocyte: RGS2, ANG, PTX3, NRIP1 and NOTCH2. Thus our result permitted to better understand the role of cumulus cells in the oocyte-cumulus dialog and to identify non invasive markers of oocyte quality.

Ces dernières années, il est apparu que le stroma péritumoral et en particulier les fibroblastes associés au cancer exprimant l’actine musculaire lisse (CAFs : carcinoma-associated fibroblasts/ myofibroblasts) faisaient partie intégrante du processus carcinologique observé dans diverses tumeurs épithéliales y compris dans les carcinomes mammaires.L’objectif de ce travail de thèse a donc été :1) D’analyser la distribution « in situ » de ses CAFs/myofibroblastes dans les lésions mammaires de carcinome intraductal (CID), de carcinomes invasifs non spécifiques (No Special Type – CaNST) et de carcinomes métastatiques.2) De déterminer si cette réaction myofibroblastique pouvait prendre naissance à partir des fibroblastes « résidents » CD 34 positifs par l’intermédiaire du TGF-1 et de son récepteur.3) De déterminer si l’action pro carcinogénique de cette réaction myofibroblastique pouvait être liée à la surexpression stromale de la métalloprotéinase de la matrice de type-2 (MMP-2).4) De déterminer si l’expression des récepteurs aux glucocorticoïdes (GR) était présente au sein de ces cellules stromales afin de constituer une cible thérapeutique potentielle. Nos trois premiers travaux ont consisté en une analyse semi-quantitative par immunohistochimie de l’expression de l’anticorps anti- CD 34, marqueur de fibroblastes mammaires, et de l’anticorps anti–actine musculaire lisse (AML), marqueur de myofibroblastes, au sein du stroma de lésions CID, de CaNST et de lésions métastatiques, hépatiques et ganglionnaires. Ces expériences ont mis en évidence la perte progressive de l’expression stromale du CD34 et l’apparition progressive, « en miroir », de l’expression stromale de l’AML autour des foyers de CID et ce de manière proportionnelle au grade nucléaire de ces lésions. En ce qui concerne les CaNST, nous avons constaté la perte de l’expression stromale du CD34 et la présence de la réaction myofibroblastique AML positive dans 100 % des cas. L'intensité d'expression de l'actine musculaire lisse était corrélée de manière significative avec la présence de métastases ganglionnaires. Enfin, cette réaction myofibroblastique a été également retrouvée de manière constante au sein des métastases ganglionnaires et hépatiques. Notre quatrième travail a consisté en l’étude immunohistochimique du TGF-1 et de son récepteur (TGF-R1) dans les lésions de CaNST et au traitement in vitro de lignées cellulaires de fibrocytes mammaires par du TGF-1. Nous avons pu constater une augmentation statistiquement significative de l’expression du TGF-1 au sein des cellules tumorales et une augmentation statistiquement significative de l’expression du TGF-R1 au sein du stroma péritumoral par rapport au tissu mammaire normal. Par ailleurs, le traitement in vitro d’une lignée de fibroblastes mammaires par le TGF-1 faisait apparaître une expression d’AML au sein de ces cellules.Notre cinquième travail a permis de mettre en évidence, par immunohistochimie, une relation entre l’expression stromale de la métalloprotéinase de la matrice de type 2 (MMP-2) et le sous-type tumoral selon la classification luminale. Les tumeurs exprimant HER-2/Neu présentaient une plus forte expression stromale de MMP-2, considérée comme potentiellement pro-invasive.Enfin, notre dernier travail a mis en évidence l’expression fréquente (>90% des cas) des récepteurs aux glucocorticoïdes (GR) au sein des CAFs/ myofibroblastes des CaNST. Cette expression était corrélée de manière significative avec le grade tumoral, l’indice de Ki-67 et l’expression de ces mêmes GR au sein des cellules tumorales épithéliales.En conclusion, les résultats découlant de ces différents travaux démontrent une réaction stromale péritumorale constante et ce tout au long du processus de développement tumoral, dès le stade de carcinome in situ jusqu’au stade métastatique.Une des origines potentielles de ces myofibroblastes est vraisemblablement la transformation des fibroblastes « résidents » mammaires par l’intermédiaire du TGF- et de son récepteur. Ces myofibroblastes présentent par ailleurs des caractéristiques d’expression de MMP-2 différentes en fonction des sous types de carcinomes mammaires suggérant que le stroma péritumoral est en partie différent en fonction du sous type tumoral. Enfin, les récepteurs aux glucocorticoïdes (GR) qui sont fréquemment observés dans ces cellules myofibroblastiques pourraient à l’avenir constituer de nouvelles cibles dans la régulation de l’action de ces cellules. / Doctorat en Sciences médicales (Médecine) / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Les lésions iléales de patients atteints de maladie de Crohn (MC) sont anormalement colonisées par Escherichia coli adhérent et invasif (AIEC). Les mutations du gène NOD2 sont un facteur de risque pour la MC iléale et diminuent la clairance bactérienne. Le système immunitaire inné et la flore commensale sont indispensables au maintien de l'intégrité de la barrière intestinale. Le but de notre étude est d'évaluer l'impact d'un déséquilibre de la flore commensale induit par un traitement antibiotique sur la colonisation par AIEC chez des souris sauvages (WT) et NOD2 knock-out (NOD2KO), et les conséquences sur l'inflammation intestinale.MÉTHODE : Après un traitement antibiotique de 3 jours par voie orale, des souris WT et NOD2KO sont infectées avec 10^9 UFC d'AIEC (06362 ou LF82) une fois par jour pendant 2 jours. Les contrôles sont constitués de souris non infectées et de souris infectées sans traitement antibiotique. Les animaux sont sacrifiés à J1, J5 et J60 après l'infection par AIEC. En parallèle, des souris WT sont infectées par AIEC consécutivement à un traitement par dextran sodium sulfate (DSS) et sont sacrifiées 9 jours plus tard. Des échantillons de côlon, d'iléon, et tissus mésentériques sont prélevés pour 1) quantifier AIEC dans les muqueuses colique et iléale, 2) étudier la translocation bactérienne et 3) évaluer les signes d'inflammation histologiques et moléculaires. RÉSULTATS : Sans traitement antibiotique, AIEC n'est pas capable de coloniser les souris WT et NOD2KO. Comparé aux animaux non traités, le traitement antibiotique a permis une augmentation significative de la colonisation des flores adhérentes colique et iléale par AIEC chez les souris WT et NOD2KO. Une colonisation persistante par AIEC était encore observée à J5 uniquement chez les souris NOD2KO, mais n'était plus détectée à J60. La translocation mésentérique d'AIEC était observée uniquement chez les souris NOD2KO. De plus, on remarque une plus grande sensibilité des souris NOD2KO traitées par antibiotiques à la colonisation intestinale par des entérobactéries opportunistes potentiellement pathogènes. Aucun signe d'inflammation intestinale histologique ou moléculaire n'est observé chez les souris WT et NOD2KO traitées par antibiotiques et infectées par AIEC. Au cours de la colite induite par le DSS, une colonisation et une persistance d'AIEC ont été observés dans le côlon. De plus, une augmentation dramatique des paramètres clinique, histologique et moléculaire de la colite a été observé chez les souris infectées par AIEC mais pas chez les souris infectées par une souche d'E. coli commensale.CONCLUSION : Le traitement antibiotique était nécessaire à la colonisation de l'intestin et des tissus mésentériques par AIEC, et la persistance d'AIEC était dépendante de NOD2. AIEC a exacerbé une colite préexistante induite par le DSS chez les souris WT.

