Titre de l'écran-titre (visionné le 26 avril 2023) / Les myopathies des muscles pectoraux (MMP) sont des conséquences inattendues de la sélection génétique visant à augmenter le rendement en poitrine chez le poulet de chair. Elles se manifestent sous forme de stries blanches à la surface du filet (les striations blanches), par une dureté prononcée du muscle (le durcissement de la poitrine) ou par la désintégration de la structure musculaire (la déstructuration du filet). Au Québec, très peu est connu sur la présence et l'impact de ces myopathies sur les qualités de la viande de poulet. Pour pallier ce manque de données, un total de 206 filets ont été échantillonnés dans sept marchés d'alimentation québécois et évalués pour la présence des MMP et leurs effets sur la qualité. Les résultats ont démontré que 48,5 % des filets évalués étaient myopathiques et que les filets commercialisés de format économique (ECO), commercial (COM) ou de haut de gamme (SUPQ), étaient tous d'égale susceptibilité au développement de MMP (P > 0,05). En outre, 19,4 % des filets évalués étaient pâles, mous et exsudatifs (PSE-Like, pH ≤ 5,7) alors que 6,8 % de ces filets étaient de couleur foncée, avaient une texture dure et un aspect extérieur sec (DFD, pH ≥ 6,1). L'effet combiné des MMP et des DFD s'est traduit par une augmentation significative des comptes de salmonelles (P < 0,001), d'entérobactéries (P < 0,01) et des aérobes mésophiles totaux (P < 0,01) comparativement aux filets normaux. Par ailleurs, les MMP ont engendré une augmentation de la teneur des filets en lipides (P < 0,0001) et une tendance à la diminution de leur teneur en protéines (P = 0,07). En conclusion, cette étude confirme pour la première fois la présence des MMP au Québec et fournit des données originales sur leurs conséquences à la fois pour le consommateur et pour l'industrie de transformation. / Breast muscle myopathies (BMM) are unintended consequences of genetic selection aimed at increasing breast meat yield in broiler chickens. They appear as white striations on the surface of the breast fillets (White striping), as a pronounced hardness of the Pectoralis major muscle (Wooden or Woody breast) or as a severe structural disintegration of this muscle (Spaghetti meat syndrome). In Quebec, very little is known about the presence and impact of these myopathies on the qualities of broiler breast meat. To bridge this gap, a total of 206 fillets were sampled from seven grocery stores located in different regions of the province. They were then evaluated for the presence of BMM, and then analyzed to investigate the effects of BMM on their quality. The results showed that 48.5% of the evaluated fillets were myopathic and that the fillets marketed under economic (ECO), commercial (COM) or high quality (SUPQ) brands were all equally susceptible to the development of BMM (P > 0.05). In addition, 19.4% of the fillets evaluated were pale, soft and exudative (PSE-Like, pH ≤ 5.7) while 6.8% of these fillets were dark, firm and dry (DFD, pH ≥ 6.1). The combined effect of BMM and DFD resulted in a significant increase in the microbial counts of Salmonella (P < 0.001), Enterobacteriaceae (P < 0.01) and Total Mesophilic Aerobes (P < 0.01) compared to normal breast fillets. Furthermore, BMM were associated with an increase in the lipid content of breast fillets (P < 0.0001) and a tendency of their protein content to decrease (P = 0.07) leading to the deterioration of their nutritional quality. In conclusion, this study confirmed for the first time the presence of BMM in Quebec and provided original data on their consequences for both the consumer and the processing industry.

La maladie pulmonaire obstructive chronique (MPOC) se caractérise par une intolérance à l'effort, étant liée à une faible qualité de vie. Cette intolérance à l'effort est causée par une limitation d'origine pulmonaire mais aussi par une dysfonction musculaire périphérique. À ce jour, plusieurs études ont entrepris d'explorer le lien complexe unissant ces deux facteurs, restant encore mal définit. Le présent mémoire vise à explorer la relation entre le muscle périphérique et la réponse ventilatoire à l'exercice dans une population atteinte de MPOC. Pour ce faire, nous ferons d'abord un bref tour d'horizon afin de bien définir la MPOC. Par la suite, nous poserons progressivement les différentes bases scientifiques sous-tendant notre question de recherche. Il s'agira donc de préciser les divers mécanismes responsables de l'intolérance à l'effort, de la modulation de la ventilation à l'exercice et de bien exposer les diverses interactions reliant le muscle périphérique au poumon.

