Made available in DSpace on 2014-06-11T19:28:37Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-10-17Bitstream added on 2014-06-13T18:35:03Z : No. of bitstreams: 1 camara_rc_me_botfca.pdf: 801275 bytes, checksum: 592eec45674d9d05b35db65533ca4c37 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / murcha-de-curtobacterium é uma doença que acarreta sérios prejuízos na produção do feijoeiro no País e seu agente causal, a bactéria Curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccumfaciens (Cff), é transmitido por sementes. São indicados o uso de sementes livres do patógeno, rotação de culturas e cultivares resistentes para o manejo da doença em campo. Foi realizada a avaliação da transmissão de Cff via sementes de feijão, em três ensaios, em seis cultivares de feijoeiro (IAC Carioca, IAC Carioca Aruã, IAC Carioca Akytã, IAC Carioca Pyatã, IAC Carioca Tybatã e Pérola). Essas cultivares foram inoculadas com um isolado de Cff via punção no caule e os sintomas da doença foram avaliados com uma escala de notas. A análise da transmissão da bactéria pelas sementes foi realizada nos três ensaios, em 500 sementes das cultivares IAC Carioca, IAC Carioca Aruã, IAC Carioca Akytã, IAC Carioca Pyatã, IAC Carioca Tybatã e para a cultivar Pérola, foram analisadas 46, 155 e 87 sementes respectivamente no primeiro, segundo e terceiro ensaios. As sementes foram maceradas individualmente em água destilada e esterilizada, incubadas por 24 horas e a suspensão obtida foi semeada em placas de Petri contendo meio de cultura semi-seletivo para Cff e incubadas à temperarura de 28 a 30 oC, durante 96 a 120 horas. As colônias com características típicas de Cff, comparadas com um isolado puro padrão, foram purificadas em meio NSA + NaCl 7%, realizados testes de coloração diferencial de Gram, KOH e patogenicidade. Os isolados primeiro e segundo ensaios foram caracterizados por Microlog2TM e os do terceiro, via PCR. Os resultados mostraram que as cultivares de feijoeiro IAC Carioca Aruã, IAC Carioca Akytã, IAC Carioca Pyatã e IAC Carioca Tybatã apresentaram baixos índices de severidade da doença, indicando resistência à murcha-de-curtobacterium, já as cultivares Pérola e IAC... / Bean bacterial wilt is a disease that cause serious losses to the Brazilian dry beans production and its causal agent, Curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccumfaciens (Cff), is seedtransmitted. The use of pathogen-free seeds, culture rotation and resistant cultivars are recommended for disease handling on the field. The evaluation of Cff transmission by seeds was carried out by conducting three assays in six common beans cultivars (IAC Carioca, IAC Carioca Aruã, IAC Carioca Akytã, IAC Carioca Pyatã, IAC Carioca Tybatã and Pérola). These cultivars were inoculated with a Cff isolate via a puncture on the stem and the desease symptoms were evaluated with severity index. The analysis of bacterial seed transmission was carried out in all of the three assays in 500 seeds of cultivars IAC Carioca, IAC Carioca Aruã, IAC Carioca Akytã, IAC Carioca Pyatã and IAC Carioca Tybatã. For cultivar Pérola, 46; 155 and 87 seeds were analyzed respectively on the first, second and third assays. Seeds were individually macerated in distilled and sterilized water for 24 hours and the suspension thus obtained was sown on Petri dishes with a Cff semi-selective medium and incubated at 28 - 30 °C from 96 to 120 h. Colonies with typical Cff characteristics as compared with a standard pure isolate were purified in a NSA + NaCl 7% medium, Gram, KOH and pathogenicity tests being carried out. The isolates from the first and second assays were characterized by Microlog2TM and those of the third one by PCR. Results showed that common beans cultivars IAC Carioca Aruã, IAC Carioca Akytã, IAC Carioca Pyatã and IAC Carioca Tybatã presented... