Reproduction de : Thèse de doctorat : Mycotoxicologie : Toulouse, INPT : 2005. / Titre provenant de l'écran-titre. Bibliogr. 187 réf.

Th. 3e cycle--Sci. agron.--Toulouse--I.N.P., 1983. N°: 168.

La sténose aortique calcifiante est l'une des valvulopathies les plus prévalentes dans les pays à haut revenu. C'est une maladie caractérisée par le remodelage fibro-calcique progressif des feuillets valvulaires aortique, conduisant à l'obstruction de l'éjection ventriculaire gauche, la détérioration de la structure et de la fonction cardiaque, et ultimement le décès en l'absence de traitement. Actuellement, il n'existe pas de traitement non-invasif pour la sténose aortique; la chirurgie de remplacement valvulaire ou l'implantation transcathéter demeurent les seuls traitements disponibles pour les stades avancés de la maladie. Les évidences accumulées au cours des deux dernières décennies démontrent que la sténose aortique n'est pas une simple maladie avec une problématique purement d'ordre mécanique. Au contraire, la pathophysiologie de la sténose aortique est très complexe et hautement régulée par de multiples mécanismes cellulaires et moléculaires. Ces mécanismes semblent être divisés en deux phases : i.) une phase d'initiation présentant des similitudes avec l'athérosclérose, et ii.) une phase de propagation et de progression impliquant, entre autres, l'altération du métabolisme osseux et/ou phosphocalcique, ainsi que la minéralisation valvulaire aortique active. Dans l'avenue du développement de pharmacothérapies efficaces pour prévenir le développement et/ou la progression de la sténose aortique, il est primordial d'approfondir les connaissances sur les mécanismes pathologiques impliqués dans la progression de la maladie. Dans le cadre des travaux de cette thèse de doctorat, deux grands enjeux peuvent être définis : i.) identifier les facteurs associés à la progression plus rapide de la sténose aortique, afin de mieux comprendre la pathophysiologie de la maladie valvulaire, et ii.) améliorer la stratification du risque dans la sténose aortique, en identifiant les prédicteurs d'évènements cliniques adverses, mais aussi les facteurs axés sur les patients ainsi que leurs changements durant la progression de la maladie. / Calcific aortic stenosis is one of prevalent heart valve diseases in high-income countries. Calcific aortic stenosis is a disease characterized by progressive fibro-calcific remodeling of aortic valve leaflets, leading to left ventricular outflow tract obstruction, deterioration of cardiac structure and function, and ultimately death without treatment. Currently, a non-invasive treatment for aortic stenosis is not available; surgical valve replacement or transcatheter implantation remain the only treatments available for patients with advanced disease stages. The evidences accumulated over the past two decades demonstrates that aortic stenosis is not a simple disease with a purely mechanical problem. Rather, the pathophysiology of aortic stenosis is extremely complex and highly regulated by multiple cellular and molecular mechanisms. These mechanisms seem to be divided into two phases: i.) an initiation phase with similarities to atherosclerosis, and ii.) a propagation and progression phase involving, among other, the alteration of bone and/or calcium phosphate metabolism, as well as active aortic valve mineralization. In the perspective to develop efficient pharmacotherapies able to prevent the development and/or progression of aortic stenosis, it is crucial to extend our knowledge on the pathological mechanisms involved in the disease progression. In the present doctoral thesis, two main challenges can be defined: i.) to identify the factors associated with faster progression rate of aortic stenosis, which may help to better understand the pathophysiology of the valve disease, and ii.) to improve risk stratification of patients with aortic stenosis, by identifying the predictors of adverse clinical events, but also patient-related factors and their changes during disease progression.

