Submitted by Tatiany Aparecida Teixeira Soratto (tatiany_soratto@hotmail.com) on 2017-10-31T12:37:37Z No. of bitstreams: 2 DISSERTACAO_Tatiany_final.pdf: 3171924 bytes, checksum: 81e554e8e0137d88785acf8a80455d32 (MD5) Encaminhamento do orientador.pdf: 236358 bytes, checksum: 344f7f279720c6058970c50ae22f4a46 (MD5) / Approved for entry into archive by Alini Demarchi (alini@cca.ufscar.br) on 2017-11-30T14:04:32Z (GMT) No. of bitstreams: 2 DISSERTACAO_Tatiany_final.pdf: 3171924 bytes, checksum: 81e554e8e0137d88785acf8a80455d32 (MD5) Encaminhamento do orientador.pdf: 236358 bytes, checksum: 344f7f279720c6058970c50ae22f4a46 (MD5) / Approved for entry into archive by Alini Demarchi (ri.bar@ufscar.br) on 2018-01-15T17:25:13Z (GMT) No. of bitstreams: 2 DISSERTACAO_Tatiany_final.pdf: 3171924 bytes, checksum: 81e554e8e0137d88785acf8a80455d32 (MD5) Encaminhamento do orientador.pdf: 236358 bytes, checksum: 344f7f279720c6058970c50ae22f4a46 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-02-01T13:19:19Z (GMT). No. of bitstreams: 2 DISSERTACAO_Tatiany_final.pdf: 3171924 bytes, checksum: 81e554e8e0137d88785acf8a80455d32 (MD5) Encaminhamento do orientador.pdf: 236358 bytes, checksum: 344f7f279720c6058970c50ae22f4a46 (MD5) Previous issue date: 2017-09-01 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / The Centro APTA Citros Sylvio Moreira/IAC has been conducting an extensive breeding program of citrus via directed crosses. In a previous study with Citrushuanglongbing pathosystem (HLB) held in our group, using a population obtained by hybridization between Citrus sunki and Poncirus trifoliata, differences were found in the multiplication of the bacterium Candidatus Liberibacter asiaticus (CLas), the causal agent of HLB, in the parents and in the progeny. It was observed that the rate of infection and bacterial concentration was higher in C. sunki than in P. trifoliata. Thus, it is important to deepen the studies with this genus and hybrids to increase knowledge of which mechanisms could be involved in the tolerance to HLB, considered the most important disease of citrus currently. In this sense, the objective of this study was to establish sinteny between the linkage groups of the C. sunki and P. trifoliata maps with the genome of Citrus sinensis and to map genomic regions associated to tolerance CLas bacterium through phenotypic analysis (QTLs) and gene expression (eQTLs). With the comparative analysis between maps and genome, it was observed that all the linkage groups showed synteny with reference genome chromosomes used, with the exception of the linkage group 10 of the C. sunki map. For the phenotypic data, a population of 79 F1 hybrids between C. sunki and P. trifoliata was used. The quantification of the bacterium and accumulation of starch in the leaves were evaluated after two years of inoculation with the pathogen. Through the statistical analysis of the mixed model it was possible to group the hybrids into resistant, tolerant and susceptible, being important the validation of these data in the field. The expression of 14 candidate genes related to HLB was performed in 72 hybrids of the population and used as expression data for the mapping of eQTLs. It was possible to locate nine QTLs and 52 eQTLs on the C. sunki genitor map and 17 QTLs and 40 eQTLs were found on the P. trifoliata genitor map. The overlapping eQTLs of the majority genes of QTL (phenotypic data) indicates that the genes are related to the phenotype and are probably responsive to the pathogen infection. / O Centro APTA Citros Sylvio Moreira/IAC vem realizando um amplo programa de melhoramento genético de citros via cruzamentos dirigidos. Em um estudo prévio com o patossistema Citros-huanglongbing (HLB) realizado pelo nosso grupo, utilizando uma população obtida por hibridação controlada entre Citrus sunki e Poncirus trifoliata, foram verificadas diferenças na multiplicação da bactéria Candidatus Liberibacter asiaticus (CLas), agente causal do HLB, tanto nos genitores quanto na progênie. A taxa de infecção e a concentração de bactéria foi maior em Citrus sunki