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:00Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2004-11-25Bitstream added on 2014-06-13T19:05:03Z : No. of bitstreams: 1 theodoro_gf_dr_botfca.pdf: 486962 bytes, checksum: 133c964b71961b171a0d897af6f2f21e (MD5) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / Este trabalho visou avaliar a ocorrência da bactéria Curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccumfaciens em lavouras de feijoeiro localizadas em alguns municípios do Estado de Santa Catarina nas safras 2002/03 e 2003/04; a reação de genótipos de feijoeiro à murcha-de-curtobacterium; e o efeito de doses de nitrogênio (N) e potássio (K) sobre a severidade da doença, peso da matéria seca e o conteúdo de diversos nutrientes na parte aérea das cultivares IAC Carioca Pyatã, IPR 88 - Uirapuru e SCS 202 - Guará. Foram coletadas plantas com sintoma de murcha em lavouras de feijoeiro em 12 municípios. Posteriormente, procedeu-se ao isolamento, à purificação e à caracterização da bactéria e aos testes de patogenicidade. Aos 10 dias após a semeadura, plântulas de 24 genótipos de feijoeiro, conduzidas em casa-de-vegetação, foram inoculadas com o isolado FJ 36. A severidade da murcha-de-curtobacterium foi avaliada, a cada cinco dias, até aos 25 dias após a inoculação. Tanto no experimento que avaliou o efeito do N (uréia) quanto do K (cloreto de potássio) na severidade da doença, empregou-se a dose recomendada pela análise de solo e variações de 25 e 50 % abaixo e acima da mesma. Foi coletada a parte aérea das plantas antes e após as adubações, aos 25 DAS, para se aferir o peso da matéria seca e o conteúdo de N, fósforo (P), K, cálcio (Ca) e magnésio (Mg). Constatou-se que C. f. pv. flaccumfaciens esteve presente em plantas cultivadas nos municípios de Campos Novos, Faxinal dos Guedes, Guatambu, Ipuaçu, Ponte Serrada e Tigrinhos. Dos genótipos avaliados, somente as cultivares IAC Carioca Akytã, IAC Carioca Aruã e IAC Carioca Pyatã, considerados como padrões de resistência à doença, apresentaram-se com as menores notas de severidade média e valores de área abaixo da curva do progresso da murcha-de-curtobacterium (AACPMC)... . / This work aimed evaluate the occurrence of the bacteria Curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccumfaciens in common bean fields of Santa Catarina State, during the harvest of 2002/03 and 2003/04; the reaction of bean genotypes to the bacterial wilt; and the effect of nitrogen (N) and potassium (K) levels on the severity of the disease, the weight of the dry mass and the content of nutrients I nthe aerial part of the cultivars IAC Carioca Pyatã, IPR 88 - Uirapuru and SCS 202 - Guará cultivars. Plants with symptoms of wilt were collected in bean fields of 12 cities. It was made the isolation, purification and cultural characterization of the bacteria and the procedures to fulfill the Kochþs postulates. The inoculation with the strain FJ 36 was done in the 10th day after the sow of 24 common bean genotypes, under greenhouse conditions. The bacterial wilt severity was evaluated, in each five days, until the 25th day after inoculation. It was adopted as treatments the recommended level of N (urea) and K (potassium chloride), by the soil analysis, as well levels 25% and 50% under and below it. The aerial part of the plants was collected before and after the fertilizations, to determine the weight of the dry mass and the content of N, phosphorus (P), K, calcium (Ca) and magnesium (Mg). Curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccumfaciens was detected in plants cultivated in Campos Novos, Faxinal dos Guedes, Guatambu, Ipuaçu, Ponte Serrada and Tigrinhos. Regarding the evaluated genotypes, only the cultivars IAC Carioca Akytã, IAC Carioca Aruã e IAC Carioca Pyatã, considered as patterns of resistance, had the lower values of average severity and area under the bacterial wilt progress curve (AUBWPC). However, although to have been considered susceptible, the cultivars SCS 202 - Guará and IPR Graúna showed relatively low values of AUBWPC... (Complete abstract, click electronic address below).

