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Investigación genómica de señales de selección positiva reciente en Aymaras, Pehuenches y Huilliches

Contreras Zúñiga, Paloma S. January 2015 (has links)
Antropóloga Física / Los primeros habitantes del sur Sudamericano llegaron hace más de 14.000 años, enfrentando presiones selectivas como la altura, tóxicos ambientales, cambios en la dieta, exposición a patógenos, entre otras. Estas condiciones ambientales promovieron el desarrollo de adaptaciones biológicas, detectables a nivel genómico. Usando datos de genotipificación (700.000 SNPs), estudiamos elementos de la historia microevolutiva de los Aymara, Pehuenche y Huilliche; grupos de ancestría amerindia que descienden de pueblos prehispánicos del altiplano andino y del centro-sur de Chile. Al analizar su estructura poblacional con el test Fst, encontramos una baja diferenciación entre los grupos. Usando ADMIXTURE, no detectamos estructura genética entre Pehuenches y Huilliches. Con los test iHS y XPEHH, identificamos regiones genómicas con señales de selección positiva reciente (<30.000 años) en Amerindios, no presentes en asiáticos, europeos, ni africanos. Destacamos una región del cromosoma 6 (52-52,6 Mb), con alta evidencia de selección en los tres grupos. Las regiones más diferenciadas entre Aymaras y el grupo de Pehuenches y Huilliches (5% de los puntajes más altos de Fst y XPEHH) contienen genes asociados al metabolismo de lípidos y al sistema inmune. Estos resultados sugieren presiones selectivas en estos mecanismos biológicos que podrían haber existido recientemente en la historia de estas poblaciones
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Variación dental y craneofacial en el Norte de los Andes durante el Pleistoceno y el Holoceno

Delgado Burbano, Miguel Eduardo January 2015 (has links)
En la presente tesis se presentan los resultados del estudio bioarqueológico de los patrones de diversidad morfológica en muestras de poblaciones humanas, ampliamente distribuidas en un sentido espacial y temporal, que ocuparon el Norte de los Andes (actual territorio de la República de Colombia) durante el Pleistoceno final y el Holoceno. Dicha área es clave para abordar tanto el ingreso inicial de grupos humanos al subcontinente como la microevolución ocurrida a lo largo del Holoceno debido a su posición geográfica, marcada diversidad ambiental y paisajística y al completo y detallado registro arqueológico y paleoambiental. Así, se espera, entre otras cosas, aportar información relevante para la mejor comprensión del proceso de poblamiento y dispersión, a escala regional y continental, y sobre la evolución morfológica y poblacional. En este contexto los objetivos que articularon la presente investigación fueron: 1) estudiar la cantidad, origen y fuentes de la variación fenotípica en muestras diacrónicas del área de estudio a nivel intra e intergrupal; 2) poner a prueba un conjunto básico de hipótesis derivadas del modelo más simple de poblamiento y microevolución en el área de estudio y 3) establecer comparaciones con muestras extrarregionales, en una escala continental, con el fin de discutir aspectos del poblamiento inicial de Sudamérica. La información analizada provino del relevamiento de diferentes tipos de variables entre ellas medidas lineales así como basadas coordenadas de landmarks y semilandmarks en 2D a nivel craneofacial y rasgos no-métricos de la dentición. En forma complementaría se obtuvieron otras variables de tipo climático, geográfico y de dieta en el contexto regional así como variables fenotípicas (craneométricas y dentales) de grupos extrarregionales que fueron incorporadas en los análisis estadísticos desarrollados. Los mismos consistieron en una serie de pruebas uni, bi y multivaridas desde dos enfoques denominados model free donde se emplearon técnicas descriptivas, correlacionales y exploratorias y otro model bound donde se usaron básicamente métodos que se basan en supuestos genético-poblacionales. A nivel intrarregional y a partir de los resultados obtenidos puede decirse que 1) la evidencia morfológica analizada -considerada en conjunto- sugiere que el poblamiento inicial del área de estudio fue resultado del ingreso de una única población, relativamente homogénea desde un punto de vista fenotípico y que este patrón de variación morfológica se mantuvo relativamente estable durante varios milenios desde el Pleistoceno final hasta mediados del Holoceno. Diferencias entre muestras tempranas de cronología similar de las Cordilleras Oriental y Central alerta sobre escenarios más complejos que el que aquí se presenta. 2) entre 10,000 y 3500/2500 años AP, el norte de los Andes estuvo habitado por poblaciones locales descendientes de una única población fundadora, que habrían experimentado en general, un bajo grado de diferenciación probablemente como resultado de aislamiento y consecuentemente de tasas relativamente bajas de flujo génico. Aún así cierta diversificación ocurrida durante el Holoceno medio vinculada probablemente con eventos paleoclimáticos indica que la dinámica de expansión poblacional no es exclusiva del Holoceno tardío. El cambio morfológico más marcado, que involucra tanto al esqueleto craneofacial como a la dentición, parece coincidir temporalmente y en términos generales con un proceso mayor -desde un punto de vista cultural y demográfico- como es la dispersión de la agricultura intensiva en la región. Aún así la naturaleza del proceso de expansión agrícola en la región, sobre todo de la agricultura intensiva, no resulta del todo clara, pero en algunas áreas tales como el Altiplano Cundiboyacense parece haber implicado el arribo de de nuevas poblaciones con patrones de diversidad morfológica muy diferentes a los preexistentes. 