Les patients atteints d’une maladie pulmonaire obstructive chronique (MPOC) ont des exacerbations menant à une perte de leur qualité de vie. La documentation est incomplète quant à l’identité des microorganismes responsables, due à l’utilisation d’approches classiques, telle la culture de microorganismes. L’utilisation de nouvelles approches telles les méthodes d’écologie microbienne et le séquençage de nouvelle génération basées sur la biologie moléculaire permet l’identification de microorganismes, et ce, sans culture. Le microbiome de patients MPOC contrôles, stables et exacerbés ont été comparés. Une diminution de Proteobacteria ou de Firmicutes vers une augmentation de Firmicutes ou de Proteobacteria respectivement a été observée lors des exacerbations. Le microbiome de patients MPOC contrôles a été comparé à trois mois d’intervalle. Un débalancement de leur microbiome vers les Proteobacteria a été observé après trois mois. Ces résultats pourront mener à des traitements plus appropriés et plus ciblés afin d’accroître la qualité de vie des patients. / Chronic obstructive pulmonary disease (COPD) patients are often affected with exacerbation lowering their quality of life. The scientific community is unclear on which microorganism is responsible. This confusion is due mostly because of the culture techniques that are used to evaluate the presence of pathogens. The use of new approaches such as microbial ecology techniques and next generation sequencing based on molecular biology can identify the presence of bacteria without the need of culture. The microbiome of control, stable and exacerbated COPD patients was compared. Principal microbiome shift during exacerbation was a proportional reduction in Proteobacteria or Firmicutes and enrichment in Firmicutes or Proteobacteria respectively. The microbiome of control COPD patients was compared at baseline and three months later. Their microbiome shifted over a period of three months towards Proteobacteria. This study could lead to a better understanding of exacerbation and a better quality of life for COPD patients.

Introduction : Les guides de pratique recommandent que les patients avec une maladie artérielle périphérique (MAP) soient traités médicalement afin de réduire la survenue d’évènements cardiovasculaires majeurs. Objectif : Identifier les facteurs associés à la prescription des thérapies préventives recommandées. Méthode : Les patients avec une MAP (n=362) traités consécutivement par angiodilatation fémoropoplitée entre 2008 et 2010 dans un centre tertiaire (CHU de Québec, Canada) ont été inclus dans l’étude. L’issue clinique primaire était la prescription de trois thérapies combinées. Résultats : Au total, 52% des patients recevaient la thérapie combinée. La présence d’au moins trois facteurs de risque cardiovasculaire (Rapport de cotes (RC)=4,51; IC 95% : 2,76-7,37) était le facteur le plus fortement associé à la prise des thérapies combinées. Conclusion : La prise en charge du risque cardiovasculaire des patients avec une MAP est encore sous-optimale. Une meilleure compréhension des barrières et des facilitateurs à l’application des recommandations est toujours nécessaire. / Introduction: Guidelines recommend that patients with peripheral arterial disease (PAD) should be medically treated to reduce the occurrence of serious cardiovascular events. Objective: To identified factors associated with the prescription of preventive therapies in patients with PAD. Methods: Consecutive patients with PAD (n=362) who underwent peripheral percutaneous transluminal angioplasty between 2008 and 2010 in one tertiary care center (CHU de Quebec, Canada) were considered for the study. Data were collected from the medical charts. The main outcome was the combined prescription of three therapies. Results: A total of 52% of the patients received the three combined therapies. Having at least three cardiovascular risk factors (Odds Ratio (OR)=4.51; 95% CI: 2.76-7.37) was the factor most strongly associated with the prescription of the combined therapies. Conclusion: Canadian patients with PAD are still not optimally managed. We still need to better understand the barriers and facilitators to the application of the guidelines in PAD patients.