em relação ao P. trifoliata. Assim, é importante aprofundar os estudos com esses gêneros e seus híbridos para ampliar o conhecimento de quais mecanismos poderiam estar envolvidos na tolerância ao HLB, considerada a mais importante doença dos citros atualmente. O objetivo do trabalho foi estabelecer sintenia entre os grupos de ligação dos mapas de C. sunki e P. trifoliata com o genoma de Citrus sinensis e mapear regiões genômicas associadas à tolerância a CLas por meio de análise fenotípica (QTLs) e de expressão gênica (eQTLs). Com a análise comparativa entre mapas e genoma, foi observado que todos os grupos de ligação apresentaram sintenia com pseudocromossomos do genoma de referência utilizado, com exceção do grupo de ligação 10 do mapa da C. sunki. Para os dados fenotípicos foi utilizada uma população de 79 híbridos F1 entre C. sunki e P. trifoliata, sendo avaliada a quantificação da bactéria e acúmulo de amido nas folhas após dois anos da inoculação com o patógeno. Com a análise estatística utilizando modelo misto foi possível agrupar os híbridos em resistentes, tolerantes e suscetíveis, sendo importante a validação desses dados em campo. A análise de expressão de 14 genes candidatos relacionados ao HLB foi realizada em 72 híbridos da população e utilizados como dados de expressão para o mapeamento de eQTLs. Foram encontrados nove QTLs e 52 eQTLs no mapa do genitor C. sunki enquanto no mapa do genitor P. trifoliata foram encontrados 17 QTLs e 40 eQTLs. A sobreposição de eQTLs da grande maioria dos genes com QTLs dos dados fenotípicos, indicam que os genes têm relação com o fenótipo e que provavelmente são responsivos à infecção do patógeno.

Made available in DSpace on 2016-12-08T16:44:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGPV11MA101.pdf: 1302742 bytes, checksum: b7efc06d336ca4a49c0225d1d0b03cfb (MD5) Previous issue date: 2011-02-08 / The objectives of the work were: a) to obtain the damage function equations for multiple pathosystem to calculate the EDT to time fungicides application; b) to quantify the control and damage of the yield components, and c) To relate the brown spot incidence and severity in different growth stages. The experiments were carry out at the NBN Seeds Company during the 2009 and 2010 crop seasons, located in Muitos Capões county, Rio Grande do Sul state, Brazil and in the Agro science Center at Santa Catarina State University only in 2010. The cultivar BRS Cauê was used as susceptible cultivar to brown spot and powdery mildew. The experiments design was in randomized block with four replications. The nine treatments consisting of different rates (half and recommended rates) and fungicide applications number (one, two, three and four) of mixture strobilurin and triazole fungicides, generating the disease gradients intensity. The total area of 5.0 x 2.5 m was the experimental unit in both experiments. The fungicide applications and incidence and severity assessment were done at EC 22, EC 31, EC 39, EC 45 and EC 56 plant development stages. Plants from central rows of each plot were manually harvested and grain yield (GY), one-thousand grain weight (TGW) and granulometry (G) were evaluated. In the first chapter, the damage function equations between disease intensity and GY for each plant development stages, obtained by regression analysis, in both 2009-10 crop growing seasons were significant and negative indicative that increasing disease severity lead into decreasing grain yield. The damage coefficients of these equations can be used to calculate the economic damage threshold. In the second chapter, the values of disease intensity were used to calculate the area under disease progress curve (AUDPC). The GY, TGW, G and AUDPC values were tested using the mean comparison between treatments and the percentage of damage and disease control were determinated. The largest 2009 crop damage was 45.87%, 15.47% and 25.84% for GY, G and TGW, respectively. The ultimate control was 68.11% when considered the severity and four foliar applications, independent of the used dose. In 2010, the greatest