Cette thèse a pour objet l'étude de la modélisation du contrôle de la reconfiguration dans les systèmes dynamiques, plus particulièrement les systèmes sur puce dynamiquement et partiellement reconfigurables. Les travaux présentés dans ce manuscrit visent à réaliser une méthodologie de conception par contrainte du contrôle, applicable dans le cadre de la spécification de ces systèmes. Reposant sur le principe d'Ingénierie Dirigée par les Modèles, cette méthodologie - basée sur UML/MARTE - est dotée de transformations appropriées, lui permettant de cibler une représentation synchrone, en langage BZR, de la partie contrôle. Cette représentation est ensuite exploitable par une technique correcte par construction - la synthèse de contrôleur discret -, dans le but d'obtenir automatiquement et de manière sûre les lois de commande correspondant aux contraintes spécifiées en amont. La partie contrôle est plus particulièrement divisée en deux aspects : la sécurité, obtenue formellement par synthèse afin de produire des espaces de configurations accessibles, et l'optimisation, implémentable par le concepteur et produisant un ordre de reconfiguration à partir d'un espace accessible. L'intégration sécurité/optimisation proposée est assimilable à un système réactif avec boucle de rétroaction. Un exemple démontrant la méthodologie est réalisé, et fait apparaître ses avantages tant en terme de simplification de conception (spécification par contraintes, approche automatique) qu'en terme de sécurité (contrôle formel).