3) si bien la divergencia morfológica vista en momentos tardíos no puede ser explicada exclusivamente por la acción de factores estocásticos (mutación y deriva) sino también por el papel de procesos direccionales como la selección y la plasticidad fenotípica promovidos probablemente por cambios ambientales, en la economía de subsistencia y la tecnología empleada para procesar los alimentos resulta claro que el cambio morfológico observado se relaciona probablemente con el ingreso de grupos extrarregionales con distintos patrones de diversidad. 4) existe ausencia de estructura geográfica en los patrones de de diversidad fenotípica en la región de estudio para los grupos tardíos lo cual es compatible con la idea de una población que se expandió en gran parte del territorio del norte de los Andes en un lapso corto de tiempo, menor al necesario para el desarrollo de una clara estructuración geográfica de la variación. A nivel continental los análisis muestran que 1) la cantidad de diversidad durante el Holoceno temprano/medio es de escasa magnitud lo cual se infiere a partir de la poca diferenciación vista entre grupos anteriores al 7000 14C AP. 2) existen diferencias importantes en la diversidad craneofacial en momentos anteriores y posteriores a los 5000 años AP. 3) el grado de regionalización de la variación dental en América –que se configura espacialmente en forma lenta debido a la estabilidad evolutiva de los rasgos discretos– sugiere tiempos de ingreso anteriores a los indicados por algunos modelos (v.g. Clovis first y de una única oleada desde la evidencia molecular). 4) existe cierta tendencia geográfica en la distribución de la diversidad morfológica craneal y dental que podría indicar eventualmente vías de desplazamiento a lo largo del continente por las costas Pacifica y Atlántica. El escenario de poblamiento regional que emergen del estudio de la evidencia morfológica, en articulación con la evidencia arqueológica y paleoambiental, indican el ingreso de cazadores-recolectores tempranos al norte de los Andes a fines del Pleistoceno, con mayor probabilidad hacia los 11,000 años 14C AP aunque no puede descartarse la ocurrencia de una fase previa de exploración de menor visibilidad arqueológica (ca. 13,000-12,000 años 14C AP). Si bien no se dispone de restos óseos humanos para la fase inicial del poblamiento y de áreas diversas al interior del Norte de los Andes, la evidencia morfológica disponible a nivel craneofacial y dental correspondiente al Holoceno temprano/medio (10,000-7000 años 14C AP), sugiere la existencia de una única población fundadora relativamente diversa, con un patrón morfológico craneofacial afín al denominado paleoamericano o al extremo generalizado del vector morfológico americano cuyo complejo dental muestra la preponderancia del patrón Sinodonte. La diferenciación relativa entre grupos tempranos de la Cordillera Oriental y el valle del río Porce indica que probablemente hubo mayor diversidad durante momentos tempranos compatible con una hipotética diferenciación intrarregional de la población fundadora o alternativamente más poblaciones fundadores dispersas por diferentes escenarios ambientales. Aparte el conjunto de la evidencia indica la existencia de un proceso microevolutivo local no influenciado por altas tasas de flujo génico a partir de poblaciones extrarregionales desde el Pleistoceno final hasta el Holoceno medio y tardío inicial. A partir del comienzo del Holoceno tardío final (ca. 2500 años 14C AP), ocurre un cambio significativo en la morfología ósea craneofacial y dental, coincidente probablemente con la dispersión de la agricultura intensiva. Dicho cambio puede estar implicando también la dispersión de una población de origen extraregional así como el surgimiento de adaptaciones relacionadas con cambios en la dieta. Durante este momento también se observan procesos de estructuración espacial y cultural de la diversidad biológica, incremento de rasgos especializados así como el surgimiento de restricciones culturales al contacto entre grupos y de marcadores culturales como la deformación craneana artificial. / This dissertation presents a bioarchaeological study on the patterns of phenotypic diversity among archaeological-derived samples, scattered in a spatial and temporal sense that inhabited the northwestern corner of South America (much of the current Colombia territory), which given its geographical position and its environmental diversity and the detailed archaeological and paleoenvironmental record represents a key region to address the study of the initial human expansion into the subcontinent as well as the microevolution occurred throughout the Holocene. Taking this into account, it is expected to contribute reliable information on the early peopling process, at both regional and continental scales, and the identification of the multiple sources of morphological diversity at the intraregional level. Within this context the aims of the present investigation are: 1) to study the origin, magnitude and sources of phenotypic diversity among diachronic samples at between and within population levels; 2) to test several hypotheses related to the simplest peopling and microevolutionary scenario and 3) integrating extraregional samples to discuss key aspects on the late Pleistocene/early Holocene South American peopling process at a continental scale. The data set collected, related to different kinds of morphological variables, consists of craniometric (i.e Howell variables) and