Made available in DSpace on 2016-12-08T16:44:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGPV11MA038.pdf: 1217077 bytes, checksum: 00344fc81180f6d99a71b0ff111924e8 (MD5) Previous issue date: 2011-02-09 / Curtobacterium wilt has become one of the most important emerging diseases in bean plants. Studies aimed at identifying sources of resistance and to know the genetic control of disease are essential for the development of resistant cultivars. The aim of this study was to identify bean genotypes resistant to curtobacterium wilt and determine the inheritance of resistance of this disease on bean, to enable the development of resistant cultivars in a breeding program. Were evaluated 72 genotypes, among which are 67 accessions of the Active Germplasm Bank of beans at the Universidade do Estado de Santa Catarina (UDESC). It was possible to identify Xan 159 as being tolerant to the disease, because it showed the lowest average scores for symptoms of bacterial wilt and is indicated for use in breeding programs to develop resistant cultivars. The study of inheritance of resistance to bacterial wilt was accomplished through a complete diallel of five parents (IAC Carioca Aruã, IAC Carioca Pyatã, IAC Carioca Tybatã, SCS Guará and Pérola) and through study of six generations of people IAC Carioca Aruã x Guara and IAC Carioca Pyatã x Pérola. Diallel analysis showed that although both the additive effects and non-additive are involved, the additive effect is more important in controlling the curtobacterium wilt. The IAC Carioca Pyatã had the highest general combining ability and is recommended for use in breeding programs that aim to develop resistant genotypes. The analysis of the means of generations between genotypes tolerant x susceptible (IAC Carioca Aruã x SCS Guará and IAC Carioca Pyatã x Pérola), demonstrates the importance of the additive effects on the character determination. Analyses of variance of six generations agree with the results found by the analysis of averages, where the additive effect has greater importance for the inheritance of curtobacterium wilt. The narrow sense heritability was around 35%, demonstrating that it is possible to gain with the selection of resistant individuals / A murcha de curtobacterium tem se mostrado uma das doenças emergentes mais importantes na cultura do feijão. Estudos que visem identificar fontes de resistência e conhecer o controle genético da doença são fundamentais para o desenvolvimento de cultivares resistentes. O objetivo deste trabalho foi identificar genótipos de feijão resistentes à murcha de curtobacterium e estudar a herança da resistência desta doença em feijão, para possibilitar o desenvolvimento de cultivares resistentes em programas de melhoramento. Foram avaliados 72 genótipos, dentre os quais estão 67 acessos pertencentes ao Banco Ativo de Germoplasma de Feijão da Universidade do Estado de Santa Catarina (UDESC). Foi possível identificar a linhagem Xan 159 como tolerante à doença, pois apresentou as menores médias para as notas dos sintomas da murcha de curtobacterium, sendo indicado para uso em programas de melhoramento para o desenvolvimento de cultivares resistentes. O estudo da herança da resistência à murcha de curtobacterium foi realizado, através de um dialelo completo com cinco genitores (IAC Carioca Aruã, IAC Carioca Pyatã, IAC Carioca Tybatã, Pérola e SCS Guará) e através do estudo das seis gerações da populações IAC Carioca Aruã x Guará e IAC Carioca Pyatã x Pérola. A análise dialélica mostrou que, embora ambos os efeitos aditivos e não-aditivos estão envolvidos, o efeito aditivo é mais importante no controle da murcha de curtobacterium. O genótipo IAC Carioca Pyatã apresentou a maior capacidade geral de combinação e é recomendado para uso em cruzamentos dirigidos que objetivam o desenvolvimento de genótipos resistentes. A análise das médias das gerações entre genótipos tolerantes x suscetíveis (IAC Carioca Aruã x SCS Guará e IAC Carioca Pyatã x Pérola), demonstra a importância dos efeitos aditivos para a determinação do caráter. As análises das variâncias das seis gerações concordam com os resultados encontrados pela análise das médias, onde o efeito aditivo possui maior importância para a herança da murcha de curtobacterium. A herdabilidade no sentido restrito foi em torno de 35%, demonstrando que há possibilidade de obter ganhos com a seleção de indivíduos resistentes