L'objectif de cette étude cas-témoin est d'examiner la relation entre les maladies parodontales et la prématurité à moins de 34 semaines, et de définir leur association à l'inflammation foetale ou placentaire. Dans cette étude, 50 femmes ayant accouché prématurément à la suite d'un travail spontané ou une rupture prématurée des membranes, ont été comparées à 100 femmes ayant accouché à terme. L'examen parodontal post-partum, la mesure d'IL-6 dans le sang du cordon ombilical et l'examen histopathologique des membranes foetales ont été effectués. Les résultats de cette étude n'ont pas révélé d'association entre les naissances prématurées, accompagnée ou non de chorioamnionite, et la présence de maladie parodontale. Nous avons par contre observé que la prématurité était plus souvent associée à une éducation moins avancée (p=0,046) et à la présence de chorioamnionite pathologique (p[plus petit]0.01). En conclusion, la prématurité est fortement associée à la présence de chorioamnionite, mais pas à la présence de maladies parodontales.

Introduction La progression de la maladie rénale chronique (MRC) augmente le risque des maladies cardiovasculaires. L'hypertension, le diabète et la dyslipidémie sont à la fois des facteurs de risque et des comorbidités de la MRC. Chez les individus souffrant de MRC, la persistance et l'observance du traitement de ces facteurs de risque, i.e. le traitement antihypertenseur (TAH), le traitement hypolipémiant (THL) et le traitement antidiabétique (TAD) contribuent à réduire le risque de mortalité et de morbidité cardiovasculaires. Néanmoins, la persistance et l'observance de ces traitements restent encore peu étudiées chez les individus ayant la MRC. Objectifs: Spécifiquement pour chacun des trois traitements (TAH, THL et TAD), une étude de cohorte a été menée dans le but : 1) d'estimer la persistance à prendre le traitement un an après le début du traitement; 2) d'estimer l'observance du traitement au cours de l'année suivant le début du traitement chez les persistants; 3) d'identifier les facteurs associés à la persistance; et 4) d'identifier les facteurs associés à l'observance. Méthodologie: Nous avons utilisé les banques de données administratives de la Régie de l'assurance maladie du Québec (RAMQ) pour mener trois études de cohorte chez les personnes âgées de 18 ans ou plus. Une étude a été conduite chez les individus qui ont commencé un TAH, l'autre conduite chez les patients ayant commencé un THL et la dernière menée chez les nouveaux utilisateurs de TAD. Les individus qui poursuivaient encore leur traitement un an après son début ont été considérés persistants. Parmi les persistants, les patients qui ont eu une proportion de jours couverts (PJC) ≥ 80 % ont été considérés observants. Les facteurs associés à la persistance et ceux associés à l'observance ont été identifiés à l'aide d'une régression de Poisson modifiée. Résultats: Parmi les 7 119 patients ayant débuté un TAH, 78,8 % ont été persistants et 87,7 % des persistants ont été observants. Les individus qui étaient plus susceptibles d'être persistants se trouvaient dans le groupe des utilisateurs de monothérapie d'inhibiteurs de l'enzyme de conversion de l'angiotensine (IECA) (Rapport de prévalences (RP) : 1,20; intervalle de confiance (IC) à 95 % : 1,13-1,27), d'antagonistes du récepteur de l'angiotensine II (ARA) (1,22; 1,14-1,31), de bloquants des canaux calciques (BCC) (1,20; 1,14-1,26), de bêta-bloquants (BB) (1,16; 1,10-1,23) et de multithérapie (1,31; 1,25-1,38) (référence : monothérapie de diurétiques (DIU)). Les individus qui étaient plus susceptibles d'être observants étaient les utilisateurs de monothérapie d'IECA (1,08; 1,03-1,04), de BB (1,10; 1,05-1,15), de BCC (1,10; 1,05-1,15) et de multithérapie. Des 14 607 individus ayant débuté un THL, 80,7 % ont persisté à le prendre; de ces derniers, 88,7 % étaient observants du THL. Les patients qui étaient plus susceptibles d'être persistants étaient ceux ayant un statut socio-économique (SSE) faible (1,03; 1,01-1,06) (référence : SSE élevé) et ceux dont le traitement initial avait été prescrit par un néphrologue (1,06; 1,04-1,09) (référence : omnipraticien). Les individus qui étaient plus susceptibles d'être observants étaient ceux âgés ≥ 66 ans (référence : 18-65) (1,04; 1,01-1,07), ceux ayant un SSE faible (1,08; 1,06-1,10) et ceux qui avaient pris plus de 12 médicaments différents (référence : &lt; 7) (1,03; 1.00-1,05). Sur un total de 6 671 individus