landmark coordinates data plus dental non-metric traits. Other kinds of evidences related to climatic, geographic and dietary variables as well as phenotypic information from extraregional samples from the early and late Holocene also were incorporated. Several statistical tests were performed using two different methodological approaches the so-called model free using descriptive, correlational and exploratory techniques and the model bound based on assumptions derived from the quantitative genetic theory. At the intra regional level and taking into account the results obtained, I can state that: 1) the available phenotypic data – take together– suggest that the initial peopling of the study area is a process that involved a sole founding population with limited biological diversity and with a morphological pattern that remained stable since the final Pleistocene until the middle Holocene. Differences emerged from the comparison of early samples from the Central and Eastern cordilleras indicates more complex scenarios that here envisaged; 2) between ca. 10,000-6000 BP the northern Andean area was inhabited by local populations, descendent from a only one source population, relatively few differentiated with high rates of intraregional gene flow. Despite this the morphologic diversification viewed during the middle Holocene probably related to paleoclimatic events reveals complex population dynamics during such time frame (i.e. between 6000-4000 14C YBP). The marked morphological change viewed during the late Holocene that involved both the craniofacial structures and the dentition is in a temporal sense related with a wide process, from a cultural and demographic standpoint, such as the dispersion of an agricultural way of life focused albeit not exclusively on maize, cucurbitaceas and highland tubers. Yet in the region the nature of the agricultural expansion, mainly the intensive agriculture, is not a clear process but in some regions such as the Cundiboyacense high plain seems to be related to the entry of new populations with distinct morphological patterns; 3) if well the diversity displayed by the chronologic samples cannot be explained exclusively by the action of random process such as mutation and drift but selection and phenotypic plasticity it is clear that the remarkable divergence viewed is likely related to the expansion of agricultural populations within the region; 4) the absence of spatial structure of the patterns of phenotypic variation between late samples is in agreement with the rapid expansion of one founding population. At a continental level 1) the analyses show consistently low biological diversity in America during the Early/mid- Holocene and therefore high phenotypic similarities before 7000 AP; 2) occurred important craniofacial changes during the middle Holocene in South America; 3) the degree of regionalization exhibited by the dental morphology, conservative in an evolutionary context regarding the craniofacial phenotype, suggest a early human entry to the Americas (i.e. older than 11,500 14C YBP) incompatible with the assumptions of the Clovis-first scenario; 4) the geographic patterns of the craniofacial and dental diversity suggest a trend likely related with a coastal expansion by both Pacific and Atlantic coasts. The peopling/microevolutionary scenario emerged on the basis of the study of the morphological evidence articulated with the archaeological and paleoenvironmental record indicates a north Andean peopling process started during the late Pleistocene likely ca. 11,000 14C years BP, although it is not possible discards the occurrence of a previous entry with less archaeological visibility (ca. 12,000-13,000 14C years BP). Despite human skeletal remains belonging to the initial peopling phase and other areas apart of the Sabana de Bogotá are not available, the morphological evidences recovered from early/middle Holocene archaeological contexts (10,000/7000 14C years BP) suggest the existence of only one founding population with low levels of biological variation, with a craniofacial pattern similar to the paleoamerican or the generalized extreme of the American morphological vector and with typical Amerindian dental traits. The scarcity of human remains in regions apart of the Cundiboyacense high plain as well as their differential preservation precludes for the time being know the degree of geographic differentiation reached by the populations derived of one founding stock. However, the differentiation viewed between early samples from the eastern and central Cordilleras reveals more variation compatible with more than one source population or alternatively with intraregional geographical structuring of the founding population. The overall evidence suggests a local microevolutionary process uninfluenced by high rates of extraregional gene flow since the final Pleistocene until the middle Holocene and initial late Holocene. By 2500 14C years BP a different scenario emerges, that is, the change in the dental and craniofacial morphology coincident with the expansion of specialized agriculture centered, but not exclusively, on several cultigens among them maize, cucurbitaceas and beans. Such change may involve the dispersion of extraregional population. Since this moment are evident processes of biological and cultural spatial structuring, increase of specialized dental and craniofacial traits, the emergence of both cultural restrictions to gene flow, socio-economical complexity as well markers of social status such as artificial cranial deformation.

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