No description available.

No description available.

Lactococcus lactis est une bactérie lactique très utilisée pour la fabrication de divers fromages. Cependant, cette bactérie est susceptible aux bactériophages qui peuvent causer sporadiquement des problèmes de fermentation. À cause de ces problèmes, les phages de L. lactis sont les plus étudiés après les entérophages. Néanmoins, bien des notions restent vagues au sujet de l’évolution et la biologie de ceux-ci, et ceci est particulièrement saillant pour les systèmes anti-phages. Au cours de ce projet, trois différents aspects de la biologie ces phages ont été abordés : leur diversité génétique, leur évolution, et les mécanismes anti-phages. Le séquençage du génome du phage P335 a permis de démontrer l’hétérogénéité des membres du groupe du même nom ainsi que de détecter l’émergence de sous-groupes à l’intérieur de celui-ci. De plus, un module de gènes morons a été identifié. Ces gènes possèdent de l’homologie avec des séquences provenant de prophages appartenant à d’autres taxons. Le second objectif a démontré la plasticité génétique des phages du groupe P335 et leur évolution en présence de deux mécanismes de résistance aux phages de type Abi. Un phage du groupe P335 a échangé jusqu’à 79% de son génome pour devenir résistant aux systèmes antiphages AbiK et AbiT. Les phages mutants ont acquis des nouveaux modules d’ADN provenant d’au moins deux prophages retrouvés dans le génome de leur hôte. Finalement, le mode d’action du mécanisme AbiT a été étudié. Plusieurs phages résistants à AbiT ont été isolés et caractérisés. Trois cibles ou activateurs d’AbiT ont été identifiés. Deux sont des gènes précoces dont la fonction est inconnue. Le troisième gène fait partie du module de morphogénèse et encode la protéine majeure de la capside. Lactococcus lactis et ses phages sont un modèle important pour la compréhension des interactions phage/hôte chez les bactéries lactiques. Ce projet a permis d’acquérir des connaissances sur la diversité génétique et l’évolution des phages du groupe P335. Ces phages possèdent une impressionnante plasticité génétique et leurs populations évoluent rapidement en présence d’une pression sélective, tels les systèmes anti-phages. Il s’est aussi avéré que le mode d’action mécanisme anti-phages AbiT est beaucoup plus complexe qu’initialement anticipé puisqu’il cible trois différentes composantes phagiques. / Lactococcus lactis is a lactic acid bacterium widely used for production of diverse cheeses. Nonetheless, this bacterium is susceptible to bacteriophages that are sporadically causing fermentation problems. The phages of L. lactis are among the most studied. However, many notions remain vague about their evolution and biology, and this is especially notable in response to anti-phage systems. Three different aspects of L. lactis phage biology were studied in this thesis: their genetic diversity, their evolution and the anti-phage mechanisms. The genome of the phage P335 was sequenced and analyzed revealing the heterogeneity of the groups bearing the same name and it was also possible to point out the emergence of sub-groups within this group. A module of moron genes possessing homology with prophages from other taxons was identified in the phage P335 illustrating the genomic plasticity of these phages. The second objective of this project was to demonstrate the genetic plasticity of the group P335 and their evolution when challenged with Abi phage resistance mechanisms. Phage mutants were isolated and characterized. One of the phage mutants had exchanged as much as 79% of its genome to acquire resistance to both AbiK and AbiT. The phage mutants have exchange genetic module from at least two different prophages within their host genome. Finally, AbiT mode of action was studied. Many phage mutants resistant to AbiT were isolated and characterized. Three AbiT targets/activators were identified. Two are early genes of unknown function. The third target is a late gene found in the morphogenesis module and is coding for the major capsid protein. Lactococcus lactis and their bacteriophages are an important model for the understanding of lactic acid bacteria phage/host interaction. This project increases our knowledge on the evolution of P335 phages and their genetic diversity. The amazing genetic plasticity of these phages allows their populations to rapidly evolve when confronted to a selective force such as anti-phage systems. Moreover, the mode of action of AbiT is more complex that initially estimated since it targets three phage components in different functional modules.

Tableau d’honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2007-2008. / Lactococcus lactis transforme le lait en produits fermentes, mais parfois des bactériophages virulents peuvent altérer ce processus. Les phages de l'espèce 936 de L. lactis sont principalement retrouvés dans l'industrie de la transformation du lait. Une meilleure compréhension de leurs mécanismes évolutifs pourrait permettre un meilleur contrôle de cette espèce de phages. Dans ce travail, l'analyse de six phages de l'espèce 936 infectant la même souche industrielle de L. lactis et isolés dans la même fromagerie québécoise a été effectuée. Le séquençage complet de leur génome à ADN, une identification des protéines structurales ainsi que des hybridations de type ADN-ADN ont été réalisées. Après analyses comparatives, deux phages se sont révélés à 100% identiques et ce, même s'ils ont été isolés à 14 mois d'intervalle. De plus, aucun ADN des phages à l'étude n'a été retrouvé dans le génome des bactéries hôtes. Ces résultats suggèrent que ces phages sont capables de persister dans une usine et de s'échanger du matériel génétique entre eux.