Introduction : Le cancer du poumon est la néoplasie la plus mortelle au Canada. La majorité des patients reçoivent leur diagnostic à un stade avancé pour lequel il n'existait que peu d'options thérapeutiques efficaces jusqu'à récemment. L'immunothérapie, sous forme de molécules ciblant un point de contrôle du système immunitaire, soit les anti-PD-1 et PD-L1, a révolutionné le traitement des patients atteints d'un cancer pulmonaire de stade avancé. En effet, ces traitements améliorent significativement leur survie tout en ayant un profil d'effets secondaires acceptable. À ce jour, le seul biomarqueur prédictif de réponse à l'immunothérapie approuvé pour l'utilisation clinique est l'immunohistochimie pour le PD-L1. Cependant, vu l'absence de données empiriques dans certaines situations cliniques, les recommandations entourant l'implantation de ce biomarqueur dans les laboratoires de pathologie se sont accompagnées de plusieurs zones grises et de contraintes. Cela avait pour effet de limiter l'accès au test de ce biomarqueur pour les échantillons contenant moins de 100 cellules tumorales et ayant plus de 3 ans ainsi qu'aux prélèvements cytologiques. De plus, l'impact de la présence d'une hétérogénéité intratumorale du marquage de PD-L1 lorsque testé sur de petits spécimens n'avait pas non plus été considéré. Objectifs : L'objectif général de cette thèse est de résoudre certaines problématiques touchant l'utilisation de l'immunohistochimie pour le PD-L1 afin d'améliorer la prise en charge du patient et d'élargir le nombre d'échantillons éligibles pour l'évaluation de ce biomarqueur par le pathologiste. Les objectifs spécifiques de ces travaux sont (1) de déterminer le résultat de l'immunohistochimie pour le PD-L1 sur des spécimens avec des caractéristiques non validées (2), de comparer le résultat entre des spécimens cytologiques et tissulaires et (3) de quantifier l'hétérogénéité du marquage de PD-L1 ainsi que son impact clinique, lorsqu'effectué sur une petite biopsie. Méthodes : 1) Une cohorte rétrospective de 1438 patients consécutifs avec un NSCLC testés pour PD-L1 a servi à mesurer la présence d'une association entre PD-L1 et les caractéristiques du spécimen; 2) 46 patients ayant des échantillons cytologiques, biopsiques et chirurgicaux appariés ont été sélectionnés pour comparer l'expression de PD-L1 entre les spécimens d'un même patient afin d'en évaluer la fiabilité sur des spécimens cytologiques. La faisabilité de l'évaluation en cytologie a été appréciée en calculant le degré d'accord intra et interobservateur avec quatre pathologistes et en estimant le degré de difficulté de lecture de chaque lame; 3) Afin de mesurer l'hétérogénéité de marquage de PD-L1, des micromatrices tissulaires ont été construites à partir d'adénocarcinomes pulmonaires de 241 patients afin de simuler la prise de multiples biopsies dans une même tumeur. L'hétérogénéité de PD-L1, définie comme un patient ayant une carotte tissulaire positive et une négative, a été quantifiée. L'impact clinique de cette hétérogénéité a été évalué en calculant le nombre de patients pouvant avoir reçu un résultat faussement négatif. Résultats : 1) 35,5 % des patients avaient un échantillon avec au moins une caractéristique non validée. Les échantillons contenant moins de 100 cellules tumorales et âgés de plus de 3 ans étaient significativement associés à des résultats négatifs pour PD-L1. L'expression de PD-L1 n'était pas différente entre les patients avec un échantillon cytologique et ceux avec un échantillon tissulaire dans cette cohorte. 2) Ces résultats pour les échantillons cytologiques ont été confirmés dans une seconde étude où le degré d'accord entre l'expression de PD-L1 obtenue sur des échantillons cytologiques et tissulaires était modéré à substantiel. Le degré d'accord interobservateur était substantiel et l'accord intraobservateur presque parfait. L'évaluation de PD-L1 en cytologie n'était pas plus difficile que sur les échantillons tissulaires. 3) 22,4 % des patients présentaient un marquage hétérogène pour PD-L1. Parmi les patients avec au moins une carotte tissulaire négative, 26,5 % avaient aussi une carotte positive et auraient pu avoir reçu un résultat faussement négatif basé sur une seule biopsie. Conclusion : Les travaux inclus dans cette thèse permettent de mieux comprendre l'impact d'évaluer l'expression de PD-L1 sur des échantillons non validés lorsqu'il n'est pas possible d'obtenir plus de matériel tumoral chez un patient. La seconde étude a contribué à élargir significativement le nombre de patients pouvant avoir accès à l'évaluation de ce biomarqueur et à potentiellement recevoir de l'immunothérapie en démontrant la fiabilité et la faisabilité de la lecture de PD-L1 en cytologie. Finalement, la troisième étude a permis de quantifier l'hétérogénéité de marquage et son impact clinique. / Introduction: Lung cancer is the deadliest cancer in Canada. The majority of patients are diagnosed with an advanced stage disease for which there was traditionally a few effective therapeutic options. Recently, immunotherapy and immune checkpoint inhibitors revolutionized the treatment of patients with advanced stage non-small cell lung cancer by significantly improving overall survival. As of now, the only predictive biomarker approved for clinical use is immunohistochemistry for PD-L1. However, given the lack of empirical data, several problems regarding the implantation of this biomarker in pathology laboratories have been reported. According to current recommendations, access to PD-L1 testing should be limited to samples containing more than 100 tumor cells and recent samples that are less than three years old. Moreover, cytology samples should not be used for PD-L1 testing. In addition, the impact of the heterogeneity of intra-tumoral PD-L1 staining when it is evaluated on small samples was not considered. Objectives: The general objective of this thesis is to address clinically relevant issues regarding the use of PD-L1 immunohistochemistry in order to improve patient management by the pathologist and to expand the number of eligible samples. The specific objectives of this work are (1) to determine the result of PD-L1 immunohistochemistry on specimens with non-validated characteristics (2), to compare PD-L1 testing results obtained on cytological and tissue specimens and (3) to quantify the heterogeneity of PD-L1 as well as its clinical impact when performed on a small biopsy. Methods: 1) A retrospective cohort of 1438 consecutive patients with NSCLC tested for PD-L1 was used to assess the presence of an association between PD-L1 and specimen characteristics; 2) 46 patients with paired cytology cell blocks, biopsy and surgical specimens were selected to compare PD-L1 expression between samples from the same patient to assess reliability of cytologic specimens. The feasibility of PD-L1 testing on cytology samples was also assessed by calculating the intra- and inter-observer agreement of four pathologists' evaluation and by estimating the degree of difficulty in reading each slide; 3) To estimate PD-L1 heterogeneity, tissue microarrays were constructed using pulmonary adenocarcinomas from 241 patients to simulate multiple biopsies sampled from the same tumor. PD-L1 heterogeneity defined as a patient with a positive and a negative core was quantified. The clinical impact of this heterogeneity was assessed by evaluating the number of patients who may have received a false negative result. Results: 1) 35.5% of patients had a sample with at least one non-validated characteristic. Samples with fewer than 100 tumor cells and specimens older than 3 years were significantly associated with negative PD-L1 staining. PD-L1 expression was not different between patients with a cytology sample and those with a tissue sample in this cohort; 2) The agreement between PD-L1 expression obtained in cytological and tissue samples was moderate to substantial. The degree of inter-observer agreement was substantial, and the intra-observer agreement was almost perfect. PD-L1 assessment in cytology was no more difficult than in tissue samples. 3) 22.4% of patients presented heterogeneous staining for PD-L1. Among patients with at least one negative core, 26.5% also had a positive core and could have received a false negative result based on a single biopsy. Conclusion: The findings included in this thesis provide a better understanding of the impact of evaluating PD-L1 expression on non-validated samples when it is not possible to obtain more tumor material from a patient. The second project contributed to expanding the number of patients who could have access to PD-L1 testing by demonstrating the reliability and feasibility of cytology samples. Finally, the third study quantified the heterogeneity of PD-L1 staining and estimated its clinical impact.

