A reação em cadeia por polimerase (PCR) e suas variantes tem sido, desde o isolamento do metapneumovírus humano (hMPV), a técnica mais utilizada para a detecção do vírus em secreções respiratórias de diferentes grupos de pacientes. Entretanto, a interpretação de estudos abordando aspectos epidemiológicos e patogenéticos da infecção pelo hMPV tem sido dificultada pelo uso de uma grande variedade de técnicas de PCR \"in house\" na ausência de uma técnica \"padrão ouro\" claramente definida. A avaliação da sensibilidade, especificidade e reprodutibilidade de qualquer técnica molecular \"in house\" é um passo crucial para podermos comparar estudos realizados por diferentes grupos de pesquisa e diferentes grupos de pacientes. Este estudo teve como objetivos a padronização de duas técnicas de PCR - convencional e em tempo real - para a detecção do hMPV em secreções respiratórias e a avaliação da concordância existente entre as técnicas. Entre 228 amostras de lavado de nasofaringe coletadas de receptores de transplante de células tronco hematopoiéticas com sintomas de infecção respiratória aguda, 10 (4,4%) foram positivas para a presença do hMPV pela técnica de PCR convencional enquanto que 11 (4,8%) foram positivas pela técnica de PCR em tempo real. A concordância entre as técnicas, medida pelo índice Kappa para um intervalo de confiança de 95%, foi de 0,95, ou seja, quase perfeita. / The polymerase chain reaction (PCR) has been, since the isolation of the virus in 2001, the most used technique for detection of human metapneumovirus (hMPV) in respiratory specimens of several groups of patients. However, the interpretation of studies regarding the epidemiology and pathogenesis of hMPV infection has been hindered by the use of a great variety of PCRs techniques for hMPV detection, in the absence of a clearly defined \"gold standard\". The assessment of the sensitivity, specificity and reproducibility of any in-house molecular technique is a crucial step to allow the comparison of studies conducted in different settings and different groups of patients. The aim of the present study was to standardize two in-house PCR assays a conventional PCR and a real-time PCR for detecting hMPV in nasopharyngeal aspirates and to evaluate the agreement between the two assays. Of 228 samples of nasopharyngeal aspirates obtained from hematopoietic stem cell transplant recipients with acute respiratory symptoms, 10 (4.4%) were positive for hMPV by conventional PCR whereas 11 (4.8%) were positive by real-Time PCR. The agreement of both assays, measured by Kappa Index, was almost perfect (0.95, 95% confidence interval).

As doenças respiratórias agudas (DRAs) são as causas mais comuns de morbidez e mortalidade infantil mundial, podendo ser causadas por uma grande variedade de microorganismos. A fim de se detectar os vírus respiratórios mais comumente associados às infecções agudas do trato respiratório e traçar seu perfil epidemiológico, utilizamos um protocolo de GS RT-PCR (GeneScan Transcrição Reversa-Reação em Cadeia da Polimerase) para a rápida detecção simultânea do, vírus influenza A e B, parainfluenzavirus tipo 1, 2 e 3, picornavirus, metapneumovirus e o adenovírus. As amostras clínicas foram colhidas de crianças menores de cinco anos de idade, apresentando sintomas respiratórios, no Hospital Universitário (HU) da Universidade de São Paulo (USP), durante o ano de 2003. O GS RT-PCR se mostrou uma metodologia sensível e específica, capaz de detectar uma diversidade maior de agentes infecciosos do trato respiratório em relação à Imunofluorescência Indireta (IFI), reduzindo neste estudo a porcentagem de amostras negativas de 69,9% (235 amostras) para 22% (74 amostras). / A reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) assay based on automated fluorescent capillary electrophoresis and GeneScan software analysis was used to detect nine common respiratory viruses in clinical specimens from young children. Assays for human respiratory syncytial virus (HRSV), human parainfluenza viruses 1, 2, and 3, influenza A and B viruses, human metapneumovirus, adenovirus and picornavirus were incorporated into a screening PCR standard assay format. The optimized assay panel was used to test 336 respiratory specimens obtained from children hospitalized with acute respiratory illness (ARI) that had been previously tested by viral culture and indirect immunofluorescence staining (IIF). GS RT-PCR showed be a sensitive and specific methodology, able to detect a larger diversity of respiratory viruses regarding IFI, reducing in this study the percentage of negative samples of 69,9% (235 samples) to 22% (74 samples).