Les évolutions technologiques des dernières années ont premis de mettre en évidence un nouveau domaine de recherche : les Réseaux de Capteurs Sans Fil ( RCSFs). Les RCSFs sont basés sur des systèmes embarqués à fortes contraintes de ressources telles que l'énergie, la puissance de calcul et la mémoire. Leurs domaines d'application sont vastes allant notamment de la collecte de données environnementales à la surveillance d'infrastructures en passant par l'aide aux personnes. Une application type contient de quelques dizaines à plusieurs milliers de capteurs sans fil (noeuds). Le challenge que cette thèse se propose de relever est de fournir des méthodes simples et peu intrusives pour administrer ces réseaux. L'objectif est de répondre à ce besoin en minimisant l'impact sur le fonctionnement des noeuds ainsi que le coût énergétique. La solution proposée -LiveNode Non Invasive, Context aware, and Modular management (LiveNCM)- fournit des méthodes permettant de connaître l'état des noeuds et d'interagir avec eux en prenant en compte le contexte applicatif et en utilisant des estimateurs pour minimiser les échanges. Déployé sur une application de collecte de données environnementales, LiveNCm propose un outil de supervision basé sur une extesion du protocole SNMP. Les résultats obtenus notamment sur les gains énergétiques sont importants avec une autonomie du réseau augmentée de plus de 50% pour certaines grandeurs physiques observées dans un contexte spécifique. De plus, en minimisant les échanges dans le réseau, LiveNCM limite les collisions et les goulots d'étranglement qui peuvent apparaître sur le serveur de collecte des données et entre les noeuds