ayant débuté un TAD, 76,9 % ont persisté à prendre le traitement. Parmi les persistants, 87,9 % étaient observants. Les individus ayant un SSE faible (1,04; 1,01-1,07) (référence : SSE élevé) ou une multithérapie (1,12; 1,08-1,16) (référence : monothérapie de metformine) étaient plus susceptibles d'être persistants, tout comme ceux ayant une comorbidité dont l'hypertension artérielle (1,04; 1,01-1,07), la dyslipidémie (1,06; 1,03-1,10), l'accident vasculaire cérébral (AVC) (1,05; 1,01-1,11) ou la maladie coronarienne (1,03; 1,01-1,06). Les individus plus susceptibles d'être observants étaient ceux ayant un SSE moyen (1,03; 1,01-1,07) ou une multithérapie (1,06; 1,03-1,09). Conclusion: Peu importe le traitement initié par les individus souffrant de MRC, environ 30% des patients ne seraient pas persistants un an après le début du traitement ou observants dans l’année suivant l’initiation. Certains facteurs sont associés de façon consistante à la persistance, par exemple l'AVC, la maladie coronarienne et le nombre de visites médicales, alors que l'âge et le SSE sont associés à l'observance peu importe que le traitement initial soit un TAH, un THL ou un TAD. / Introduction: As chronic kidney disease (CKD) progresses, the risk of cardiovascular diseases increases. Hypertension, diabetes and dyslipidemia are often seen as risk factors and co-morbidity in patients with CKD. For those who undertake an antihypertensive drug (AHD), a lipid-lowering drug (LLD) or an antidiabetic drug (AD), persistence and compliance with those treatments are important to benefit from the expected reduction in cardiovascular morbidity and mortality. Persistence and compliance with these drug treatments have not been well studied in patients with CKD. Objectives: From each of three treatments, i.e. AHD, LLD and AD, in CKD patients, our study aimed 1) to estimate the persistence with treatment one year after treatment initiation; 2) among those persisting, to estimate compliance in the year following treatment initiation; 3) to identify factors associated with persistence; and 4) to identify factors associated with compliance. Methods: Using Quebec administrative databases, we carried out three cohort studies composed of individuals aged ≥18 years, the first one of patients who had started any AHD, the second one of individuals who had initiated any LLD and the last one of individuals who had started any AD between January 1, 2000 and December 31, 2011. Individuals still undergoing treatment with any of these drugs one year after their first claim were considered persistent. Of these, we considered compliant those with a supply of drugs for ≥80% of days during the first year of treatment. We identified factors associated with persistence and with compliance using modified Poisson regression. Results: Among 7,119 eligible patients, 78.8% were persistent and 87.7% of those persisting were compliant with their AHD. Patients more likely to be persistent were users of angiotensin-converting enzyme inhibitor monotherapy (ACEI) (PR: 1.20; 95% CI: 1.13-1.27), angiotensin II receptor blocker monotherapy (ARB) (1.22; 1.14-1.31), calcium channel blocker monotherapy (CCB) (1.20; 1.14-1.26), beta-blocker monotherapy (BB) (1.16; 1.10-1.23) and multitherapy (1.31; 1.25-1.38) (vs. diuretic monotherapy (DIU)). Individuals more likely to be compliant were users of ACEI (1.08; 1.03-1.014), BB (1.10; 1.05-1.15), CCB (1.10; 1.05-1.15) and multitherapy (1.15; 1.11-1.20). Among 14,607 eligible individuals who initiated a LLD, 80.7% were persistent and 88.7% of these were compliant with their LLD. Individuals more likely to be persistent with LLD were patients with a low socio-economic status (SES) (1.03; 1.01-1.06) (vs. high SES) and patients whose treatment was initiated by a nephrologist (1.06; 1.04-1.09) (vs. general practitioner). Individuals who were more likely to be compliant were patients aged ≥66 years (vs. 18-65) (1.04; 1.01-1.07), patients with a low SES (1.08; 1.06-1.10) and those who used ≥12 distinct drugs (vs. &lt; 7) (1.03; 1.0-1.05). Of the 6,671 individuals who initiated an AD, 76.9% were persistent with their AD treatment. Of those, 87.9% were compliant. Individuals with a low SES (1.04; 1.01-1.07) (vs. high SES), those on a multitherapy (1.12; 1.08-1.16) (vs. metformin monotherapy) and those who had one comorbidity such as hypertension (1.04; 1.01-1.07), dyslipidemia (1.06; 1.03-1.10), stroke (1.05; 1.01-1.11) or coronary disease (1.03; 1.01-1.06) were more likely to be persistent. Individuals more likely to be compliant were those with a medium SES (1.03; 1.01-1.07) or a multitherapy (1.06; 1.03-1.09). Conclusions: One year after treatment initiation, about 30% of CKD patients were either no longer taking or had not been compliant with the treatment regardless of the type of treatment initiated. We found some factors consistently associated with persistence including stroke, coronary disease and number of physician visits, while age and SES were consistently associated with compliance regardless of the type of treatment.

