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Processamento e análise de imagens histológicas de pólipos para o auxílio ao diagnóstico de câncer colorretal / Processing and analysis of histological images of polyps to aid in the diagnosis of colorectal cancer

Lopes, Antonio Alex 22 March 2019 (has links)
Segundo o Instituto Nacional do Câncer (INCA), o câncer de colorretal é o terceiro tipo de câncer mais comum entre os homens e o segundo entre as mulheres. Atualmente a avaliação visual feita por um patologista é o principal método utilizado para o diagnóstico de doenças a partir de imagens microscópicas obtidas por meio de amostras em exames convencionais de biópsia. A utilização de técnicas de processamento computacional de imagens possibilita a identificação de elementos e a extração de características, o que contribui com o estudo da organização estrutural dos tecidos e de suas variações patológicas, levando a um aumento da precisão no processo de tomada de decisão. Os conceitos e técnicas envolvendo redes complexas são recursos valiosos para o desenvolvimento de métodos de análise estrutural de componentes em imagens médicas. Dentro dessa perspectiva, o objetivo geral deste trabalho foi o desenvolvimento de um método capaz de realizar o processamento e a análise de imagens obtidas em exames de biópsias de tecidos de pólipo de cólon para classificar o grau de atipia da amostra, que pode variar em: sem atipia, baixo grau, alto grau e câncer. Foram utilizadas técnicas de processamento, incluindo um conjunto de operadores morfológicos, para realizar a segmentação e a identificação de estruturas glandulares. A seguir, procedeu-se à análise estrutural baseada na identificação das glândulas, usando técnicas de redes complexas. As redes foram criadas transformado os núcleos das células que compõem as glândulas em vértices, realizando a ligação dos mesmos com 1 até 20 arestas e a extração de medidas de rede para a criação de um vetor de características. A fim de avaliar comparativamente o método proposto, foram utilizados extratores clássicos de características de imagens, a saber, Descritores de Haralick, Momentos de Hu, Transformada de Hough, e SampEn2D. Após a avaliação do método proposto em diferentes cenários de análise, o valor de acurácia geral obtida pelo mesmo foi de 82.0%, superando os métodos clássicos. Conclui-se que o método proposto para classificação de imagens histológicas de pólipos utilizando análise estrutural baseada em redes complexas mostra-se promissor no sentido de aumentar a acurácia do diagnóstico de câncer colorretal / According to the National Cancer Institute (INCA), colorectal cancer is the third most common cancer among men and the second most common cancer among women. Currently the main method used for the diagnosis of diseases from microscopic images obtained through samples in conventional biopsy tests are the visual evaluation made by a pathologist. The use of computational image processing techniques allows the identification of elements and the extraction of characteristics, which contributes to the study of the structural organization of tissues and their pathological variations, leading to an increase of precision in the decision making process. Concepts and techniques involving complex networks are valuable resources for the development of structural analysis methods of components in medical images. In this perspective, the general objective of this work was the development of a method capable of performing the image processing and analysis obtained in biopsies of colon polyp tissue to classify the degree of atypia of the sample, which may vary in: without atypia, low grade, high grade and cancer. Processing techniques including a set of morphological operators, were used to perform the segmentation and identification of glandular structures. Next, structural analysis was performed based on glands identification, using complex network techniques.The networks were created transforming the core of the cells that make up the glands in vertices, making the connection of the same with 1 to 20 edges and the extraction of network measurements to create a vector of characteristics. In order to comparatively evaluate the proposed method, classical image characteristic extractors were used, namely, Haralicks Descriptors, Hus Moments, Hough Transform, and SampEn2D. After the evaluation of the proposed method in different analysis scenarios, the overall accuracy value obtained by it was 82.0%, surpassing the classical methods. It is concluded that the proposed method for the classification of histological images of polyps using structural analysis based on complex networks is promising in order to increase the accuracy of the diagnosis of colorectal cancer