damage were 31.16%, 14.02% and 10.76% in Muitos Capões and 39.44%, 23.59% and 45.88%, in Lages, for GY, 10 TGW and G, respectively. The highest percentage of control, based on the leaf severity were 71.63% and 73.96% for Muitos Capões and Lages, respectively. The greater control, independent of used dose were obtained with three and four applications in Muitos Capões and four applications in Lages. In the third chapter, brown spot incidence and severity data were subjected to regression analysis and correlation and the obtained values were significant and positive. The brown spot and powdery mildew diseases incidence and severity recommended by the Technique Indication of crop (TIC) to initiate fungicide applications is 20% and 5% respectively. The severity average values for initiating chemical control are 0.77% and 0.34% respectively for 2009 and 2010 crop seasons when the incidence diseases were substituted in the equations. These values are lower than TIC recommended values / Os objetivos do trabalho foram: a) obter equações de função de dano para patossistema múltiplo para calcular o LDE servindo como critério indicador de aplicação de fungicidas; b) quantificar controle e dano nos componentes de rendimento; e c) relacionar incidência e severidade foliar da mancha marrom em diferentes estádios fenológicos. Os experimentos foram conduzidos nas safras agrícolas 2009 e 2010 na NBN Sementes no município de Muitos Capões, RS; e, na safra de 2010 no Centro de Ciências Agroveterinárias no município de Lages, SC. Em todos os experimentos foi utilizada a cultivar BRS Cauê suscetível à mancha marrom e oídio. O delineamento foi blocos casualisados, com quatro repetições e nove tratamentos constituídos de diferentes doses (meia dose e dose indicada) e número (uma, duas, três e quatro) de aplicações de fungicidas triazóis e estrobilurinas para gerar os gradientes de intensidade das doenças. A área de cada unidade experimental correspondeu a 5,0 x 2,5 m. As aplicações e as avaliações da incidência e severidade foliar ocorreram nos estádios de crescimento (EC) EC 22, EC 31, EC 39, EC 45 e EC 56. A colheita foi manual cortando as plantas das linhas centrais de cada parcela. Foram avaliados rendimento de grãos (RG), massa de mil grãos (MMG) e granulometria (G). No primeiro capítulo, as equações de função de dano entre intensidade de doença e RG para cada EC, obtidas por análise de regressão, em ambas as safras agrícolas, foram significativas e negativas, ou seja, à medida que aumentou a intensidade de doença, diminuiu o RG. Os coeficientes de dano obtidos podem ser utilizados no cálculo do limiar de dano econômico. No segundo capítulo, os valores de intensidade das doenças foram usados para o cálculo da área abaixo da curva de progresso da doença (AACPD). Os valores de RG, MMG, G e AACPD foram submetidos ao teste de comparação de médias. Foram determinados o percentual de dano e de controle das doenças. Na safra 2009, os maiores danos foram 45,87%, 15,47% e 25,84% para RG, MMG e G, respectivamente. O controle máximo foi 68,11% considerando a severidade foliar e quatro aplicações, independente da dose usada. Em 2010, os maiores danos foram 31,16%, 14,02% e 10,76% em Muitos Capões e 39,44%, 23,59% e 8 45,88% em Lages, respectivamente para R, MMG e G. Com base na severidade obteve-se controle de 71,63% e 73,96% em Muitos Capões e Lages, respectivamente. Em Muitos Capões três e quatro aplicações e em Lages quatro aplicações, independente da dose, apresentaram maior percentual de controle. No terceiro capítulo, os dados de incidência e severidade foliar de mancha marrom foram submetidos à análise de regressão e correlação. As equações obtidas foram significativas e positivas. A incidência e a severidade foliar recomendado pela Indicação Técnica da cultura (ITC) para iniciar as aplicações de fungicidas é de 20% e 5%, respectivamente. Substituindo esse valor de incidência nas equações obtidas têm-se valores médios de severidade para iniciar o controle químico de 0,77% e 0,34% respectivamente para 2009 e 2010, inferior ao recomendado pela ITC