Depuis l'introduction de la maladie hollandaise de l'orme en 1930, un effort concerté a été entrepris pour maintenir les populations d'ormes nord-américains, puisque cette essence est très prisée comme arbre ornemental dans les milieux urbains et pour son bois solide et flexible. En août 2020, au Québec, la tenthrède en zigzag de l'orme, *Aproceros leucopoda* Takeuchi (Hymenoptera : Argidae) originaire de l'Asie de l'Est, a été observé pour la première fois en Amérique du Nord. En Europe, *A. leucopoda* a été découverte en 2003 et, dans certains pays européens, elle a fait beaucoup de dégâts aux ormes. L'objectif général était de comprendre comment la biologie et l'écologie de *A. leucopoda* sont influencées par les conditions environnementales en Amérique du Nord. La phénologie de l'insecte, l'intensité de défoliation selon la provenance de l'espèce d'orme et la présence d'ennemis naturels étaient les aspects étudiés. Au Québec, en 2021 et 2022, un suivi des générations de l'insecte, pour toute la saison de croissance, a été effectué et a permis de démontrer qu'au moins trois générations complètes étaient produites. Pour la première fois, des pièges d'émergence ont été utilisés pour capturer les premiers adultes de *A. leucopoda* au printemps 2023. Les données phénologiques ont servi à créer des modèles température-dépendants. L'intensité des dégâts causés par *A. leucopoda* sur les ormes du Jardin botanique de Montréal en 2021 et 2022 montre que les ormes exotiques ont plus de dégâts que ceux indigènes. Par ailleurs, des parasitoïdes et prédateurs ont été observés sur les sites à l'étude. Le nombre de générations, la présence d'ennemis naturels ainsi que la composition des espèces d'ormes dans les milieux urbains sont des facteurs pouvant expliquer la faible intensité de dégâts observés sur le terrain. *Aproceros leucopoda* ne semble pas constituer actuellement un risque majeur pour les ormes en Amérique du Nord, mais la situation pourrait évoluer en raison des changements climatiques. / After the introduction of Dutch elm disease in 1930, a concerted effort has been made to maintain North American elm populations since this species is highly prized as an ornemental plant in urban environments and for its strong, sturdy, and flexible wood. In August 2020 in Quebec, the elm zigzag sawfly, *Aproceros leucopoda* Takeuchi (Hymenoptera: Argidae) originating from East Asia, was discovered in North America. In Europe, *A. leucopoda* was discovered in 2003 and, in some European countries, it causes a lot of damage to elm trees. The general objective was to understand how the biology and ecology of *A. leucopoda* are influenced by environmental conditions in North America. Phenology, defoliation intensity depending on the origin of the elm species and the presence of natural enemies were the aspects studied. In Quebec, in 2021 and 2022, monitoring of the generations of the insect, for the entire growing season, was carried out and shows that at least three complete generations are produced. For the first time, emergence traps were used to capture the first adults of *A. leucopoda* in spring 2023. These phenological data were used to create temperature-dependent models. Both predators and parasitoids have been observed. The evaluation of damage intensity caused by *A. leucopoda* on the elms of the Montreal Botanical Garden in 2021 and 2022 shows that exotic elms have more damage than native ones. The number of generations, the presence of natural enemies as well as the composition of elm species in urban environments are factors that can explain the low intensity of damage observed in the field. *Aproceros leucopoda* does not currently seem to constitute a major risk for elms in North America, but the situation could change due to climate change.