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Avaliação da associação entre biofilmes bacterianos, bactérias intracelulares e superantígenos estafilocócicos em pacientes com rinossinusite crônica / Evaluation of the association between bacterial biofilms, intracellular bacteria and staphylococcal superantigens in patients with chronic rhinosinusitis

Costa Júnior, Emanuel Capistrano 21 June 2017 (has links)
Introdução: Embora a fisiopatogenia da rinossinusite crônica (RSC) ainda não esteja totalmente elucidada, em virtude da sua heterogeneidade e multifatorialidade, existe um crescente corpo de evidências apontando que as bactérias exerçam um papel significativo na gênese ou perpetuação da inflamação crônica. Uma das possíveis formas de atuação são os biofilmes bacterianos, comumente encontrados em pacientes com RSC e que estão relacionados com má evolução clínica. Ainda, existem evidências de que algumas espécies bacterianas, especialmente o Staphylococcus aureus (S. aureus), são capazes de invadir as células epiteliais e permanecerem viáveis em seu interior. Por fim, tem se demonstrado que pacientes RSC com pólipo nasal (RSCcPN) revelam alta associação com a presença de superantígenos estafilocócicos na mucosa respiratória, responsáveis pela estimulação acentuada de respostas inflamatórias locais. Apesar de essas diferentes formas bacterianas estarem bem descritas na RSC, não se sabe ainda com clareza como elas estão associadas nesses indivíduos. Objetivos: Avaliar a associação entre a presença de biofilmes, bactérias intracelulares e superantígenos estafilocócicos em pacientes com RSC (com e sem pólipo nasal), comparados com o grupo controle. Casuística e Métodos: Avaliou-se a prevalência de biofilmes bacterianos, bactérias intracelulares e presença de superantígenos bacterianos em indivíduos com RSCcPN, sem pólipo nasal (RSCsPN) e controles, analisando a associação de distribuição de prevalência desses diferentes grupos (teste exato de Fisher, nível de significância quando p<0,05). Os biofilmes foram definidos por características morfológicas à microscopia eletrônica de varredura (MEV), as bactérias intracelulares foram analisadas por microscopia eletrônica de transmissão (MET) e hibridização fluorescente in situ (FISH) para S. aureus, e superantígenos de S. aureus A-E foram quantificados pela técnica de ELISA (Enzime Linked Imunosorbent Assay). Foram incluídos 90 indivíduos, divididos em três grupos: 1) 38 pacientes com RSCcPN, 2) 26 com RSCsPN e 3) 26 controles. Resultados: Quarenta e dois por cento dos pacientes com RSCcPN (16/38), assim como os com RSCsPN (11/26) apresentaram amostras positivas para biofilmes bacterianos, mas não observou essa positividade no grupo controle (0/26). A análise para bactérias intracelulares demonstrou a presença em 31,5% de pacientes com RSCcPN (12/38), 19,2% em RSCsPN (5/26) e 0% nos controles (0/26). No estudo por FISH, 58% dos pacientes com RSCcPN (18/31) apresentaram positividade para S. aureus intracelular, seguido de 54% nos com RSCsPN (13/24) e em nenhum caso dos 24 analisados do grupo controle. Na avaliação por ELISA, apenas um paciente com RSCcPN foi positivo para a presença de superantígenos estafilocócicos. A avaliação da associação de biofilme bacteriano na superfície mucosa à MEV com bactéria intracelular à MET e com S. aureus intracelular por FISH nos dois diferentes grupos de RSC com e sem pólipo nasal, não mostrou diferença estatisticamente significativa. Conclusão: Foi observada uma maior prevalêcia de biofilmes e bactérias intracelulares em indivíduos com RSC com ou sem pólipo nasal, comparado a Resumo controles. Não houve diferença significativa dentre os grupos de RSC, com e sem pólipo nasal para a presença de biofilmes e bactérias intracelulares. Não houve associação entre a presença de biofilme e bactéria intracelular em pacientes com RSC. Os achados do presente estudo indicam que tanto biofilmes na superfície mucosa quanto microrganismos intracelulares podem estar envolvidos na fisiopatogenia da RSC. / Introduction: Although the pathophysiology of chronic rhinosinusitis (CRS) has not yet been fully elucidated, due to its heterogeneity and multifactorial etiology, there is a growing body of evidence that bacteria play a significant role in the genesis or perpetuation of chronic