Ces travaux traitent des problèmes de sécurité et de flexibilité dans le domaine des circuits sécurisés. Dans ce manuscrit, après la présentation de notions cryptographiques, nous étudions deux problématiques distinctes. La première concerne les attaques par clonage et retro-ingénierie. Dans ce sens, nous proposons une solution basée sur l'utilisation de logique reconfigurable répartie, et traitons aussi du protocole de reconfiguration associé. La seconde problématique étudiée dans ce manuscrit vise à éviter les attaques par analyse des canaux cachés. Nous suggérons alors une contre-mesure, basée sur la reconfiguration dynamique des chemins de données du circuit intégré. Cette contre-mesure est présentée selon différentes variantes et évaluée selon différents placements et niveaux d'abstraction.