Parmi les diverses complications de la grossesse, la prééclampsie (PE) représente encore à ce jour l’une des causes majeures de mortalité et morbidité maternelle et fœtale. Malheureusement, il n’existe toujours pas de traitement curatif efficace autre que l’accouchement et la délivrance du placenta. Par contre, la prise quotidienne d’aspirine chez les femmes à risque élevé, débutée avant 16 semaines de grossesse, constitue une méthode préventive efficace de la PE. Il devient impératif de trouver une façon d’identifier les femmes à risque de PE. Plusieurs méthodes ont été proposées, dont l’utilisation de mesures biophysiques. Les études sur ce sujet présentent des résultats variables qui peuvent être en partie attribuables à l’hétérogénéité des techniques de mesure et des méthodologies utilisées. Nous avons réalisé une étude de cohorte prospective afin d’estimer la valeur prédictive de deux paramètres biophysiques. Ces deux paramètres sont l’indice de masse corporel (IMC) et la pression artérielle moyenne (PAM). Nous avons observé que l’IMC, modélisé en tant que variable continue, et la PAM, prise à l’aide d’un appareil automatisé validé pour les femmes enceintes, des femmes au premier trimestre de la grossesse sont associés au risque de développer une PE. Ces marqueurs peuvent donc être utiles pour la prédiction précoce de la PE et devraient être considérés dans un modèle de prédiction de la PE à être utilisé en clinique. / Among the various complications of pregnancy, preeclampsia (PE) is one of the major causes of maternal and fetal mortality and morbidity to this day. Unfortunately, there is still no effective cure of PE other than the delivery of the placenta. However, daily aspirin have been shown to effectively prevent PE in high-risk women when started before 16 weeks of gestation. It is imperative to identify women at risk for PE early in gestation. Several methods have been proposed, including the use of biophysical measurements. Studies on this topic show varying results, which can be partly due to differences in measurement techniques and in methodology. We conducted a prospective observational cohort study to estimate the performance of two biophysical parameters, measured with standardized techniques during the first trimester of pregnancy, for the prediction of PE. These two parameters are the body mass index (BMI) and the mean arterial blood pressure (MAP). We observed that the BMI, modeled as a continuous variable, and the MAP, measured using an automated device validated for pregnant women, of women in the first trimester of pregnancy are associated with the risk of developing PE. Therefore, these markers appear to be useful for the early prediction of PE and should be considered in a predictive model of PE for clinical use.