inflammation. One of the possible forms of acting are bacterial biofilms, which are commonly found in patients with CRS, and are associated with poor clinical outcomes in these patients. In addition to biofilms, there are some evidence pointing out that some bacterial species, especially Staphylococcus aureus (S. aureus), are able to invade into epithelial cells and remain viable intracellulary. Finally, it has been demonstrated that patients with CRS with nasal polyps (CRSwNP) have a high association with the presence of staphylococcal superantigens in the respiratory mucosa, responsible for the stimulation of marked local inflammatory responses. Although these different bacterial forms are well described in CRS, it is still unclear how they are associated in these individuals. Objectives: To evaluate the correlation between the presence of biofilms, intracellular bacteria expression and S. aureus superantigens in CRS patients (with and without nasal polyposis) compared to a control group. Casuistic and Methods: We evaluated the prevalence of bacterial biofilms, intracellular bacteria and the presence of bacterial superantigens in individuals with CRSwNP, without nasal polyp (CRSsNP) and controls, evaluating the association of prevalence distribution of these different groups (Fisher exact test, level of significance set at p<0.05). The biofilms were defined by morphological characteristics by scanning electron microscopy, intracellular bacteria were analyzed by transmission electron microscopy and fluorescence in situ hybridization (FISH) for S. aureus, and S. aureus A-E superantigens were quantified by ELISA. Ninety individuals were included, divided into 38 patients with CRSwNP, 26 patients with CRSsNP and 26 control patients. Results: 42% of patients with CRSwNP (16/38) as well as those with CRSsNP (11/26) presented positive samples for bacterial biofilms, while none of the control patients (0/26) had positive samples. The analysis for intracellular bacteria showed the presence in 31.5% of patients with CRSwNP (12/38), 19.2% in CRSsNP (5/26) and 0% in control patients (0/26). In the FISH study, 58% of patients with CRSwNP (18/31) presented intracellular S. aureus positivity, followed by 54% in patients with CRSsNP (13/24) and in none of the 24 analyzed in the control group. In the ELISA evaluation, only one patient with CRSwNP was positive for the presence of staphylococcal superantigens. The evaluation of the association of bacterial biofilm on the mucosal surface (SEM) with intracellular bacteria (MET) and with intracellular S. aureus by FISH in the two different groups of CRS (with and without nasal polyps) did not show a statistically significant difference. Conclusion: We found a higher prevalence of biofilms and intracellular bacteria in individuals with CRS, either with and without nasal polyps. There was no significant difference between the groups of CRS, with and without nasal polyp, for the presence of biofilms or intracellular bacteria. There was no significant diference on the association of biofilms and intracellular bacteria on pacientes with CRS. Our data indicate that both biofilms on the mucosal surface and intracellular microorganisms may be involved in the pathophysiology of CRS.
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Avaliação da associação entre biofilmes bacterianos, bactérias intracelulares e superantígenos estafilocócicos em pacientes com rinossinusite crônica / Evaluation of the association between bacterial biofilms, intracellular bacteria and staphylococcal superantigens in patients with chronic rhinosinusitis

Emanuel Capistrano Costa Júnior 21 June 2017 (has links)
Introdução: Embora a fisiopatogenia da rinossinusite crônica (RSC) ainda não esteja totalmente elucidada, em virtude da sua heterogeneidade e multifatorialidade, existe um crescente corpo de evidências apontando que as bactérias exerçam um papel significativo na gênese ou perpetuação da inflamação crônica. Uma das possíveis formas de atuação são os biofilmes bacterianos, comumente encontrados em pacientes com RSC e que estão relacionados com má evolução clínica. Ainda, existem evidências de que algumas espécies bacterianas, especialmente o Staphylococcus aureus (S. aureus), são capazes de invadir as células epiteliais e permanecerem viáveis em seu interior. Por fim, tem se demonstrado que pacientes RSC com pólipo nasal (RSCcPN) revelam alta associação com a presença de superantígenos estafilocócicos na mucosa respiratória, responsáveis pela estimulação acentuada