L’arthrose du genou (gonarthrose) est une des sources d’incapacité physique les plus fréquentes dans le monde. Plusieurs traitements sont disponibles pour réduire la douleur et ralentir l’évolution de la maladie. Cependant, certains de ces traitements manquent encore de documentation ou d’ajustement par rapport aux patients. L’objectif général de cette thèse est d’évaluer l’impact de différents traitements de la gonarthrose médiale sur la vie quotidienne et le patron de marche afin d’aider les cliniciens dans la prescription des traitements. Ainsi, la première étude montre que les injections intra-articulaires de corticostéroïdes amènent des bénéfices objectifs sur la vie quotidienne rapidement après l’intervention mais pour une courte période. Dans un deuxième temps, cette thèse se focalise sur les orthèses plantaires et trois points importants sont mis en avant. Les orthèses plantaires avec un support d’arche médiale et sans inclinaison latérale ont un impact négatif sur le chargement médial du genou et leur prescription devrait être évitée pour les patients souffrant de gonarthrose médiale. Concernant l’inclinaison latérale, son individualisation est possible en tenant compte de la biomécanique de la marche et des caractéristiques anthropométriques des patients. Par contre, cette méthode nécessite d’être perfectionnée car son utilisation en contexte clinique est difficile. Afin de limiter le coût de la méthode d’essai-erreur actuellement utilisée pour l’individualisation, les orthèses plantaires peuvent être réalisées en deux parties distinctes ce qui permet de ne modifier que la partie contenant la correction. Dans un troisième temps, une orthèse du genou avec un mécanisme de distraction et de rotation a été évaluée sur trois mois. Celle-ci se montre plus efficace pour le soulagement de la douleur et le déchargement du genou que les orthèses généralement utilisées. Toutefois, son avantage majeur vient du meilleur confort permettant d’entrevoir une amélioration de l’observance au traitement. Les orthèses plantaires et l’orthèse du genou sont donc efficaces dans le soulagement de la douleur et la réduction du chargement du genou. La dernière étude de la thèse indique qu’elles le sont encore davantage par leur association. Globalement, cette thèse fournit des résultats directement utilisables par les cliniciens pour le traitement des patients souffrant de gonarthrose médiale. / Knee osteoarthritis is one of the major sources of disability in the world. Several treatments are available to relieve pain and slow disease progression. However, documentation and individual adjustment are still missing in some of these treatments. The main objective of this thesis is to assess the impact of various treatments of knee osteoarthritis on the daily life and/or gait pattern to assist clinicians in prescribing treatments. Thus, the first study shows that intra-articular corticosteroid injections lead to rapidly observable objective benefits on activities of daily living, but only for a short period. In a second step, this thesis focuses on the foot orthoses and three important points are highlighted. Foot orthoses with medial arch support and without lateral wedge have a negative impact on the medial knee loading and their prescription should be avoided for patients with medial knee osteoarthritis. For lateral wedge, it is possible to individualize the amount of wedging with the biomechanics of walking and anthropometric characteristics of the patients. On the other hand, this method needs to be improved because it is challenging to transfer in a clinical orthotic environment. To limit the cost of the trial and error method currently used for individualization, foot orthoses can be made in two separate parts in order to change only the part containing the correction. In a third step, a new knee brace with a mechanism of distraction was assessed over a three-month period. This brace is more effective for pain alleviation and medial knee unloading than the knee braces generally used. However, its major advantage is the increased comfort which offers potential insights into improving treatment compliance. The foot orthoses and knee brace are therefore effective in the relief of pain and the reduction of the knee medial loading. However, the last study of this thesis indicates that they are even more so by their combination. Overall, this thesis provides results that are directly applicable to clinicians in their practice for treating patients suffering from medial knee osteoarthritis.