Les insectes forestiers évoluent dans des écosystèmes particuliers caractérisés par leur longévité et leurs dimensions spatiales. Certains insectes forestiers, en particulier les défoliateurs, montrent des patterns de pullulations cycliques, parfois associés à un développement spatial précis. Zeiraphera diniana présente deux caractéristiques intéressantes (1) une temporelle et (2) une spatiale : (1) une très forte régularité dans la périodicité de ses pullulations observée depuis plus d’un millénaire. Les densités de population fluctuant drastiquement tous les 8 à 10 ans dans les Alpes, provoquant des défoliations impressionnantes sur de grandes surfaces forestières (2) le développement spatial du pic de pullulation suit un pattern de “traveling waves” avec une initiation toujours située dans une région Française appelée Briançonnais. En tant que première étude sur la génétique des populations de la tordeuse du mélèze à l’échelle de son aire de pullulation, cette thèse donne des éléments descriptifs sur les caractéristiques génétiques spatiales, avec une vision phylogéographique et historique. De plus, cette étude propose un regard sur la dynamique des populations complexe de cet insecte, en testant les prédictions génétiques correspondent aux modèles et hypothèses de dynamique existants. / Forest insects evolve in particular ecosystems characterized by their longevity and their spatial dimensions. Some populations of forest insects, in particular defoliators, exhibit a pattern of cyclic outbreaks that can be associated with particular spatial development. Zeiraphera diniana exhibits two interesting characteristics, a (1) temporal one and a (2) spatial one : (1) really high regularity in outbreak periodicity observed for more than a thousand years. Population densities fluctuate dramatically with outbreaks every 8 to 10 years in the Alps, causing spectacular defoliation of large stands of larch forests (2) the outbreak spatial development follows a travelling wave pattern always initiated from an area located in a French area called Briançonnais. As the first study on population genetics of the larch budmoth all over its outbreak range, this PhD gives descriptive elements on the spatial genetic characteristics of the insect, with an insight in its phylogeography and past history. This study furthermore gives a spatio-temporal insight in the complex population dynamics observed, by testing genetic predictions corresponding to existing population dynamics models and hypotheses.

Les progrès récents en termes de séquençage d’ADN permettent maintenant d’accéder au matériel génétique de communautés microbiennes extraites directement d’échantillons environnementaux naturels. Ce nouveau domaine de recherche, appelé métagénomique, a de nombreuses applications en santé, en agro-alimentaire, en écologie, par exemple. Analyser de tels échantillons demande toutefois de développer de nouvelles méthodes bio-informatiques pour déterminer la composition taxonomique de la communauté étudiée. L’identification précise des organismes présents est en effet une étape essentielle à la compréhension des écosystèmes même les plus simples. Cependant, les technologies de séquençage actuelles produisent des fragments d’ADN courts et bruités, qui ne couvrent que partiellement les séquences complètes des gènes, ce qui pose un véritable défi pour l’analyse taxonomique à haute résolution. Nous avons développé MATAM, une nouvelle méthode bio-informatique dédiée à la reconstruction rapide et sans erreurs de séquences complètes de marqueurs phylogénétiques conservés, à partir de données brutes de séquençage. Cette méthode est composée d’une succession d’étapes qui réalisent la construction et l’analyse d’un graphe de chevauchement de lectures. Nous l’avons appliquée à l’assemblage de la petite sous-unité de l’ARN ribosomique sur des métagénomes simulés, synthétiques et réels. Les résultats obtenus sont de très bonne qualité et améliorent l’état de l’art. / Recent advances in DNA sequencing now allow studying the genetic material from microbial communities extracted from natural environmental samples. This new research field, called metagenomics, is leading innovation in many areas such as human health, agriculture, and ecology. To analyse such samples, new bioinformatics methods are still needed to ascertain the studied community taxonomic composition because accurate organisms identification is a necessary step to understand even the simplest ecosystems. However, current sequencing technologies are generating short and noisy DNA fragments, which only partially cover the complete genes sequences, giving rise to a major challenge for high resolution taxonomic analysis. We developped MATAM, a new bioinformatic methods dedicated to fast reconstruction of low-error complete sequences from conserved phylogenetic markers, starting from raw sequencing data. This methods is a multi-step process that builds and analyses a read overlap graph. We applied MATAM to the reconstruction of the small sub unit ribosomal ARN in simulated, synthetic and genuine metagenomes. We obtained high quality results, improving the state of the art.

Reproduction de : Thèse de doctorat : Terre solide et enveloppes superficielles : Poitiers : 2008. / Titre provenant de l'écran-titre. Bibliogr. 111 réf.

Reproduction de : Thèse de doctorat : Médecine. Immunologie - Biostatistiques : Nantes : 2007. / Bibliogr.

Reproduction de : Thèse de doctorat : Médecine. Sciences de la vie et de la santé. Immunologie-Cancérologie : Nantes : 2008. / Bibliogr.