de respostas inflamatórias locais. Apesar de essas diferentes formas bacterianas estarem bem descritas na RSC, não se sabe ainda com clareza como elas estão associadas nesses indivíduos. Objetivos: Avaliar a associação entre a presença de biofilmes, bactérias intracelulares e superantígenos estafilocócicos em pacientes com RSC (com e sem pólipo nasal), comparados com o grupo controle. Casuística e Métodos: Avaliou-se a prevalência de biofilmes bacterianos, bactérias intracelulares e presença de superantígenos bacterianos em indivíduos com RSCcPN, sem pólipo nasal (RSCsPN) e controles, analisando a associação de distribuição de prevalência desses diferentes grupos (teste exato de Fisher, nível de significância quando p<0,05). Os biofilmes foram definidos por características morfológicas à microscopia eletrônica de varredura (MEV), as bactérias intracelulares foram analisadas por microscopia eletrônica de transmissão (MET) e hibridização fluorescente in situ (FISH) para S. aureus, e superantígenos de S. aureus A-E foram quantificados pela técnica de ELISA (Enzime Linked Imunosorbent Assay). Foram incluídos 90 indivíduos, divididos em três grupos: 1) 38 pacientes com RSCcPN, 2) 26 com RSCsPN e 3) 26 controles. Resultados: Quarenta e dois por cento dos pacientes com RSCcPN (16/38), assim como os com RSCsPN (11/26) apresentaram amostras positivas para biofilmes bacterianos, mas não observou essa positividade no grupo controle (0/26). A análise para bactérias intracelulares demonstrou a presença em 31,5% de pacientes com RSCcPN (12/38), 19,2% em RSCsPN (5/26) e 0% nos controles (0/26). No estudo por FISH, 58% dos pacientes com RSCcPN (18/31) apresentaram positividade para S. aureus intracelular, seguido de 54% nos com RSCsPN (13/24) e em nenhum caso dos 24 analisados do grupo controle. Na avaliação por ELISA, apenas um paciente com RSCcPN foi positivo para a presença de superantígenos estafilocócicos. A avaliação da associação de biofilme bacteriano na superfície mucosa à MEV com bactéria intracelular à MET e com S. aureus intracelular por FISH nos dois diferentes grupos de RSC com e sem pólipo nasal, não mostrou diferença estatisticamente significativa. Conclusão: Foi observada uma maior prevalêcia de biofilmes e bactérias intracelulares em indivíduos com RSC com ou sem pólipo nasal, comparado a Resumo controles. Não houve diferença significativa dentre os grupos de RSC, com e sem pólipo nasal para a presença de biofilmes e bactérias intracelulares. Não houve associação entre a presença de biofilme e bactéria intracelular em pacientes com RSC. Os achados do presente estudo indicam que tanto biofilmes na superfície mucosa quanto microrganismos intracelulares podem estar envolvidos na fisiopatogenia da RSC. / Introduction: Although the pathophysiology of chronic rhinosinusitis (CRS) has not yet been fully elucidated, due to its heterogeneity and multifactorial etiology, there is a growing body of evidence that bacteria play a significant role in the genesis or perpetuation of chronic inflammation. One of the possible forms of acting are bacterial biofilms, which are commonly found in patients with CRS, and are associated with poor clinical outcomes in these patients. In addition to biofilms, there are some evidence pointing out that some bacterial species, especially Staphylococcus aureus (S. aureus), are able to invade into epithelial cells and remain viable intracellulary. Finally, it has been demonstrated that patients with CRS with nasal polyps (CRSwNP) have a high association with the presence of staphylococcal superantigens in the respiratory mucosa, responsible for the stimulation of marked local inflammatory responses. Although these different bacterial forms are well described in CRS, it is still unclear how they are associated in these individuals. Objectives: To evaluate the correlation between the presence of biofilms, intracellular bacteria expression and S. aureus superantigens in CRS patients (with and without nasal polyposis) compared to a control group. Casuistic and Methods: We evaluated the prevalence of bacterial biofilms, intracellular bacteria and the presence of bacterial superantigens in individuals with CRSwNP, without nasal polyp (CRSsNP) and controls, evaluating the association of prevalence distribution of these different groups (Fisher exact test, level of significance set at p<0.05). The biofilms were defined by morphological characteristics by scanning electron microscopy, intracellular bacteria were analyzed by transmission electron microscopy