Les essences Julbernardia bifoliolata (Cesalpiniaceae), Desbordesia glaucescens (Irvingiaceae) et Scyphocephalium ochocoa (Myristicaceae) de diamètres exploitables sont abondantes dans les peuplements résiduels et abandonnés à cause de la présence de caries. L’étude des champignons de carie du bois est utile compte tenu de leurs rôles dans la dégradation des composés des parois des cellules vivantes du bois et de la matière organique. L’objectif de cette thèse était d’utiliser les techniques moléculaires pour identifier et étudier les champignons associés aux caries des arbres vivants et du bois mort chez ces trois essences forestières. L’identification des champignons polypores associés à la carie des arbres, aux coursons de bois (bois mort), l’évaluation de leurs capacités à dégrader le bois, ainsi que la comparaison de la diversité fongique endophytique des arbres cariés ont été réalisées dans les concessions forestières appartenant à trois sociétés forestières dans la province de l’Ogooué-Lolo au Gabon. Le nombre de polypores responsables des caries n’était pas exhaustif. Les séquences d’ADN correspondant aux espèces de champignons polypores appartenant aux ordres des Hymenochaetales et Polyporales ont été associées aux polypores responsables de la carie des arbres sur pied. Ceux identifiés à l’espèce étaient représentés par Amauroderma subresinosum, Fomitiporia nobilissima, Fuscoporia gilva, Hymenochaete murina, Phellinus noxius, Rigidoporus ulmarius et Tinctoporellus epimiltinus. Les espèces Perenniporia sp. et Inonotus sp., ont été identifiées au niveau du genre. Ces champignons ont été pour la plupart déjà identifiés au Gabon, mais sont nouvellement identifiés chez les essences de notre étude. Les espèces Hymenochaete murina et une nouvelle espèce d’Inonotus sp., font l’objet d’une première mention au Gabon. Par contre, vingt-huit (28) OTUs ont été obtenues sur le bois mort en utilisant les amorces spécifiques aux Basidiomycètes (ITS1F – ITS4B) à partir des basidiomes. Les polypores obtenus sur les coursons de bois étaient répartis au sein de treize (13) familles, appartenant aux ordres des Corticiales, Hymenochaetales, Polyporales, Russulales et Trechisporales. Quatorze sont de nouvelles espèces rapportées et les genres sont connus pour 9 d’entre elles. Parmi les 28 espèces, seules 4 sont connues au Gabon. La diversité en champignons sur les coursons de bois était plus élevée sur les essences de Béli suivi du Sorro et sur les coursons du site de la SEEF suivi de SBL. Les polypores A. subresinosum et F. gilva étaient communs aux arbres debout et aux coursons de bois des trois essences. Le champignon de carie brune P. noxius suivi de A. subresinosum champignon de carie blanche (tous deux de croissance mycélienne rapide) étaient les plus aptes à dégrader le bois tandis que le Sorro (S. ochocoa) était plus résistant face aux champignons lignivores. Les données obtenues avec l’utilisation des carottes de bois couplées à l’utilisation d’amorces universelles pour les champignons (ITS1F–ITS4) lors de l’amplification en chaine par polymérase (PCR), ont montré l’existence d’une diversité relativement élevée en champignons endophytes dans l’aubier sain des arbres cariés et correspondants à 62 Unités Taxonomiques Opérationnelles (OTUs). Les genres Penicillium et Pestalotiopsis étaient les plus abondants et communs aux trois essences. Le Sorro contenait la plus grande diversité en champignons endophytes, tandis que le site de CEB avait la plus grande diversité. Nos recherches ont montré les différentes