Dans ce travail de thèse, nous avons effectué l'étude systématique, bio-écologique et chimique des ascidies dans les golfes de Tunis et de Hammamet et dans deux lagunes (Bizerte et El Bibane). Nous avons prélevé par plongée en scaphandre autonome, entre janvier 2006 et Janvier 2008, 70 espèces d'ascidies dont la majorité sont des espèces à affinités Atlantoméditerranéenne et parmi eux 6 espèces ont été signalées pour la première fois en Tunisie. Ces espèces présentent une variabilité spatiale et temporelle. L'analyse de correspondance entre les ascidies et les communautés étudiées a permis de mettre en relief une relation entre les communautés sous pressions environnementales et certaines espèces d'ascidies. Les ascidies présentent une corrélation entre les stratégies morphologiques, les différentes familles, la forme coloniale ou solitaire et le type de substrat. Ce dernier apparaît comme le facteur physique le plus important dans la distribution des ascidies. Ainsi, la majorité des espèces ont été récoltées dans l'herbier de Posidonie qui constitue le substrat idéale pour la fixation des ascidies. D'autre part, la profondeur intervient indirectement dans la variation spatio-temporelle des facteurs environnementaux, en effet elle joue un rôle important dans la distribution des stratégies d'adaptations des ascidies. La zone la plus riche en faune ascidiologique a été entre 6 et 18 m. Outre cette variabilité spatiale, les ascidies en Tunisie montrent une variabilité saisonnière qui se distingue par une richesse spécifique importante en faune ascidiologique pendant la saison estivale. Outre ces volets biologiques et écologiques, nous avons procédé à une étude chimique de deux espèces d'ascidies coloniales qui sont Cystodytes dellachiajei et Aplidium conicum. Cette étude a montré l'existence chez l'espèce Cystodytes dellachiajei de couleur violette de cinque alcaloïdes qui sont : la shermilamine B (SB), la désacetylshermilamine B (daSB), la kuanoniamine D (KD), la désacétylkuanoniamine D (daKD) et un nouveau composé : un isomère de l'ascididémine. Pour Aplidium conicum, l'analyse des chromatogrammes de deux couleurs beige et orangé révèle des profils chimiques différents. En effet, pour chaque chromotype étudié nous avons trouvé un profil spécifique qui est différent d'un site à l'autre.