La plupart des systèmes experts actuels reposent sur les connaissances de surface (le savoir-faire) d'un expert du domaine d'application. Plus récemment, une autre approche s'est développée. Elle vise a exploiter les connaissances profondes (théoriques) acquises dans le domaine d'application. La thèse étudie cette dernière approche dans le cadre du projet pic (poste de travail intelligent pour le comptable). Les aspects méthodologiques sont développés dans la première partie. Une nouvelle classe d'applications des systèmes experts est proposée: l'interprétation comparative. Elle a pour but de mettre en évidence et expliquer la cause des différences entre deux états d'un système. Une methode générale permettant d'aborder ce probleme est présentée, ainsi que des techniques la mettant en œuvre sur des modèles qualitatifs et numériques. Les contributions au projet pic sont développées dans la seconde partie. Un générateur de systèmes experts d'interprétation comparative est d'abord présenté. Il a servi a la réalisation de deux systèmes: le premier pour l'analyse de la performance d'une entreprise par la methode des surplus, le second pour le diagnostic financier d'entreprise. Un système expert pour la déduction des écritures comptables utilisant également l'approche profonde est ensuite présenté. A la lumière de ces deux dernières applications déjà abordées par les systèmes experts utilisant des connaissances de surface, les deux approches de conception de systèmes experts sont comparées