communautés fongiques associées aux caries des arbres et du bois mort de ces essences forestières dans les forêts du Sud-est du Gabon ainsi que la capacité des champignons lignivores à dégrader le bois. / The tree species Julbernardia bifoliolata (Cesalpiniaceae), Desbordesia glaucescens (Irvingiaceae) and Scyphocephalium ochocoa (Myristicaceae) with logging diameters are abundant in residual and abandoned stands because of presence of wood rot. The study of wood decay fungi is useful because of their roles in living wood cells and organic matter decomposition. The aim of this thesis was to use molecular techniques to identify and study fungi associated with decay of living trees and dead wood in these three forest species. Identification of polypore fungi associated with tree decay, logs, assessment of wood degradation capacities, and comparison of endophytic fungal diversity were carried out in forest concessions belonging to three forestry companies of Ogooué-Lolo province in Gabon. Polypores fungi responsible of wood decay were not exhaustive. DNA sequences corresponding to polypore fungal species belonging to Hymenochaetales and Polyporales orders were associated to polypores responsible for decay of trees. Those identified at species level were represented by Amauroderma subresinosum, Fomitiporia nobilissima, Fuscoporia gilva, Hymenochaete murina, Phellinus noxius, Rigidoporus ulmarius and Tinctoporellus epimiltinus. Perenniporia sp. and Inonotus sp. have been identified at the genus level. Most of these fungi have already been identified in Gabon but are newly identified in the tree species of our study. The species Hymenochaete murina and a new species of Inonotus sp. are first mentioned in Gabon. On the other hand, twenty-eight (28) OTUs were obtained from dead wood using primers specific to Basidiomycetes (ITS1F - ITS4B) from basidiocarps. The polypores obtained from logs were distributed within thirteen (13) families, belonging to the orders of Corticiales, Hymenochaetales, Polyporales, Russulales and Trechisporales. Fourteen are new species reported and 9 of them are known at the genus level. Among the 28 species, only 4 are known in Gabon. The diversity of fungi on logs was higher on Béli species followed by Sorro and on logs from the SEEF site followed by SBL. The polypores A. subresinosum and Fuscoporia gilvawere common in standing trees and tree species logs. The brown rot fungus Phellinus noxius followed by the white rot fungus Amauroderma subresinosum (both of rapid mycelial growth) were the most agressive to degrade wood while Sorro (S. ochocoa) was more resistant to wood decay fungi. Data obtained from wood cores coupled with the use of fungal universal primers (ITS1F-ITS4) during polymerase chain reaction (PCR) showed a relatively high diversity in endophytic fungi in the healthy sapwood of decayed trees and matched to 62 Operational Taxonomic Units (OTUs). The genera Penicillium and Pestalotiopsis were the most abundant and common to the three species. Sorro exhibited the greatest diversity in endophytic fungi, while the CEB site had the greatest diversity. Research has shown the different fungal communities associated with tree and wood decay of these species in the forests of south-eastern Gabon as well as the ability of wood decay fungi to degrade the wood.

Texte remanié de: Th. doct.--Droit privé--Lille 2, 2001. Titre de soutenance : L'irruption de la génétique dans les relations de travail : nouveaux regards sur la protection de la santé au travail. / Bibliogr. p. 631-718. Index.