Le jaune d’œuf est une source de nutriments et de molécules bioactives pour l’embryon. Il renferme de nombreuses protéases et antiprotéases, dont la fonction reste méconnue. Notre objectif était d’identifier et de caractériser les protéases/antiprotéases associées spécifiquement à la formation du jaune d’œuf (vitellogénèse). Les précurseurs du jaune sont exprimés par le foie à la maturité sexuelle des poules. Par une approche transcriptomique, nous avons identifié 582 gènes, dont 15 protéases et antiprotéases, sur exprimés par le foie des poules sexuellement matures. Au moins trois d’entre elles sont présentes dans le jaune ou la membrane vitelline. Nous avons montré que l’expression de la « similar to nothepsin », une protéase prédite de fonction inconnue, était spécifique du foie des femelles et pourrait participer à la maturation des précurseurs du jaune. D’autre part, nous avons démontré que l’ovoinhibiteur, une antiprotéase du jaune, aurait un rôle dans la défense antimicrobienne de l’œuf. L’intégration de l’ensemble de ces résultats fournira des données essentielles relatives à la vitellogénèse et à la fonction des protéases/antiprotéases dans le jaune d’œuf. / The egg yolk is a source of nutrients and bioactive molecules for the embryo,including many proteases/antiproteases, the function of which is still unknown. Our objective was to identify and characterize proteases/ antiproteases that are specifically associated with the formation of the yolk (vitellogenesis). Yolk precursors are synthesized by the liver at sexual maturity of hens. Using a transcriptomic approach, we identified 582 genes, including15 proteases and antiproteases that are over-expressed by the liver at sexual maturity of hens. At least three of them are recovered in the egg yolk or the vitelline membrane. We have shown that the expression of "similar to nothepsin” was specific to the liver of females. This protease could participate in the processing of yolk precursors. We have also demonstrated that egg yolk ovoinhibitor is antimicrobial and could therefore participate in egg defense. The integration of all these results will provide major data relative to vitellogenesis and to the function of proteases/antiproteases in the egg yolk.

La palourde grise européenne, Ruditapes decussatus est un coquillage d’importance socio-économique en Europe du Sud. Sa production est basée sur le recrutement naturel, qui est sujet à de fortes fluctuations annuelles. Au Portugal, les principales zones de production de cette espèce sont les lagunes de Ria de Aveiro et Ria Formosa. Ces populations présentent des réponses différentes à l'induction de la ponte, résultat d’intérêt dans un contexte d'amélioration de la production aquacole. L'objectif de cette thèse était d'améliorer les connaissances sur la reproduction de R. decussatus en utilisant des approches génomiques et cellulaires avec pour principales applications : le conditionnement de géniteurs et la qualité des gamètes.Le cycle de reproduction de ces populations a été caractérisé par histologie pour le développement gonadique, l’aire gonadique et le diamètre de l’ovocyte. À l'exception de la dynamique de la gamétogénèse, aucune différence significative n’a été identifiée entre populations. Grâce à un effort de séquençage (Illumina) de banque d’ADNc de différents tissus/stades pour enrichir en transcrits liés à la reproduction, une puce à ADN (oligoarray) représentant 51 678 contigs a été produite et utilisée afin de caractériser les bases transcriptomiques de la reproduction de R. decussatus. Des gènes différentiellement exprimés et la voie “N-Glycan biosynthesis”, impliquées dans l'interaction spermatozoïde – ovocyte, ont été soulignés, ce qui suggère que la reconnaissance entre gamètes puisse expliquer en partie les différences de succès d'induction de ponte entre ces populations. De plus, le transcriptome d’ovocytes collectés chez 15 femelles a été analysé par puce à ADN avec pour objectif d'identifier des potentiels marqueurs de la qualité des ovocytes. Des gènes codant pour des protéines chaperonnes, dont certains caractérisés comme des ARNm maternels essentiels pour le développement précoce, sont apparus différentiellement exprimés entre ovocytes de bonne et mauvaise qualité établie sur le taux de larves D obtenu. La présente étude fournit de nouvelles informations génomiques précieuses pour la compréhension de la reproduction de cette espèce et liste des gènes candidats codant la protéine disulforide isomerase (PDI), des calmodulines et la caspase 8 comme points de départ possibles pour des études fonctionnelles. Leur implication dans les phases importantes de la reproduction comme l’interaction spermatozoïde-ovocyte, la protection de l'ovocyte, la régulation du calcium et l'apoptose ont font des marqueurs potentiels de la qualité ovocytaire de cette espèce. / The European clam, Ruditapes decussatus is considered a high value seafood product in Southern Europe. Its production is almost based on natural recruitment, which is subject to annual fluctuations. In Portugal, two of the main production areas of this species are Ria de Aveiro and Ria Formosa Lagoons. These populations were characterized by different responses to spawning induction, which is of great interest in a context of improvement of aquaculture. The purpose of this thesis was to improve the cellular and genomic knowledge on the reproduction of R. decussatus with major applications: broodstock conditioning and gamete quality.The reproductive cycle of the two populations was histologically characterized by comparing the gonadal development, gonadal area and oocyte diameter. With the exception of the dynamics of gonadal development, which may originate in the environment, no differences concerning gametogenesis were found. cDNA libraries of oocytes, larvae and gonads were sequenced on Illumina platform, to enrich resources in reproductive Expressed Sequence Tags, and a custom oligoarray representing 51,678 assembled contigs was then designed. To characterize the transcriptomic bases of reproduction, microarray analyses were performed in four gonadal maturation stages of the two populations. Differentially expressed probes and the “N-Glycan biosynthesis” pathway, potentially involved in sperm-egg interaction, were identified, suggesting that gamete recognition can explain part of the differences in terms of spawning induction success between populations.Moreover, microarray analyses were also performed in oocytes, with the objective of identifying potential markers of oocyte quality in this species. Genes coding for chaperone proteins demonstrated to be important markers of oocyte quality, with some of them being maternal mRNAs essential for early development.The present study provides new highly valuable genomic information for the understanding of reproduction of R. decussatus and emphasizes some candidate genes like protein disulforide isomerase (PDI), Calmodulin family and caspase 8 as possible starting points for further functional studies.