Η παρούσα διδακτορική διατριβή αποτελεί ένα συνδυαστικό ερευνητικό προϊόν που στοιχειοθετείται από την ανάπτυξη υπολογιστικών εργαλείων επεξεργασίας και ανάλυσης θαλάσσιων γεωφυσικών δεδομένων και την εφαρμογή τους σε πρωτογενή δεδομένα, συλλεγμένα από το Εργαστήριο Θαλάσσιας Γεωλογίας και Φυσικής Ωκεανογραφίας (Ε.ΘΑ.ΓΕ.Φ.Ω) του πανεπιστημίου Πατρών, κατά το διάστημα 2005 – 2011. Τα πεδία στα οποία συγκεντρώνεται το κέντρο βάρους της διατριβής είναι: 1) τα συστήματα ακουστικής ταξινόμησης πυθμένα και 2) η χαρτογράφηση και παραμετροποίηση εμφανίσεων των πολύ σημαντικών θαλάσσιων ενδιαιτημάτων της Ποσειδώνιας και των κοραλλιογενών σχηματισμών στο Ιόνιο και στο Αιγαίο πέλαγος. Έτσι αναπτύχθηκαν και παρουσιάστηκαν εκτενώς τα λογισμικά εργαλεία SonarClass και TargAn, που αναφέρονται αντίστοιχα στην αυτόματη ακουστική ταξινόμηση πυθμένα και την παραμετροποίηση περιοχών ενδιαφέροντος σε εικόνες ηχοβολιστών ευρείας σάρωσης και εφαρμόστηκαν για την χαρτογράφηση λειμώνων ποσειδώνιας στη Ζάκυνθο και κοραλλιογενών σχηματισμών (τραγάνας) στις Κυκλάδες νήσους. Παράλληλα και επεκτείνοντας το εύρος των ερευνητικών προϊόντων αυτής της διατριβής, αναπτύχθηκαν επίσης: 1) το λογισμικό SBP-Im-An για τη γεωαναφορά και ψηφιοποίηση παλαιών αναλογικών καταγραφών τομογράφων υποδομής πυθμένα, 2) το λογισμικό χωροστάθμησης θαλάσσιων γεωμαγνητικών δεδομένων MagLevel και 3) το λογισμικό ποσοτικοποίησης αλιευτικών ιχνών σε δεδομένα ηχοβολιστών ευρείας σάρωσης PgStat, με αντίστοιχες σημαντικές εφαρμογές σε πρωτογενή δεδομένα. Η παρούσα διατριβή επιδεικνύει πρωτοτυπία τόσο σε επίπεδο ανάπτυξης νέων μεθόδων ανάλυσης και επεξεργασίας γεωφυσικών δεδομένων όσο και σε επίπεδο παρουσίασης εφαρμογών τους σε περιοχές μελέτης με ιδιαίτερο περιβαλλοντικό ενδιαφέρον αλλά και σε πεδία έρευνας για τα οποία το ενδιαφέρον της σύγχρονης θαλάσσιας επιστημονικής κοινότητας βρίσκεται στο απόγειό του. / The present PhD thesis is a combinational research product concerning the development of software tools for the processing and analysis of marine geophysical data and their application to original data, collected by the Laboratory of Marine Geology and Physical Oceanography (L.M.G.P.O), university of Patras, Greece, during the period 2005-2011. The fields that this thesis focuses on are: 1) the Acoustic Seabed Classification Systems and 2) the mapping and quantification of very important marine habitats that specifically are the Posidonia Oceanica Prairies and the Coralline formations in the Aegean and Ionian seas. The software tools SonarClass and TargAn, that respectively refer to the Acoustic Seabed Classification and the quantification of Regions Of Interest in swath sonar imagery are presented and applied to the cases of Posidonia Oceanica in Zakinthos Isl. (Ionian Sea) and Coralline formations in Cyclades Isl. (Aegean Sea). Additionally and extending the range of the research products of this thesis, other software tools that are presented are: 1) the SBP-Im-An for the recreation (georeferencing and digitization) of old analog Sub Bottom Profiler recordings, 2) the MagLevel for the tie line leveling of marine geomagnetic data and 3) the PGStat for the quantification of trawl marks in swath sonar imagery, all of them with significant applications to original data. This thesis demonstrates originality due to both the development of new methods for the analysis and processing of marine geophysical data and the applications to study areas with particular environmental interest and research fields for which the attention of the marine scientists is at its peak.

[EN] The seagrass Posidonia oceanica is an important ecosystem endemic in the Mediterranean Sea and for their rightful protection they have been included as priority habitat in the European Union habitats directive. From the priority lines of investigation proposed by the Ministry of Environment, Rural and Marine care for the conversation of the habitat of communal interest 1120*. In regards to the seagrass Posidonia (Posidonion oceanicae) in Spain, in some of the protected marine spaces and managed by the Generalitat Valenciana, the following have been developed: The line "mapping and cataloging of the habitat type 1120*". The line "effect of invading species". The line "Effects of climate change in the priority habitat of seagrass of Posidonia oceanica". The line "Development and validation of state indicators of the conservation, structure and function of the habitat type 1120*". / [ES] Las praderas de Posidonia oceanica son un importante ecosistema endémico del mar mediterráneo y para su protección ha sido incluido como hábitat prioritario en la Directiva de Hábitats de la Unión Europea. De las líneas prioritarias de investigación propuestas por el Ministerio de Medio Ambiente, y Medio Rural y Marino, para la conservación del hábitat de interés comunitario 1120* Praderas de Posidonia (Posidonion oceanicae) en España, en algunos de los espacios marinos protegido creados y gestionado por la Generalitat Valenciana, se han desarrollado las siguientes: La línea "Cartografiado y catalogación del tipo de hábitat 1120*". La línea "Efecto de las especies invasoras". La línea "Efectos del cambio climático en el hábitat prioritario praderas de Posidonia oceanica". La línea "Desarrollo y validación de indicadores de estado de conservación, estructura y función del tipo de hábitat 1120*" . / [CAT] Els herbers de Posidonia oceanica són un important ecosistema endèmic del mar mediterrani i per a la seua protecció ha sigut inclòs com a hàbitat prioritari en la Directiva d'Hàbitats de la Unió Europea. De les línies prioritàries d'investigació proposades per el Ministeri de Medi Ambient , i Medi Rural i Marí, per a la conservació de l'hàbitat d'interés comunitari 1120* Herbers de Posidonia (Posidonion oceanicae) a Espanya, en alguns dels espais marins protegit creats i gestionat per la Generalitat Valenciana, s'han desenrotllat les següents: La línia "Cartografiat i catalogació del tipus d'hàbitat 1120*". La línia "Efecte de les espècies invasores". La línia "Efectes del canvi climàtic en l'hàbitat prioritari herbers de Posidonia oceanica". La línia "Desenrotllament i validació d'indicadors d'estat de conservació, estructura i funció del tipus d'hàbitat 1120*". / Enguix Egea, A. (2016). Desarrollo de lineas prioritarias de investigación del hábitat de interés comunitario 1120* Praderas de Posidonia (Posidonion oceanicae) en espacios marinos protegidos de la Comunidad Valenciana [Tesis doctoral no publicada]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/63242 / TESIS