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Isolamento e caracterizaÃÃo parcial dos Genes beta-actina e miosina de cadeia pesada do CamarÃo rosa Farfantepenaeus subtilis / Isolation and partial characterization of genes beta-actin and myosin heavy chain shrimp Farfantepenaeus subtilis

Eliana Matos Ribeiro 04 March 2009 (has links)
CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / O camarÃo peneÃdeo Farfantepenaeus subtilis à uma importante espÃcie nativa do litoral nordestino que possui uma grande ocorrÃncia na pesca. Dentre os camarÃes marinhos de importÃncia comercial, os peneÃdeos se destacam por constituÃrem um valioso recurso para pesca e aqÃicultura em regiÃes tropicais e subtropicais. Entretanto, a disponibilidade de informaÃÃes sobre essas espÃcies à bastante escassa, principalmente em relaÃÃo à estrutura genÃtica que atua no crescimento muscular desses animais. Tendo como objetivo identificar genes envolvidos na contraÃÃo muscular de camarÃes, neste trabalho foram parcialmente isolados e seqÃenciados os genes de betaactina e miosina de cadeia pesada do camarÃo rosa F. subtilis, a partir do cDNA do mÃsculo abdominal. Para tanto, camarÃes coletados no estuÃrio do rio Pacoti, estado do CearÃ, foram inicialmente identificados taxonomicamente e, depois atravÃs de amplificaÃÃo de DNA seguida por sequenciamento das regiÃes citocromo oxidase subunidade I (COI) e 16S. Utilizando-se os tecidos frescos dos camarÃes, foi extraÃdo o RNA total e foram obtidos os respectivos DNAs complementares (cDNAs). Baseado na construÃÃo de primers especÃficos a partir do alinhamento entre sequÃncias descritas no Genbank/NCBI, os genes foram isolados por meio de RT-PCR (ReaÃÃo em Cadeia da Polimerase atravÃs da transcriptase reversa) e seqÃenciados. Foi obtido um fragmento parcial de 760 pares de base para o cDNA de beta-actina e para o cDNA de miosina de cadeia pesada foi obtido um fragmento de 570 pares de base. AnÃlises das sequÃncias realizadas pela ferramenta BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) revelaram alta similaridade com outras beta-actinas e miosinas de camarÃes, confirmando a identidade das sequÃncias genÃticas isoladas. Como resultado do alinhamento pareado entre as sequÃncias desses genes obtidos no trabalho com as de outras espÃcies presentes no GenBank, pÃde-se observar que as maiores similaridades foram com Penaeus monodon (93%) e com Farfantepenaeus paulensis (88%). Os resultados obtidos neste estudo demonstraram a viabilidade da metodologia utilizada na identificaÃÃo de genes relacionados com caracterÃsticas importantes. Esses dados irÃo facilitar o isolamento completo das sequÃncias desses genes, alÃm de contribuir para incentivar a identificaÃÃo de outros genes importantes em camarÃes, principalmente os nativos do Brasil. AnÃlise de genes que atuam desenvolvimento do tecido muscular do animal poderà fornecer informaÃÃes genÃticas importantes acerca de uma espÃcie nativa que està sendo superexplorada e que poderà ser viÃvel para cultivo. Outrossim, esses dados beneficiarÃo a comunidade cientÃfica, servindo como base para estudos de fisiologia, filogenia e evoluÃÃo em peneÃdeos / The penaeid shrimp Farfantepenaeus subtilis is an important native species for fisheries industry in Brazil. Among marine shrimps of commercial importance, penaeids are recognized as a valuable resource for fishery and aquaculture in tropical and subtropical regions. However, data on these species is extremely reduced, especially concerning genetic elements involved in animal muscle growth. Therefore, aiming at identifying shrimp genes directly associated with muscle contraction in this research, beta-actin and myosin heavy chain genes of the pink shrimp F. subtilis were isolated from its muscular abdominal and partially sequenced. Shrimps collected from Pacoti estuary, CearÃ, were first identified through taxonomy and, then, through DNA amplification followed by sequencing of Cytochrome Oxidase subunit I (COI) and 16S. From fresh shrimp tissues, total RNA was extracted and complementary cDNA was obtained. Based on specific primers designed after sequence alignments performed against sequences at GenBank/NCBI, genes were amplified from RT-PCR (reverse transcriptase - polimerase chain reaction) and sequenced. A 760bp partial F. subtilis beta-actin cDNA fragment was obtained, while the partial F. subtilis myosin heavy chain cDNA was 570bp long. Sequence analyses using the Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) program indicated that F. subtilis beta-actin gene product is very similar to betaactin of other species of shrimps, while the myosin heavy chain protein is highly homologous to crustacean myosins heavy chain, confirming the identity of the isolated gene sequences. Alignment of these gene sequences with other sequences in GenBank showed high similarity with Penaeus monodon (93%) and Farfantepenaeus paulensis (88%). Results have showed the feasibility of partial gene identification as a means to identify genes of strategic interest. These data would help further attempts to elucidate the complete isolation of these genes, as well as the detection of other important genes, especially from shrimp species occurring at the Brazilian coast. Genes analyses involved with muscle growth might provide important genetic information on native species that are overexploited and may be viable for the shrimp cultivation. In addition, these data might also benefit the scientific community, improving a range of research areas such as physiology, phylogeny and evolution of penaeids

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