Tableau d’honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2012-2013. / Lactococcus lactis est une bactérie largement utilisée par l'industrie laitière et sa sensibilité à des bactériophages virulents a une importance économique considérable. La caractérisation de ces phages est donc essentielle pour mieux comprendre leur fonctionnement afin de les contrôler. À ce jour, aucune technique fiable pour modifier génétiquement des lactophages virulents n’est disponible. Une des avenues possibles est l’utilisation d’une approche de génie génétique faisant appel à des recombinases de phages, le recombineering. Ce projet de maîtrise visait le développement d’un système de recombineering pour les lactophages virulents. Les expériences in vivo chez L. lactis ont montré que les recombinases Sak et Sak3 n’étaient pas appropriées pour faire du recombineering. Curieusement, quelques recombinants ont été obtenus indépendamment des recombinases, probablement par un processus encore mal compris appelé oligo-recombinaison. Ce mécanisme n’avait pas encore été observé chez une bactérie à Gram positif et a aussi été efficace pour construire des lactophages mutants. / Lactococcus lactis is a widely used bacterium by the dairy industry and its sensitivity to virulent bacteriophages has an important economic relevance. Thus, the characterization of these phages is needed to better understand their mecanism of infection and to control them. Currently, no reliable tool is available to genetically modify virulent lactococcal phages. A possible approach is a genetic engineering method called recombineering which relies on the use of phage recombinases. The aim of this M. Sc. Project was to develop a recombineering system for virulent phages infecting L. lactis. In vivo experiments have shown that recombinases Sak and Sak3 were not efficient for recombineering. Interestingly, a few recombinants were obtained independantly of these recombinases, probably by the uncharacterized process named oligo-recombination. This mechanism had not been observed yet in a Gram-positive bacterium, and it has also been efficient to produce lactococcal phage mutants.

Thesis (Ph. D.)--University of Wisconsin--Madison, 1948. / Typescript. Vita. eContent provider-neutral record in process. Description based on print version record. Includes bibliography.

Thesis (Ph. D.)--University of Wisconsin--Madison, 1951. / Typescript. Vita. eContent provider-neutral record in process. Description based on print version record. Includes bibliographical references (leaves 50-53).

Thesis (Ph. D.)--University of Wisconsin--Madison, 1964. / Typescript. Vita. eContent provider-neutral record in process. Description based on print version record. Includes bibliographical references.

Les fromages au lait cru présentent un écosystème microbien complexe où chaque acteur interagit avec ses voisins et avec le milieu. Parmi ces interactions, l’une d’elle est particulièrement intéressante, l’antagonisme, autrement dit la capacité d’un individu à inhiber la croissance d’un autre. Ces interactions antagonistes sont particulièrement étudiées dans les écosystèmes bactériens fromagers et ont conduit à l’identification de bactéries lactiques productrices de bactériocines. Parmi elles, certaines souches ont révélé des propriétés probiotiques et présentent ainsi un fort potentiel dans la lutte contre les résistances aux antibiotiques. D’un autre côté, l’écosystème fongique des fromages est encore peu étudié. Ce dernier est cependant prometteur, notamment par la possibilité d’abriter des levures productrices de mycocines et/ou possédant des propriétés probiotiques. Dans ce cadre, les présents travaux ont porté sur l’étude d’un fromage du terroir des Hauts-de-France, la Tomme d’Orchies. Ils ont permis la mise en évidence de deux levures antagonistes non-Saccharomyces, présentant un potentiel probiotique. L’écosystème microbien de la Tomme d’Orchies sera décrit et la recherche et la caractérisation de levures antagonistes seront effectuées au sein de son écosystème fongique. Deux souches de Kluyveromyces (K. marxianus S-2-05 et K. lactis S-3-05) seront mises en évidence. Ces dernières présentant un pouvoir antagoniste large, contre des bactéries à Gram positifs et négatifs et contre une levure pathogène. De plus, un haut potentiel d’utilisation comme agents probiotiques a été observé, complété par une activité antioxydante d’intérêt médical, observé chez K. marxianus. / Raw milk cheeses show a complex microbial ecosystem, where each actor interacting with its neighbor and with its environment. Among these interactions, one is particularly interesting, the antagonism, in other words the capacity of an individual to inhibit the growth of another. Antagonistic interactions are massively studied in bacterial cheese ecosystems and lead to the identification of bacteriocin-producing lactic acid bacteria. Among these strains, some revealed probiotics properties and a high potential in the fight against antibiotics resistances. Additionally, cheese fungal ecosystems were poorly studied. However, this ecosystem is promising as it might contain mycocin-producing yeasts and/or showing probiotic properties. In this frame, our work focused on a local French cheese, the “Tomme d’Orchies”. Two non Saccharomyces antagonistic yeasts, with a probiotic potential, were identified in this cheese. Microbial ecosystems of the “Tomme d’Orchies” will be described before presenting the research and the characterization of antagonistic yeast in the fungal ecosystem. Two strains of Kluyveromyces (K. marxianus S-2-05 and K. lactis S-3-05) will be highlighted, with broad antagonistic properties, against Gram positive and negative bacteria, but also against pathogenic yeast. A high potential to be used as probiotic agents could be observed, in addition to antioxidative properties for K. marxianus, with medical relevance.

No description available.