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

L’étiologie exacte des maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI) reste actuellement méconnue. Mais un déséquilibre de la flore bactérienne, plus connu sous le nom de dysbiose et se traduisant par une augmentation de bactéries potentiellement pathogènes versus une diminution de bactéries bénéfiques, est démontré en permanence. De précédentes études ont permis de mettre en évidence la présence de souches pathogènes d’E. coli chez les patients atteints de la maladie de Crohn (MC). Ces souches appartiennent au pathovar Adherent Invasive E. coli (AIEC) et sont caractérisées par leur capacité à adhérer et à envahir les cellules épithéliales intestinales, à survivre et à se multiplier dans les macrophages en induisant une synthèse intense de TNF. La mise en évidence de ce pathovar a essentiellement été réalisée sur des biopsies de patients présentant une MC. Et bien que les mécanismes de pathogénicité et de virulence de la souche AIEC soient clairement déterminés, il n’existe pas d’études approfondies sur la prévalence des AIEC au niveau des matières fécales chez les patients atteints de MICI en comparaison à des individus sains. Ainsi, ce projet de thèse s’inscrit dans une meilleure compréhension de l’implication de ce pathovar AIEC dans les MICI au niveau luminal. Cette thèse cible différents points: prévalence et détection des AIEC, leur proportion relative par rapport à la flore E. coli totale, leur capacité d'invasion, leur phylogroupe ainsi que leur transmissibilité. A l’issue de ce travail, nous montrons que les AIEC sont retrouvés au niveau luminal chez les patients atteints de la MC mais également chez les patients présentant une rectocolite hémorragique, avec une détection des AIEC chez 33% et 2% respectivement. En outre, ces études ont permis de montrer une prévalence plus forte de ce pathovar dans les matières fécales d’individus sains (51%) en comparaison aux patients atteints de MICI. Et lorsque les AIEC sont présents, que ce soit chez les patients atteints de MICI et chez les témoins, ils représentent en moyenne 20 à 30% de la flore E. coli. Nous avons également pu montrer qu’il n’existe pas de différences significatives des scores d’invasion des isolats AIEC chez les patients atteints de MICI et chez les sujets sains. Certaines souches d’AIEC, isolées chez les patients atteints de MC et chez les sujets sains, ont été caractérisées génétiquement par la technique d’électrophorèse sur gel en champ pulsé. Sur ces souches, différents profils génétiques ont été obtenus attestant de la forte variabilité intra- et interindivuelle des AIEC. En conclusion, les AIEC, au vue de leur forte prévalence chez des sujets en bonne santé, seraient plutôt à reconsidérer comme des pathobionts ce qui définit un symbionte pouvant acquérir des propriétés virulentes chez un hôte prédisposé génétiquement en raison de facteurs environnementaux et/ou diététiques et ainsi favoriser l’inflammation intestinale. / Many studies have reported an imbalance of bacterial flora in patients with inflammatory bowel disease (IBD), which includes Crohn's disease (CD) and ulcerative colitis (UC), defined as a dysbiosis, and resulting in an increase in potentially pathogenic bacteria versus a decrease in beneficial bacteria. Previous studies have highlighted the presence of pathogenic strains of E. coli in patients with CD. These strains belong to the pathovar Adherent Invasive E. coli (AIEC) and are characterized by their ability to adhere and invade intestinal epithelial cells, to survive and to multiply in macrophages by inducing an intense synthesis of TNF. In recent years, many studies established a link between AIEC pathovar and CD. Many of these studies have been performed on biopsies of patients with CD. And although the mechanisms of pathogenicity and virulence of the AIEC strain are clearly determined, there are no in-depth studies on the prevalence of AIEC in feces in IBD patients in comparison to healthy individuals. Thus, the goal of this thesis project is to better understand the involvement of AIEC pathovars in IBD at the luminal level. This thesis is based more precisely on the study of the prevalence of AIEC in feces of patients with IBD in comparison to healthy subjects, targeting different points: prevalence and detection of AIEC, their relative proportion compared to total E. coli flora, their invasion capacity, their phylogroup as well as their transmissibility. AIEC are found at luminal level in patients with CD but also in patients with UC, with detection of AIEC in 33% and 2% respectively. In addition, a higher prevalence of these pathovar is present in the feces of healthy individuals (51%) compared to patients with IBD. And when AIEC are present, both in IBD patients and in controls, they represent on average 20 to 30% of the E. coli flora. We have also been able to show that there are no significant differences in AIEC invasion scores in patients with IBD and in healthy subjects. Some AIEC strains, isolated in patients with CD and in healthy subjects, have been genetically characterized by pulsed-field gel electrophoresis. Different genetic profiles have been obtained attesting the high intra- and interindividual variability of AIEC strains. In conclusion, because of their high prevalence in healthy individuals, AIEC should be reconsidered as pathobionts, which defines a symbiont acquiring virulent properties in a genetically predisposed host due to environmental and / or dietary factors and thus promoting intestinal inflammation.

Dans cette thèse, une méthode permettant d'enrichir localement un problème Eléments finis industriel est présentée. Cette méthode est non-intrusive, c'est-à-dire que ni le modèle ni le logiciel correspondant ne sont modifiés. Elle consiste à définir un modèle local de la zone concernée, contenant les enrichissements voulus, puis à le substituer au sein du problème industriel, à l'aide d'une technique de couplage de codes adaptée des méthodes de décomposition de domaine. L'aspect non-intrusif et la flexibilité de l'approche sont obtenus en utilisant les deux solveurs comme "boîte noires" et en n'échangeant que des chargements nodaux d'un code à l'autre. L'application présentée ici concerne l'introduction de plasticité et de détails géométriques localisés dans un modèle élastique linéaire. Deux sortes de conditions aux limites sur le modèle local sont étudiées (Dirichlet et Robin) et une technique d'accélération quasi-Newton non-intrusive est proposée, menant à une convergence très rapide. Les exemples présentés utilisent le logiciel Abaqus et incluent un problème industriel banalisé fourni par Snecma.

Thèse de doctorat : Médecine. Biochimie : Reims : 2001. / 2001REIMM201. Bibliogr. :153-176 f.