As doenças respiratórias agudas (DRAs) são as causas mais comuns de morbidez e mortalidade infantil mundial, podendo ser causadas por uma grande variedade de microorganismos. A fim de se detectar os vírus respiratórios mais comumente associados às infecções agudas do trato respiratório e traçar seu perfil epidemiológico, utilizamos um protocolo de GS RT-PCR (GeneScan Transcrição Reversa-Reação em Cadeia da Polimerase) para a rápida detecção simultânea do, vírus influenza A e B, parainfluenzavirus tipo 1, 2 e 3, picornavirus, metapneumovirus e o adenovírus. As amostras clínicas foram colhidas de crianças menores de cinco anos de idade, apresentando sintomas respiratórios, no Hospital Universitário (HU) da Universidade de São Paulo (USP), durante o ano de 2003. O GS RT-PCR se mostrou uma metodologia sensível e específica, capaz de detectar uma diversidade maior de agentes infecciosos do trato respiratório em relação à Imunofluorescência Indireta (IFI), reduzindo neste estudo a porcentagem de amostras negativas de 69,9% (235 amostras) para 22% (74 amostras). / A reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) assay based on automated fluorescent capillary electrophoresis and GeneScan software analysis was used to detect nine common respiratory viruses in clinical specimens from young children. Assays for human respiratory syncytial virus (HRSV), human parainfluenza viruses 1, 2, and 3, influenza A and B viruses, human metapneumovirus, adenovirus and picornavirus were incorporated into a screening PCR standard assay format. The optimized assay panel was used to test 336 respiratory specimens obtained from children hospitalized with acute respiratory illness (ARI) that had been previously tested by viral culture and indirect immunofluorescence staining (IIF). GS RT-PCR showed be a sensitive and specific methodology, able to detect a larger diversity of respiratory viruses regarding IFI, reducing in this study the percentage of negative samples of 69,9% (235 samples) to 22% (74 samples).

A reação em cadeia por polimerase (PCR) e suas variantes tem sido, desde o isolamento do metapneumovírus humano (hMPV), a técnica mais utilizada para a detecção do vírus em secreções respiratórias de diferentes grupos de pacientes. Entretanto, a interpretação de estudos abordando aspectos epidemiológicos e patogenéticos da infecção pelo hMPV tem sido dificultada pelo uso de uma grande variedade de técnicas de PCR \"in house\" na ausência de uma técnica \"padrão ouro\" claramente definida. A avaliação da sensibilidade, especificidade e reprodutibilidade de qualquer técnica molecular \"in house\" é um passo crucial para podermos comparar estudos realizados por diferentes grupos de pesquisa e diferentes grupos de pacientes. Este estudo teve como objetivos a padronização de duas técnicas de PCR - convencional e em tempo real - para a detecção do hMPV em secreções respiratórias e a avaliação da concordância existente entre as técnicas. Entre 228 amostras de lavado de nasofaringe coletadas de receptores de transplante de células tronco hematopoiéticas com sintomas de infecção respiratória aguda, 10 (4,4%) foram positivas para a presença do hMPV pela técnica de PCR convencional enquanto que 11 (4,8%) foram positivas pela técnica de PCR em tempo real. A concordância entre as técnicas, medida pelo índice Kappa para um intervalo de confiança de 95%, foi de 0,95, ou seja, quase perfeita. / The polymerase chain reaction (PCR) has been, since the isolation of the virus in 2001, the most used technique for detection of human metapneumovirus (hMPV) in respiratory specimens of several groups of patients. However, the interpretation of studies regarding the epidemiology and pathogenesis of hMPV infection has been hindered by the use of a great variety of PCRs techniques for hMPV detection, in the absence of a clearly defined \"gold standard\". The assessment of the sensitivity, specificity and reproducibility of any in-house molecular technique is a crucial step to allow the comparison of studies conducted in different settings and different groups of patients. The aim of the present study was to standardize two in-house PCR assays a conventional PCR and a real-time PCR for detecting hMPV in nasopharyngeal aspirates and to evaluate the agreement between the two assays. Of 228 samples of nasopharyngeal aspirates obtained from hematopoietic stem cell transplant recipients with acute respiratory symptoms, 10 (4.4%) were positive for hMPV by conventional PCR whereas 11 (4.8%) were positive by real-Time PCR. The agreement of both assays, measured by Kappa Index, was almost perfect (0.95, 95% confidence interval).