Submitted by Marlene Santos (marlene.bc.ufg@gmail.com) on 2018-08-01T17:33:51Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Maythsulene Inácio de Sousa Oliveira - 2015.pdf: 3135445 bytes, checksum: a08e11c7f2df635f3ff7726cfde58f49 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-08-02T11:09:15Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Maythsulene Inácio de Sousa Oliveira - 2015.pdf: 3135445 bytes, checksum: a08e11c7f2df635f3ff7726cfde58f49 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-02T11:09:15Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Maythsulene Inácio de Sousa Oliveira - 2015.pdf: 3135445 bytes, checksum: a08e11c7f2df635f3ff7726cfde58f49 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2015-04-11 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Common bean (Phaseolus vulgaris L.) is grown in Brazil in three different cropping seasons, and in diverse agroecosystems. In such different environments, the crop is exposed to several constraints responsible for yield losses, such as pathogenic organisms. Among common bean relevant diseases, fusarium wilt (Fusarium oxysporum f. sp. phaseoli), dry root-rot (Fusarium solani) and Curtobacterium wilt (Curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccumfaciens) have similar symptoms, hindering diagnosis in the field, and whose identification in seed health testing is also limited. In both cases, identification at species level is an important step to manage this root pathogen complex, whose detection can be improved by molecular biology tools. Therefore, this study aimed to: 1) to develop and validate a multiplex PCR (m-PCR) method for simultaneous identification of three common bean pathogens, F. oxysporum f. sp. phaseoli, F. solani and C. flaccumfaciens pv. flaccumfaciens; and 2) develop an isothermal amplification of DNA (LAMP) method to detect of F. oxysporum f. sp. phaseoli on seeds. M-PCR method was developed for identification of isolated colonies, as well as infected seeds. In seeds, total DNA was obtained by alkaline lysis method, which inactivates nucleases during the extraction process. M-PCR allowed the identification of all pathogens, with detection of C. flaccumfaciens pv. flaccumfaciens, F. oxysporum f. sp. phaseoli and F. solani amplicons in agarose gel with respectively 306, 609 and 143 base pairs. Furthermore, m-PCR also reduced costs and time to detect Fusarium oxysporum f. sp. phaseoli from 10 days to three hours. It was not possible to develop an optimized protocol for detection of F. oxysporum f. sp. phaseoli by the LAMP method, using only the tf1 gene for design of primers, since such primers were functional only for amplifying large amounts of target DNA. Based on the negative results with LAMP, it is suggested that further studies should be performed using other DNA sequences available in GenBank database. / O feijoeiro-comum (Phaseolus vulgaris L.) é cultivado durante todo o ano no território brasileiro, em três épocas distintas e em vários agroecosistemas. Nestes ambientes distintos, a cultura está exposta a diversos fatores que causam perdas de rendimento, como o ataque de patógenos. Dentre as doenças do feijoeiro-comum encontram-se a murcha-de-fusarium (Fusarium oxysporum f. sp. phaseoli), a podridão-radicular-seca (Fusarium solani) e a murcha-de-curtobacterium (Curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccumfaciens) que apresentam sintomas semelhantes, dificultando seu diagnóstico no campo, e cuja identificação em testes de sanidade de sementes também é limitada. Em ambos os casos, a identificação em nível de espécie é uma importante etapa do manejo deste complexo de patógenos, cuja detecção pode ser aperfeiçoada com a adoção de ferramentas de biologia molecular. Portanto, este estudo teve como objetivos: 1) Desenvolver e validar um método de multiplex PCR (m-PCR) para identificação simultânea de três espécies de patógenos do feijoeiro-comum, F. oxysporum f. sp. phaseoli, F. solani e C. flaccumfaciens pv. flaccumfaciens; e 2) desenvolver a técnica de amplificação isotérmica de DNA (LAMP) para detecção de F. oxysporum f. sp. phaseoli em sementes. O método de m-PCR foi desenvolvido para identificação de colônias isoladas bem como sementes infectadas. Nas sementes, o DNA total foi obtido pela lise alcalina, método que inativa nucleases durante o processo de extração. A m-PCR possibilitou a identificação de todos os patógenos, com detecção de C. flaccumfaciens pv. flaccumfaciens, F. oxysporum f. sp. phaseoli e F. solani em bandas formadas em gel de agarose respectivamente com 306, 609 e 143 pares de base. Além disso, a extração do DNA total das sementes pela lise alcalina em combinação com a m-PCR também possibilitou redução de custos e tempo de realização do diagnóstico de Fusarium oxysporum f. sp. phaseoli, de 10 dias para três horas. Não foi possível estabelecer um protocolo otimizado para detecção de F. oxysporum f. sp. phaseoli pelo método LAMP, utilizando somente o gene tf1 para desenho dos iniciadores, uma vez que, os iniciadores revelaram-se funcionais apenas para a amplificação com grandes quantidades de DNA alvo. Diante dos resultados obtidos com LAMP, sugere-se que estudos posteriores sejam realizados empregando outras sequências de DNA disponíveis no banco de dados GenBank.