and fluorescence in situ hybridization (FISH) for S. aureus, and S. aureus A-E superantigens were quantified by ELISA. Ninety individuals were included, divided into 38 patients with CRSwNP, 26 patients with CRSsNP and 26 control patients. Results: 42% of patients with CRSwNP (16/38) as well as those with CRSsNP (11/26) presented positive samples for bacterial biofilms, while none of the control patients (0/26) had positive samples. The analysis for intracellular bacteria showed the presence in 31.5% of patients with CRSwNP (12/38), 19.2% in CRSsNP (5/26) and 0% in control patients (0/26). In the FISH study, 58% of patients with CRSwNP (18/31) presented intracellular S. aureus positivity, followed by 54% in patients with CRSsNP (13/24) and in none of the 24 analyzed in the control group. In the ELISA evaluation, only one patient with CRSwNP was positive for the presence of staphylococcal superantigens. The evaluation of the association of bacterial biofilm on the mucosal surface (SEM) with intracellular bacteria (MET) and with intracellular S. aureus by FISH in the two different groups of CRS (with and without nasal polyps) did not show a statistically significant difference. Conclusion: We found a higher prevalence of biofilms and intracellular bacteria in individuals with CRS, either with and without nasal polyps. There was no significant difference between the groups of CRS, with and without nasal polyp, for the presence of biofilms or intracellular bacteria. There was no significant diference on the association of biofilms and intracellular bacteria on pacientes with CRS. Our data indicate that both biofilms on the mucosal surface and intracellular microorganisms may be involved in the pathophysiology of CRS.
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Estudo sobre a microvascularização das pregas vocais humanas acometidas por pólipo, in vivo, através das endoscopias rígida e de contato da laringe

Cunha, Edilson Oliveira 11 August 2006 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Microvascularization of human superior membranous vocal folds tends to be parallel to the long axis. This pattern of microvascularization changes with disease. The objective this study was to describe microvascular changes in the human vocal folds with polypoid alterations as differential diagnosis with other laryngeal diseases. A retrospective study was conducted to describe alterations in the microvasculature of the vocal folds of eleven patients having polyps, who underwent laryngeal microsurgery and subsequent rigid and contact laryngoscopy. To study the microvascular changes, D Ávila (2002) classification was used. The vocal folds were divided in three regions: superior membranous, superior cartilaginous, and subglottic. The twelve types of microvessels described by D Ávila were identified in the study and 74 altered microvessels were found; dilated parallel and branching micro vessels predominated. Our findings highlight that microvascularization of the vocal folds changes with polyp formation; and the presence of branching microvessels in the surface of vocal cord lesions suggests a diagnosis of polyp formation. / A microvascularização da face superior membranosa da prega vocal humana tende a ser paralela ao seu longo eixo. Este padrão de vascularização modifica-se na presença de patologias. O objetivo deste trabalho foi descrever as alterações microvasculares que ocorrem na prega vocal humana acometida por pólipo. Através de estudo retrospectivo foram descritas as alterações microvasculares que ocorreram nas pregas vocais de 11 pacientes de ambos os gêneros, portadores de pólipos, atendidos nas Clínicas de Dr. Jeferson D Ávila e Dr. Edilson Cunha e submetidos à microcirurgia da laringe e às endoscopias rígida e de contato da laringe. Para descrever as alterações microvasculares foi utilizada a classificação de D Ávila (2002) e as pregas vocais foram dividas em 3 faces: face superior membranosa, face superior cartilaginosa e face subglótica. Os 12 tipos de microvasos descritos por D Avila foram identificados neste estudo, tendo sido encontrados 74 microvasos alterados, havendo predominância dos microvasos paralelo ectásico e ramificado em rede. Nossos achados ressaltam que a microvascularização da prega vocal está alterada na presença de pólipo e que a presença de microvaso do tipo ramificado em rede na superfície de uma lesão única ou múltipla de prega vocal sugere fortemente a presença de pólipo de prega vocal.

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